| まえがきⅲ |
| 第1章バイオインフォマティクスの背景 1 |
| 1.1主要な研究分野 2 |
| 1.1.1配列解析 2 |
| 1.1.2タンパク質の構造解析 4 |
| 1.1.3パスウェイ解析 5 |
| 1.2遺伝子 7 |
| 1.2.1分子生物学 7 |
| 1.2.2セントラルドグマ 8 |
| 1.3タンパク質 10 |
| 1.3.1遺伝暗号 10 |
| 1.3.2立体構造 11 |
| 1.3.3タンパク質の機能 12 |
| 第2章コンピュータの利用 15 |
| 2.1バイオコンピューディング環境の概要 16 |
| 2.2Windowsにおけるバイオコンピューティング環境の構築 17 |
| 2.2.1PerlonWindows 17 |
| 2.2.2RubyonWindows 25 |
| 2.2.3PythononWindows 29 |
| 2.2.4Javaonfindows 34 |
| 2.3Linuxにおけるバイオコンピューティング環境の構築 40 |
| 2.3.1PerlonLinux 40 |
| 2.3.2RubyonLinux 45 |
| 2.3.3PythononLinux 46 |
| 2.3.4JavaonLinux 48 |
| 2.4MacOSXにおけるバイオコンピューティング環境の構築 50 |
| 2.4.1JavaonMacOSX 50 |
| 2.4.2×110nMacOSX 55 |
| 2.4.3Xcode20nMacOSX 59 |
| 2.5仮想コンピュータ 66 |
| 2.5.1Cygwin 66 |
| 2.5.2VMware 74 |
| 2.5.3coLinux 76 |
| 2.5.4KnoppixforBio 90 |
| 第3章バイオデーターベース 91 |
| 3.1塩基配列データベース 92 |
| 3.1.1GenBank 92 |
| 3.1.2EMBL 99 |
| 3.1.3DDBJ 103 |
| 3.1.4その他の核酸データベース 104 |
| 3.2タンパク質アミノ酸配列データベース 107 |
| 3.2.1PIR 107 |
| 3.2.2SwissProt 108 |
| 3.2.3その他のタンパク質アミノ酸配列データベース 108 |
| 3.3タンパク質立体構造データベース 110 |
| 3.4パスウェイデータベース 113 |
| 3.5文献データベースPubMed 116 |
| 3.6GO(GeneOntology) 118 |
| 3.7統合データベース 121 |
| 3.7.1NCBIEntrez 121 |
| 3.7.2DBGET 122 |
| 第4章バイオインフォマッティクスツール 123 |
| 4.1相同性検索 124 |
| 4.1.1BLAST 124 |
| 4.1.2FASTA 133 |
| 4.1.3HMMER 137 |
| 4.1.4BLAT 139 |
| 4.2統計解析 143 |
| 4.2.1R(統計解析ツール) 143 |
| 4.2.2BioConductor 151 |
| 第5章バイオプログラミング入門 |
| 5.1オブジニクト指向プログラミングとは 156 |
| 5.2Subversidnを用いた開発 160 |
| 5.2.1SubversiononWindows 161 |
| 5.2.2SubversiononLinux 173 |
| 5.2.3SubversiononMacOSX 179 |
| 5.3Eclipseを用いた開発 180 |
| 5.3.1EclipseonWindows 180 |
| 5.3.2EclipseonLinux 198 |
| 5.3.3EclipseonMacOSX 199 |
| 5.3.4PerlonEclipSe 199 |
| 5.3.5RubyonEclipse 213 |
| 5.3.6PythononEclipse 219 |
| 5.4Perlによるオブジェクト指向プログラミング 230 |
| 5.4.1クラスの作成 230 |
| 5.4.2クラスの利用 234 |
| 5.5Rubyによるオブジェクト指向プログラミング 236 |
| 5.5.1クラスの作成 236 |
| 5.5.2クラスの利用 238 |
| 5.5.3継承の利用 239 |
| 5.6Pythonによるオブジェクト指向プログラミング 241 |
| 5.6.1クラスの作成 241 |
| 5.6.2クラスの利用 243 |
| 5.7Javaによるオブジェクト指向プログラミング 244 |
| 5.7.1クラスの作成 244 |
| 5.7.2クラスの利用 248 |
| 第6章BioPerlプログラミング 251 |
| 6.1BioPerlの概要 252 |
| 6.2BioPerlインストール 254 |
| 6.2.1BioPerbnWindows 254 |
| 6.2.2BioPerlonLinux 256 |
| 6.3BioPerlを用いたプログラミング 257 |
| 6.3.1シークエンス操作 257 |
| 6.3.2BLAST 265 |
| 6.3.3モチーフ検索 270 |
| 第7章 BioRubyプログラミング 273 |
| 7.1BioRubyの概要 274 |
| 7.2BioRubyのインストール 276 |
| 7.3BloRubyを用いたプログラミング 277 |
| 7.3.1シークエンス操作 277 |
| 7.3.2BLAST 282 |
| 7.3.3PubMedを用いた論文検索 286 |
| 7.3.4モチーフ検索 287 |
| 7.3.5Pathway 288 |
| 第8章BioPythonプログラミング 291 |
| 8.1BioPythonの概要 292 |
| 8.2BloPythonのインストール 295 |
| 8.2.1BioPythononWindows 295 |
| 8.2.2BioPerlonLinuxandMacOSX 305 |
| 8.3BioPythonを用いたプログラミング 310 |
| 8.3.1シークエンス操作 310 |
| 8.3.2GenBank 314 |
| 8.3.3BLAST 317 |
| 8.3.4PubMed 320 |
| 第9章BioJavaプログラミング 323 |
| 9.1BioJavaの概要 324 |
| 9.2BioJavaのインストール 327 |
| 9.3BioJavaを用いたプログラミング 329 |
| 9.3.1シークエンス操作 329 |
| 9.3.2GenBank 331 |
| 9.3.3BLAST 335 |
| 第10章BioPerlAPIリファレンス 345 |
| Bio::Seq 346 |
| Bio::SeqlO 352 |
| Bio::DB::GenBank 355 |
| Bio::DB::Fasta 356 |
| Bio::DB::Query::GenBank 359 |
| Bio::Tools::Run::RemoteBlast 361 |
| Bio::Tools::Run::StandAloneBlast 364 |
| Bio::Tools::BPIite 367 |
| Bio::Tools::BPIite::Sbjct 369 |
| Bio::Toois::BPIite::HSP 370 |
| Bio::Tools::BPbl2seq 371 |
| Bio::SearchlO 373 |
| Bio::Search::Hit::Hitl 375 |
| Bio::Search::HSP::HSPl 378 |
| 第11章BioRubyAPIリファレンス 383 |
| Bio::Sequence 384 |
| Bio::Sequence::NA 391 |
| Bio::Sequence::AA 395 |
| Bio::Fasta 396 |
| Bio::Fasta::Report 399 |
| Bio::Fasta::Report::Program 404 |
| Bio::Fasta::Report::Hit 405 |
| Bio::Blast 409 |
| Bio::Blast::Default:Report::Hit 414 |
| Bio::Blast::Default:Report::Hsp 416 |
| Bio::FlatFile 418 |
| 第12章BioPythonAPIリファレンス 423 |
| Bio.Alphabet.IUPAC 424 |
| Bio.Seq.seq 425 |
| Bio.Seq.MutableSeq 426 |
| Bio.Transcribe 431 |
| Bio.Transcribe.Transcribe 431 |
| Bio.Translate 432 |
| Bio.Translate.Translator 433 |
| Bio.Fasta 435 |
| Bio.Fasta,Dictionary 436 |
| Bio.Fasta.lterator 437 |
| Bio.Fasta.Record 439 |
| Bio.Fasta.RecordParser 439 |
| Bio.Fasta.SequenceParser 439 |
| Bio.GenBank 440 |
| Bio.GenBank.Dictionary 443 |
| Bio.GenBank.ErrorParser 444 |
| Bio.GenBank.FeatureParser 445 |
| Bio.GenBank.1terator 445 |
| Bio.GenBank.NCBIDictionary 446 |
| Bio.GenBank.RecordParser 447 |
| Bio.PubMed 447 |
| Bio.PubMed.Dictionary 450 |
| Bio.Blast.NCBIWWW 451 |
| Bio.Blast.NCBIWVW.BlastParser 454 |
| Bio.Blast.NCBIStandalone 455 |
| Bio.Blast.NCBIStandalne.BlastErrorParser 457 |
| Bio.Blast.NCBIStandalne.BlastParser 457 |
| Bio.Blast.NCBIStandalne.lterator 458 |
| Bio.Blast.NCBIStandalne.PSIBIastParser 459 |
| 第13章BioJavaAPIリファレンス 461 |
| org.biojava.bio.symbol.AlphabetManager 462 |
| org.biojava.bio.seq.DNATools 466 |
| org.biojava.bio.seq.RNATools 470 |
| org.biojava.bio.seq.ProteinTools 475 |
| org.biojava.bio.symbol.SimpleAlphabet 480 |
| org.biojava.bio.seq.io.SeqIOTools 482 |
| org.biojava.bio.dist.DistributionTools 488 |
| org.biolava.bio.program.sax.BlastLikeSAXParser 491 |
| org.biolava.bio,program.ssbind.SeqSimilarityAdapter 493 |
| org.biojava.bio.program.ssbind.BlastLikeSearchBuilder 495 |
| org.biojava.bio.program.ssbind.FastaSearchSAXParser 498 |
| org.biojava.bio.seq.db.DummySequenceDB 501 |
| org.biojava.bio.seq.db.DummySequenceDBInstallation 502 |
| 索引 503 |
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