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1.

図書

図書
北山洋幸, 中田潤也共著
出版情報: 東京 : カットシステム, 2006.1  x, 652p ; 24cm
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2.

図書

図書
宮坂雅輝著
出版情報: 東京 : ソフトバンククリエイティブ, 2005.10  xvii, 492p ; 19cm
シリーズ名: Technical handbook series ; 008
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3.

図書

図書
Christer Ericson著 ; 中村達也翻訳
出版情報: 東京 : ボーンデジタル, 2005.11  xvii, 605p ; 26cm
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4.

図書

図書
Cameron Newham, Bill Rosenblatt著 ; クイープ訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2005.10  xviii, 348p ; 24cm
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5.

図書

図書
結城浩著
出版情報: 東京 : ソフトバンククリエイティブ, 2005.10  xviii, 367p ; 24cm
シリーズ名: Java言語プログラミングレッスン / 結城浩著 ; 上
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6.

図書

図書
結城浩著
出版情報: 東京 : ソフトバンククリエイティブ, 2005.10  xvi, 382p ; 24cm
シリーズ名: Java言語プログラミングレッスン / 結城浩著 ; 下
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7.

図書

図書
David Sklar著 ; 桑村潤, 廣川類訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2005.10  xxi, 354p ; 24cm
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8.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
松尾洋著
出版情報: 東京 : オーム社, 2005.5  xiii, 254p ; 26cm
シリーズ名: Ohm bio science books
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はじめに iii
序章 1
   1. 遺伝子 2
   2. DNA 2
   3. 遺伝コード 3
   4. タンパク質の立体構造 6
   5. 折り畳み問題 8
   6. 立体構造と機能 9
   7. 分子生物学の進展 9
   8. cDNA 10
   9. ゲノム計画 11
   10. 構造ゲノミクス 11
   11. バイオインフォマティクス 11
第1章 プログラム作成の指針 13
   1.1 アプリケーションフレームワーク 14
   1.2 パラメタ設定 15
   1.3 プログラムの作成 16
   1.4 Appの派生クラスの作成手順 16
   1.5 へッダーファイル 17
   1.6 命名規則 17
   1.7 ディレクトリ構成 18
   1.8 Makefile 21
   1.9 デバッグ作業 27
   1.10 プログラムの実行 27
第2章 ゲノムと遺伝子 29
   2.1 ゲノムの比較 30
   例題2.1 近縁生物種のゲノム配列を比較せよ.
   2.1.1 DNA配列 32
   2.1.2 配列データの入力 33
   2.1.3 同一部分配列の探索 34
   2.1.4 アプリケーションプログラムの作成 35
   2.1.5 プログラムの実行例 40
   練習問題 41
   2.2 遺伝子予測 42
   例題2.2 DNA配列の中から,タンパク質をコードする領域を見つけよ.
   2.2.1 DNA配列 43
   2.2.2 ORF 43
   2.2.3 遺伝コード 44
   2.2.4 アプリケーションプログラムの作成 45
   2.2.5 プログラムの実行例 49
   練習問題 51
第3章 タンパク質のアミノ酸配列 53
   3.1 配列アラインメント 58
   例題3.1 2つのタンパク質のアミノ酸配列の最適なアラインメントを求めよ.
   3.1.1 アミノ酸置換行列 57
   3.1.2 配列アラインメント 58
   3.1.3 ダイナミックプログラミング 58
   3.1.4 アプリケーションプログラムの作成 59
   3.1.5 プログラムの実行例 66
   練習問題 69
   3.2 配列データベース検索 70
   例題3.2 タンパク質アミノ酸配列データベースの中から,与えられたアミノ酸配列と類似する配列を高速に検出し,類似領域のアラインメントを作成せよ.
   3.2.1 プログラムの作成 71
   3.2.2 ペブチド出現箇所の列挙 72
   3.2.3 データベース検索 72
   3.2.4 アプリケーションプログラムの作成 73
   3.2.5 プログラムの実行例 77
   練習問題 80
第4章 タンパク質の機能 83
   配列モチーフ検索 84
   例題4.1 アミノ酸配列データベースの中から,与えられた配列パターンを持つ配列を検出せよ.
   4.1.1 Boost正規表現ライブラリ 85
   4.1.2 アプリケーションプログラムの作成 86
   4.1.3 プログラムの実行列 89
   練習問題 90
   4.2 膜貫通領域予測 91
   例題4.2 アミノ酸配列中で,細胞膜を貫通している領域を予測せよ.
   4.2.1 疎水性指標 92
   4.2.2 膜貫通領域予測 93
   4.2.3 アプリケーションプログラムの作成 93
   4.2.4 プログラムの実行例 96
   練習問題 97
第5章 タンパク質の立体構造 99
   PDB形式 100
   例題5.1 PDB形式のファイルからデータを読込み,ファイル中に含まれる分子の数,各分子の種類,原子数,アミノ酸残基数,等の情報を表示せよ.
   5.1.1 PDBレコード 102
   5.1.2 PDBエントリー 103
   5.1.3 アプリケーションプログラムの作成 104
   5.1.4 プログラムの実行例 118
   練習問題 125
   5.2 分子構造データの表 126
   例題5.2 特定のファイル形式に依存せずに分子の立体構造データを保持するクラスを作成せよ.
   5.2.1 原子 126
   5.2.2 分子 126
   5.2.3 アプリケーションプログラムの作成 127
   5.2.4 プログラムの実行例 135
   練習問題 136
第6章 低分子化合物の構造 137
   SDF形式 138
   例題6.1 SDF形式のファイルからデータを読込み,ファイル中に含まれる各分子について,原子数と原子間の共有結合の数を表示せよ.
   6.1.1 SDF形式 128
   6.1.2 アプリケーションプログラムの作成 139
   6.1.3 プログラムの実行例 149
   練習問題 149
   6.2 構成原子の特性 150
   例題6.2 分子の構成原子の物理化学的特性を定義せよ.
   6.2.1 構成原子の属性 150
   6.2.2 PATTYの方法 151
   6.2.3 アプリケーションプログラムの作成 152
   6.2.4 プログラムの実行例 179
   練習問題 181
第7章 分子構造の解析 183
   7.1 タンパク質の二次構造 184
   例題7.1 立体構造座標データを用いて,タンパク質の二次構造を定義せよ.
   7.1.1 二次構造 185
   7.1.2 アプリケーションプログラムの作成 186
   7.1.3 プログラムの実行例 193
   練習問題 196
   7.2 溶媒露出表面積 197
   例題7.2 分子中の各原子の溶媒露出表面積を計算せよ.
   7.2.1 溶媒露出表面積の計算 199
   7.2.2 アプリケーションプログラムの作成 199
   7.2.3 プログラムの実行例 203
   練習問題 206
第8章 分子構造の比較 209
   8.1立体構造の最適重ね合せ 210
   例題8.1 2つの分子があって,どの原子同士が対応するかがわかっているものとする.これら分子の立体構造座標データが与えられた時,対応原子が最適に重ね合わされるように分子の座標を変換せよ.
   8.1.1 最適重ね合せ 210
   8.1.2 アプリケーションプログラムの作成 211
   8.1.3 プログラムの実行例 215
   練習問題 216
   8.2 立体構造の類似性の検出 217
   例題8.2 2つの分子の立体構造の類似性を判定せよ.
   8.2.1 構造アラインメント 219
   8.2.2 低分子化合物の構造アラインメント 220
   8.2.3 タンパク質の構造アラインメント 221
   8.2.4 アプリケーションプログラムの作成 222
   8.2.5 プログラムの実行例 231
   練習問題 233
補章A1 ビット列 235
補章A2 固有値・固有ベクトル 235
文献 241
索引 247
はじめに iii
序章 1
   1. 遺伝子 2
9.

図書

図書
山下哲典著
出版情報: 東京 : ソフトバンクパブリッシング, 2005.6  xv, 462p ; 19cm
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10.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
松田裕幸, 渡辺治著
出版情報: 東京 : 日本評論社, 2005.6  v, 189p ; 21cm
所蔵情報: loading…
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スーパーコン甲子園
はじめに i
   ようこそ!! スーパーコンピュータ・コンテストへ 2
   コラム スーパーコンピュータってどんなもの 7
1995年 第1回大会 石選び問題 14
   課題説明 14
   解説 スーパープログラムができるまで 16
   コラム 課題の背景:ナップサック暗号 21
   スーパーコンの風景 毎回ドラマがあります! 24
1996年 第2回大会 カフェテリア問題 28
   課題説明 28
   解説 現実世界と向き合うには 33
   スーパーコンの風景 高校生、アメリカ際会議へ 42
1997年 第3回大会 三角形ビリヤードの周期軌道探索 44
   課題説明 44
   解説 計算幾何学への招待 48
   コラム スパコンが活躍する場面 56
1998年 第4回大会 板詰め問題 64
   課題説明 64
   解説 「板詰め問題」の難しさとヒューリスティックス 67
   スーパーコンの風景 コンテスト名物坂本氏 75
1999年 第5回大会 ライフゲーム、絶滅しない初期値 78
   課題説明 78
   解説 ライフゲームとセルオートマトン 82
   コラム スーパーコンピュータのプログラミング 89
2000年 第6回大会 道路網建設大作戦 96
   課題説明 96
   解説 近似アルゴリズム 99
   コラム 課題の背景:シュナイター木 107
   スーパーコンの風景 黒板競争?? 112
2001年 第7回大会 N体問題 114
   課題説明 114
   解説 N体問題 -スパコンの腕の見せどころ 118,
   スーパーコンの風景 コンテスト参加者たちのその後 130,
2002年 第8回大会 タンパク質の格子構造予測 132,
   課題説明 132,
   解説 深さ優先探索と枝刈り法 136,
   コラム 課題の背景: タンパク質の構造の研究 143,
2003年 第9回大会 最大タンパク質ファミリーの探索 148,
   課題説明 148,
   解説 タンパク質の類似度の求め方-動的計画法 152,
   コラム プログラミング・コンテストいろいろ 158,
2004年 第10回大会 暗号画像の解読 162,
   課題説明 162,
   解説 スーパーコン問題の作り方 166,追加
   コラム 課題の背景:RSA暗号方式 175,
   スーパーコンの風景 第10回記念ミニ国際大会 180,
参考文献 183,
付録1 スーパーコン入賞チーム一覧 185
付録2 スーパーコン課題問題一覧 187
索引 188
スーパーコン甲子園
はじめに i
   ようこそ!! スーパーコンピュータ・コンテストへ 2
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