| 基本的実験編 |
| 1章 試験管内の実験 青柳一彦 |
| 1-1 遺伝子の増幅方法 2 |
| DNAの増幅（PCR法） 2 |
| RNAの増幅（IVT） 4 |
| 1-2 遺伝子組換え 7 |
| プラスミドベクターヘの組換え 7 |
| ウイルスベクターヘの組換え 9 |
| 遺伝子への変異・欠失の導入 12 |
| 大腸菌への遺伝子導入 14 |
| プラスミドの増幅と精製 17 |
| ウイルスの増幅と精製 19 |
| column ウイルスからの贈り物 21 |
| 1-3 タンパク質の合成と精製 22 |
| in vilto タンパク質合成と精製 22 |
| 大腸菌内でのタンパク質合成 24 |
| 動物細胞でのタンパク質合成と精製 25 |
| 1-4 分子間の相互作用を知る 28 |
| タンパク質-タンパク質相互作用 28 |
| column Dr.キャリー・マリスをご存知ですか？ 30 |
| 1-5 遺伝子、タンパク質の標識方法 30 |
| 核酸の標識 30 |
| タンパク質の標識 32 |
| 1-6 遺伝子の構造解析 35 |
| 塩基配列の決定 35 |
| column 2つのDNAシークエンス法 37 |
| 変異，多型の同定 38 |
| 欠失，増幅の同定（サザンプロット解析，アレイCGH解析） 40 |
| 解説 いろいろなDNA，RNAの表記 43 |
| 解説 定量性と再現性 44 |
| 解説 滅菌と遠心操作について 45 |
| 2章 細胞レベルの実験 佐々木博巳・河府和義 |
| 2-1 DNA、タンパク質の抽出・精製 46 |
| DNAの抽出，精製 46 |
| タンパク質の抽出，精製 48 |
| 2-2 mRNAの発現量を知る 50 |
| ノーザンハイブリダイゼーション 50 |
| Reverse transcription（RT）-PCR 52 |
| 定量的リアルタイムRT-PCR 54 |
| DNAマイクロアレイ（チップ）解析 57 |
| 2-3 タンパク質の発現量を知る 59 |
| 抗体の作製 59 |
| ウエスタンプロット解析 61 |
| 免疫沈降法 63 |
| ELISA 65 |
| colume モノクローナル抗体の作製には細胞融合が必要 66 |
| 2-4 タンパク質の局在性を知る 67 |
| 免疫細胞染色 67 |
| 蛍光タンパク質GFP（green fluorescent protein）を使う方法 68 |
| 分画ウエスタンプロット 70 |
| 2-5 タンパク質‐DNA複合体を知る 71 |
| ゲルシフトアッセイ 71 |
| フットプリント法 73 |
| クロマチン免疫沈降法（ChIP法） 75 |
| Two-hybrid法 77 |
| UVクロスリンク法 79 |
| 表面プラズモン共鳴法 79 |
| サウスウエスタン法 80 |
| ファーウエスタン法 80 |
| 2-6 タンパク質の修飾を知る 81 |
| 糖鎖付加，リン酸化，ユビキチン化，アセチル化，メチル化，脂質修飾 81 |
| 2-7 転写開始点を決定する 83 |
| プライマー伸長法（5'RACE） 83 |
| Slマッピング 85 |
| RNaseプロテクションアッセイ 86 |
| 2-8 DNAのメチル化を知る 86 |
| メチル化依存性制限酵素切断法 86 |
| バイサルファイトシークエンス 88 |
| メチル化特異的PCR 89 |
| メチル化マイクロアレイ 90 |
| 2-9 遺伝子導入法 92 |
| いろいろな遺伝子導入法と利用法 92 |
| リボフェクション法 94 |
| エレクトロボレーション法 95 |
| ウイルスベクターによる方法 96 |
| 2-10 遺伝子のノックダウンとノックイン法 98 |
| RNA干渉法とアンチセンス法 98 |
| column RNAi と miRNAの発見，どちらが重要か 100 |
| 発現ベクターによるcDNA導入 101 |
| 2-11 遺伝子プロモーター活性の測定 102 |
| レポーターアッセイ 102 |
| in vitro 転写 104 |
| 2-12 特定の細胞集団の分離 106 |
| 免疫磁気ビーズ法による細胞分離 106 |
| フローサイトメトリー解析 108 |
| 2-13 細胞周期の観察 110 |
| 細胞の同調培養 110 |
| フローサイトメトリー（FCM）による細胞周期解析法 112 |
| 2-14 アポトーシスの観察 114 |
| DNAラダーの観察 114 |
| 発色法（TUNEL法）115 |
| カスパーゼ3/7活性の測定 117 |
| Annexin V 発現細胞の測定 118 |
| 2-15 細胞の増殖、腫瘍形成能の観察 119 |
| 血球計算盤による細胞数の測定 119 |
| 酵素活性を指標とした生・死細胞数の測定 120 |
| コロニー形成能を調べる 121 |
| 足場非依存性増殖能を調べる 122 |
| 腫瘍形成能を調べる 123 |
| 2-16 細胞移動・浸潤能力を知る 125 |
| 創傷治癒（ウントヒーリング）アッセイ 125 |
| マトリゲルインベージョンアッセイ 126 |
| 解説 抗原抗体反応 128 |
| 解説 いろいろな電気泳動 129 |
| 3章 組織レベルの実験 壇上稲穂 |
| 3-1 組織標本の作製 130 |
| 組織標本の作製法 130 |
| 3-2 特定mRNAの発現細胞を知る 133 |
| in situ ハイブリダイゼーション（ISH）133 |
| 3-3 特定タンパク質の発現細胞を知る 135 |
| 免疫組織染色 135 |
| 3-4 増殖、細胞構成を知る 138 |
| アポトーシス細胞の染色法 138 |
| 増殖細胞の染色 141 |
| 3-5 組織構造、細胞構成を知る 143 |
| HE染色（へマトキシリン・エオジン染色） 143 |
| column 大腸菌や枯草菌からの贈り物 144 |
| column なぜヒトゲノムが解読されたか 145 |
| 解説 いろいろな生体反応と実験 146 |
| 4章 組織から細胞への実験 壇上稲穂 |
| 4-1 細胞培養 147 |
| 組織幹細胞 147 |
| 腫傷細胞株の樹立と正常組織由来不死化細胞の樹立 149 |
| 4-2 多能性幹細胞 151 |
| ES細胞 151 |
| iPS細胞 153 |
| ES，iPS細胞の利用法と倫理的問題 154 |
| column モデル生物を勉強しよう 156 |
| co1umn 逆境からのノックアウトマウスの作製 157 |
| 解説 いろいろな培養細胞 158 |
| 5章 個体レベルの実験 壇上稲穂 |
| 5-1 トランスジェニック動物 160 |
| トランスジェニックマウスの作製 160 |
| その他のトランスジェニック動物 162 |
| YAC，PAC，BACトランスジェニックマウス 162 |
| 5-2 遺伝子ターゲティング動物 165 |
| 遺伝子ターゲティングマウスの作製 165 |
| 5-3 個体への細胞移植 167 |
| 癌細胞の移植 167 |
| フィールド別実験編 |
| 1 DNA複製・修復（佐々木） 170 |
| 2 転写調節（河府） 171 |
| 3 転写後調節（河府） 172 |
| 4 信号伝達（佐々木） 173 |
| 5 転写ネットワーク（河府） 174 |
| 6 細胞分裂・周期（佐々木） 175 |
| 7 細胞内外の輸送（壇上） 176 |
| 8 細胞接着と細胞移動（壇上） 178 |
| 9 細胞分化（壇上） 180 |
| 10 発生（河府） 182 |
| 11 アポトーシス（佐々木） 183 |
| 12 体性幹細胞（壇上） 184 |
| 13 胚性・人工多能性幹細胞（壇上） 186 |
| 14 遺伝子改変動物（河府） 188 |
| 15 ゲノム構造解析（壇上） 189 |
| 16 免疫1(免疫系発生)（河府） 190 |
| 17 免疫2(免疫応答能)（河府） 191 |
| 18 癌のゲノム網羅的解析(トランスクリプトームとプロテオーム)とその適用（佐々木） 192 |
| 19 最新の癌研究のハイライト、トピックスのまとめ（佐々木） 193 |
| 20 開拓的研究（佐々木） 194 |
