| 第1部 技術編 |
| 1 間違いだらけのマス選び：質量分析計購入ガイド（中山敬一・松本雅記） 11 |
| Ⅰ イオン源以前の部分について 12 |
| Ⅱ イオン化法の種類：ESI法かMALDI法か 13 |
| 1. エレクトロスプレーイオン化（ESI）法 14 |
| 2. マトリックス支援レーザー脱離イオン化（MALDI）法 14 |
| Ⅲ 質量分析部 15 |
| 1. マスの性能を表すパラメーター 15 |
| 1）感度（sensitivity） 15 |
| 2）精度（accuracy） 16 |
| 3）分解能（resolution） 17 |
| 4）質量レンジ（mass range） 17 |
| 5）スキャン速度（scan speed） 17 |
| 6）その他 17 |
| 2. 代表的なマスシステムとその特徴：基本3原理（Q，IT，TOF） 18 |
| 1）四重極（Q）型マス 18 |
| 2）イオントラップ（IT）型マス 18 |
| 3）飛行時間（TOF）型マス 19 |
| 3. 代表的なマスシステムとその特徴：複合型について 20 |
| 1）ハイブリッド（Qq/TOF）型マス 20 |
| 2）イオントラップ/フーリエ変換装置（IT/FT）型マス 22 |
| 3）トリプルステージ（Qq/Q）型マス 22 |
| 4）タンデム飛行時間（TOF/TOF）型マス 24 |
| 2 高感度質量分析のための液体クロマトグラフィー（中山 洋） 26 |
| Ⅰ プレカラム試料濃縮 27 |
| Ⅱ LCシステム体積のダウンサイジング 28 |
| Ⅲ 低流速グラジェントシステム 29 |
| 1. 分流方式 30 |
| 2. 直接方式 30 |
| Ⅳ ナノLC-MSの将来 31 |
| 3 次世代定量プロテオミクス（松本雅記・中山敬一） 33 |
| Ⅰ 発現プロテオミクス 35 |
| 1. 二次元電気泳動によるプロテオーム研究の幕開け 35 |
| 2. ショットガン・プロテオミクス 35 |
| 3. ターゲット・プロテオミクス 36 |
| Ⅱ 次世代定量プロテオミクスに向けて 38 |
| 4 翻訳後修飾プロテオミクスの最前線（京野 完・杉山直幸・石濱 泰） 41 |
| Ⅰ 様々な翻訳後修飾のプロテオーム解析 42 |
| 1. リン酸化修飾 43 |
| 2. 糖鎖修飾 44 |
| 3. アセチル化修飾 44 |
| 4. ユビキチン化修飾 44 |
| Ⅱ タンパク質リン酸化修飾のプロテオーム解析 45 |
| 1. リン酸化プロテオーム解析技術 45 |
| 1）リン酸化ペプチドの濃縮法 45 |
| 2）リン酸化ペプチドの検出・同定法 47 |
| 2. 実際の応用例 48 |
| 5 質量分析イメージング法：質量顕微鏡法について（瀧澤義徳・田中宏樹・早坂孝宏・瀬藤光利） 51 |
| Ⅰ 質量分析の原理 51 |
| Ⅱ 質量顕微鏡法の原理 52 |
| Ⅲ 質量顕微鏡法の実際 53 |
| Ⅳ 質量顕微鏡法による解析 54 |
| 1. ペプチド解析 55 |
| 2. リン脂質の解析 57 |
| 3. 質量顕微鏡の開発 57 |
| Ⅴ イメージング可能な質量分析装置 59 |
| 6 超々高感度質量分析への道のり（夏目 徹） 61 |
| Ⅰ 最初のダイレクトナノLC 63 |
| Ⅱ 成功は死の谷の始まり 65 |
| Ⅲ LC革命ヤタガラス君登場 66 |
| Ⅳ サンプル調製の自動化 68 |
| 第2部 基礎生物学編 |
| 1 ペプチド連結型スタンダードを用いたタンパク質複合体構成成分の定量解析（紀藤圭治・伊藤隆司） 73 |
| Ⅰ タンパク質複合体の定量解析：相対定量と複合体構成成分のストイキオメトリー 74 |
| Ⅱ ペプチド連結型スタンダードを利用した定量解析法（PCS-MS法） 75 |
| Ⅲ タンパク質複合体構成成分の定量解析とその意義 76 |
| Ⅳ PCS-MS法による複合体定量解析の課題 79 |
| 2 染色体を構築する複合体のプロテオミクス解析（長尾恒治・野澤竜介・小布施力史） 81 |
| Ⅰ ヘテロクロマチンタンパク質HP1 82 |
| Ⅱ 特異的相互作用因子の同定プロセス 84 |
| 1. ベイト，比較対象の選択 84 |
| 2. 質量分析計によって同定されたタンパク質の半定量解析 86 |
| 3. 半定量解析による特異的相互作用タンパク質の同定 87 |
| Ⅲ HP1αを中心としたタンパク質間相互作用ネットワーク 89 |
| 3 リボヌクレオプロテオミクス研究に向けたLC-MSシステムの開発（田岡万悟・中山 洋・高橋信弘・礒辺俊明） 91 |
| Ⅰ LC-MS法を利用したRNA研究 92 |
| Ⅱ リボヌクレオプロテオミクス研究のためのRNA質量分析法 94 |
| 1. RNAのLC-MS法の高性能化 94 |
| 2. RNA検索のためのソフトウェア 95 |
| Ⅲ RNP複合体のリボヌクレオプロテオミクス研究：RNAとタンパク質の並行解析 98 |
| 第3部 医学・医療応用編 |
| 1 癌バイオマーカー探索のための蛍光二次元電気泳動法（近藤 格） 104 |
| Ⅰ 蛍光二次元電気泳動法の原理と基本 106 |
| 1. 原理 106 |
| 2. 蛍光色素 107 |
| 3. 蛍光二次元電気泳動法の利点 107 |
| 1）再現性 107 |
| 2）定量性 108 |
| 3）網羅性 108 |
| 4）スループット 108 |
| 5）レーザーマイクロダイセクション 109 |
| Ⅱ 蛍光二次元電気泳動法を用いた癌バイオマーカーの例 109 |
| Ⅲ 蛍光二次元電気泳動法の周辺技術 111 |
| 1. タンパク質サンプル調製法 111 |
| 2. レーザーマイクロダイセクション法 111 |
| 3. タンパク質同定技術 111 |
| 4. ウェスタンブロッティング 112 |
| 5. 分画法 112 |
| 6. 画像解析 113 |
| 7. データベース 113 |
| Ⅳ バイオマーカー開発のポイント：from bedside to bench and back 114 |
| 2 iTRAQ試薬を用いた疾患バイオマーカー探索（木村弥生・平野 久） 116 |
| Ⅰ iTRAQ試薬による定量解析の原理 117 |
| Ⅱ iTRAQ試薬による定量解析のワークフロー 118 |
| Ⅲ iTRAQ試薬による実際の発現量変動解析の例 119 |
| 1. 前立腺癌関連タンパク質の探索 119 |
| 2. 卵巣癌関連タンパク質の探索 120 |
| 3 2DICALを用いた疾患バイオマーカー探索（尾野雅哉・松原淳一・根岸綾子・山田哲司） 122 |
| Ⅰ 2DICALの解析手法 123 |
| 1. 2DICALの基礎概念 123 |
| 2. 質量電荷比，保持時間の再現性 124 |
| 3. 統計処理（マーカーの探索） 125 |
| 4. ペプチド配列同定と翻訳後修飾 125 |
| 5. まとめ 125 |
| Ⅱ 2DICALによる疾患バイオマーカーの開発 126 |
| 1. 疾患バイオマーカーの開発 126 |
| 1）バイオマーカーの定義 126 |
| 2）バイオマーカーの探索 126 |
| 3）バイオマーカーの検証および実用化 126 |
| 2. 血漿膵癌腫瘍マーカーの開発 127 |
| 1）腫瘍マーカーの探索 127 |
| 2）腫瘍マーカーの構造決定 127 |
| 3）腫瘍マーカーの検証 128 |
| 3. 膵癌治療毒性のマーカー開発 129 |
| Ⅲ 2DICALの細胞生物学への応用 129 |
| 1. 培養細胞への応用 129 |
| 2. 病理組織への応用 129 |
| 4 体液プロテオミクスによるバイオマーカー探索（高尾敏文・里見佳典・須藤浩三） 131 |
| Ⅰ バイオマーカーの検出例 133 |
| Ⅱ 安定同位体標識による比較解析 134 |
| 索引 138 |
| 第1部 技術編 |
| 1 間違いだらけのマス選び : 質量分析計購入ガイド（中山敬一・松本雅記） 11 |
| Ⅰ イオン源以前の部分について 12 |
| Ⅱ イオン化法の種類 : ESI法かMALDI法か 13 |
| 1. エレクトロスプレーイオン化（ESI）法 14 |
| 2. マトリックス支援レーザー脱離イオン化（MALDI）法 14 |
