| 第1巻 全タンパク質の解析 |
| 第1章 プロテオーム解析: 基礎 1 |
| 1.1 タンパク質の基本実験法 村松 壽子, 村松 喬 1 |
| 1.1.1 SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動 (SDS-PAGE) 2 |
| 1.1.2 ウェスタンブロット法 5 |
| 1.1.3 ゲル内トリプシン消化法とHPLC 9 |
| 1.2 プロテオーム解析に用いる基本実験, 基本操作― 二次元電気泳動, 質量分析 松八重雅美, 奥村宣明, 永井克也, 高尾敏文 13 |
| 1.2.1 試料の調製 14 |
| 1.2.2 質量分析 19 |
| 1.2.3 データ解析 21 |
| 1.3 プロテインチップを用いる解析 有國 尚, 志和美重子 27 |
| 1.3.1 プロテインチップシステムの原理と特徴 27 |
| 1.3.2 プロテインチップを用いた発現解析実験法 28 |
| 1.3.3 プロテインチップを用いたバイオマーカー探索法 31 |
| 1.3.4 臨床 (クリニカル) プロテオミクス 38 |
| 1.4 DNA マイクロアレイチップを用いる発現プロファイリング 油谷浩幸, 岡 裕之, 目黒裕子 41 |
| 1.4.1 DNAチップの作製 42 |
| 1.4.2 検出法 44 |
| 第2章 プロテオーム解析: 発現変化の解析 64 |
| 2.1 特定細胞, 臓器タンパク質の網羅的解析 平野 久 64 |
| 2.1.1 電気泳動によるプロファイリング 64 |
| 2.1.2 ショットガン法によるプロファイリング 79 |
| 2.1.3 タンパク質機能の網羅的解析 81 |
| 2.1.4 プロテオームインフォマティクス 83 |
| 2.2 修飾タンパク質の網羅的解析 谷口寿章, 村田康信, 山内英美子 84 |
| 2.2.1 タンパク質翻訳後修飾とその解析 84 |
| 2.2.2 質量分析法による翻訳後修飾の解析の流れ 88 |
| 2.2.3 質量分析法による翻訳後修飾の解析の原理 89 |
| 2.2.4 リン酸化タンパク質・ペプチドの濃縮法とその原理 91 |
| 2.3 タンパク質の動態の網羅的解析 高橋信弘, 柳田光昭 104 |
| 2.3.1 発現タンパク質の動態解析の必要性 105 |
| 2.3.2 細胞内局在タンパク質の網羅的解析 106 |
| 2.3.3 刺激応答に伴うタンパク質の動態解析 109 |
| 2.4 病態に伴うタンパク質の網羅的解析 116 |
| 2.4.1 がん関連タンパク質の解析法 日和佐隆樹 116 |
| 2.4.2 老化 戸田 年総 128 |
| 第3章 タンパク質の構造・機能予測とバイオインフォマティクス 134 |
| 3.1 おもなタンパク質のデータベース 池田和由, 肥後順一 134 |
| 3.1.1 基本データベース: PIR と PDB 136 |
| 3.1.2 二次的データベース 137 |
| 3.1.3 まとめ 143 |
| 3.2 相同配列比較解析による構造・機能情報の抽出 藤 博幸, 富井健太郎 145 |
| 3.2.1 スコアテーブル 145 |
| 3.2.2 動的計画法によるペアワイズアラインメント 147 |
| 3.2.3 FASTA と BLAST 152 |
| 3.2.4 モチーフ検索からホモロジープロファイル 158 |
| 3.2.5 BLAST の展開. PSI-BLAST, PHI-BLAST, IMPALA 163 |
| 3.3 立体構造予測 西川 建 168 |
| 3.3.1 3D-1D法 168 |
| 3.3.2 予測法の客観評価 170 |
| 3.3.3 PSI-BLAST法 170 |
| 3.3.4 アブイニシオ法 173 |
| 3.3.5 究極の立体構造予測 175 |
| 3.4 タンパク質ファミリーの同定 大島泰郎, 横堀伸一 177 |
| 3.4.1 タンパク質分子の分類学 177 |
| 3.4.2 分子の進化 177 |
| 3.4.3 IPMDHとそのファミリータンパク質の系統解析 178 |
| 3.5 バイオインフォマティクスと創薬 片岡良一, 後藤純一 191 |
| 3.5.1 ホモロジーモデリングによるタンパク質立体構造の構築 192 |
| 3.5.2 活性部分の検索 196 |
| 3.5.3 結合部位へのドッキング 197 |
| 3.5.4 薬物動態 200 |
| 索引 203 |
| 第1巻 全タンパク質の解析 |
| 第1章 プロテオーム解析: 基礎 1 |
| 1.1 タンパク質の基本実験法 村松 壽子, 村松 喬 1 |
| 1.1.1 SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動 (SDS-PAGE) 2 |
| 1.1.2 ウェスタンブロット法 5 |
| 1.1.3 ゲル内トリプシン消化法とHPLC 9 |
