| 序章 |
| 1. DNAポリメラーゼと関連酵素 |
| 1.1 DNAポリメラーゼとは 7 |
| 1.2 細菌のDNAポリメラーゼ 8 |
| 1.2.1 大腸菌DNAポリメラーゼ I 8 |
| 1.2.2 大腸菌DNAポリメラーゼ II 11 |
| 1.2.3 大腸菌DNAポリメラーゼ III ホロ酵素 11 |
| 1.2.4 大腸菌DNAポリメラーゼ IV および V 14 |
| 1.2.5 ほかの細菌ポリメラーゼ 15 |
| 1.3 ファージのDNAポリメラーゼ 16 |
| 1.3.1 T4DNAポリメラーゼ 16 |
| 1.3.2 T7およびT5DNAポリメラーゼ 18 |
| 1.4 真核生物のDNAポリメラーゼ 18 |
| 1.4.1 DNAポリメラーゼα(I) 19 |
| 1.4.2 DNAポリメラーゼδ(III) 20 |
| 1.4.3 DNAポリメラーゼε(II) 21 |
| 1.4.4 DNAポリメラーゼβ 21 |
| 1.4.5 DNAポリメラーゼγ 21 |
| 1.4.6 DNAポリメラーゼζ,η,θ(k),ι 21 |
| 1.5 動物ウイルスのDNAポリメラーゼ 22 |
| 1.5.1 アデノウイルスDNAポリメラーゼ 22 |
| 1.5.2 ほかのウイルスのDNAポリメラーゼ 23 |
| 1.6 テロメラーゼ 24 |
| 1.7 逆転写酵素 26 |
| 1.7.1 レトロウイルスの逆転写酵素 26 |
| 1.7.2 真核細胞におけるほかの逆転写酵素 28 |
| 1.7.3 原核細胞の逆転写酵素 29 |
| 1.8 末端デオキシリボヌクレオチジルトランスフェラーゼ 30 |
| 1.8.1 末端転移酵素の特性 30 |
| 1.8.2 末端転移酵素の応用 30 |
| 1.9 各種DNAポリメラーゼの構造科学的共通性 31 |
| 2. RNAポリメラーゼと関連酵素 |
| 2.1 RNAポリメラーゼとは 33 |
| 2.2 細菌のRNAポリメラーゼ 33 |
| 2.2.1 大腸菌RNAポリメラーゼ 34 |
| 2.2.2 枯草菌RNAポリメラーゼ 39 |
| 2.3 ファージのRNAポリメラーゼ 40 |
| 2.4 真核生物のRNAポリメラーゼ 42 |
| 2.4.1 RNAポリメラーゼ I 43 |
| 2.4.2 RNAポリメラーゼ II 45 |
| 2.4.3 RNAポリメラーゼ III 48 |
| 2.4.4 細胞小器官のRNAポリメラーゼ 50 |
| 2.5 プラマーRNAポリメラーゼ（プライマーゼ） 51 |
| 2.6 RNAレプリカーゼ 52 |
| 2.7 ポリ A ポリメラーゼ 55 |
| 2.8 tRNAヌクレジルトランスフェラーゼ 56 |
| 2.9 ポリヌクレオチドホスホリラーゼ 57 |
| 3. リガーゼ |
| 3.1 リガーゼとは 59 |
| 3.2 DNAリガーゼ 59 |
| 3.2.1 細菌およびファージのDNAリガーゼ 60 |
| 3.2.2 真核生物およびウイルスのDNAリガーゼ 64 |
| 3.3 RNAリガーゼ 67 |
| 3.3.1 T4RNAリガーゼ 67 |
| 3.3.2 酵母のRNAリガーゼ 68 |
| 3.3.3 動物細胞のRNAリガーゼ 69 |
| 3.4 各種リガーゼの活性部位の構造的・反応機構的共通性 70 |
| 4. 核酸分解・切断酵素と関連酵素 |
| 4.1 部位非特異的デオキシリボヌクレーゼ 72 |
| 4.1.1 5'-リン酸基生成型エキソデオキシリボヌクレアーゼ 72 |
| 4.1.2 5'-リン酸基生成型エンドデオキシリボヌクレアーゼ 78 |
| 4.1.3 3'-リン酸基生成型エンドデオキシリボヌクレアーゼ 83 |
| 4.2 制限酵素 83 |
| 4.2.1 制限修飾系と制限酵素の発見 83 |
| 4.2.2 制限酵素の種類と特異性 84 |
| 4.3 遺伝的組換えあるいは転移などにかかる部位特異的エンドデオキシリボヌクレアーゼ 93 |
| 4.3.1 大腸菌RecBCDヌクレアーゼ 93 |
| 4.3.2 ホーミングエンドヌクレアーゼ 96 |
| 4.3.3 Tn3トランスポゼース 105 |
| 4.3.4 Muファージのトランスポゼース 107 |
| 4.3.5 レトロウイルスのエンドヌクレアーゼ 108 |
| 4.3.6 大腸菌ファージλターミナーゼ 109 |
| 4.4 損傷あるいは不正塩基対合部位特性的エンドデオキシリボヌクレアーゼ 109 |
| 4.4.1 細菌およびファージの酵素 110 |
| 4.4.2 真核生物由来のUVエンドヌクレアーゼ 112 |
| 4.4.3 不正対号修復酵素系 112 |
| 4.5 APエンドヌクレアーゼ 114 |
| 4.5.1 細菌およびファージのAPエンドヌクレアーゼ 115 |
| 4.5.2 真核細胞および他のAPエンドヌクレアーゼ 118 |
| 4.6 リボヌクレアーゼとリボザイム 119 |
| 4.6.1 エキソリボヌクレアーゼ 119 |
| 4.6.2 エンドリボヌクレアーゼ 121 |
| 4.6.3 リボザイム 128 |
| 4.7 ヌクレアーゼおよび関連酵素 131 |
| 4.7.1 一本鎖核酸に特異性を示すヌクレアーゼ 131 |
| 4.7.2 一本鎖核酸と二本鎖核酸の両方を分解するヌクレアーゼ 135 |
| 4.7.3 ホスホジエステラーゼ 136 |
| 5. DNAトポイソメラーゼと関連酵素 |
| 5.1 DNAトポイソマー 139 |
| 5.1.1 超らせんDNA 139 |
| 5.1.2 連環状DNAおよび結び目環状DNA 141 |
| 5.2 DNAトポイソメラーゼの種類と特性 142 |
| 5.2.1 I型DNAトポイソメラーゼ 142 |
| 5.2.2 II型DNAトポイソメラーゼ 147 |
| 5.3 DNAトポイソメラーゼの生理・生物学的機能 154 |
| 5.3.1 複製におけるトポイソメラーゼ 154 |
| 5.3.2 転写におけるトポイソメラーゼ 155 |
| 5.3.3 組換えとゲノム安定性におけるトポイソメラーゼ 157 |
| 5.3.4 染色体構造の構築，染色体凝集と有糸分裂，染色体分配におけるトポイソメラーゼ 158 |
| 5.3.5 トポイソメラーゼの期待される新奇な機能 158 |
| 5.4 DNAトポイソメラーゼに関連する酵素 160 |
| 5.4.1 λインテグラーゼ 160 |
| 5.4.2 Tn3リゾルベース 162 |
| 5.4.3 大腸菌一本鎖DNAファージ複製開始・終結タンパク質 163 |
| 5.4.4 サルモネラ菌のHinタンパク質（インベルターゼ） 165 |
| 5.4.5 大腸菌MuファージのGinタンパク質（インベルターゼ） 166 |
| 5.4.6 S. cereviviae 2μプラスミドのFLP組換え酵素（フリッパーゼ） 167 |
| 6. ヘリカーゼ |
| 6.1 六量体型DNAヘリカーゼ 171 |
| 6.1.1 大腸菌DnaB 172 |
| 6.1.2 大腸菌RuvB 172 |
| 6.1.3 T7遺伝子4産物 175 |
| 6.1.4 T4遺伝子41産物 175 |
| 6.1.5 SV40T抗原 175 |
| 6.2 非六量体型および他のDNAヘリカーゼ瑠衣 176 |
| 6.2.1 大腸菌UvrD（ヘリカーゼII），UvrA2B 176 |
| 6.2.2 DEXXボックス型DNAヘリカーゼ 177 |
| 6.2.3 大腸菌PriA 178 |
| 6.2.4 大腸菌RecBCD 179 |
| 6.2.5 大腸菌RecQおよびその類縁酵素 179 |
| 6.2.6 大腸菌TraI（ヘリカーゼI） 181 |
| 6.2.7 HeLaヘリカーゼ 181 |
| 6.2.8 HSV1の複製起点結合タンパク質（UL9）およびHSV1ヘリカーゼ／プライマーゼ 181 |
| 6.3 （DNA－RNA＋RNA）ヘリカーゼ 182 |
| 6.4 RNAヘリカーゼ 182 |
| 6.4.1 真核生物細胞質eIF-4A（DEADボックス型） 183 |
| 6.4.2 ヒト細胞核内タンパク質p68（DEADボックス型） 185 |
| 6.4.3 大腸菌RhlB（DEADボックス型） 185 |
| 6.4.4 RNAヘリカーゼCI（DEXHボックス型） 185 |
| 6.4.5 RNAヘリカーゼ活性が予想されるタンパク質 186 |
| 7. メチラーゼ |
| 7.1 DNAメチラーゼ 187 |
| 7.1.1 原核生物（細菌）のDNAメチラーゼ 189 |
| 7.1.2 真核生物（細菌）のDNAメチラーゼ 191 |
| 7.2 DNAメチラーゼおよびmRNAキャップ生合成酵素 196 |
| 7.2.1 tRNA（rRNA）メチラーゼ 196 |
| 7.2.2 mRNAのキャップ構造の生合成にかかわる酵素系 198 |
| 8. その他の核酸関連酵素類 |
| 8.1 アミノアシルtRNA合成酵素 204 |
| 8.2 tRNA-グアニントランスグリコシラーゼ 206 |
| 8.3 光回復酵素 208 |
| 8.4 DNAグリコシラーゼとDNA塩基挿入酵素 209 |
| 8.4.1 DNAグリコシラーゼ 209 |
| 8.4.2 DNA塩基挿入酵素 210 |
| 8.5 ポリヌクレオチドキナーゼとホスファターゼ 211 |
| 8.5.1 ポリヌクレオチドキナーゼ 211 |
| 8.5.2 ホスファターゼ 211 |
| 参考文献 213 |
| 索引 215 |
