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1.

図書

東工大
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藤博幸編
出版情報: 東京 : 講談社, 2006.12  viii, 158p ; 26cm
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はじめに iii
第1章 バイオインフォマティクスへの招待 1
   1.1 バイオインフォマティクスとは何だろう ◇藤 博幸 2
    1.1.1 バイオインフォマティクスの生まれた時代 2
    1.1.2 核酸の塩基配列決定技術の進展 2
    1.1.3 ゲノムプロジェクトの進展とバイオインフォマティクスの形成 3
    1.1.4 バイオインフォマティクスの拡大 4
   1.2 バイオインフォマティクスを学ぶための分子生物学入門 ◇小笠原直毅 6
    1.2.1 生物の基本単位である細胞 6
    1.2.2 生物の遺伝現象の背景にある遺伝子 8
    1.2.3 遺伝子としてのDNAの構造 15
    1.2.4 タンパク質合成の分子機構 18
    1.2.5 DNAクローニング技術とイントロンの発見 22
    1.2.6 ゲノムの構造 24
    1.2.7 遺伝子発現の調節機構 28
    1.2.8 遺伝子・タンパク質の機能ネットワーク 30
    1.2.9 DNA配列の突然変異と進化 31
第2章 バイオインフォマティクスによる個別の解析 35
   2.1 配列解析 ◇大安裕美 37
    2.1.1 はじめに 37
    2.1.2 相同配列比較の基礎 37
     A. 相同タンパク質 37
     B. 機能の保存とモチーフ 40
     C. 分子時計 41
     D. 立体構造の保存 42
    2.1.3 相同配列を比較してみよう 42
     A. データベース検索 42
     B. マルチプルアラインメント 45
     C. アラインメントからの情報抽出 46
    2.1.4 配列解析の研究 49
     A. データベース検索による機能予測の衝撃 49
     B. 弱い類似性からモチーフを探せ―PSI-BLASTの利用 49
     C. 進化の過程の追跡から機能を予測せよ―分子進化系統樹の利用 51
    2.1.5 今後の課題 52
   2.2 タンパク質の立体構造解析 ◇川端 猛 53
    2.2.1 はじめに 53
     A. タンパク質の立体構造解析とは 53
     B. 生体高分子の立体構造データ 54
     C. 立体構造を描画するためのソフトウェア 55
     D. 構造バイオインフォマティクスとは 56
    2.2.2 タンパク質立体構造の分類学 57
     A. 立体構造の分類学の必要性 57
     B. 配列の類似性と立体構造の類似性 57
     C. 立体構造分類データベースSCOP 59
     D. 立体構造の比較プログラム 62
    2.2.3 立体構造予測 64
     A. 立体構造予測とは 64
     B. ab initio法 64
     C. ホモロジーモデリング法 65
     D. 立体構造予測コンテストCASP 66
    2.2.4 立体構造からの機能の予測・理解 67
     A. 生物学者にとっては機能が大事 67
     B. ポケット形状の同定による低分子結合部位の予測 67
     C. 静電相互作用の計算による核酸の結合サイトの予測 68
     D. タンパク質の動的なゆらぎの解析 70
    2.2.5 おわりに 72
第3章 バイオインフォマティクスによるゲノムワイドな解析 77
   3.1 ゲノム塩基配列解析 ◇平川英樹 79
    3.1.1 ゲノムとは 79
    3.1.2 塩基配列の決定方法 80
    3.1.3 ゲノム配列の決定方法 83
    3.1.4 遺伝子予測 87
    3.1.5 ゲノム配列決定後のコンピュータを用いた解析 88
    3.1.6 遺伝子の機能予測 93
    3.1.7 遺伝子の機能分類 93
    3.1.8 決定されたゲノムのマップ化 94
   3.2 トランスクリプトームとプロテオーム ◇油谷幸代 97
    3.2.1 トランスクリプトーム 98
     A. トランスクリプトーム解析の実験的手法 98
      a. GeneChip技術 99
      b. スポット型アレイ法(スタンフォード方式) 101
     B. アレイインフォマティクス 103
      a. クラスター解析 103
       (1) 階層的クラスター解析 104
       (2) 非階層的クラスター解析 106
      b. ネットワーク解析 107
    3.2.2 プロテオーム 114
     A. 発現プロテオーム 114
      a. 発現プロテオームの実験的手法 115
      b. 発現プロテオームのインフォマティクス 116
     B. 相互作用プロテオーム 117
      a. 相互作用プロテオームの実験的手法 117
      b. タンパク質問相互作用のインフォマティクス 119
       (1) 遺伝子の近接性保存による方法 119
       (2) 系統プロファイル法 120
       (3) ロゼッタストーン法 121
   3.3 パスウェイ解析 ◇五斗 進 124
    3.3.1 ゲノム解析とパスウェイ 124
    3.3.2 パスウェイデータベース 126
     A. パスウェイデータベースとは 126
     B. パスウェイの表現 127
     C. パスウェイデータベースの例 127
     D. リファレンスを用いたパスウェイ再構築 129
    3.3.3 パスウェイの経路探索 130
     A. 問題設定 130
     B. 反応パスウェイのグラフ表現と計算 130
     C. 反応パスウェイの代替経路計算 131
     D. 新規反応経路の予測 132
    3.3.4 パスウェイの比較と機能予測 133
     A. パスウェイ比較 133
     B. 系統プロファイルとパスウェイ 134
     C. パスウェイ比較の遺伝子機能予測への応用 135
    3.3.5 パスウェイ解析の最近の話題と今後 136
     A. パスウェイの特徴抽出 136
     B. パスウェイ解析の今後 136
   3.4 システム生物学 ◇岡本正宏 139
    3.4.1 はじめに 139
    3.4.2 システム同定・推定 140
    3.4.3 システム解析 145
    3.4.4 システム制御 149
    3.4.5 システム設計 150
   索引 155
はじめに iii
第1章 バイオインフォマティクスへの招待 1
   1.1 バイオインフォマティクスとは何だろう ◇藤 博幸 2
2.

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藤博幸編
出版情報: 東京 : 講談社, 2018.11  vi, 199p ; 26cm
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分子系統解析
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