| 目次 |
| 1 計算化学への準備(櫻井 実) 1 |
| 1.1 古典力学 1 |
| 1.2 量子力学 8 |
| 2 分子軌道計算の基礎 13 |
| 2.1 多電子系の波動関数(櫻井 実) 13 |
| 2.2 エネルギーの表式(櫻井 実) 16 |
| 2.3 ハートリーフォック方程式(櫻井 実) 19 |
| 2.4 LCAO-SCF方程式(櫻井 実) 21 |
| 2.5 開殼系の取扱い(櫻井 実) 24 |
| 2.6 ab initio分子軌道計算(川内 進) 25 |
| 2.7 半経験的分子軌道計算(櫻井 実) 26 |
| 2.8 電子相関と配置間相互作用(櫻井 実) 29 |
| 3 分子軌道計算の実行 32 |
| 3.1 分子軌道計算 の入力データと出力結果(浅川直紀) 32 |
| 3.2 WinMOPACによる入力データの作成(浅川直紀) 34 |
| 3.3 構造最適化(櫻井 実) 35 |
| 3.4 振動スペクトル(櫻井 実) 39 |
| 3.5 化学反応(櫻井 実) 42 |
| 3.6 電荷分布解析(櫻井 実) 44 |
| 3.7 静電ポテンシャル(櫻井 実) 47 |
| 3.8 フロンティア軌道と化学反応(櫻井 実) 48 |
| 3.9 吸収スペクトルの計算(櫻井 実) 49 |
| 3.10 溶媒効果の計算(櫻井 実) 52 |
| 4 分子力学計算(吉江尚子) 55 |
| 4.1 分子力学の原理 55 |
| 4.2 分子力学計算の実行 63 |
| 5 モンテカルロ計算(櫻井 実) 69 |
| 5.1 モンテカルロ法とは 69 |
| 5.2 アンサンブルと力学量 72 |
| 5.3 モンテカルロ法の適用 73 |
| 5.4 メトロポリスのアルゴリズム 74 |
| 5.5 アニーリング法と蛋白質の立体構造予測 78 |
| 6 分子動力学計算(櫻井 実)82 |
| 6.1 分子動力学計算の概要 82 |
| 6.2 周期境界条件 85 |
| 6.3 数値積分の方法 86 |
| 6.4 力の計算 87 |
| 6.5 温度と圧力の制御 89 |
| 6.6 拘束条件をもつ分子動力学計算 91 |
| 6.7 自由エネルギー計算 93 |
| 6.8 水分子のポテンシャル 96 |
| 6.9 さらに進んだ方法について 97 |
| 7 分子動力学計算の実行 100 |
| 7.1 WinMASPHYCによる分子動力学計算の実際(浅川直紀) 100 |
| 7.2 物理化学的性質の評価(櫻井 実) 105 |
| 付録A 演習問題の解答(3章のみ) 111 |
| コラム |
| 変分法(櫻井 実) 5 |
| 量子化学計算で用いる単位(櫻井 実) 12 |
| 半経験的分子軌道法の歴史(櫻井 実) 28 |
| 密度汎関数理論(川内 進) 31 |
| レチナール蛋白質の吸収スペクトル(櫻井 実) 51 |
| 二面角の定義(吉江尚子) 58 |
| 力場パラメターの決定法(吉江尚子) 61 |
| ボルツマン分布(吉江尚子) 63 |
| 乱数(高橋 治) 70 |
| 遺伝的アルゴリズム(高橋 治) 81 |
| 分子動力学計算による蛋白質の折れたたみ経路(櫻井 実) 110 |
| 索引 113 |
