| 座談会 コンピュータ・シミレーションはどこまで生体系に迫れるか 岡本祐幸・米田照代・岡崎進(進行役) 1 |
| Ⅰ部 生体系のコンピュータ・シミレーション手法 |
| 1章 巨大システムの取り扱い 岡崎進 14 |
| 2章 拡張アンサンブルの方法 岡本祐幸 25 |
| 3章 分子シミュレーション用ソフトウェアの開発とその利用 古明地勇人 43 |
| 4章 分子動力学シミュレーションの並列計算 清水謙多郎・中村周吾 50 |
| 5章 分子動力学専用計算機の開発 戎崎俊一 63 |
| Ⅱ部 タンパク質のコンピュータ・シミュレーション |
| 6章 タンパク質をめぐる疑問とシミュレーション 笹井理生 76 |
| 7章 全原子模型のタンパク質のフォールディング 岡本祐幸 84 |
| 8章 タンパク質の立体構造予測 高田彰二 98 |
| 9章 ゲノム情報解析への応用 西川建 110 |
| 10章 水中でのペプチド・タンパク質の自由エネルギー地形 小野聡・中村春木 118 |
| 11章 タンパク質の水和と構造安定性 木下正弘 131 |
| 12章 タンパク質のダイナミクス 北尾彰朗 140 |
| 13章 タンパク質の熱安定性の計算ができるまで 斎藤稔 149 |
| 14章 タンパク質・核酸複合体 皿井明倫 160 |
| Ⅲ部 生体膜のコンピュータ・シミュレーション |
| 15章 脂質二重層膜 岡崎進 168 |
| 16章 生理活性分子と脂質膜 岡崎進 178 |
| 17章 イオンポンプ能動輸送 池口満徳・木寺詔紀 186 |
| 18章 イオンチャンネル受動輸送 篠田渉・三上益弘 196 |
| Ⅳ部 創薬など応用研究をめざしたコンピュータ・シミュレーション |
| 19章 分子シミュレーションによる物質の生体膜透過性の予測は可能か? 高岡雄司・宮川博夫・北村一泰 210 |
| 20章 ドッキングシミュレーションの創薬への応用 砂田真志 217 |
| 21章 低分子・ペプチドからの創薬 中馬寛・小田晃司 223 |
| 22章 オーダーメイド酵素創製をめざした分子設計 守川壮一・中井孝尚 234 |
| 23章 薬物設計の標的タンパク質とリガンドの自動ドッキング 米田照代 243 |
| 用語解説 251 |
| 索引 257 |
| 座談会 コンピュータ・シミレーションはどこまで生体系に迫れるか 岡本祐幸・米田照代・岡崎進(進行役) 1 |
| Ⅰ部 生体系のコンピュータ・シミレーション手法 |
| 1章 巨大システムの取り扱い 岡崎進 14 |
| 2章 拡張アンサンブルの方法 岡本祐幸 25 |
| 3章 分子シミュレーション用ソフトウェアの開発とその利用 古明地勇人 43 |
| 4章 分子動力学シミュレーションの並列計算 清水謙多郎・中村周吾 50 |
