| 改訂第3版 序［田村隆明］ |
| 初版 序［田村隆明］ |
| 第1章 実験をはじめるにあたって［田村隆明］ 14 |
| 1 遺伝子実験とは 14 |
| 2 実験を組み立ててみる 14 |
| 3 実験法選択の基準 16 |
| 4 実験の上手な人はどこが違うのか 16 |
| 5 実験材料を準備する 17 |
| 6 遺伝子組換え実験関連法規 18 |
| 第2章 DNA実験の基本［田村隆明］ 21 |
| 1 実験機具，機器 21 |
| 2 溶液 25 |
| [1] 実験で使う水 |
| [2] 準備する溶液 |
| [3] 溶液の作り方 |
| 3 濃度と単位 26 |
| 4 滅菌操作 27 |
| 5 DNAの取扱い 31 |
| [1] 一般的な注意点 |
| [2] DNAを溶かす溶液 |
| 6 DNAの検出と定量 33 |
| [1] DNAの紫外線吸収能 |
| [2] 分光光度計 |
| [3] エチジウムブロマイド |
| 7 DNAの濃縮 35 |
| 7-1 エタノール沈殿 35 |
| 7-2 イソプロパノール沈殿 37 |
| 7-3 有機溶媒で濃縮する 37 |
| 8 DNAの精製 38 |
| 8-1 フェノール抽出 38 |
| [1] Tris/フェノールの調製 |
| [2] フェノール抽出の実際 |
| 8-2 フェノール/クロロホルム抽出 40 |
| 8-3 DEAE－セルロース 40 |
| 8-4 ゲル濾過 41 |
| 第3章 大腸菌の取扱い［田村隆明］ 43 |
| 1 はじめに 43 |
| 2 大腸菌について 43 |
| [1] 大腸菌とは |
| [2] 大腸菌の遺伝子型と菌株 |
| 3 培養の準備 45 |
| [1] 培地の種類 |
| [2] 培地添加物 |
| [3] 培養容器 |
| [4] インキュベーターとシェーカー |
| [5] 滅菌と殺菌 |
| [6] 植菌器具 |
| [7] 実験台のセットアップ |
| 4 培地の作製 56 |
| [1] 培地の基礎知識 |
| [2] LB培地の作製 |
| [3] LBプレートの作製 |
| [4] M9培地の作製 |
| 5 いろいろな培養法 64 |
| 5-1 液体培地での培養 64 |
| [1] 少量培養 |
| [2] 大量培養 |
| 5-2 プレート培養 67 |
| [1] 培地の乾燥 |
| [2] 画線培養 |
| [3] 塗り広げ培養 |
| [4] 注ぎ込み培養 |
| [5] マスタープレート作製 |
| [6] スポット培養 |
| 5-3 大腸菌の増殖 72 |
| 5-4 培養後の後処理 73 |
| 6 菌株の保存と輸送 73 |
| [1] プレート保存 |
| [2] グリセロールストック |
| [3] スタブ保存 |
| [4] 凍結乾燥法 |
| [5] 輸送方法 |
| 第4章 バクテリオファージの取扱い［与五沢真吾］ 76 |
| 1 はじめに 76 |
| 2 ファージ力価の測定（プラークアッセイ） 76 |
| 3 ファージの増殖 78 |
| 4 ファージDNAの調製 80 |
| 第5章 プラスミドDNAの増幅と精製－DNAを増やす［与五沢真吾］ 83 |
| 1 プラスミドとは 83 |
| 1-1 プラスミドの基礎知識 83 |
| 1-2 プラスミドベクターの選択 84 |
| 2 プラスミドの調製 84 |
| 2-1 プラスミド調製の原理 85 |
| 2-2 ボイルプレップ 85 |
| 2-3 アルカリプレップ 87 |
| [1] ミニスケール（2mL） |
| [2] ラージスケール（800mL） |
| 3 ポリエチレングリコール（PEG）によるプラスミド精製 95 |
| 4 市販のキットを使ったプラスミド精製 96 |
| 5 形質転換（トランスフォーメーション） 99 |
| 5-1 コンピテントセルの作製 99 |
| [1] 塩化カルシウム法によるコンピテントセルの作製 |
| [2] エレクトロポレーション用コンピテントセルの作製 |
| 5-2 形質転換（トランスフォーメーション） 103 |
| [1] 塩化カルシウム法によるコンピテントセルを用いた形質転換 |
| [2] エレクトロポレーション法による形質転換 |
| 第6章 核酸の酵素処理－DNAを加工する 106 |
| 1 はじめに［中太智義］ 106 |
| 2 制限酵素処理［中太智義］ 107 |
| 2-1 制限酵素とその特性 107 |
| [1] 制限酵素とは |
| [2] 認識配列 |
| [3] 断片末端の構造 |
| [4] 反応条件 |
| 2-2 制限酵素反応の実際 110 |
| [1] 基本的な反応 |
| [2] 異なる制限酵素で切断する場合 |
| [3] その他の注意点 |
| 2-3 DNAをマッピングする 115 |
| 3 リガーゼ［中太智義］ 117 |
| 3-1 DNAリガーゼ 117 |
| 3-2 T4 DNAリガーゼの性質 117 |
| 3-3 キットについて 118 |
| 4 DNA修飾酵素［中太智義］ 119 |
| 4-1 アルカリホスファターゼ（alkaline phosphatase） 119 |
| 4-2 DNAメチラーゼ（DNAmethylase） 120 |
| 4-3 クレノーフラグメント（Klenow fragment） 121 |
| 4-4 バクテリオファージT4 DNAポリメラーゼ（Bacteriophage T4 DNA polymerase） 121 |
| 4-5 バクテリオファージT4 ポリヌクレオチドキナーゼ（Bacteriophage T4 polynucleotide kinase：T4 PNK） 122 |
| 5 ヌクレアーゼ［田村隆明］ 122 |
| 5-1 S1ヌクレアーゼ 123 |
| 5-2 Mung Beanヌクレアーゼ 123 |
| 5-3 Bal31ヌクレアーゼ 123 |
| 5-4 DNaseI（デオキシリボヌクレアーゼI） 124 |
| 5-5 エキソIIIヌクレアーゼ 124 |
| 5-6 ラムダエキソヌクレアーゼ 124 |
| 5-7 マイクロコッカルヌクレアーゼ 124 |
| 5-8 RNaseH 125 |
| 6 DNA合成酵素［田村隆明］ 125 |
| 6-1 末端デオキシヌクレオチド転移酵素 125 |
| 6-2 逆転写酵素 125 |
| 第7章 DNA断片のサブクローニング－目的のDNAを手に入れる 126 |
| 1 サブクローニングの流れ［中太智義］ 126 |
| 2 インサートDNAの用意［中太智義］ 128 |
| 3 ベクターの準備［中太智義］ 130 |
| 3-1 制限酵素の選択とベクターの末端形状 130 |
| 3-2 脱リン酸化処理 130 |
| 3-3 ベクター調製の実際 132 |
| 4 ライゲーション［中太智義］ 133 |
| 5 インサートDNAの修飾・改変［中太智義］ 135 |
| 5-1 リンカーライゲーション 135 |
| 5-2 メチル化DNAを用いたリンカーライゲーション 139 |
| 5-3 突出末端の平滑化 141 |
| 5-4 DNAを削る 143 |
| 6 トランスフォーメーション（形質転換する）［中太智義］ 146 |
| 7 インサートDNAのチェック 146 |
| 7-1 プラスミドの精製と制限酵素処理によるインサートチェック［中太智義］ 147 |
| 7-2 カラーセレクション［中太智義］ 148 |
| 7-3 PCRによるチェック［青木 務］ 150 |
| 第8章 アガロースゲル電気泳動－大きなDNA断片の分離 153 |
| 1 電気泳動の原理と種類［田村隆明］ 153 |
| 2 アガロースを選択する［田村隆明］ 156 |
| 3 試薬の調製［田村隆明］ 156 |
| 4 電気泳動の実際［田村隆明］ 158 |
| [1] 通常ゲルの場合 |
| [2] ミニゲル（MuPid(R)）を用いる方法 |
| 5 DNAの検出 160 |
| 5-1 エチジウムブロマイドによるDNAの検出［田村隆明］ 160 |
| 5-2 エチジウムブロマイドを含むアガロースゲルによるDNAの分離［田村隆明］ 161 |
| 5-3 SYBR(R)Green染色を用いたDNAの染色［小池千加］ 162 |
| 6 アガロースゲルからのDNAの回収［田村隆明］ 163 |
| 6-1 GENECLEAN(R)を用いる方法 163 |
| 6-2 QIAGENのスピンカラムを使う方法 165 |
| 6-3 それ以外のDNA回収方法 166 |
| 第9章 ポリアクリルアミドゲル電気泳動－小さなDNA断片の分離［小池千加］ 168 |
| 1 ポリアクリルアミドゲルについて 168 |
| 2 試薬の調製 168 |
| 3 ゲルの作製 168 |
| 4 電気泳動の実際 171 |
| 5 DNAの検出 172 |
| 6 ポリアクリルアミドゲルからのDNAの回収 173 |
| 第10章 PCR法－DNAを試験管内で増やす［青木 務］ 175 |
| 1 PCR法の原理 175 |
| 2 プライマーのデザイン 177 |
| 2-1 Tmとプライマーのデザイン 177 |
| 2-2 構造上避けるべきデザイン 178 |
| 2-3 その他のデザイン上の注意点 179 |
| 2-4 nestedプライマー 179 |
| 3 耐熱性ポリメラーゼの選択 180 |
| 3-1 pol I型DNAポリメラーゼ 180 |
| 3-2 α型DNAポリメラーゼ 181 |
| 3-3 混合型DNAポリメラーゼ（LA-PCR 用ポリメラーゼ） 182 |
| 3-4 Hot start用DNAポリメラーゼ 182 |
| 4 PCR 反応の実際 183 |
| 4-1 PCRに用いられる機器の分類 184 |
| [1] 温度管理方式による分類 |
| [2] オイルフリーかどうか |
| [3] 使用チューブ（プレート）の違い |
| 4 冷却方式の違い |
| 4-2 PCR反応液の組成 185 |
| 4-3 サイクルの設定 186 |
| [1] プライマーのアニール温度 |
| [2] 各ステップの時間 |
| [3] サイクル数 |
| [4] 代表的なPCRサイクル |
| [5] 修飾を加えたサイクル |
| 4-4 PCR 反応の例 189 |
| 4-5 コンタミネーションの防止について 190 |
| [1] 試薬 |
| [2] ピペッティング |
| [3] ネガティブコントロール |
| 4-6 Hot start 192 |
| [1] 後から成分を添加する方式 |
| [2] ワックスで隔壁を作る方式 |
| [3] Hot start用ポリメラーゼを用いる方式 |
| 5 PCR 産物のサブクローニング 195 |
| 5-1 PCR産物の精製 196 |
| 5-2 平滑末端化 197 |
| 5-3 TAクローニング法 199 |
| [1] TAベクターの作製 |
| [2] TAベクターへのサブクローニング |
| 5-4 制限酵素認識配列の付加 202 |
| [1] プライマーのデザイン |
| [2] 制限酵素サイトへのサブクローニング |
| ●トラブルシューティング 205 |
| ●付録 実験で役立つ便利なデータ集［田村隆明］ 215 |
| 1. 汎用溶液の組成と調製 215 |
| 2. 主なプラスミドベクター 218 |
| 3. マスタープレート用台紙 219 |
| 4. 主な制限酵素の性質 220 |
| 5. DNA分子量マーカーの泳動パターン 223 |
| 6. 主なバッファーの組成表 224 |
| 7. 遠心回転数と重力加速度 225 |
| 8. 遺伝コード 225 |
| 9. ヌクレオチドデータ 225 |
| 10. DNAに関する換算式 225 |
| 11. カルタヘナ法の概要（二種使用等に関連するものについて） 226 |
| ●索引 228 |
| 改訂第3版 序［田村隆明］ |
| 初版 序［田村隆明］ |
| 第1章 実験をはじめるにあたって［田村隆明］ 14 |
| 1 遺伝子実験とは 14 |
| 2 実験を組み立ててみる 14 |
| 3 実験法選択の基準 16 |
