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1.

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東工大
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東工大
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屋比久友秀著
出版情報: 東京 : 秀和システム, 2005.9  x, 517p ; 24cm
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   まえがきⅲ
第1章バイオインフォマティクスの背景 1
   1.1主要な研究分野 2
   1.1.1配列解析 2
   1.1.2タンパク質の構造解析 4
   1.1.3パスウェイ解析 5
   1.2遺伝子 7
   1.2.1分子生物学 7
   1.2.2セントラルドグマ 8
   1.3タンパク質 10
   1.3.1遺伝暗号 10
   1.3.2立体構造 11
   1.3.3タンパク質の機能 12
第2章コンピュータの利用 15
   2.1バイオコンピューディング環境の概要 16
   2.2Windowsにおけるバイオコンピューティング環境の構築 17
   2.2.1PerlonWindows 17
   2.2.2RubyonWindows 25
   2.2.3PythononWindows 29
   2.2.4Javaonfindows 34
   2.3Linuxにおけるバイオコンピューティング環境の構築 40
   2.3.1PerlonLinux 40
   2.3.2RubyonLinux 45
   2.3.3PythononLinux 46
   2.3.4JavaonLinux 48
   2.4MacOSXにおけるバイオコンピューティング環境の構築 50
   2.4.1JavaonMacOSX 50
   2.4.2×110nMacOSX 55
   2.4.3Xcode20nMacOSX 59
   2.5仮想コンピュータ 66
   2.5.1Cygwin 66
   2.5.2VMware 74
   2.5.3coLinux 76
   2.5.4KnoppixforBio 90
第3章バイオデーターベース 91
   3.1塩基配列データベース 92
   3.1.1GenBank 92
   3.1.2EMBL 99
   3.1.3DDBJ 103
   3.1.4その他の核酸データベース 104
   3.2タンパク質アミノ酸配列データベース 107
   3.2.1PIR 107
   3.2.2SwissProt 108
   3.2.3その他のタンパク質アミノ酸配列データベース 108
   3.3タンパク質立体構造データベース 110
   3.4パスウェイデータベース 113
   3.5文献データベースPubMed 116
   3.6GO(GeneOntology) 118
   3.7統合データベース 121
   3.7.1NCBIEntrez 121
   3.7.2DBGET 122
第4章バイオインフォマッティクスツール 123
   4.1相同性検索 124
   4.1.1BLAST 124
   4.1.2FASTA 133
   4.1.3HMMER 137
   4.1.4BLAT 139
   4.2統計解析 143
   4.2.1R(統計解析ツール) 143
   4.2.2BioConductor 151
第5章バイオプログラミング入門
   5.1オブジニクト指向プログラミングとは 156
   5.2Subversidnを用いた開発 160
   5.2.1SubversiononWindows 161
   5.2.2SubversiononLinux 173
   5.2.3SubversiononMacOSX 179
   5.3Eclipseを用いた開発 180
   5.3.1EclipseonWindows 180
   5.3.2EclipseonLinux 198
   5.3.3EclipseonMacOSX 199
   5.3.4PerlonEclipSe 199
   5.3.5RubyonEclipse 213
   5.3.6PythononEclipse 219
   5.4Perlによるオブジェクト指向プログラミング 230
   5.4.1クラスの作成 230
   5.4.2クラスの利用 234
   5.5Rubyによるオブジェクト指向プログラミング 236
   5.5.1クラスの作成 236
   5.5.2クラスの利用 238
   5.5.3継承の利用 239
   5.6Pythonによるオブジェクト指向プログラミング 241
   5.6.1クラスの作成 241
   5.6.2クラスの利用 243
   5.7Javaによるオブジェクト指向プログラミング 244
   5.7.1クラスの作成 244
   5.7.2クラスの利用 248
第6章BioPerlプログラミング 251
   6.1BioPerlの概要 252
   6.2BioPerlインストール 254
   6.2.1BioPerbnWindows 254
   6.2.2BioPerlonLinux 256
   6.3BioPerlを用いたプログラミング 257
   6.3.1シークエンス操作 257
   6.3.2BLAST 265
   6.3.3モチーフ検索 270
第7章 BioRubyプログラミング 273
   7.1BioRubyの概要 274
   7.2BioRubyのインストール 276
   7.3BloRubyを用いたプログラミング 277
   7.3.1シークエンス操作 277
   7.3.2BLAST 282
   7.3.3PubMedを用いた論文検索 286
   7.3.4モチーフ検索 287
   7.3.5Pathway 288
第8章BioPythonプログラミング 291
   8.1BioPythonの概要 292
   8.2BloPythonのインストール 295
   8.2.1BioPythononWindows 295
   8.2.2BioPerlonLinuxandMacOSX 305
   8.3BioPythonを用いたプログラミング 310
   8.3.1シークエンス操作 310
   8.3.2GenBank 314
   8.3.3BLAST 317
   8.3.4PubMed 320
第9章BioJavaプログラミング 323
   9.1BioJavaの概要 324
   9.2BioJavaのインストール 327
   9.3BioJavaを用いたプログラミング 329
   9.3.1シークエンス操作 329
   9.3.2GenBank 331
   9.3.3BLAST 335
第10章BioPerlAPIリファレンス 345
   Bio::Seq 346
   Bio::SeqlO 352
   Bio::DB::GenBank 355
   Bio::DB::Fasta 356
   Bio::DB::Query::GenBank 359
   Bio::Tools::Run::RemoteBlast 361
   Bio::Tools::Run::StandAloneBlast 364
   Bio::Tools::BPIite 367
   Bio::Tools::BPIite::Sbjct 369
   Bio::Toois::BPIite::HSP 370
   Bio::Tools::BPbl2seq 371
   Bio::SearchlO 373
   Bio::Search::Hit::Hitl 375
   Bio::Search::HSP::HSPl 378
第11章BioRubyAPIリファレンス 383
   Bio::Sequence 384
   Bio::Sequence::NA 391
   Bio::Sequence::AA 395
   Bio::Fasta 396
   Bio::Fasta::Report 399
   Bio::Fasta::Report::Program 404
   Bio::Fasta::Report::Hit 405
   Bio::Blast 409
   Bio::Blast::Default:Report::Hit 414
   Bio::Blast::Default:Report::Hsp 416
   Bio::FlatFile 418
第12章BioPythonAPIリファレンス 423
   Bio.Alphabet.IUPAC 424
   Bio.Seq.seq 425
   Bio.Seq.MutableSeq 426
   Bio.Transcribe 431
   Bio.Transcribe.Transcribe 431
   Bio.Translate 432
   Bio.Translate.Translator 433
   Bio.Fasta 435
   Bio.Fasta,Dictionary 436
   Bio.Fasta.lterator 437
   Bio.Fasta.Record 439
   Bio.Fasta.RecordParser 439
   Bio.Fasta.SequenceParser 439
   Bio.GenBank 440
   Bio.GenBank.Dictionary 443
   Bio.GenBank.ErrorParser 444
   Bio.GenBank.FeatureParser 445
   Bio.GenBank.1terator 445
   Bio.GenBank.NCBIDictionary 446
   Bio.GenBank.RecordParser 447
   Bio.PubMed 447
   Bio.PubMed.Dictionary 450
   Bio.Blast.NCBIWWW 451
   Bio.Blast.NCBIWVW.BlastParser 454
   Bio.Blast.NCBIStandalone 455
   Bio.Blast.NCBIStandalne.BlastErrorParser 457
   Bio.Blast.NCBIStandalne.BlastParser 457
   Bio.Blast.NCBIStandalne.lterator 458
   Bio.Blast.NCBIStandalne.PSIBIastParser 459
第13章BioJavaAPIリファレンス 461
   org.biojava.bio.symbol.AlphabetManager 462
   org.biojava.bio.seq.DNATools 466
   org.biojava.bio.seq.RNATools 470
   org.biojava.bio.seq.ProteinTools 475
   org.biojava.bio.symbol.SimpleAlphabet 480
   org.biojava.bio.seq.io.SeqIOTools 482
   org.biojava.bio.dist.DistributionTools 488
   org.biolava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser 491
   org.biolava.bio,program.ssbind.SeqSimilarityAdapter 493
   org.biojava.bio.program.ssbind.BlastLikeSearchBuilder 495
   org.biojava.bio.program.ssbind.FastaSearchSAXParser 498
   org.biojava.bio.seq.db.DummySequenceDB 501
   org.biojava.bio.seq.db.DummySequenceDBInstallation 502
   索引 503
   まえがきⅲ
第1章バイオインフォマティクスの背景 1
   1.1主要な研究分野 2
2.

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東工大
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松尾洋著
出版情報: 東京 : オーム社, 2005.5  xiii, 254p ; 26cm
シリーズ名: Ohm bio science books
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はじめに iii
序章 1
   1. 遺伝子 2
   2. DNA 2
   3. 遺伝コード 3
   4. タンパク質の立体構造 6
   5. 折り畳み問題 8
   6. 立体構造と機能 9
   7. 分子生物学の進展 9
   8. cDNA 10
   9. ゲノム計画 11
   10. 構造ゲノミクス 11
   11. バイオインフォマティクス 11
第1章 プログラム作成の指針 13
   1.1 アプリケーションフレームワーク 14
   1.2 パラメタ設定 15
   1.3 プログラムの作成 16
   1.4 Appの派生クラスの作成手順 16
   1.5 へッダーファイル 17
   1.6 命名規則 17
   1.7 ディレクトリ構成 18
   1.8 Makefile 21
   1.9 デバッグ作業 27
   1.10 プログラムの実行 27
第2章 ゲノムと遺伝子 29
   2.1 ゲノムの比較 30
   例題2.1 近縁生物種のゲノム配列を比較せよ.
   2.1.1 DNA配列 32
   2.1.2 配列データの入力 33
   2.1.3 同一部分配列の探索 34
   2.1.4 アプリケーションプログラムの作成 35
   2.1.5 プログラムの実行例 40
   練習問題 41
   2.2 遺伝子予測 42
   例題2.2 DNA配列の中から,タンパク質をコードする領域を見つけよ.
   2.2.1 DNA配列 43
   2.2.2 ORF 43
   2.2.3 遺伝コード 44
   2.2.4 アプリケーションプログラムの作成 45
   2.2.5 プログラムの実行例 49
   練習問題 51
第3章 タンパク質のアミノ酸配列 53
   3.1 配列アラインメント 58
   例題3.1 2つのタンパク質のアミノ酸配列の最適なアラインメントを求めよ.
   3.1.1 アミノ酸置換行列 57
   3.1.2 配列アラインメント 58
   3.1.3 ダイナミックプログラミング 58
   3.1.4 アプリケーションプログラムの作成 59
   3.1.5 プログラムの実行例 66
   練習問題 69
   3.2 配列データベース検索 70
   例題3.2 タンパク質アミノ酸配列データベースの中から,与えられたアミノ酸配列と類似する配列を高速に検出し,類似領域のアラインメントを作成せよ.
   3.2.1 プログラムの作成 71
   3.2.2 ペブチド出現箇所の列挙 72
   3.2.3 データベース検索 72
   3.2.4 アプリケーションプログラムの作成 73
   3.2.5 プログラムの実行例 77
   練習問題 80
第4章 タンパク質の機能 83
   配列モチーフ検索 84
   例題4.1 アミノ酸配列データベースの中から,与えられた配列パターンを持つ配列を検出せよ.
   4.1.1 Boost正規表現ライブラリ 85
   4.1.2 アプリケーションプログラムの作成 86
   4.1.3 プログラムの実行列 89
   練習問題 90
   4.2 膜貫通領域予測 91
   例題4.2 アミノ酸配列中で,細胞膜を貫通している領域を予測せよ.
   4.2.1 疎水性指標 92
   4.2.2 膜貫通領域予測 93
   4.2.3 アプリケーションプログラムの作成 93
   4.2.4 プログラムの実行例 96
   練習問題 97
第5章 タンパク質の立体構造 99
   PDB形式 100
   例題5.1 PDB形式のファイルからデータを読込み,ファイル中に含まれる分子の数,各分子の種類,原子数,アミノ酸残基数,等の情報を表示せよ.
   5.1.1 PDBレコード 102
   5.1.2 PDBエントリー 103
   5.1.3 アプリケーションプログラムの作成 104
   5.1.4 プログラムの実行例 118
   練習問題 125
   5.2 分子構造データの表 126
   例題5.2 特定のファイル形式に依存せずに分子の立体構造データを保持するクラスを作成せよ.
   5.2.1 原子 126
   5.2.2 分子 126
   5.2.3 アプリケーションプログラムの作成 127
   5.2.4 プログラムの実行例 135
   練習問題 136
第6章 低分子化合物の構造 137
   SDF形式 138
   例題6.1 SDF形式のファイルからデータを読込み,ファイル中に含まれる各分子について,原子数と原子間の共有結合の数を表示せよ.
   6.1.1 SDF形式 128
   6.1.2 アプリケーションプログラムの作成 139
   6.1.3 プログラムの実行例 149
   練習問題 149
   6.2 構成原子の特性 150
   例題6.2 分子の構成原子の物理化学的特性を定義せよ.
   6.2.1 構成原子の属性 150
   6.2.2 PATTYの方法 151
   6.2.3 アプリケーションプログラムの作成 152
   6.2.4 プログラムの実行例 179
   練習問題 181
第7章 分子構造の解析 183
   7.1 タンパク質の二次構造 184
   例題7.1 立体構造座標データを用いて,タンパク質の二次構造を定義せよ.
   7.1.1 二次構造 185
   7.1.2 アプリケーションプログラムの作成 186
   7.1.3 プログラムの実行例 193
   練習問題 196
   7.2 溶媒露出表面積 197
   例題7.2 分子中の各原子の溶媒露出表面積を計算せよ.
   7.2.1 溶媒露出表面積の計算 199
   7.2.2 アプリケーションプログラムの作成 199
   7.2.3 プログラムの実行例 203
   練習問題 206
第8章 分子構造の比較 209
   8.1立体構造の最適重ね合せ 210
   例題8.1 2つの分子があって,どの原子同士が対応するかがわかっているものとする.これら分子の立体構造座標データが与えられた時,対応原子が最適に重ね合わされるように分子の座標を変換せよ.
   8.1.1 最適重ね合せ 210
   8.1.2 アプリケーションプログラムの作成 211
   8.1.3 プログラムの実行例 215
   練習問題 216
   8.2 立体構造の類似性の検出 217
   例題8.2 2つの分子の立体構造の類似性を判定せよ.
   8.2.1 構造アラインメント 219
   8.2.2 低分子化合物の構造アラインメント 220
   8.2.3 タンパク質の構造アラインメント 221
   8.2.4 アプリケーションプログラムの作成 222
   8.2.5 プログラムの実行例 231
   練習問題 233
補章A1 ビット列 235
補章A2 固有値・固有ベクトル 235
文献 241
索引 247
はじめに iii
序章 1
   1. 遺伝子 2
3.

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東工大
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オープンバイオ研究会編
出版情報: 東京 : 東京電機大学出版局, 2008.2  xi, 250p ; 26cm
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第1章 オープンバイオ概要 1
   1.1 バイオインフォマティクスの歴史 1
    1.1.1 フリーソフトウェアの文化 2
    1.1.2 プログラミング言語 2
    1.1.3 ライブラリ開発とオープンバイオの誕生 5
   1.2 オープンソースのバイオインフォマティクスツール 6
    1.2.1 BioPerl,BioPython,BioJava 6
    1.2.2 EMBOSS 6
    1.2.3 Bioconductor 7
    1.2.4 BioMOBY 7
    1.2.5 myGrid,Taverna 7
   1.3 日本でのオープンバイオの取り組み 7
    1.3.1 BioRuby,ChemRuby 7
    1.3.2 ゲノム解析環境 : G-language 8
    1.3.3 細胞シミュレーション環境 : E-Cell 8
    1.3.4 KNOB 9
   1.4 オープンバイオを支えるコミュニティ 9
    1.4.1 O|B|F 9
    1.4.2 BOSC 9
    1.4.3 BioHackathon 9
    1.4.4 オープンバイオ研究会 10
   1.5 今後の方向性 11
    1.5.1 Bio*プロジェクトの状況 11
    1.5.2 ウェブサービス 11
    1.5.3 統合環境 12
    1.5.4 ポストゲノムへ 13
   1.6 オープンであることの意義 13
    1.6.1 なぜ「オープン」か 13
    1.6.2 オープンアクセスジャーナルなどの動き 14
   1.7 バイオインフォマティクス環境 : KNOB 14
    1.7.1 バイオインフォマティクスのツールがすぐに使える 15
    1.7.2 既存の環境を変更することなくLinuxが利用できる 15
    1.7.3 さまざまなデータベースを扱うことができる 16
    1.7.4 オープンソースプロジェクトである 18
   参考サイト 18
   参考文献 19
第2章 配列解析 20
   2.1 公共データベースから配列データを取得する 20
    2.1.1 EMBOSSを活用する 20
    2.1.2 配列の情報を得る 22
   2.2 RT-PCRのプライマーを設計する 28
   2.3 siRNAを設計する 30
   2.4 ドットプロットをつくる 32
   2.5 ペアワイズで配列整列させる 34
    2.5.1 スコアリング 34
    2.5.2 大域的整列をさせる 36
    2.5.3 局所的整列をさせる 38
   2.6 類似した配列をもつ遺伝子を検索する 40
    2.6.1 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) 40
    2.6.2 類似度の評価 41
    2.6.3 BLASTのデータベースを用意する 42
    2.6.4 BLASTで相同性検索を実行する 43
    2.6.5 BLASTの出力結果をプログラムで処理する 45
   2.7 マルチプルアラインメントし保存配列を同定する 48
    2.7.1 ClustalWはどのような計算をしているのか 48
    2.7.2 マルチプルアラインメントする配列を用意する 50
    2.7.3 ClustalWでマルチプルアラインメントを実行する 50
    2.7.4 マルチプルアラインメントの結果を表示する 51
   2.8 配列中のモチーフを検索する 52
    2.8.1 HMMERはどのような計算をしているのか 53
    2.8.2 モチーフ検索する配列を用意する 53
    2.8.3 検索するモチーフの隠れマルコフモデルを用意する 53
    2.8.4 HMMERでモチーフ検索を実行する 54
    2.8.5 隠れマルコフモデルを構築する 55
   2.9 mRNAのゲノムへのマッピング 56
    2.9.1 SpideyやBLATはどのような計算をしているのか 57
    2.9.2 mRNAとゲノムの配列を用意する 57
    2.9.3 Spideyでゲノムにマッピングする 57
    2.9.4 BLATでゲノムにマッピングする 59
   2.10 標的候補遺伝子を検索する 60
    2.10.1 DBTSSで転写上流配列を取得する 61
    2.10.2 TRANSFACのデータを取得する 61
    2.10.3 tfscanで転写因子結合部位を検索する 62
    2.10.4 転写因子結合部位をEnsemblで表示する 63
    2.10.5 転写因子結合部位をUCSC Genome Browserで表示する 67
   参考文献 67
第3章 バクテリアゲノム解析 68
   3.1 はじめに 68
    3.1.1 G-language GAEとは 69
   3.2 G-language GAEの基本的な使い方 70
    3.2.1 グラフィカルユーザーインタフェースによる解析 70
    3.2.2 G-languageシェル 75
   3.3 G-languageによるバクテリアゲノム解析 81
    3.3.1 GC skewと複製開始・終結点の関係 81
    3.3.2 シグナルオリゴ配列の傾向 89
    3.3.3 全オリゴの複製方向バイアス 92
    3.3.4 遺伝子の複製方向バイアス 95
    3.3.5 遺伝子発現量と複製方向バイアス 97
   3.4 おわりに 101
   参考サイト 101
   参考文献 101
第4章 マイクロアレイ解析 103
   4.1 はじめに 103
    4.1.1 RとBioconductorとは 104
    4.1.2 マイクロアレイとは 104
   4.2 Bioconductorの使い方 105
    4.2.1 マイクロアレイデータの入手と読み込み 105
    4.2.2 バックグラウンド補正と正規化 108
    4.2.3 データの可視化 109
    4.2.4 データ解析 112
    4.2.5 遺伝子オントロジーを使った解析 117
    4.2.6 ファイルへの出力 119
    4.2.7 ヘルプの閲覧 121
   4.3 おわりに 121
   参考文献 122
第5章 遺伝子ネットワーク解析 123
   5.1 パスウェイデータベース 123
   5.2 KEGGにおけるパスウェイ表現 123
    5.2.1 KGMLとBioPAX 126
    5.2.2 KEGG API 127
   5.3 パスウェイの遺伝子探索 127
    5.3.1 PPAR-γの載っているパスウェイ 127
    5.3.2 PPAR-γの標的遺伝子を探す 130
    5.3.3 PPAR-γの遺伝子ファミリーを検索する 137
   5.4 パスウェイ上の遺伝子をリストアップする 141
    5.4.1 遺伝子発現データの視覚化 141
    5.4.2 細胞内局在予測の視覚化 146
   参考サイト 154
第6章 リガンド解析 155
   6.1 はじめに 155
   6.2 グラフアルゴリズム 155
    6.2.1 化合物の同一性 156
    6.2.2 化合物の部分構造 156
    6.2.3 化合物に共通の骨格 157
   6.3 化合物の表現方法 157
    6.3.1 結合表 157
    6.3.2 線形表現 158
    6.3.3 ビット列表現 160
   6.4 化合物の物性・活性推定 162
    6.4.1 構造活性相関 162
    6.4.2 原子団寄与法 163
   6.5 公共データベース 163
    6.5.1 PubChem 164
    6.5.2 KEGG 164
   6.6 プログラミングによる解析 164
    6.6.1 ChemRuby 164
    6.6.2 設計 167
    6.6.3 PubChemの検索 168
    6.6.4 IUPAC名からの化合物構造の取り出し 169
    6.6.5 2次元構造の描画 170
    6.6.6 部分構造検索 171
    6.6.7 KEGG LIGAND Compoundの検索 172
    6.6.8 経路指紋の生成 174
    6.6.9 PubChem SubsKey 176
    6.6.10 類似度の計算 178
    6.6.11 最大共通部分グラフの計算 179
    6.6.12 化合物の性質推定 179
   6.7 おわりに 180
   参考文献 181
   参考図書 181
   化合物データベース 182
付録 183
   A. KNOBの操作方法 183
    A.1 KNOBの起動と終了 183
    A.2 簡単なKNOBの使い方 184
     A.2.1 エディタの起動 184
     A.2.2 データを保存する 185
     A.2.3 保存したデータを次回起動時に利用する 187
     A.2.4 その他のブートオプション 188
   B. シェル入門 189
    B.1 シェルの起動 189
    B.2 ディレクトリの移動と操作 190
    B.3 ファイルの操作 195
    B.4 テキストファイルの操作 197
   C. BioRubyシェル 203
    C.1 BioRubyシェルの使い方 203
    C.2 Ruby on Railsを使ったウェブインタフェース 207
   D. プログラミング・クックブック 210
    D.1 塩基配列を読み込んでアミノ酸配列に翻訳 210
    D.2 EMBOSSを利用した解析データの取得と操作 211
    D.3 フラットファイルを利用したデータ取得 215
    D.4 ウェブサービスを利用したデータ取得 217
    D.5 ゲノム配列処理 222
   E. UNIX必須30コマンド 227
コラム
   PPAR-γとは iv
   Bioinformatics の年表 3
   Chemoinformatics の年表 4
   g2sとは 74
   GC skewとは 82
   χ配列とは 89
   Codon Adaptation Index (CAI)とは 97
   細胞シュミレーションの試み 124
第1章 オープンバイオ概要 1
   1.1 バイオインフォマティクスの歴史 1
    1.1.1 フリーソフトウェアの文化 2
4.

図書

図書
きしだなおき著
出版情報: 東京 : 毎日コミュニケーションズ, 2009.9  671p ; 24cm
所蔵情報: loading…
5.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
平岡和幸, 堀玄共著
出版情報: 東京 : オーム社, 2009.10  xvi, 364p ; 24cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
はじめに iii
目次 ix
第I部 確率そのものの話 1
 第1章 確率とは 3
   1.1 数学の立場 3
   1.2 三つの扉(モンティホール問題)-飛行船視点 4
    1.2.1 モンティホール問題 4
    1.2.2 正しい答とよくある勘違い 5
    1.2.3 飛行船視点への翻訳 6
   1.3 三つ組(Ω,F,P)-神様視点 9
   1.4 確率変数 12
   1.5 確率分布 16
   1.6 現場流の略記法 18
    1.6.1 確率変数の記法 18
    1.6.2 確率の記法 19
   1.7 Ωは裏方 19
    1.7.1 Ωの正体にはこだわらない 19
    1.7.2 Ωのとり方の流儀 20
    1.7.3 Ωなし(神様視点なし)の確率論 21
   1.8 念押しなど 22
    1.8.1 何がしたかったのか 22
    1.8.2 面積なんだから… 22
    1.8.3 言い訳 24
   コラム : モンティホール問題のシミュレーション 25
 第2章 複数の確率変数のからみあい 27
   2.1 各県の土地利用(面積計算の練習) 27
    2.1.1 県別・用途別の集計(同時確率と周辺確率の練習) 28
    2.1.2 県内・用途内での割合(条件つき確率の練習) 29
    2.1.3 割合を逆算するには(Bayes の公式の練習) 30
    2.1.4 割合が画一的な場合(独立性の練習) 32
    2.1.5 練習完了 35
   2.2 同時確率と周辺確率 35
    2.2.1 2つの確率変数 35
    2.2.2 もっとたくさんの確率変数 38
   2.3 条件つき確率 39
    2.3.1 条件つき確率とは 39
    2.3.2 同時分布・周辺分布・条件つき分布の関係 42
    2.3.3 等号以外の条件でも同様 46
    2.3.4 3つ以上の確率変数 47
     3つ以上の確率変数の条件つき確率 47
     例 : 三つの扉(モンティホール問題) 48
     条件つき同時分布の分解 50
   2.4 Bayes の公式 51
    2.4.1 問題設定 51
    2.4.2 Bayes の絵書き歌 52
    2.4.3 Bayes の公式 56
   2.5 独立性 58
    2.5.1 事象の独立性(定義) 59
    2.5.2 事象の独立性(言いかえ) 61
    2.5.3 確率変数の独立性 63
   2.5.4 3つ以上の独立性(要注意) 66
    コラム : アクシデント 70
 第3章 離散値の確率分布 71
   3.1 単純な例 71
   3.2 2項分布 74
    3.2.1項分布の導出 74
    3.2.2 補足 : 順列nPk・組合せnCk 75
     順列 75
     組合せ 76
   3.3 期待値 76
    3.3.1 期待値とは 77
    3.3.2 期待値の基本性質 79
    3.3.3 かけ算の期待値は要注意 82
    3.3.4 期待値が存在しない場合 84
     期待値が存在する例 84
     期待値が存在しない例(1)…無限大に発散 85
     期待値が存在しない例(2)…無限引く無限の不定形 86
     まとめ 86
   3.4 分散と標準偏差 89
    3.4.1 期待値が同じでも… 89
    3.4.2 分散= 「期待値からの外れ具合」の期待値 90
    3.4.3 標準偏差 92
    3.4.4 定数の足し算・かけ算と正規化 94
    3.4.5 独立なら、足し算の分散は分散の足し算 97
    3.4.6 自乗期待値と分散 98
   3.5 大数の法則 101
    3.5.1 独立同一分布(i.i.d.) 102
    3.5.2 平均値の期待値・平均値の分散 104
    3.5.3 大数の法則 105
    3.5.4 大数の法則に関する注意 106
   3.6 おまけ : 条件つき期待値と最小自乗予測 107
    3.6.1 条件つき期待値とは 107
    3.6.2 最小自乗予測 108
    3.6.3 神様視点で 109
    3.6.4 条件つき分散 110
    コラム : ポートフォリオ 111
    コラム : 事故間隔の期待値 112
 第4章 連続値の確率分布 113
   4.1 グラデーションの印刷(密度計算の練習) 114
    4.1.1 消費したインクの量をグラフにすると(累積分布関数の練習) 114
    4.1.2 印刷されたインクの濃さをグラフにすると(確率密度関数の練習) 115
    4.1.3 印刷したものを伸縮させるとインクの濃さはどうなるか(変数変換の練習) 119
   4.2 確率ゼロ 123
    4.2.1 ぴったりが出る確率はゼロ 123
    4.2.2 確率ゼロの何が問題か 125
   4.3 確率密度関数 126
    4.3.1 確率密度関数 126
     累積分布関数と確率密度関数 126
     確率密度関数から確率を読みとるには 127
    4.3.2 一様分布 131
    4.3.3 確率密度関数の変数変換 132
   4.4 同時分布・周辺分布・条件つき分布 136
    4.4.1 同時分布 136
    4.4.2 先を急ぎたい方へ 138
    4.4.3 周辺分布 139
    4.4.4 条件つき分布 142
    4.4.5 Bayes の公式 145
    4.4.6 独立性 146
    4.4.7 任意領域の確率・一様分布・変数変換 148
     任意領域の確率 148
     一様分布 150
     変数変換 150
    4.4.8 実数値と離散値の混在 155
   4.5 期待値と分散・標準偏差 156
    4.5.1 期待値 156
    4.5.2 分散・標準偏差 160
   4.6 正規分布と中心極限定理 161
    4.6.1 標準正規分布 161
    4.6.2 一般の正規分布 164
    4.6.3 中心極限定理 167
    コラム : ケーキ 171
 第5章 共分散行列と多次元正規分布と楕円 173
   5.1 共分散と相関係数 174
    5.1.1 共分散 174
    5.1.2 共分散の性質 176
    5.1.3 傾向のはっきり具合と相関係数 178
    5.1.4 共分散や相関係数では測れないこと 183
   5.2 共分散行列 184
    5.2.1 共分散行列= 分散と共分散の一覧表 184
    5.2.2 ベクトルでまとめて書くと 185
    5.2.3 ベクトル・行列の演算と期待値 187
    5.2.4 ベクトル値の確率変数についてもう少し 190
    5.2.5 変数変換すると共分散行列がどう変わるか 191
    5.2.6 任意方向のばらつき具合 192
   5.3 多次元正規分布 194
    5.3.1 多次元標準正規分布 195
    5.3.2 一般の多次元正規分布 196
     スケーリングとシフト 197
     縦横伸縮 197
     さらに回転 198
    5.3.3 多次元正規分布の確率密度関数 201
    5.3.4 多次元正規分布の性質 203
     期待値ベクトルと共分散行列を指定すれば分布が定まる 203
     相関がないだけで独立だと断言できる 203
     多次元正規分布を線形変換したらまた多次元正規分布になる 204
    5.3.5 切口と影 204
     切口(条件つき分布) 204
     影(周辺分布) 207
     切口と影に関する注意 208
    5.3.6 おまけ : カイ自乗分布 211
   5.4 共分散行列を見たら楕円と思え 214
    5.4.1 (ケース1)単位行列の場合-円 214
    5.4.2 (ケース2)対角行列の場合-楕円 216
    5.4.3 (ケース3)一般の場合-傾いた楕円 219
    5.4.4 共分散行列では測れないこと 222
    コラム : 次元の呪い 223
第II部 確率を役立てる話 225
 第6章 推定と検定 227
   6.1 推定論 227
    6.1.1 記述統計と推測統計 227
    6.1.2 記述統計 228
    6.1.3 推測統計におけるものごとのとらえかた 230
     視聴率調査 230
     コイントス 231
     期待値の推定 233
    6.1.4 問題設定 234
    6.1.5 期待罰金 235
    6.1.6 多目的最適化 236
    6.1.7 (策ア)候補をしぼる-最小分散不偏推定 237
    6.1.8 (策イ)「ベスト」の意味を弱める-最尤推定 238
    6.1.9 (策ウ)単一の数値として評価基準を定める-Bayes 推定 240
    6.1.10 手法の選択に関する注意 243
   6.2 検定論 244
    6.2.1 検定の論法 244
    6.2.2 検定の理論的枠組 246
    6.2.3 単純仮説 247
    6.2.4 複合仮説 249
    コラム : ともえ戦 250
 第7章 擬似乱数 253
   7.1 位置づけ 253
    7.1.1 乱数列 253
    7.1.2 擬似乱数列 254
    7.1.3 典型的な用途 : モンテカルロ法 255
    7.1.4 関連する話題 : 暗号論的擬似乱数列・超一様分布列 257
     暗号論的擬似乱数列 257
     超一様分布列 257
   7.2 所望の分布に従う乱数の作り方 259
    7.2.1 離散値の場合 259
     一様分布 259
     一般の分布 260
    7.2.2 連続値の場合 261
     一様分布 261
     累積分布関数を使う方法 261
     確率密度関数を使う方法(素朴版) 262
    7.2.3 正規分布に従う乱数の作り方 263
     Box-Muller 変換 263
     一様分布の足し算 264
     多次元正規分布に従う乱数の作り方 265
    7.2.4 おまけ : 三角形内や球面上の一様分布 265
     三角形内の一様分布 265
     球面上の一様分布 268
     コラム : すごろく 269
 第8章 いろいろな応用 271
   8.1 回帰分析と多変量解析から 271
    8.1.1 最小自乗法による直線あてはめ 271
    8.1.2 主成分分析(PCA) 278
   8.2 確率過程から 284
    8.2.1 ランダムウォーク 286
    8.2.2 カルマンフィルタ 289
     設定 289
     導出 290
     その先 293
    8.2.3 マルコフ連鎖 294
     定義 294
     推移確率行列 295
     定常分布 297
     極限分布 298
     吸収確率 300
     初到達時刻 302
     隠れマルコフモデル(HMM) 302
    8.2.4 確率過程についての補足 304
   8.3 情報理論から 305
    8.3.1 エントロピー 305
    8.3.2 二変数のエントロピー 308
    8.3.3 情報源符号化 311
     文字列圧縮問題 311
     数値例と情報源符号化定理 312
    8.3.4 通信路符号化 313
     誤り訂正 313
     通信路符号化定理 314
    コラム : パターン 315
付録A 本書で使う数学の基礎事項 319
   A.1 ギリシャ文字 319
   A.2 数 319
    A.2.1 自然数・整数 319
    A.2.2 有理数・実数 319
    A.2.3 複素数 320
   A.3 集合 320
    A.3.1 集合の記法 320
    A.3.2 無限集合の大小 320
    A.3.3 本気の数学に向けて 321
   A.4 総和 322
    A.4.1 定義と基本性質 322
    A.4.2 二重和 323
    A.4.3 範囲の指定 324
    A.4.4 等比級数 325
   A.5 指数と対数 326
    A.5.1 指数関数 326
    A.5.2 ガウス積分 328
    A.5.3 対数関数 331
   A.6 内積と長さ 333
付録B 近似式と不等式 337
   B.1 Stirling の公式 337
   B.2 Jensen の不等式 337
   B.3 Gibbs の不等式 339
   B.4 Markov の不等式とChebyshev の不等式 340
   B.5 Chernoff 限界 341
   B.6 Minkowski の不等式とHolder の不等式 342
   B.7 相加平均. 相乗平均. 調和平均 344
付録C 確率論の補足 347
   C.1 確率変数の収束 347
    C.1.1 概収束 347
    C.1.2 確率収束 348
    C.1.3次平均収束 349
    C.1.4 法則収束 349
   C.2 特性関数 350
   C.3 Kullback-Leibler divergence と大偏差原理 352
参考文献 357
索引 359
はじめに iii
目次 ix
第I部 確率そのものの話 1
6.

図書

図書
戸川隼人著
出版情報: 東京 : サイエンス社, 2003.3  iv, 193p ; 21cm
シリーズ名: NSライブラリ ; 14
所蔵情報: loading…
7.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
Jason Brittain, Ian F. Darwin著 ; 村上雅章訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2008.11  xxvi, 530p ; 24cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
訳者まえがき vii
まえがき ix
1章 Tomcat事始め 1
   1.1 Tomcatのインストール 1
    1.1.1 LinuxにTomcatをインストールする 2
    1.1.2 SolarisにTomcatをインストールする 9
    1.1.3 WindowsにTomcatをインストールする 11
    1.1.4 Mac OS XにTomcatをインストールする 15
    1.1.5 FreeBSDにTomcatをインストールする 17
   1.2 Tomcatの起動、停止、再起動 18
    1.2.1 起動と停止 18
    1.2.2 よくある間違い 26
    1.2.3 Tomcatの再起動 26
   1.3 Tomcatの自動起動 32
    1.3.1 Linuxでの自動起動 33
    1.3.2 Solarisでの自動起動 34
    1.3.3 Windowsでの自動起動 34
    1.3.4 Mac OS Xでの自動起動 35
    1.3.5 FreeBSDでの自動起動 38
   1.4 インストールしたTomcatをテストする 39
   1.5 Tomcatの出自は? 40
2章 Tomcatの設定 43
   2.1 Apacheウェブサーバの使用 43
   2.2 ウェブアプリケーションのディレクトリを再配置する 44
   2.3 ポート番号を8080以外に変更する 48
    2.3.1 ポート80のTCP接続をポート8080に中継する 48
    2.3.2 サービスラッパを経由することでTomcatにポート80を監視させる 51
    2.3.3 よくある間違い 56
   2.4 Java仮想マシンの設定 57
   2.5 JSPコンパイラの変更 60
   2.6 レルム、ロール、ユーザの管理 62
    2.6.1 レルム 63
    2.6.2 コンテナ管理によるセキュリティ 70
    2.6.3 シングルサインオン 76
   2.7 セッション制御 78
    2.7.1 セッションの永続性 79
   2.8 JNDIやJDBCリソースへのアクセス 85
    2.8.1 JDBC DataSource 85
    2.8.2 その他のJNDIリソース 86
   2.9 サーブレットの自動再ロード機能 87
   2.10 ユーザディレクトリのカスタマイズ 88
   2.11 Tomcatのサンプルアプリケーション 89
   2.12 CGI(Common Gateway Interface) 90
   2.13 TomcatのAdminアプリケーション 92
3章 TomcatにおけるサーブレットとJSPウェブアプリケーションの配備 97
    3.0.1 ホスト 100
    3.0.2 Host Managerウェブアプリケーション 103
   3.1 ウェブアプリケーションのレイアウト 103
    3.1.1 サーブレットやJavaServer Pagesの配備 106
   3.2 アーカイブしていないウェブアプリケーションディレクトリによる配備作業 107
    3.2.1 server.xmlのコンテキストによる配備 108
    3.2.2 コンテキストXMLフラグメントファイルによる配備 109
   3.3 WARファイルによる配備作業 112
    3.3.1 server.xmlのコンテキストによる配備 113
    3.3.2 コンテキストXMLフラグメントファイルによる配備 115
   3.4 ホットデプロイメント 118
   3.5 WARファイルを使用する 120
   3.6 Managerアプリケーション 121
   3.7 Apache Antによる自動化 124
    3.7.1 JAR/WARの作成 125
    3.7.2 Antを用いた配備 126
    3.7.3 よくある間違い 137
   3.8 シンボリックリンク 139
4章 Tomcatのパフォーマンスチューニング 141
   4.1 ウェブサーバのパフォーマンス測定 142
    4.1.1 負荷テスト用のツール 143
    4.1.2 ウェブサーバのパフォーマンス比較 153
   4.2 外部チューニング 169
    4.2.1 Java仮想マシンのパフォーマンス 169
    4.2.2 オペレーティングシステムのパフォーマンス 171
   4.3 内部チューニング 172
    4.3.1 DNSルックアップの無効化 172
    4.3.2 スレッド数の調整 173
    4.3.3 JSPコンパイルの高速化 174
   4.4 容量計画 181
    4.4.1 事例に基づく容量計画 182
    4.4.2 大企業向け容量計画 182
    4.4.3 Tomcatの容量計画 183
   4.5 参考文献 185
5章 Apacheウェブサーバとの統合 187
   5.1 統合するかどうか : 長所と短所 188
    5.1.1 Tomcat単体での稼働 188
    5.1.2 TomcatとApache httpdの連携 191
   5.2 Apache httpdのインストール 193
   5.3 ApacheとTomcatの統合 196
    5.3.1 個別のポート番号を用いた負荷の共有 196
    5.3.2 プロキシを用いたApacheとTomcatの接続 199
    5.3.3 Apache httpdのセットアップ 200
    5.3.4 Tomcatのセットアップ 203
    5.3.5 プロキシの動作を検証する 204
    5.3.6 短所 205
    5.3.7 TomcatからApache httpdへのプロキシ 208
    5.3.8 mod_jkコネクタの使用 210
   5.4 APRコネクタを使用してTomcatにHTTPを処理させる 215
    5.4.1 APRのインストール 217
    5.4.2 APRコネクタのビルドとインストール 219
    5.4.3 APRコネクタを使用するTomcatの設定方法 220
6章 Tomcatのセキュリティ 223
   6.1 システムをセキュアなものにする 224
    6.1.1 オペレーティングシステムのセキュリティ情報 224
    6.1.2 ネットワークの設定 225
   6.2 複合サーバ構成を採用する場合のセキュリティモデル 226
   6.3 セキュリティマネージャの使用 228
   6.4 ファイル使用権限の付与 231
   6.5 Tomcatのchroot jailへのセットアップ 236
    6.5.1 chroot jailのセットアップ 238
    6.5.2 chroot内で非rootユーザを使用する 244
   6.6 誤ったユーザ入力のフィルタリング 248
    6.6.1 既知の脆弱性 249
    6.6.2 HTTPリクエストのフィルタリング 258
   6.7 TomcatにおけるSSLの使用 268
    6.7.1 自己署名サーバ証明書の作成 269
    6.7.2 認証局への証明書の要求とインストール 271
    6.7.3 Tomcat SSLコネクタのセットアップ 275
    6.7.4 クライアント証明書 279
7章 コンフィギュレーションファイルとその要素 287
   7.1 server.xml 288
    7.1.1 Server 292
    7.1.2 Service 293
    7.1.3 Executor 293
    7.1.4 Connector 294
    7.1.5 Engine 299
    7.1.6 Host 300
    7.1.7 Context 303
    7.1.8 Realm 305
    7.1.9 GlobalNamingResources 306
    7.1.10 WatchedResource 309
    7.1.11 Listener 310
    7.1.12 Loader 310
    7.1.13 Manager 311
    7.1.14 Resources 314
    7.1.15 Valve 315
    7.1.16 トランザクション 325
    7.1.17 クラスタ 327
    7.1.18 Tomcatの旧バージョンからの移行 338
   7.2 web.xml 344
    7.2.1 web-app 344
    7.2.2 icon、display-name、description 345
    7.2.3 distributable 346
    7.2.4 context-param 346
    7.2.5 filterとfilter-mapping 348
    7.2.6 listener 349
    7.2.7 servlet 349
    7.2.8 servlet-mapping 350
    7.2.9 session-config 352
    7.2.10 mime-mapping 352
    7.2.11 welcome-file-list 353
    7.2.12 error-page 354
    7.2.13 jsp-config、taglib 355
    7.2.14 resource-env-ref 357
    7.2.15 resource-ref 357
    7.2.16 security-constraint 357
    7.2.17 login-config 358
    7.2.18 security-role 359
    7.2.19 env-entry 359
    7.2.20 ejb-ref、ejb-local-ref 360
    7.2.21 service-ref 360
    7.2.22 message-destination-ref 361
    7.2.23 message-destination 361
    7.2.24 locale-encoding-mapping-list 362
   7.3 tomcat-users.xml 362
   7.4 catalina.policy 363
   7.5 catalina.properties 363
   7.6 context.xml 365
8章 デバッギングとトラブルシューティング 367
   8.1 ログファイルの見方 367
   8.2 エラー原因の究明 368
   8.3 URLとHTTPのやり取り 368
    8.3.1 HTTPリクエスト 369
    8.3.2 レスポンスコードとレスポンスヘッダ 370
    8.3.3 HTTPを用いたやり取り 370
   8.4 RequestDumperValveを用いたデバッギング 373
   8.5 Tomcatが停止しない場合 375
9章 Tomcatソースコードからのビルド 379
   9.1 Apache Antのインストール 380
   9.2 ソースコードの入手 381
    9.2.1 ソースコードのダウンロード 381
    9.2.2 ApacheのSubversionリポジトリからのソースコードの取得 381
   9.3 サポートライブラリのダウンロード 384
   9.4 Tomcatのビルド 384
10章 Tomcatのクラスタリング 387
   10.1 クラスタリング用語集 388
   10.2 HTTPリクエストの流れ 389
    10.2.1 DNSによるリクエストの分散処理 392
    10.2.3 mod_proxyによるロードバランシングとフェイルオーバ 396
   10.3 Javaサーブレットコンテナによる分散処理 400
   10.4 Tomcat 6のクラスタリング実装 405
    10.4.1 特徴 407
    10.4.2 IPマルチキャストの設定とテスト 409
    10.4.3 多対多の複製を設定する 414
    10.4.4 セッション複製のテスト 420
    10.4.5 静的なメンバの設定 423
    10.4.6 プライマリー/バックアップ複製の設定 424
   10.5 DBCによるリクエスト分散とフェイルオーバ 424
   10.6 参考文献 425
11章 終わりに 427
   11.1 補助的なリソース 427
    11.1.1 Tomcatに添付されてくるオンラインドキュメント 427
    11.1.2 Apache Tomcatのウェブドキュメント 428
    11.1.3 Apache Tomcatメーリングリストのアーカイブ 428
    11.1.4 本書に関するウェブサイト 429
    11.1.5 Tomcatに関するその他のウェブサイト 429
    11.1.6 IRC(International Relay Chat)の#tomcatチャンネル 429
    11.1.7 Apache Tomcatメーリングリスト 430
   11.2 コミュニティ 431
付録A Javaのインストール 433
   A.1 JavaのJDKを選択する 434
   A.2 古いGCJやKaffeの使用を抑止する 435
   A.3 Sun MicrosystemsのJava SE JDK 438
   A.4 IBMのJ9 JDK 440
   A.5 BEAのJRockit JDK 441
   A.6 AppleのJava SE JDK 443
   A.7 ExcelsiorのJET 444
   A.8 ApacheのHarmony JDK 447
付録B jbchroot.c 449
付録C BadInputValve.java 457
付録D BadInputFilter.java 467
付録E Tomcat 6.0のLinux RPMパッケージファイル 481
索引 505
訳者まえがき vii
まえがき ix
1章 Tomcat事始め 1
8.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
高橋隆一著
出版情報: 東京 : 共立出版, 2008.11  iv, 144p ; 26cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
   注 : HM[2]の[2]は上つき文字
   
第1章 ハードウエアを記述するということ 1
   1.1 ディジタルシステム設計のフロー 1
    1.1.1 アーキテクチャ 1
    1.1.2 計算機構成 3
    1.1.3 IC設計のフロー 4
   1.2 ハードウエア記述言語を使うメリット 8
   1.3 歴史的なHDLの記述スタイル 9
    1.3.1 CDL 10
    1.3.2 DDL 10
    1.3.3 AHPL 11
    1.3.4 ISP 12
   1.4 ハンドシェイクの記述 13
   1.5 静的オートマトン記述 14
   1.6 高レベル自動設計 15
   1.7 C言語によるシステム開発と設計 19
   参考文献 19
第2章 Verilog HDLの基本 21
   2.1 Verilog HDLはどのような言語か 21
   2.2 組合せ回路と順序回路 22
    2.2.1 数 23
    2.2.2 演算子と優先順位 24
    2.2.3 assign文による組合せ回路の記述 26
    2.2.4 function文による組合せ回路の記述 26
    2.2.5 always文による組合せ回路の記述 28
    2.2.6 always文による順序回路の記述 30
   2.3 レジスタ転送レベルの動作記述 31
    2.3.1 ブロッキング代入文とノン・ブロッキング代入文 31
    2.3.2 always文によるステートマシンの記述 33
    2.3.3 モジュールの記述 36
   2.4 シミュレーション 38
   参考文献 39
第3章 命令解釈実行サイクルの記述 41
   3.1 命令の解釈実行 41
   3.2 CISCとRISC 42
   3.3 結線論理制御 53
   3.4 マイクロプログラム制御 54
   3.5 順序回路によるマイクロコードの生成HM[2] 55
   参考文献 57
第4章 パイプライン化 59
   4.1 時間並列とスループット 59
   4.2 予約表とスケジューリング 60
   4.3 命令解釈実行サイクルのパイプライン化 62
   4.4 データ依存関係とハザード 76
   参考文献 79
第5章 スーパースカラ 81
   5.1 空間並列の基本構成 81
   5.2 命令の発行 84
   5.3 インターロック 90
   参考文献 93
第6章 設計検証 95
   6.1 命題と述語 95
   6.2 部分正当性と停止性 97
   6.3 帰納的アサーション法 98
   6.4 停止性の証明 100
   参考文献 102
付録 103
   A.1 Verilog HDLの規約 103
    A.1.1 コンパイラ指示子と予約語 103
    A.1.2 識別子 104
   A.2 ゲートレベルの構造記述 106
   A.3 シミュレーションについて 111
   A.4 記述例 113
    A.4.1 CISC-1 113
    A.4.2 CISC-3 125
   参考文献 138
索引 139
   注 : HM[2]の[2]は上つき文字
   
第1章 ハードウエアを記述するということ 1
9.

図書

図書
Jesse Liberty, Brian MacDonald著 ; 日向俊二訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2006.8  xx,353p ; 24cm
所蔵情報: loading…
10.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
冨永和人, 権藤克彦著
出版情報: 東京 : ピアソン・エデュケーション, 2007.10  xvii, 449p ; 23cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1章 Cの復習(1):マニュアルの読み方,エラー処理,構造体,共用体 1
   1.1 オンラインマニュアル(man)の読み方 1
    1.1.1 manコマンド 1
    1.1.2 SYNOPSISの読み方 2
    1.1.3 よく分からないときはどうする? 5
   1.2 エラー処理 7
    1.2.1 エラー処理とは何か? 7
    1.2.2 返り値でエラーの有無を調べる 7
    1.2.3 errnoでエラーの原因を調べる 8
   1.3 main関数の引数argcとargv 12
   1.4 exit関数 13
   1.5 構造体 14
    1.5.1 構造体の復習 14
    1.5.2 構造体同士の比較はできない 15
    1.5.3 パデイングpaddig 16
   1.6 共用体 22
    1.6.1 共用体の復習 22
    1.6.2 弁別子discriminator 23
   1.7 章末問題 26
第2章 Cの復習(2):ポインタ,バイトオーダ,複雑な型 27
   2.1 ポインタ 27
    2.1.1 ポインタの復習 27
    2.1.2 よくあるポインタの間違い 29
    2.1.3 mallocとfree 34
    2.1.4 メモリ関連のバグ 35
    2.1.5 関数へのポインタ 37
    2.1.6 ポインタをもっと理解するには? 38
   2.2 バイトオーダbyte order 43
    2.2.1 バイトオーダとは? 45
    2.2.2 バイトオーダを確かめる(1) 46
    2.2.3 バイトオーダを確かめる(2) 46
   2.3 typedef 48
    2.3.1 typedefの復習 48
    2.3.2 typedefと構造体 48
    2.3.3 システムデータ型 49
   2.4 複雑な型 50
    2.4.1 複雑な宣言の例 50
    2.4.2 Cの宣言の読み方 51
    2.4.3 例 : signalの型 51
   2.5 ライブラリ関数とシステムコールの違い 53
   2.6 ビット演算 54
   2.7 可変長引数:stdarg.h 57
    2.7.1 可変長引数とは何か? 57
    2.7.2 可変長引数を持つ関数を呼び出す 58
    2.7.3 可変長引数を持つ関数を定義する 59
   2.8 章末問題 62
第3章 低水準入出力 63
   3.1 UNⅨにおけるファイル 63
   3.2 ファイル入出力の基本手順 64
   3.3 ファイルを開く : open 65
   3.4 ファイル記述子 66
   3.5 ファイルを閉じる : close 67
   3.6 ファイルから読む : read 68
   3.7 ファイルに書く:write 71
   3.8 ファイルの複製 73
   3.9 標準入力,標準出力,標準エラー出力 75
   3.10 位置決め : lseek 78
   3.11 穴 81
   3.12 電話帳プログラムを作る 83
    3.12.1 試作プログラム1 83
    3.12.2 試作プログラム2 85
   3.13 ファイルを複数のプロセスで操作する場合 89
    3.13.1 file構造体 89
    3.13.2 ファイル操作の不可分性 92
    3.13 3 不可分性を扱うプログラミング 94
   3.14 ファイルモード作成マスク(umask) 95
   3.15 ファイルを小さくする:truncate,ftruncate 97
   5.16 ファイルに対する様々な操作:fcntl 98
   3.17 エラー処理に関する補足 100
    3.17.1 ブロックと遅いシステムコール 100
    3.17.2 遅いシステムコールでのエラー処理 101
   3.18 章末問題 102
第4章 標準入出力ライブラリ 105
   4.1 ストリーム- 106
   4.2 緩衝機能 108
    4.2.1 緩衝機能の役割 108
    4.2.2 緩衝方法の種類 109
    4.2.3 緩衝機能の設定 : setbuf,setvbuf 109
   4.3 標準入力,標準出力,標準エラー出力のストリーム 110
   4.4 標準入出力ライブラリを使った読み書き 112
    4.4.1 1文字ずつの読み書き 112
    4.4.2 1行ずつの読み書き 115
    4.4.3 ストリームのエラー処理 118
    4.4.4 読んだ文字を戻す:ungetc 121
   4.5 書式つき入出力 125
    4.5.1 書式つき出力 125
    4.5.2 書式つき入力 128
   4.6 ストリームの位置決め 133
   4.7 バイナリ入出力:fread,fwrite 134
   4.8 標準入出力ライブラリを使う場合の注意 135
    4.8.1 バッファの状態を意識する 135
    4.8.2 ストリームとその下にあるファイル記述子とを意識する 137
    4.8.3 読み書きモードのストリームにおける制限 137
    4.8.4 テキストファイルとバイナリファイルの区別をするシステムについて 138
   4.9 章末問題 139
第5章 プロセス 141
   5.1 プロセスとプログラムの関係 142
   5.2 環境変数 145
   5.3 プロセスを終了する : exit 149
   5.4 プロセスを作る : fork 150
   5.5 親プロセスと子プロセスに別の動作をさせる 152
   5.6 子プロセスが親プロセスから引き継ぐ情報 154
   5.7 プログラムを実行する : exec 155
   5.8 exec関数群の使い分け 157
   5.9 シェルの動作 162
   5.10 子プロセスを待つ : wait 163
   5.11 背景実行 168
   5.12 入出力切替 171
   5.13 プロセスが作る才構造 176
   5.14 章末問題 178
第6章 ファイルシステム 179
   6.1 ファイルシステムの概略 180
    6.1.1 経路名 180
    6.1.2 ファイルの種類 182
    6.1.3 ファイルの操作制御の原理 183
    6.1.4 様々なユーザ識別子とグループ識別子 186
    6.1.5 ユーザ識別子設定とグループ識別子設定 187
   6.2 ファイルシステムの内部構造 190
    6.2.1 iノード 190
    6.2.2 ディレクトリとリンク 192
    6.2.3 リンクの役割 194
    6.2.4 シンボリックリンク 197
    6.2.5 iノードとリンクで見たファイルシステム 199
   6.3 ファイルシステムの操作 199
    6.3.1 作業ディレクトリに関する操作 : getcwd,chdir,fchdir 200
    6.3.2 ディレクトリの内容を読む 202
    6.3.3 ディレクトリを書き換える:link,symlink,mkdirなど 206
    6.3.4 ファイルの属性を得る:stat,lstat,fstat 210
    6.3.5 ファイルの属性を変更する:chmod,chownなど 220
    6.3.6 ファイルシステムに関するその他の操作 221
   6.4 章末問題 222
第7章ファイル記述子のコピーとパイプ:dup,duP2,pipe 223
   7.1 ファイル記述子のコピー:dup,dup2 223
    7.1.1 ファイル記述子のコピーとは? 223
    7.1.2 シェルのリダイレクションを実現する 224
    7.1.3 dup 226
   7.2 パイプ:pipe 227
    7.2.1 パイプとは? 227
    7.2.2 pipe(2)の使い方 228
    7.2.3 シェルのパイプを作る 231
    7.2.4 パイプの使用上の注意 234
   7.3 コマンドを実行してパイプでつなぐ:popenとpclose 235
   7.4 章末問題 240
第8章ソケット通信入門 241
   8.1 クライアント・サーバ・モデル 241
   8.2 用語 242
   8.3 ソケットとは 242
   8.4 ソケットを操作する関数 243
    8.4.1 ソケットを作る : socket 244
    8.4.2 ソケットに名前をつける : bind 245
    8.4.3 ソケットで接続の受け付けを開始する : listen 247
    8.4.4 クライアントからの接続を受け入れる : accept 248
    8.4.5 ソケットに接続する : connect 249
    8.4.6 ソケットの入出力を停止する : shutdown 250
    8.4.7 ソケットを廃棄する 251
   8.5 ネットワーク入出力に関する注意 251
   8.6 簡単な通信プログラム 251
   8.7 並行サーバ 256
   8.8 入出力の多重化 : select 260
   8.9 ホスト名からIPアドレスへの変換 : gethostbyname 265
   8.10 ソケットを用いたその他のプロセス間通信 268
   8.11 プロトコル独立なプログラム 269
   8.12 章末問題 271
第9章シグナルと競合状態 273
   9.1 ^Cとkillコマンド : 暴走したプロセスの強制終了 273
   9.2 シグナルとは? 274
   9.3 シグナルの種類とデフォルト動作 275
   9.4 SIGALRM シグナルとalarm 278
   9.5 シグナルハンドラの設定(1) : signal 280
   9.6 例題:もく゛ら叩きゲームwhackamole.c 283
   9.7 シグナル待機とシグナル送信 : pause,kill,raise 285
    9.7.1 pauseはシグナルを待つ 285
    9.7.2 killとraiseはシグナルを送信する 286
   9.8 signalのどこがよくないのか? 290
   9.9 シグナルハンドラの設定(2) : sigaction 292
   9.10 シグナルのマスク(ブロック):sigpromask,sigsuspend 299
   9.11 競合状態:シグナル処理が難しい理由 300
    9.11.1 競合状態(1):シグナルのタイミング 300
    9.11.2 競合状態(2):大域変数へのアクセス 302
    9.11.3 シグナルハンドラ中で使うべきではない関数がある 311
   9.12 waitせずにゾンビを避けたい 312
   9.13 プロセスグループ,ジョブ制御,セッション,制御端末+ 312
    9.13.1 プロセスグループ 312
    9.13.2 ジョブとジョブ制御 316
    9.13.3 セッション,制御端末 317
   9.14 章末問題 320
第10章 端末(1)端末,端末ラインティシプリン,termios 構造体 321
   10.1 端末=キーボード+ディスプレイ 321
   10.2 端末処理の概要 322
   10.3 端末 : 4つの身近な話題 323
    10.3.1 エスケープシーケンスって何? 323
    10.3.2 リターンキーを押さすにキー入力を得るには? 324
    10.3.3 なせ^Cを押すとSIGINTか送信される? 326
    10.3.4 scriptコマンドとteeコマンドの違いは何? 328
   10.4 端末とデバイスファイル 330
   10.5 端末ラインディシプリンとは何か? 332
    10.5.1 端末ラインディシプリンの主な役割 332
    10.5.2 端末の設定がおかしくなったら 333
   10.6 termios 構造体 334
    10.6.1 termios 構造体とは? 334
    10.6.2 termios 構造体のプログラム例 336
    10.6.3 特殊制御文字とフラグICANON とISIG 338
    10.6.4 termios 構造体て用いるフラグのマクロ一覧 340
   10.7 章末問題 346
第11章 端末(2)エスケープシーケンス,curses ライブラリ,擬似端末 347
   11.1 エスケープシーケンスescape sequence 347
   11.2 terminfo 349
   11.3 curses ライブラリ 355
    11.3.1 まずcurses を使ってみよう 355
    11.3.2 curses ライブラリの使い方 356
    11.3.3 curses ライブラリの主な関数 356
    11.3.4 例題 : curses て倉庫番風ゲームを作ろう 357
   11.4 擬似端末pseudo terminal 366
    11.4.1 端末かどうかを意識する場合 366
    11.4.2 擬似端末とは? 369
    11.4.3 擬似端末のAPI 372
    11.4.4 擬似端末のプログラム例 : pty.c 373
   11.5 章末問題 377
第12章 非局所脱出 setjmp,longjmp 379
   12.1 構造化プログラミングの教え : goto 文はなるべく使わない 379
   12.2 非局所脱出とは? 380
   12.3 setjmpとlongjmpの使い方(1) 381
   12.4 setjmpとlongjmpの使用上の注意 383
   12.5 setjmpとlongjmpの使い方(2) 386
   12.6 sigsetjmp/siglongjmpとシグナル処理 388
   12.7 setjmpとlongjmpの仕組み 392
   12.8 章末問題 394
参考文献 395
用語集 397
索引 427
第1章 Cの復習(1):マニュアルの読み方,エラー処理,構造体,共用体 1
   1.1 オンラインマニュアル(man)の読み方 1
    1.1.1 manコマンド 1
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