| 第1部 初級編 |
| 第1章 Perl入門 2 |
| 1.1 Perlインタープリタ 2 |
| 1.2 最初のPerlプログラム 3 |
| 1.3 Perlインタープリタはどのように動くか 5 |
| 練習問題 7 |
| 第2章 変数とデータ型 9 |
| 2.1 Perl変数 9 |
| 2.2 スカラ変数 10 |
| 2.3 演算 14 |
| 2.4 展開とエスケープ 16 |
| 2.5 変数定義 20 |
| 2.6 特殊変数 21 |
| 練習問題 22 |
| プログラミングチャレンジ 23 |
| 第3章 配列とハッシュ 24 |
| 3.1 配列 24 |
| 3.3 配列の操作 27 |
| 3.4 ハッシュ 35 |
| 3.5 ハッシュの保守 38 |
| 練習問題 40 |
| プログラミングチャレンジ 40 |
| 第4章 制御構造 41 |
| 4.1 比較 42 |
| 4.2 選択 44 |
| 4.3 ループ 49 |
| 4.4 不定ループ 55 |
| 4.5 ループの終了 58 |
| 練習問題 61 |
| プログラミングチャレンジ 62 |
| 第2部 中級編 |
| 第5章 サブルーチン 64 |
| 5.1 サブルーチンの作成 64 |
| 5.2 引数 65 |
| 5.3 return 67 |
| 5.4 スコープ 69 |
| 5.5 引数の参照渡し 73 |
| 5.6 sortサブルーチン 75 |
| 練習問題 77 |
| プログラミングチャレンジ 78 |
| 第6章 文字列操作 79 |
| 6.1 配列の文字列操作 79 |
| 6.2 正規表現 83 |
| 6.3 パタン 88 |
| 練習問題 93 |
| プログラミングチャレンジ 93 |
| 第7章 入力と出力 94 |
| 7.1 プログラムパラメータ 94 |
| 7.2 ファイルI/O 96 |
| 7.3 プロセス間通信 104 |
| 練習問題 111 |
| プログラミングチャレンジ 111 |
| 第8章 Perlモジュールとパッケージ 112 |
| 8.1 モジュール 112 |
| 8.2 パッケージ 115 |
| 8.3 パッケージとモジュールの結合 117 |
| 8.4 収録されているモジュール 118 |
| 8.5 CPAN 123 |
| 練習問題 133 |
| プログラミングチャレンジ 134 |
| 第3部 上級編 |
| 第9章 リファレンス 136 |
| 9.1 リファレンスの作成 136 |
| 9.2 ref関数 138 |
| 9.3 無名リファレンス 139 |
| 9.4 テーブル 140 |
| 練習問題 142 |
| プログラミングチャレンジ 142 |
| 第10章 オブジェクト指向プログラミング 143 |
| 10.1 オブジェクト入門 143 |
| 10.2 Perlオブジェクト 147 |
| 練習問題 159 |
| プログラミングチャレンジ 159 |
| 第11章 Bioperl 160 |
| 11.1 Sequences 161 |
| 11.2 SeqFeature 162 |
| 11.3 アノテーション 164 |
| 11.4 Sequence I/O 165 |
| 11.5 Cool Tools 167 |
| 11.6 Bioperlプログラムの例 169 |
| 練習問題 179 |
| プログラミングチャレンジ 179 |
| 付録A Perl言語の部分的参照リスト 181 |
| 付録B バイオインフォマティクスのファイルフォーマット 183 |
| 訳者あとがき 207 |
| 索引 209 |
| 第1部 初級編 |
| 第1章 Perl入門 2 |
| 1.1 Perlインタープリタ 2 |
| 1.2 最初のPerlプログラム 3 |
| 1.3 Perlインタープリタはどのように動くか 5 |
| 練習問題 7 |
