Ein ärztlicher Ratschlag für Adam Reißner, Stadtschreiber zu Mindelheim (bei Memmingen), 1535
Das erste Buch der Großen Wundarznei, 1536
Das zweite Buch der Großen Wundarznei, 1536
Das (angebliche) dritte Buch der Großen Wundarznei vom Jahre 1537 (bekanntgegeben im Jahre 1579) : ein Fragment
Enwturf in Hohenheims eigner Hand zu einem Buche über die französische Krankheit, vermutlich zum 4. Teil der Großen Wundarznei, an König Ferdinand gerichtet
Zerstreute Zettel zur Wundarznei
Drei chirurgische Bücher, von Syphilis, Hautverschwärungen und Abszedierungen handelnd (von Huser als 3.-5. Buch bezeichnet)
Von Öffnung der Haut : ein Fragment
Zur "Kleinen Wundarznei" : Ausarbeitungen und Entwürfe
Drei weitere Konsilien, angeblich für die (Augsburger?) Familie von Zerotin, anno 1536, 24. Martij
Die Prognostikation auf 24 zukünftige Jahre (1537-1560), 23/26. August 1536
Ein mantischer Entwurf, "Geben zu München" (1536?)
Ein ärztlicher Ratschlag für Adam Reißner, Stadtschreiber zu Mindelheim (bei Memmingen), 1535
Zwei Briefe Hohenheims, an den Professor der Rechtsgelehrsamkeit Bonifazius Amerbach in Basel gerichtet, aus Kolmar am 28. Februar und 4. März 1528
Drei Bücher der Wundarznei, Bertheonei
Entwürfe, Notizen und Ausarbeitungen zur Bertheonea von Hohenheims eigener Hand, vorwiegend aus dem Anfange des Jahres 1528
Von allen ofnen Scheden, so aus der Natur geboren werden, siben Bücher, gewidmet an Konrad Wickram, Stetmeister zu Kolmar am 8. August 1528 ("De ulceribus".)
Vorarbeiten und Fragmente zu den Büchern "Von allen ofnen Schäden"
Von Blatern, Lähmi, Beulen, Löchern und Zitrachten der Franzosen und irs [i.e. ihres] Gleichen, inhaltend zehn schöne Bücher (von Chemie und Heilung der Franzosen neun Bücher) : Gewidmet dem Hieronymus Boner, oberstem Meister der Stadt Kolmar am 11. Juni 1528
Zwei Briefe Hohenheims, an den Professor der Rechtsgelehrsamkeit Bonifazius Amerbach in Basel gerichtet, aus Kolmar am 28. Februar und 4. März 1528
Drei Bücher der Wundarznei, Bertheonei
Entwürfe, Notizen und Ausarbeitungen zur Bertheonea von Hohenheims eigener Hand, vorwiegend aus dem Anfange des Jahres 1528
Intimatio Theophresti Medicae artis Studiosis, Basileae nonis Junii anno M.D.XXVII., das "Baseler Programm" vom 5. Juni 1527
De gradibus et compositionibus receptorum et naturalium, libri VII
Begleitbrief an Clauser, bei Übersendung des Manuskriptes der Gradus und Kompositionen 10. November 1527
Brief an die Züricher Studenten über Frobens Tod, 11. November 1527
Autographische Zettel und Entwürfe zu den Büchern De gradibus
Bruchstücke aus Kolleg-Nachschriften und andere Notizen aus der Baseler Vorlesung über die gleichen sieben Bücher im Sommer 1527, also aus Hohenheims Munde aufgezeichnet
Zwei Eingaben Hohenheims an den Rat der Stadt Basel im Sommer 1527
Zwei Hörer-Nachschriften aus der Vorlesung über chirurgische Krankheiten, von Apostemen, Geschwären, offenen Schäden, Sironen und andern Gewächsen, Sommer 1527
Von Aderlaß, Purgieren und Schröpfen
De modo pharmacandi, erstes Buch
Bruchstückweise Ausarbeitungen zum vorhergehenden ersten Buche und zu den weiteren beiden Büchern des Modus pharmacandi
Deutsche Kommentare Hohenheims zu den Aphorismen des Hippokrates
De Urinarum ac pulsuum judiciis libellus, De physiognomia, quantum medico opus est : Hundtags-Vorlesung 1527, begonnen am 17. August. (Vorlesungs-Nachschrift)
Aus anderen Kollegienheften zur Baseler Harnschau-Vorlesung, August 1527
Deutsches zu Harnlehre, fragmentarisch, aber nach Hohenheims Autogramm
Intimatio Theophresti Medicae artis Studiosis, Basileae nonis Junii anno M.D.XXVII., das "Baseler Programm" vom 5. Juni 1527
De gradibus et compositionibus receptorum et naturalium, libri VII
Begleitbrief an Clauser, bei Übersendung des Manuskriptes der Gradus und Kompositionen 10. November 1527
De viribus membrorum, 6 Bücher (unvollständig), auch "De Spiritu vitae" benannt
Das Buch de mineralibus
De transmutationibus metallorum, es ist nur das neunte und zehnte Buch, De cementis und De gradationibus, vorhanden und ein versprengtes "Cementum super venerem ex marte."
Neun Bücher Archidoxis
Die beiden Bücher De renovatione et restauratione, und, Vom langen Leben
De vita longa, libri quinque
Deutsche Originalfragmente zu den fünf Büchern De vita longa
Liber Praeparationum, zwei Bücher (De praeparationibus.) Fragment
Proceß und Art des spiritus vitrioli
Libellus de xylohebeno, Entwürfe zu einer Guajakholz-Bereitung und -Kur, samt einer lateinischen Übersetzung des Oporinus, De ruptura compendium, De mumia libellus
Hohenheims Brief an Erasmus von Rotterdam
Scholia et observationes in Poemata Macri
Entwürfe tabellarisch gruppierter Übersicht allgemeiner Krankheitstypen (Theoricae figurae universalium morborum) und andere theoretische Fragmente
Fragmentarische Ausarbeitungen zu Anatomie und Physiologie
Von den ersten dreien Principiis, oder, Essentiis
De viribus membrorum, 6 Bücher (unvollständig), auch "De Spiritu vitae" benannt