| 1章 優れた研究組織に共通すること |
| 制約を課すことなく最高を求める 3 |
| 5つの要件 6 |
| 2章 ブレークスルーのすすめ |
| 課題を残す「基礎」と「応用」の定義 11 |
| ブレークスルーとインクリメンタル 13 |
| 少ない日本でのブレークスルー 15 |
| 日本の"生命線"を守る 18 |
| "ミクロな追いつき追い越せ"の破綻 20 |
| 日本の生存基盤の変革のために 24 |
| 日本の科学技術の成熟のために 27 |
| 3章 整合的な知識体系を生み出すもの |
| 科学革命 34 |
| 「仮説形成とその実証」は答えにならない 37 |
| 「わかる」ということ 40 |
| 「わかる」三態 43 |
| 自然科学を支える三原理 無矛盾性・因果性・斉一性 45 |
| 無矛盾性の原理 45 |
| 因果性の原理 46 |
| 斉一性の原理 48 |
| 無矛盾性、因果性、斉一性の由来 50 |
| 技術は科学の応用ではない 53 |
| 技術を支える四原理 56 |
| 後向け因果性を用いない科学 人工科学 60 |
| 4章 自然システムとしての進化 |
| 科学技術は自然システムである 64 |
| 自然システムのモデルとしての生態系 66 |
| 自己複製子が生み出す自然システム 70 |
| 仮説はシステム生成子である 73 |
| 要素技術はシステム生成子である 74 |
| 自然システムとしての科学技術 76 |
| 特殊かつ具体的な問題がブレークスルーを生み出す 77 |
| 5章 人をつくる |
| ブレークスルーを生む研究者の要件 83 |
| 変異の機会の増大 83 |
| 現在の体系の限界が見え、他の分野の研究者と交流できる 85 |
| ブレークスルーを生む研究者の育成 86 |
| 内部養成では限界がある 86 |
| ポストドクトラル・フェロー 87 |
| 大学院博士課程 88 |
| 大学院修士課程 91 |
| 学部教育課程 92 |
| 教育課程に共通すること 94 |
| 学問分野創成の順に新しい教育課程を設置すること 94 |
| 人材の吸引 95 |
| 課程の目標と到達レベルを明示すること 98 |
| 6章 組織をつくる |
| 共同体と機能体 101 |
| 第三の形態(進化体)としての研究組織 107 |
| ブレークスルーを生む研究組織の設計と運用 110 |
| 研究組織の設計 110 |
| 研究者の任用 112 |
| 研究環境 112 |
| 研究者の評価・処遇 113 |
| 老化の危険性 113 |
| 大食の傾向 114 |
| おしゃべりの傾向 114 |
| 肥満の傾向 114 |
| 繁殖能力の低下 115 |
| 硬化症 115 |
| 共同体化の危険性 116 |
| 外部からの評価と競争状態 119 |
| 7章 研究を評価する |
| 評価は普遍的な存在である 122 |
| 評価システムの構造 124 |
| 評価に関連する伝説 126 |
| 客観的な評価 126 |
| 外部評価と内部評価 127 |
| 明示的評価システムがもつべき性質 128 |
| 管理者の評価規範と整合性があること 128 |
| 明示的評価の本当の意味 128 |
| ブレークスルーを生む研究評価 129 |
| ブレークスルーを、それだけを、規範とする評価システム 129 |
| 相互に刺激的・協力的な雰囲気を維持し、推進する評価システム 130 |
| おわりに 三原理・再訪 |
| 無矛盾性の原理の下にあるファジー論理 134 |
| ファジー集合 135 |
| ファジー論理 136 |
| 因果性の破れを救う確率測度 138 |
| 状態 歴史を背負った事象における因果性の保持 139 |
| カオス 144 |
| あとがき 149 |
| 参考文献 153 |
