| プロローグ 祖先からのイコン－躍動する「生命の樹」 |
| 1 あれは偶然のことだったのか… 13 |
| 2 進化的思考－生物を遍く照らす光として 15 |
| 3 系統樹思考－「樹」は知の世界をまたぐ 19 |
| 4 メビウスの輪－さて、これから彷徨いましょうか… 28 |
| 第1章 「歴史」としての系統樹－科学の対象としての歴史の復権 33 |
| 1 歴史はしょせん闇の中なのか？ 35 |
| 多様性をいかに体系化するか |
| 典型的な自然科学の五基準 |
| 歴史は科学ではない？ |
| 科学の基準そのものを変える |
| 歴史を論じる科学は可能か？ |
| 1 科学と科学哲学を隔てる壁、科学と科学を隔てる壁 48 |
| 「科学の基準」は一枚岩ではない |
| 「学問分類」と「学問系譜」とは異なる |
| ローカルな科学哲学を求めて |
| 2 アブダクション：真実なき探索－歪んだガラスを覗きこむ 55 |
| 仮説の「真偽」は必ずしも判定できない |
| 推論様式としての「演繹」と「帰納」 |
| データに照らして仮説を選ぶ |
| 第三の推論様式－アブダクション |
| 3 タイプとトークン－歴史の「物語」もまた経験的にテストされる |
| ダーウィンはどんな本を読んでいたか |
| 「物語」としての説明 |
| 歴史はレトリックにすぎない？ |
| タイプとトークン |
| 天文物理学にも物語的説明はある |
| あれも科学、これも科学… |
| 第2章 「言葉」としての系統樹－もの言うグラフ、唄うネットワーク 83 |
| 1 学問を分類する－図像学から見るルルスからデカルトまで 85 |
| 絶対的な学問分類はない |
| 図形言語としての「鎖」と「樹」 |
| げにおそるべきは分類なり |
| 2 「古因学」－過去のできごととその因果を探る学 95 |
| “歴史”研究の共通の方法論 |
| ヒューウェルの「古因学」 |
| 3 体系学的比較法：その地下水脈の再発見－写本、言語、生物、遺物、民族… 104 |
| 歴史推定のための「比較法」 |
| 比較文献学から比較言語学へ |
| 時間的変化と空間的変化 |
| 4 「系統樹革命」－分類思考と系統樹思考、類型思考と集団思考 113 |
| 現代生物学がもたらした“思考法の変革” |
| ブンゾウ・ハヤタの動的分類学 |
| 生きている科学理論とその系譜 |
| 系統樹思考と分類思考 |
| 系統樹革命のルーツ |
| 社会生物学論争における科学観の対立 |
| インテルメッツォ 系統樹をめぐるエピソード二題 131 |
| 1 高校生が描いた系統樹－あるサイエンス･スクールでの体験 |
| 系統推進論への参道 |
| 系統樹を描く高校生 |
| 素朴な系統樹イメージ |
| 2 系統樹をとりまく科学の状況－科学者は「真空」では生きられない |
| 科学とは科学者がしていることである |
| 生物体系学の三学派 |
| 「舞台上」で－スポットライトを浴びるマイアー、ヘニック、ソーカル |
| 「舞台裏」で－重なるレイヤー、絡まるネットワーク |
| マイアーのもくろみ |
| 実はすれちがっていただけ？ |
| 第3章 「推論」としての系統樹－推定・比較・検証 161 |
| 1 ベストの系統樹を推定する－樹形・祖先・類似性 |
| ベストの系統樹をどう見つけるか |
| 系統推定の手順 |
| 2 グラフとしての系統樹－点・辺・根 168 |
| 無根系統樹と有根系統樹 |
| 祖先子孫関係は原理的に不可知である |
| データ＝ある形質の形質状態 |
| 3 アブダクション、再び－役に立つ論証ツールとして 176 |
| AI研究がアブダクションを磨いた |
| はてしない推論連鎖 |
| 4 シンプル・イズ・ベスト－「単純性」の美徳と悪徳 |
| 目指すは“最良”の説明 |
| 伝言ゲームでまちがって伝えたのは誰？ |
| 写本系図のつくり方 |
| 人間の基本的な思考形態に文理の区別なし |
| 5 なぜその系統樹を選ぶのか－真実なき世界での科学的推論とは？ |
| 可能な系統樹の集合 |
| 最適化基準のもとでベストを決める |
| 乗り終えられない計算上の「壁」 |
| しらみつぶしは無理 |
| 発見的探索 |
| 「系統樹の科学」に求められること |
| 第4章 系統樹の根は広がり続ける 209 |
| 1 ある系統樹的転回－私的回顧 211 |
| “本を学ぶ”、“本で学ぶ”／読む以前に門前払い、そして… |
| 2 図形言語としての系統樹 217 |
| ガレス・ネルソンのもたらしたもの |
| 系統樹の数学 |
| 3 系統発生のモデル化に向けて 233 |
| ウェットな系統樹からドライな系統樹へ |
| モデルとしての系統樹 |
| 系統推定のゆくえ |
| 4 高次系統樹－ネットワーク・ジャングル・スーパーツリー 232 |
| ツリーは表現力に乏しい？ |
| ツリーか、ネットワークか |
| ネットワーク推進の難しさ |
| 共進化の問題を系統ジャングルで解く |
| 系統スーパーツリーへ、さらにその先へ |
| エピローグ 万物は系統のもとに－クオ・ヴァディス？ 251 |
| 1 系統樹の木の下で－消えるものと残るもの 253 |
| 2 形而上学アゲイン－「種」論争の教訓、そして内面的葛藤 257 |
| 3 系統樹リテラシーと「壁」の崩壊 261 |
| 4 大団円－おあとがよろしいようで… 263 |
| あとがき 267 |
| さらに知りたい人のための極私的文献リスト 291 |
| 索引 294 |
| プロローグ 祖先からのイコン－躍動する「生命の樹」 |
| 1 あれは偶然のことだったのか… 13 |
| 2 進化的思考－生物を遍く照らす光として 15 |
| 3 系統樹思考－「樹」は知の世界をまたぐ 19 |
| 4 メビウスの輪－さて、これから彷徨いましょうか… 28 |
| 第1章 「歴史」としての系統樹－科学の対象としての歴史の復権 33 |
