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1.

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1. スクリプト言語の作り方 : 2週間でできる! = A new scripting language in 2 weeks
千葉滋著
出版情報: 東京 : 技術評論社, 2012.3  xvi, 367p ; 21cm
シリーズ名: Software design plusシリーズ
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2.

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2. 実践バイオインフォマティクスプログラミング
屋比久友秀著
出版情報: 東京 : 秀和システム, 2005.9  x, 517p ; 24cm
所蔵情報: loading…
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   まえがきⅲ
第1章バイオインフォマティクスの背景 1
   1.1主要な研究分野 2
   1.1.1配列解析 2
   1.1.2タンパク質の構造解析 4
   1.1.3パスウェイ解析 5
   1.2遺伝子 7
   1.2.1分子生物学 7
   1.2.2セントラルドグマ 8
   1.3タンパク質 10
   1.3.1遺伝暗号 10
   1.3.2立体構造 11
   1.3.3タンパク質の機能 12
第2章コンピュータの利用 15
   2.1バイオコンピューディング環境の概要 16
   2.2Windowsにおけるバイオコンピューティング環境の構築 17
   2.2.1PerlonWindows 17
   2.2.2RubyonWindows 25
   2.2.3PythononWindows 29
   2.2.4Javaonfindows 34
   2.3Linuxにおけるバイオコンピューティング環境の構築 40
   2.3.1PerlonLinux 40
   2.3.2RubyonLinux 45
   2.3.3PythononLinux 46
   2.3.4JavaonLinux 48
   2.4MacOSXにおけるバイオコンピューティング環境の構築 50
   2.4.1JavaonMacOSX 50
   2.4.2×110nMacOSX 55
   2.4.3Xcode20nMacOSX 59
   2.5仮想コンピュータ 66
   2.5.1Cygwin 66
   2.5.2VMware 74
   2.5.3coLinux 76
   2.5.4KnoppixforBio 90
第3章バイオデーターベース 91
   3.1塩基配列データベース 92
   3.1.1GenBank 92
   3.1.2EMBL 99
   3.1.3DDBJ 103
   3.1.4その他の核酸データベース 104
   3.2タンパク質アミノ酸配列データベース 107
   3.2.1PIR 107
   3.2.2SwissProt 108
   3.2.3その他のタンパク質アミノ酸配列データベース 108
   3.3タンパク質立体構造データベース 110
   3.4パスウェイデータベース 113
   3.5文献データベースPubMed 116
   3.6GO(GeneOntology) 118
   3.7統合データベース 121
   3.7.1NCBIEntrez 121
   3.7.2DBGET 122
第4章バイオインフォマッティクスツール 123
   4.1相同性検索 124
   4.1.1BLAST 124
   4.1.2FASTA 133
   4.1.3HMMER 137
   4.1.4BLAT 139
   4.2統計解析 143
   4.2.1R(統計解析ツール) 143
   4.2.2BioConductor 151
第5章バイオプログラミング入門
   5.1オブジニクト指向プログラミングとは 156
   5.2Subversidnを用いた開発 160
   5.2.1SubversiononWindows 161
   5.2.2SubversiononLinux 173
   5.2.3SubversiononMacOSX 179
   5.3Eclipseを用いた開発 180
   5.3.1EclipseonWindows 180
   5.3.2EclipseonLinux 198
   5.3.3EclipseonMacOSX 199
   5.3.4PerlonEclipSe 199
   5.3.5RubyonEclipse 213
   5.3.6PythononEclipse 219
   5.4Perlによるオブジェクト指向プログラミング 230
   5.4.1クラスの作成 230
   5.4.2クラスの利用 234
   5.5Rubyによるオブジェクト指向プログラミング 236
   5.5.1クラスの作成 236
   5.5.2クラスの利用 238
   5.5.3継承の利用 239
   5.6Pythonによるオブジェクト指向プログラミング 241
   5.6.1クラスの作成 241
   5.6.2クラスの利用 243
   5.7Javaによるオブジェクト指向プログラミング 244
   5.7.1クラスの作成 244
   5.7.2クラスの利用 248
第6章BioPerlプログラミング 251
   6.1BioPerlの概要 252
   6.2BioPerlインストール 254
   6.2.1BioPerbnWindows 254
   6.2.2BioPerlonLinux 256
   6.3BioPerlを用いたプログラミング 257
   6.3.1シークエンス操作 257
   6.3.2BLAST 265
   6.3.3モチーフ検索 270
第7章 BioRubyプログラミング 273
   7.1BioRubyの概要 274
   7.2BioRubyのインストール 276
   7.3BloRubyを用いたプログラミング 277
   7.3.1シークエンス操作 277
   7.3.2BLAST 282
   7.3.3PubMedを用いた論文検索 286
   7.3.4モチーフ検索 287
   7.3.5Pathway 288
第8章BioPythonプログラミング 291
   8.1BioPythonの概要 292
   8.2BloPythonのインストール 295
   8.2.1BioPythononWindows 295
   8.2.2BioPerlonLinuxandMacOSX 305
   8.3BioPythonを用いたプログラミング 310
   8.3.1シークエンス操作 310
   8.3.2GenBank 314
   8.3.3BLAST 317
   8.3.4PubMed 320
第9章BioJavaプログラミング 323
   9.1BioJavaの概要 324
   9.2BioJavaのインストール 327
   9.3BioJavaを用いたプログラミング 329
   9.3.1シークエンス操作 329
   9.3.2GenBank 331
   9.3.3BLAST 335
第10章BioPerlAPIリファレンス 345
   Bio::Seq 346
   Bio::SeqlO 352
   Bio::DB::GenBank 355
   Bio::DB::Fasta 356
   Bio::DB::Query::GenBank 359
   Bio::Tools::Run::RemoteBlast 361
   Bio::Tools::Run::StandAloneBlast 364
   Bio::Tools::BPIite 367
   Bio::Tools::BPIite::Sbjct 369
   Bio::Toois::BPIite::HSP 370
   Bio::Tools::BPbl2seq 371
   Bio::SearchlO 373
   Bio::Search::Hit::Hitl 375
   Bio::Search::HSP::HSPl 378
第11章BioRubyAPIリファレンス 383
   Bio::Sequence 384
   Bio::Sequence::NA 391
   Bio::Sequence::AA 395
   Bio::Fasta 396
   Bio::Fasta::Report 399
   Bio::Fasta::Report::Program 404
   Bio::Fasta::Report::Hit 405
   Bio::Blast 409
   Bio::Blast::Default:Report::Hit 414
   Bio::Blast::Default:Report::Hsp 416
   Bio::FlatFile 418
第12章BioPythonAPIリファレンス 423
   Bio.Alphabet.IUPAC 424
   Bio.Seq.seq 425
   Bio.Seq.MutableSeq 426
   Bio.Transcribe 431
   Bio.Transcribe.Transcribe 431
   Bio.Translate 432
   Bio.Translate.Translator 433
   Bio.Fasta 435
   Bio.Fasta,Dictionary 436
   Bio.Fasta.lterator 437
   Bio.Fasta.Record 439
   Bio.Fasta.RecordParser 439
   Bio.Fasta.SequenceParser 439
   Bio.GenBank 440
   Bio.GenBank.Dictionary 443
   Bio.GenBank.ErrorParser 444
   Bio.GenBank.FeatureParser 445
   Bio.GenBank.1terator 445
   Bio.GenBank.NCBIDictionary 446
   Bio.GenBank.RecordParser 447
   Bio.PubMed 447
   Bio.PubMed.Dictionary 450
   Bio.Blast.NCBIWWW 451
   Bio.Blast.NCBIWVW.BlastParser 454
   Bio.Blast.NCBIStandalone 455
   Bio.Blast.NCBIStandalne.BlastErrorParser 457
   Bio.Blast.NCBIStandalne.BlastParser 457
   Bio.Blast.NCBIStandalne.lterator 458
   Bio.Blast.NCBIStandalne.PSIBIastParser 459
第13章BioJavaAPIリファレンス 461
   org.biojava.bio.symbol.AlphabetManager 462
   org.biojava.bio.seq.DNATools 466
   org.biojava.bio.seq.RNATools 470
   org.biojava.bio.seq.ProteinTools 475
   org.biojava.bio.symbol.SimpleAlphabet 480
   org.biojava.bio.seq.io.SeqIOTools 482
   org.biojava.bio.dist.DistributionTools 488
   org.biolava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser 491
   org.biolava.bio,program.ssbind.SeqSimilarityAdapter 493
   org.biojava.bio.program.ssbind.BlastLikeSearchBuilder 495
   org.biojava.bio.program.ssbind.FastaSearchSAXParser 498
   org.biojava.bio.seq.db.DummySequenceDB 501
   org.biojava.bio.seq.db.DummySequenceDBInstallation 502
   索引 503
   まえがきⅲ
第1章バイオインフォマティクスの背景 1
   1.1主要な研究分野 2
3.

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3. バイオプログラミング : バイオインフォマティクス演習
松尾洋著
出版情報: 東京 : オーム社, 2005.5  xiii, 254p ; 26cm
シリーズ名: Ohm bio science books
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はじめに iii
序章 1
   1.　遺伝子 2
   2.　DNA 2
   3.　遺伝コード 3
   4.　タンパク質の立体構造 6
   5.　折り畳み問題 8
   6.　立体構造と機能 9
   7.　分子生物学の進展 9
   8.　cDNA 10
   9.　ゲノム計画 11
   10.　構造ゲノミクス 11
   11.　バイオインフォマティクス 11
第1章　プログラム作成の指針 13
   1.1　アプリケーションフレームワーク 14
   1.2　パラメタ設定 15
   1.3　プログラムの作成 16
   1.4　Appの派生クラスの作成手順 16
   1.5　へッダーファイル 17
   1.6　命名規則 17
   1.7　ディレクトリ構成 18
   1.8　Makefile 21
   1.9　デバッグ作業 27
   1.10　プログラムの実行 27
第2章 ゲノムと遺伝子 29
   2.1　ゲノムの比較 30
   例題2.1　近縁生物種のゲノム配列を比較せよ.
   2.1.1　DNA配列 32
   2.1.2　配列データの入力 33
   2.1.3　同一部分配列の探索 34
   2.1.4　アプリケーションプログラムの作成 35
   2.1.5　プログラムの実行例 40
   練習問題 41
   2.2　遺伝子予測 42
   例題2.2　DNA配列の中から，タンパク質をコードする領域を見つけよ.
   2.2.1　DNA配列 43
   2.2.2　ORF 43
   2.2.3　遺伝コード 44
   2.2.4　アプリケーションプログラムの作成 45
   2.2.5　プログラムの実行例 49
   練習問題 51
第3章　タンパク質のアミノ酸配列 53
   3.1　配列アラインメント 58
   例題3.1　2つのタンパク質のアミノ酸配列の最適なアラインメントを求めよ.
   3.1.1　アミノ酸置換行列 57
   3.1.2　配列アラインメント 58
   3.1.3　ダイナミックプログラミング 58
   3.1.4　アプリケーションプログラムの作成 59
   3.1.5　プログラムの実行例 66
   練習問題 69
   3.2　配列データベース検索 70
   例題3.2　タンパク質アミノ酸配列データベースの中から，与えられたアミノ酸配列と類似する配列を高速に検出し，類似領域のアラインメントを作成せよ.
   3.2.1　プログラムの作成 71
   3.2.2　ペブチド出現箇所の列挙 72
   3.2.3　データベース検索 72
   3.2.4　アプリケーションプログラムの作成 73
   3.2.5　プログラムの実行例 77
   練習問題 80
第4章　タンパク質の機能 83
   配列モチーフ検索 84
   例題4.1　アミノ酸配列データベースの中から，与えられた配列パターンを持つ配列を検出せよ.
   4.1.1　Boost正規表現ライブラリ 85
   4.1.2　アプリケーションプログラムの作成 86
   4.1.3　プログラムの実行列 89
   練習問題 90
   4.2　膜貫通領域予測 91
   例題4.2　アミノ酸配列中で，細胞膜を貫通している領域を予測せよ.
   4.2.1　疎水性指標 92
   4.2.2　膜貫通領域予測 93
   4.2.3　アプリケーションプログラムの作成 93
   4.2.4　プログラムの実行例 96
   練習問題 97
第5章　タンパク質の立体構造 99
   PDB形式 100
   例題5.1　PDB形式のファイルからデータを読込み，ファイル中に含まれる分子の数，各分子の種類，原子数，アミノ酸残基数，等の情報を表示せよ.
   5.1.1　PDBレコード 102
   5.1.2　PDBエントリー 103
   5.1.3　アプリケーションプログラムの作成 104
   5.1.4　プログラムの実行例 118
   練習問題 125
   5.2　分子構造データの表 126
   例題5.2　特定のファイル形式に依存せずに分子の立体構造データを保持するクラスを作成せよ.
   5.2.1　原子 126
   5.2.2　分子 126
   5.2.3　アプリケーションプログラムの作成 127
   5.2.4　プログラムの実行例 135
   練習問題 136
第6章　低分子化合物の構造 137
   SDF形式 138
   例題6.1　SDF形式のファイルからデータを読込み，ファイル中に含まれる各分子について，原子数と原子間の共有結合の数を表示せよ.
   6.1.1　SDF形式 128
   6.1.2　アプリケーションプログラムの作成 139
   6.1.3　プログラムの実行例 149
   練習問題 149
   6.2　構成原子の特性 150
   例題6.2　分子の構成原子の物理化学的特性を定義せよ.
   6.2.1　構成原子の属性 150
   6.2.2　PATTYの方法 151
   6.2.3　アプリケーションプログラムの作成 152
   6.2.4　プログラムの実行例 179
   練習問題　181
第7章　分子構造の解析 183
   7.1　タンパク質の二次構造 184
   例題7.1　立体構造座標データを用いて，タンパク質の二次構造を定義せよ.
   7.1.1　二次構造 185
   7.1.2　アプリケーションプログラムの作成 186
   7.1.3　プログラムの実行例 193
   練習問題 196
   7.2　溶媒露出表面積 197
   例題7.2　分子中の各原子の溶媒露出表面積を計算せよ.
   7.2.1　溶媒露出表面積の計算 199
   7.2.2　アプリケーションプログラムの作成 199
   7.2.3　プログラムの実行例 203
   練習問題 206
第8章　分子構造の比較 209
   8.1立体構造の最適重ね合せ 210
   例題8.1　2つの分子があって，どの原子同士が対応するかがわかっているものとする.これら分子の立体構造座標データが与えられた時，対応原子が最適に重ね合わされるように分子の座標を変換せよ.
   8.1.1　最適重ね合せ 210
   8.1.2　アプリケーションプログラムの作成 211
   8.1.3　プログラムの実行例 215
   練習問題 216
   8.2　立体構造の類似性の検出 217
   例題8.2　2つの分子の立体構造の類似性を判定せよ.
   8.2.1　構造アラインメント 219
   8.2.2　低分子化合物の構造アラインメント 220
   8.2.3　タンパク質の構造アラインメント 221
   8.2.4　アプリケーションプログラムの作成 222
   8.2.5　プログラムの実行例 231
   練習問題 233
補章A1　ビット列 235
補章A2　固有値・固有ベクトル 235
文献 241
索引 247
はじめに iii
序章 1
   1.　遺伝子 2
4.

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4. オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス
オープンバイオ研究会編
出版情報: 東京 : 東京電機大学出版局, 2008.2  xi, 250p ; 26cm
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第１章　オープンバイオ概要 1
   1.1　バイオインフォマティクスの歴史 1
   　1.1.1　フリーソフトウェアの文化 2
   　1.1.2　プログラミング言語 2
   　1.1.3　ライブラリ開発とオープンバイオの誕生 5
   1.2　オープンソースのバイオインフォマティクスツール 6
   　1.2.1　BioPerl，BioPython，BioJava 6
   　1.2.2　EMBOSS 6
   　1.2.3　Bioconductor 7
   　1.2.4　BioMOBY 7
   　1.2.5　myGrid，Taverna 7
   1.3　日本でのオープンバイオの取り組み 7
   　1.3.1　BioRuby，ChemRuby 7
   　1.3.2　ゲノム解析環境 : G-language 8
   　1.3.3　細胞シミュレーション環境 : E-Cell 8
   　1.3.4　KNOB 9
   1.4　オープンバイオを支えるコミュニティ 9
   　1.4.1　O｜B｜F 9
   　1.4.2　BOSC 9
   　1.4.3　BioHackathon 9
   　1.4.4　オープンバイオ研究会 10
   1.5　今後の方向性 11
   　1.5.1　Bio*プロジェクトの状況 11
   　1.5.2　ウェブサービス 11
   　1.5.3　統合環境 12
   　1.5.4　ポストゲノムへ 13
   1.6　オープンであることの意義 13
   　1.6.1　なぜ「オープン」か 13
   　1.6.2　オープンアクセスジャーナルなどの動き 14
   1.7　バイオインフォマティクス環境 : KNOB 14
   　1.7.1　バイオインフォマティクスのツールがすぐに使える 15
   　1.7.2　既存の環境を変更することなくLinuxが利用できる 15
   　1.7.3　さまざまなデータベースを扱うことができる 16
   　1.7.4　オープンソースプロジェクトである 18
   参考サイト 18
   参考文献 19
第２章　配列解析 20
   2.1　公共データベースから配列データを取得する 20
   　2.1.1　EMBOSSを活用する 20
   　2.1.2　配列の情報を得る 22
   2.2　RT-PCRのプライマーを設計する 28
   2.3　siRNAを設計する 30
   2.4　ドットプロットをつくる 32
   2.5　ペアワイズで配列整列させる 34
   　2.5.1　スコアリング 34
   　2.5.2　大域的整列をさせる 36
   　2.5.3　局所的整列をさせる 38
   2.6　類似した配列をもつ遺伝子を検索する 40
   　2.6.1　BLAST（Basic Local Alignment Search Tool） 40
   　2.6.2　類似度の評価 41
   　2.6.3　BLASTのデータベースを用意する 42
   　2.6.4　BLASTで相同性検索を実行する 43
   　2.6.5　BLASTの出力結果をプログラムで処理する 45
   2.7　マルチプルアラインメントし保存配列を同定する 48
   　2.7.1　ClustalWはどのような計算をしているのか 48
   　2.7.2　マルチプルアラインメントする配列を用意する 50
   　2.7.3　ClustalWでマルチプルアラインメントを実行する 50
   　2.7.4　マルチプルアラインメントの結果を表示する 51
   2.8　配列中のモチーフを検索する 52
   　2.8.1　HMMERはどのような計算をしているのか 53
   　2.8.2　モチーフ検索する配列を用意する 53
   　2.8.3　検索するモチーフの隠れマルコフモデルを用意する 53
   　2.8.4　HMMERでモチーフ検索を実行する 54
   　2.8.5　隠れマルコフモデルを構築する 55
   2.9　mRNAのゲノムへのマッピング 56
   　2.9.1　SpideyやBLATはどのような計算をしているのか 57
   　2.9.2　mRNAとゲノムの配列を用意する 57
   　2.9.3　Spideyでゲノムにマッピングする 57
   　2.9.4　BLATでゲノムにマッピングする 59
   2.10　標的候補遺伝子を検索する 60
   　2.10.1　DBTSSで転写上流配列を取得する 61
   　2.10.2　TRANSFACのデータを取得する 61
   　2.10.3　tfscanで転写因子結合部位を検索する 62
   　2.10.4　転写因子結合部位をEnsemblで表示する 63
   　2.10.5　転写因子結合部位をUCSC Genome Browserで表示する 67
   参考文献 67
第３章　バクテリアゲノム解析 68
   3.1　はじめに 68
   　3.1.1　G-language GAEとは 69
   3.2　G-language GAEの基本的な使い方 70
   　3.2.1　グラフィカルユーザーインタフェースによる解析 70
   　3.2.2　G-languageシェル 75
   3.3　G-languageによるバクテリアゲノム解析 81
   　3.3.1　GC skewと複製開始・終結点の関係 81
   　3.3.2　シグナルオリゴ配列の傾向 89
   　3.3.3　全オリゴの複製方向バイアス 92
   　3.3.4　遺伝子の複製方向バイアス 95
   　3.3.5　遺伝子発現量と複製方向バイアス 97
   3.4　おわりに 101
   参考サイト 101
   参考文献 101
第４章　マイクロアレイ解析 103
   4.1　はじめに 103
   　4.1.1　RとBioconductorとは 104
   　4.1.2　マイクロアレイとは 104
   4.2　Bioconductorの使い方 105
   　4.2.1　マイクロアレイデータの入手と読み込み 105
   　4.2.2　バックグラウンド補正と正規化 108
   　4.2.3　データの可視化 109
   　4.2.4　データ解析 112
   　4.2.5　遺伝子オントロジーを使った解析 117
   　4.2.6　ファイルへの出力 119
   　4.2.7　ヘルプの閲覧 121
   4.3　おわりに 121
   参考文献 122
第５章　遺伝子ネットワーク解析 123
   5.1　パスウェイデータベース 123
   5.2　KEGGにおけるパスウェイ表現 123
   　5.2.1　KGMLとBioPAX 126
   　5.2.2　KEGG API 127
   5.3　パスウェイの遺伝子探索 127
   　5.3.1　PPAR-γの載っているパスウェイ 127
   　5.3.2　PPAR-γの標的遺伝子を探す 130
   　5.3.3　PPAR-γの遺伝子ファミリーを検索する 137
   5.4　パスウェイ上の遺伝子をリストアップする 141
   　5.4.1　遺伝子発現データの視覚化 141
   　5.4.2　細胞内局在予測の視覚化 146
   参考サイト 154
第６章　リガンド解析 155
   6.1　はじめに 155
   6.2　グラフアルゴリズム 155
   　6.2.1　化合物の同一性 156
   　6.2.2　化合物の部分構造 156
   　6.2.3　化合物に共通の骨格 157
   6.3　化合物の表現方法 157
   　6.3.1　結合表 157
   　6.3.2　線形表現 158
   　6.3.3　ビット列表現 160
   6.4　化合物の物性・活性推定 162
   　6.4.1　構造活性相関 162
   　6.4.2　原子団寄与法 163
   6.5　公共データベース 163
   　6.5.1　PubChem 164
   　6.5.2　KEGG 164
   6.6　プログラミングによる解析 164
   　6.6.1　ChemRuby 164
   　6.6.2　設計 167
   　6.6.3　PubChemの検索 168
   　6.6.4　IUPAC名からの化合物構造の取り出し 169
   　6.6.5　２次元構造の描画 170
   　6.6.6　部分構造検索 171
   　6.6.7　KEGG LIGAND Compoundの検索 172
   　6.6.8　経路指紋の生成 174
   　6.6.9　PubChem SubsKey 176
   　6.6.10　類似度の計算 178
   　6.6.11　最大共通部分グラフの計算 179
   　6.6.12　化合物の性質推定 179
   6.7　おわりに 180
   参考文献 181
   参考図書 181
   化合物データベース 182
付録 183
   A.　KNOBの操作方法 183
   　A.1　KNOBの起動と終了 183
   　A.2　簡単なKNOBの使い方 184
   　　A.2.1　エディタの起動 184
   　　A.2.2　データを保存する 185
   　　A.2.3　保存したデータを次回起動時に利用する 187
   　　A.2.4　その他のブートオプション 188
   B.　シェル入門 189
   　B.1　シェルの起動 189
   　B.2　ディレクトリの移動と操作 190
   　B.3　ファイルの操作 195
   　B.4　テキストファイルの操作 197
   C.　BioRubyシェル 203
   　C.1　BioRubyシェルの使い方 203
   　C.2　Ruby on Railsを使ったウェブインタフェース 207
   D.　プログラミング・クックブック 210
   　D.1　塩基配列を読み込んでアミノ酸配列に翻訳 210
   　D.2　EMBOSSを利用した解析データの取得と操作 211
   　D.3　フラットファイルを利用したデータ取得 215
   　D.4　ウェブサービスを利用したデータ取得 217
   　D.5　ゲノム配列処理 222
   E.　UNIX必須30コマンド 227
コラム
   PPAR-γとは iv
   Bioinformatics の年表 3
   Chemoinformatics の年表 4
   g2sとは 74
   GC skewとは 82
   χ配列とは 89
   Codon Adaptation Index (CAI)とは 97
   細胞シュミレーションの試み 124
第１章　オープンバイオ概要 1
   1.1　バイオインフォマティクスの歴史 1
   　1.1.1　フリーソフトウェアの文化 2
5.

図書
図書
5. 創るJava : NetBeansでつくって学ぶJava GUI & Webアプリケーション : Java SE 6/Servlet 3.0/JSP2.2対応. 改訂第3版
きしだなおき著
出版情報: 東京 : 毎日コミュニケーションズ, 2009.9  671p ; 24cm
所蔵情報: loading…
6.

図書
図書
6. ScamperとRaspberry Piで学ぶROS2プログラミング入門
鹿貫悠多著
出版情報: 東京 : オーム社, 2021.5  viii, 238p ; 26cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1部 ROS2学習のための準備編 : ROS,Raspberry Pi,Scamper
Raspberry Piのセットアップ
ROS2のインストール
ROS2
第2部 ROSプログラミング基礎編 : ROS2のパッケージ作成
トピックを用いた通信
サービスを用いた通信
パラメータの使い方
Launchファイルの使い方
第3部 ROSプログラミング応用編 : カメラを利用したROS2プログラム
全方向移動ロボットの制御
カメラを用いた色検出
ステレオカメラを用いた三次元復元
第1部 ROS2学習のための準備編 : ROS,Raspberry Pi,Scamper
Raspberry Piのセットアップ
ROS2のインストール
概要: ROSプログラムの基礎から応用(移動制御/画像処理/ロボットアーム制御)までを学ぼう!ROS2+Raspberry Pi4によりプログラミングの基礎を学び、さらに研究開発・教育用ロボット「Scamper2」を教材に、より実践的なロボットシス … テム構築を解説。 続きを見る
7.

図書

東工大
目次DB
図書
東工大
目次DB
7. バイオインフォマティクスのためのプログラミング入門
藤宮仁著
出版情報: 東京 : オーム社, 2003.12  ix, 182p ; 26cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
はじめに
第1章　生体機能とプログラム
   1.1　バイオサイエンスの発想でみるソフトウェア 1
   1.1.1　バイオサイエンス的発想からみたオブジェクト指向 1
   1.1.2　細胞との類似性からみるソフトウェアの動き 5
   1.1.3　プログラムのモチーフ 5
   1.1.4　各種OSとWindowsの位置付け 8
   1.1.5　インターネット上で出会う各種OSの文字コードと改行コード 10
   1.1.6　プログラムを作るにあたって 11
   1.2　Excel VBAプログラミング入門 13
   1.2.1　事前準備 13
   1.2.2　VBエディタの起動 15
   1.2.3　各モジュールの作成方法 18
   1.2.4　プログラムをタイプする・デバグする 23
   1.2.5　ExcelVBAの構成と動作 27
   1.2.6　モジュールとプロシージャ 30
   1.2.7　ヘルプを利用する 31
   1.3　インターネットとセキュリティ 33
   1.3.1　インターネットのデータ表現 33
   1.3.2　簡単なセキュリティ向上策 35
   1.3.3　ウイルスやセキュリティホールなどに関して 36
第2章　ExcelでDNAシーケンスを管理する
   2.1　DNAシーケンス管理プログラム全体を整理する 38
   2.2　プログラムの作成 41
   2.2.1　プログラム作成の流れ 41
   2.2.2　各オブジェクトの説明 43
   2.3　各モジュールの解説 52
   2.3.1　ユーザフォーム・モジュール 52
   2.3.2　標準モジュール 59
第3章　BLAST検索プログラムをExcelから利用する
   3.1　BLASTをダウンロードしてインストールする 61
   3.1.1　解凍前にフォルダを準備 61
   3.1.2　解凍の実行 61
   3.1.3　初期設定ファイル”ncbi.ini”の作成 62
   3.2　BLASTデータベースを準備する 64
   3.2.1　NCBIからBLASTデータをダウンロードする 65
   3.2.2　手持ちのシーケンスをBLASTデータベース化する 67
   3.3　BLASTプログラムの動作確認 69
   3.4　BLAST検索プログラムの全体を整理する 71
   3.5　プログラムの作成と主要部分の解説 72
   3.5.1　ユーザフォームに「BLAST検索」ボタンの追加 72
   3.5.2　BLAST検索ボタンのイペントプロシージャ 73
第4章　アラインメントやクラスタリングをExcelから行う
   4.1　blastclustによるクラスタリング 80
   4.1.1　blastclustの動作確認 81
   4.1.2　blastclustプログラムの全体を整理する 82
   4.1.3　プログラムの作成と主要部分の説明 85
   4.2　bl2seqによるペアワイズ・アラインメント 88
   4.2.1　bl2seqの動作確認 89
   4.2.2　プログラムの説明 91
   4.3　ClustalWによるマルチプルアラインメント 97
   4.3.1　ClustalWをダウンロードする 97
   4.3.2　ClustalWの動作を確認する 98
   4.3.3　ClustalWプログラムの全体を整理する 100
   4.3.4　プログラム作成と主要部分の説明 101
第5章　WEB BLAST検索サービスをExcel VBAで制御する
   5.1　WEB BLAST検索サービスの概要 105
   5.1.1　BLAST検索の操作方法と画面遷移 107
   5.1.2　データ投入ページの構成 109
   5.1.3　処理中の表示ページ 111
   5.2　WEB BLAST検索プログラムの動作概要 112
   5.3　プログラムの解説 113
   5.3.1　ユーザフォームの作成 113
   5.3.2　WEB BLAST検索ボタンのプロシージャ 113
   5.4　インターネットブラウザの目的の情報を探す方法 123
第6章　さまざまなWEBサービスをExcel VBAで制御する
   6.1　ClustalWをWEBサービスで実行する 125
   6.1.1　ClustalWサービスの概要 125
   6.1.2　WEB ClustalWプログラムの動作 130
   6.1.3　WEB ClustalWプログラムの作成 132
   6.2　MotifをWEBサービスで実行する 137
   6.2.1　Motif検索サービスの概要 137
   6.2.2　WEB Motif検索プログラムの動作概要 140
   6.2.3　WEB Motif検索プログラムの作成 142
   6.3　SOSUI　をWEBサービスで実行する 145
   6.3.1　SOSUI WEBサービスの概要 145
   6.3.2　WEB SOSUIプログラムの動作 149
   6.3.3　WEB SOSUIプログラムの作成 150
第7章　VBScriptを利用する
   7.1　VBScriptの基礎（Windows Scripting Host） 156
   7.1.1　VBScriptの概要 156
   7.1.2　VBScriptの基礎 157
   7.1.3　VBScriptの簡単な説明 160
   7.2　正規表現を用いたテキスト処理 165
   7.2.1　正規表現とは 165
   7.2.2　正規表現の例 167
   7.2.3　VBScript RegExpオブジェクト 167
付録　インターネットエクスプローラ　オブジェクトの概要 170
索引 178
はじめに
第1章　生体機能とプログラム
   1.1　バイオサイエンスの発想でみるソフトウェア 1
8.

図書
図書
8. RaspberryPi2で電子工作をはじめよう!
高橋隆雄著
出版情報: 東京 : 秀和システム, 2016.3  295p ; 24cm
シリーズ名: たのしい電子工作
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1章 Raspberry : Piを買った!はやる気持ちを抑えて初期設定
第2章 : 最初はやっぱり“Lチカ”その方法を調べてみる
第3章 : インターネットラジオを聞けるようにしてみた!
第4章 : 「時計」を作るという選択肢
第5章 : 面白く、実用的にさらなる改良を目指そう!
第6章 : これまでの工作を形にしよう!
第1章 Raspberry : Piを買った!はやる気持ちを抑えて初期設定
第2章 : 最初はやっぱり“Lチカ”その方法を調べてみる
第3章 : インターネットラジオを聞けるようにしてみた!
9.

図書
図書
9. Raspberry Pi 2とWindows 10ではじめるIoTプログラミング
宇田周平, 林宜憲著
出版情報: 東京 : マイナビ, 2015.11  ix, 217p ; 26cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1章 : IoTってなんだろう
第2章 Windows 10 IoT : Coreをセットアップしよう
第3章 Windows 10 IoT : Coreを使ってみよう
第4章 : IoTガジェットを作ろう
第5章 : IoTゲートウェイを作ろう
第6章 : IoT実践
第1章 : IoTってなんだろう
第2章 Windows 10 IoT : Coreをセットアップしよう
第3章 Windows 10 IoT : Coreを使ってみよう
概要: Windows 10 IoT Core開発環境のセットアップを行い、Raspberry Pi 2活用の基礎から解説。温度/湿度/気圧を計測できるセンサー、WebカメラとPIRセンサーを組み合わせた防犯カメラ等のガジェットを作成します。またI … oTゲートウェイでインターネットに接続し、クラウドへのデータ蓄積・活用を解説します。 続きを見る
10.

図書
図書
10. 独習Perl. 第2版
武藤健志, トップスタジオ編著
出版情報: [東京] : 翔泳社, 2004.7  viii, 357p ; 23cm
所蔵情報: loading…
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