| まえがき |
| 第1章 目に見えない微生物の世界 1 |
| 1.1 食品と微生物 1 |
| 1.2 人工生態系の微生物 3 |
| 1.3 自然生態系の微生物 8 |
| 1.4 特殊環境下の微生物 11 |
| 第2章 微生物の分類・同定 15 |
| 2.1 微生物の分離培養 15 |
| 2.2 形態的な特徴を利用した微生物の分類・同定 18 |
| 2.3 生理的・化学的特性を利用した微生物の分類・同定 19 |
| 2.4 遺伝子の塩基配列を利用した微生物の分類・同定 23 |
| 2.5 塩基配列を利用した分類・同定の実際 29 |
| 2.6 微生物の自然分類、原核生物における種とは何か 33 |
| 2.7 細菌・古細菌の分類体系 35 |
| 第3章 遺伝子取扱い技術の進歩 39 |
| 3.1 遺伝子組換え技術 39 |
| 3.2 遺伝子増幅技術 41 |
| 3.3 塩基配列解析技術 45 |
| 3.4 塩基配列情報の集積と利用技術 47 |
| 3.5 未培養（未知）微生物に関する情報の集積 52 |
| 第4章 分子生物学的手法を利用した微生物相解析技術 59 |
| 4.1 リボソームRNAアプローチ 60 |
| 4.2 クローンライブラリ法 64 |
| 4.3 DGGE・TGGE・SSCP法 69 |
| 4.4 T-RFLP法 71 |
| 4.5 その他の手法 73 |
| 4.6 微生物の多様性を統計学的にとらえる 75 |
| 第5章 特定の微生物群を定量的に検出するための分子生物学的手法 79 |
| 5.1 抗体を利用した方法 80 |
| 5.2 ドットブロットハイブリダイゼーション法 82 |
| 5.3 FISH法 86 |
| 5.4 DNAマイクロアレイを利用した方法 91 |
| 5.5 rRNA分子を標的とした配列特異的切断法 92 |
| 第6章 特定の微生物群を定量的に検出するための分子生物学的手法（PCR編） 97 |
| 6.1 競合的定量PCR法 98 |
| 6.2 リアルタイム定量的PCR法 99 |
| 6.3 内部標準遺伝子を利用した増幅エンドポイント定量法 102 |
| 6.4 1塩基伸長反応とキャピラリー電気泳動を利用した定量法 103 |
| 6.5 増幅遺伝子量の計測方法 106 |
| 6.6 SNPs検出とrRNA遺伝子検出の類似性 110 |
| 第7章 分子生物学的微生物相解析技術の問題点 119 |
| 7.1 DNA・RNA抽出時の問題点 119 |
| 7.2 PCR増幅時の問題点 122 |
| 7.3 それ以外の問題点 133 |
| 7.4 本当に16S rRNA遺伝子でよいのか？ 135 |
| 7.5 分子系統解析からはそれぞれの微生物群が持つ機能はわからない 137 |
| 第8章 未培養微生物群の機能解析のためのアプローチ 139 |
| 8.1 MAR-FISH法 140 |
| 8.2 SIP法 143 |
| 8.3 in situでの遺伝子・mRNA検出 146 |
| 8.4 メタゲノムアプローチ 148 |
| 8.5 難培養性徴生物を培養する 151 |
| 8.6 今後の課題 154 |
| 付録 157 |
| 付録1 rRNA遺伝子配列の解析と原核生物の分類体系に関連する代表的なウェブサイト 157 |
| 付録2 16S rRNA遺伝子のPCR増幅やrRNA検出の際に使用される代表的なプライマーとプローブ 162 |
| 参考文献 163 |
| あとがき 169 |
| 事項索引 171 |
