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東工大
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東工大
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田村隆明編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2010.1  231p ; 30cm
シリーズ名: 無敵のバイオテクニカルシリーズ ; . 遺伝子工学実験ノート / 田村隆明編||イデンシ コウガク ジッケン ノート ; 上
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改訂第3版 序[田村隆明]
初版 序[田村隆明]
第1章 実験をはじめるにあたって[田村隆明] 14
   1 遺伝子実験とは 14
   2 実験を組み立ててみる 14
   3 実験法選択の基準 16
   4 実験の上手な人はどこが違うのか 16
   5 実験材料を準備する 17
   6 遺伝子組換え実験関連法規 18
第2章 DNA実験の基本[田村隆明] 21
   1 実験機具,機器 21
   2 溶液 25
    [1] 実験で使う水
    [2] 準備する溶液
    [3] 溶液の作り方
   3 濃度と単位 26
   4 滅菌操作 27
   5 DNAの取扱い 31
    [1] 一般的な注意点
    [2] DNAを溶かす溶液
   6 DNAの検出と定量 33
    [1] DNAの紫外線吸収能
    [2] 分光光度計
    [3] エチジウムブロマイド
   7 DNAの濃縮 35
    7-1 エタノール沈殿 35
    7-2 イソプロパノール沈殿 37
    7-3 有機溶媒で濃縮する 37
   8 DNAの精製 38
    8-1 フェノール抽出 38
     [1] Tris/フェノールの調製
     [2] フェノール抽出の実際
    8-2 フェノール/クロロホルム抽出 40
    8-3 DEAE-セルロース 40
    8-4 ゲル濾過 41
第3章 大腸菌の取扱い[田村隆明] 43
   1 はじめに 43
   2 大腸菌について 43
    [1] 大腸菌とは
    [2] 大腸菌の遺伝子型と菌株
   3 培養の準備 45
    [1] 培地の種類
    [2] 培地添加物
    [3] 培養容器
    [4] インキュベーターとシェーカー
    [5] 滅菌と殺菌
    [6] 植菌器具
    [7] 実験台のセットアップ
   4 培地の作製 56
    [1] 培地の基礎知識
    [2] LB培地の作製
    [3] LBプレートの作製
    [4] M9培地の作製
   5 いろいろな培養法 64
    5-1 液体培地での培養 64
     [1] 少量培養
     [2] 大量培養
    5-2 プレート培養 67
     [1] 培地の乾燥
     [2] 画線培養
     [3] 塗り広げ培養
     [4] 注ぎ込み培養
     [5] マスタープレート作製
     [6] スポット培養
    5-3 大腸菌の増殖 72
    5-4 培養後の後処理 73
   6 菌株の保存と輸送 73
    [1] プレート保存
    [2] グリセロールストック
    [3] スタブ保存
    [4] 凍結乾燥法
    [5] 輸送方法
第4章 バクテリオファージの取扱い[与五沢真吾] 76
   1 はじめに 76
   2 ファージ力価の測定(プラークアッセイ) 76
   3 ファージの増殖 78
   4 ファージDNAの調製 80
第5章 プラスミドDNAの増幅と精製-DNAを増やす[与五沢真吾] 83
   1 プラスミドとは 83
    1-1 プラスミドの基礎知識 83
    1-2 プラスミドベクターの選択 84
   2 プラスミドの調製 84
    2-1 プラスミド調製の原理 85
    2-2 ボイルプレップ 85
    2-3 アルカリプレップ 87
     [1] ミニスケール(2mL)
     [2] ラージスケール(800mL)
   3 ポリエチレングリコール(PEG)によるプラスミド精製 95
   4 市販のキットを使ったプラスミド精製 96
   5 形質転換(トランスフォーメーション) 99
    5-1 コンピテントセルの作製 99
     [1] 塩化カルシウム法によるコンピテントセルの作製
     [2] エレクトロポレーション用コンピテントセルの作製
    5-2 形質転換(トランスフォーメーション) 103
     [1] 塩化カルシウム法によるコンピテントセルを用いた形質転換
     [2] エレクトロポレーション法による形質転換
第6章 核酸の酵素処理-DNAを加工する 106
   1 はじめに[中太智義] 106
   2 制限酵素処理[中太智義] 107
    2-1 制限酵素とその特性 107
     [1] 制限酵素とは
     [2] 認識配列
     [3] 断片末端の構造
     [4] 反応条件
    2-2 制限酵素反応の実際 110
     [1] 基本的な反応
     [2] 異なる制限酵素で切断する場合
     [3] その他の注意点
    2-3 DNAをマッピングする 115
   3 リガーゼ[中太智義] 117
    3-1 DNAリガーゼ 117
    3-2 T4 DNAリガーゼの性質 117
    3-3 キットについて 118
   4 DNA修飾酵素[中太智義] 119
    4-1 アルカリホスファターゼ(alkaline phosphatase) 119
    4-2 DNAメチラーゼ(DNAmethylase) 120
    4-3 クレノーフラグメント(Klenow fragment) 121
    4-4 バクテリオファージT4 DNAポリメラーゼ(Bacteriophage T4 DNA polymerase) 121
    4-5 バクテリオファージT4 ポリヌクレオチドキナーゼ(Bacteriophage T4 polynucleotide kinase : T4 PNK) 122
   5 ヌクレアーゼ[田村隆明] 122
    5-1 S1ヌクレアーゼ 123
    5-2 Mung Beanヌクレアーゼ 123
    5-3 Bal31ヌクレアーゼ 123
    5-4 DNaseI(デオキシリボヌクレアーゼI) 124
    5-5 エキソIIIヌクレアーゼ 124
    5-6 ラムダエキソヌクレアーゼ 124
    5-7 マイクロコッカルヌクレアーゼ 124
    5-8 RNaseH 125
   6 DNA合成酵素[田村隆明] 125
    6-1 末端デオキシヌクレオチド転移酵素 125
    6-2 逆転写酵素 125
第7章 DNA断片のサブクローニング-目的のDNAを手に入れる 126
   1 サブクローニングの流れ[中太智義] 126
   2 インサートDNAの用意[中太智義] 128
   3 ベクターの準備[中太智義] 130
    3-1 制限酵素の選択とベクターの末端形状 130
    3-2 脱リン酸化処理 130
    3-3 ベクター調製の実際 132
   4 ライゲーション[中太智義] 133
   5 インサートDNAの修飾・改変[中太智義] 135
    5-1 リンカーライゲーション 135
    5-2 メチル化DNAを用いたリンカーライゲーション 139
    5-3 突出末端の平滑化 141
    5-4 DNAを削る 143
   6 トランスフォーメーション(形質転換する)[中太智義] 146
   7 インサートDNAのチェック 146
    7-1 プラスミドの精製と制限酵素処理によるインサートチェック[中太智義] 147
    7-2 カラーセレクション[中太智義] 148
    7-3 PCRによるチェック[青木 務] 150
第8章 アガロースゲル電気泳動-大きなDNA断片の分離 153
   1 電気泳動の原理と種類[田村隆明] 153
   2 アガロースを選択する[田村隆明] 156
   3 試薬の調製[田村隆明] 156
   4 電気泳動の実際[田村隆明] 158
    [1] 通常ゲルの場合
    [2] ミニゲル(MuPid(R))を用いる方法
   5 DNAの検出 160
    5-1 エチジウムブロマイドによるDNAの検出[田村隆明] 160
    5-2 エチジウムブロマイドを含むアガロースゲルによるDNAの分離[田村隆明] 161
    5-3 SYBR(R)Green染色を用いたDNAの染色[小池千加] 162
   6 アガロースゲルからのDNAの回収[田村隆明] 163
    6-1 GENECLEAN(R)を用いる方法 163
    6-2 QIAGENのスピンカラムを使う方法 165
    6-3 それ以外のDNA回収方法 166
第9章 ポリアクリルアミドゲル電気泳動-小さなDNA断片の分離[小池千加] 168
   1 ポリアクリルアミドゲルについて 168
   2 試薬の調製 168
   3 ゲルの作製 168
   4 電気泳動の実際 171
   5 DNAの検出 172
   6 ポリアクリルアミドゲルからのDNAの回収 173
第10章 PCR法-DNAを試験管内で増やす[青木 務] 175
   1 PCR法の原理 175
   2 プライマーのデザイン 177
    2-1 Tmとプライマーのデザイン 177
    2-2 構造上避けるべきデザイン 178
    2-3 その他のデザイン上の注意点 179
    2-4 nestedプライマー 179
   3 耐熱性ポリメラーゼの選択 180
    3-1 pol I型DNAポリメラーゼ 180
    3-2 α型DNAポリメラーゼ 181
    3-3 混合型DNAポリメラーゼ(LA-PCR 用ポリメラーゼ) 182
    3-4 Hot start用DNAポリメラーゼ 182
   4 PCR 反応の実際 183
    4-1 PCRに用いられる機器の分類 184
     [1] 温度管理方式による分類
     [2] オイルフリーかどうか
     [3] 使用チューブ(プレート)の違い
   4 冷却方式の違い
    4-2 PCR反応液の組成 185
    4-3 サイクルの設定 186
     [1] プライマーのアニール温度
     [2] 各ステップの時間
     [3] サイクル数
     [4] 代表的なPCRサイクル
     [5] 修飾を加えたサイクル
    4-4 PCR 反応の例 189
    4-5 コンタミネーションの防止について 190
     [1] 試薬
     [2] ピペッティング
     [3] ネガティブコントロール
    4-6 Hot start 192
     [1] 後から成分を添加する方式
     [2] ワックスで隔壁を作る方式
     [3] Hot start用ポリメラーゼを用いる方式
   5 PCR 産物のサブクローニング 195
    5-1 PCR産物の精製 196
    5-2 平滑末端化 197
    5-3 TAクローニング法 199
     [1] TAベクターの作製
     [2] TAベクターへのサブクローニング
    5-4 制限酵素認識配列の付加 202
     [1] プライマーのデザイン
     [2] 制限酵素サイトへのサブクローニング
●トラブルシューティング 205
●付録 実験で役立つ便利なデータ集[田村隆明] 215
   1. 汎用溶液の組成と調製 215
   2. 主なプラスミドベクター 218
   3. マスタープレート用台紙 219
   4. 主な制限酵素の性質 220
   5. DNA分子量マーカーの泳動パターン 223
   6. 主なバッファーの組成表 224
   7. 遠心回転数と重力加速度 225
   8. 遺伝コード 225
   9. ヌクレオチドデータ 225
   10. DNAに関する換算式 225
   11. カルタヘナ法の概要(二種使用等に関連するものについて) 226
●索引 228
改訂第3版 序[田村隆明]
初版 序[田村隆明]
第1章 実験をはじめるにあたって[田村隆明] 14
2.

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東工大
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田村隆明編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2010.1  215p ; 30cm
シリーズ名: 無敵のバイオテクニカルシリーズ ; . 遺伝子工学実験ノート / 田村隆明編||イデンシ コウガク ジッケン ノート ; 下
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第1章 DNAシークエンシング-遺伝子の配列を読む 14
   1 はじめに[松浦 徹] 14
   2 アイソトープを用いるジデオキシ法(サンガー法)[松浦 徹] 14
    2-1 原理 15
    2-2 実際の手順 17
   3 オートシークエンサー(ABI310について)[松浦 薫] 21
    [1] セットアップ
    [2] ランの開始
    [3] データ解析
    [4] プリントアウトまたはデータの保存
    [5] メンテナンス
第2章 プローブ作製法-遺伝子検出のアイテムをつくる[小西慶幸] 31
   1 二本鎖DNAプローブ 32
    1-1 ランダムプライマー法 33
   2 末端標識プローブ 34
    2-1 T4ポリヌクレオチドキナーゼによる標識 34
    2-2 クレノーフラグメントによる標識 36
    2-3 T4 DNAポリメラーゼによる標識 38
3 RNAプローブ 39
   4 合成オリゴヌクレオチドプローブ 41
   5 カラムを用いたプローブの精製 41
    5-1 ポリプレップカラムを用いた精製 42
    5-2 スピンカラムを用いた精製 43
第3章 ゲノムDNAの解析-遺伝子構造を調べる 45
   1 ゲノムDNAの調製[田村隆明] 45
    1-1 SDS/フェノール法による精製 46
    1-2 DNA精製用キットを用いる精製 49
   2 サザンブロッティング[嶋田美穂] 50
    2-1 制限酵素による断片化 51
    2-2 アガロース電気泳動 52
    2-3 ブロッティング 54
     [1] キャピラリーブロッティング
     [2] エレクトロブロッティング
    2-4 ハイブリダイゼーション 60
第4章 RNAの取扱いと調製-遺伝子発現解析の準備 64
   1 RNAの取扱いについて[田村隆明] 64
    1-1 RNA実験の前に 64
     [1] RNAの物質的特徴
     [2] 留意すべき事柄
    1-2 実験にとりかかる 65
     [1] 実験室とベンチ周辺の整備
     [2] 器具,試薬を準備する
   2 RNAの抽出 67
    2-1 出発材料の準備[青木 務] 67
     [1] 培養細胞の破砕
     [2] 組織の破砕
    2-2 AGPC法による抽出[青木 務] 73
    2-3 細胞質RNAの抽出法(Nonidet(R) P-40を用いた抽出法)[青木 務] 77
    2-4 RNeasy(R)キットを用いた方法[嶋田美穂] 81
    2-5 TRIzol(R)を使う方法[田村隆明] 84
    2-6 セシウム-超遠心法によるRNAの大量抽出[青木 務] 87
   3 ポリA+RNAの精製[青木 務] 92
    3-1 Oligo-dT30ラテックスビーズを用いる方法 92
    3-2 Oligo-dTセルロースを用いたカラムクロマトグラフィー 95
第5章 遺伝子発現の解析 100
   1 はじめに[青木 務] 100
   2 ノーザンブロッティング[青木 務] 101
    2-1 泳動とブロッティング 102
    2-2 ハイブリダイゼーション 106
   3 RNaseプロテクションアッセイ[嶋田美穂] 108
   4 RT-PCR法[青木 務] 115
    [1] RNAの抽出
    [2] 逆転写反応
    [3] PCR反応
   5 RACE法[青木 務] 117
    5-1 5’RACE法の原理 118
    5-2 TdTを用いた5’RACE法 119
     [1] 逆転写反応
     [2] プライマーの除去
     [3] ホモポリマーの付加(Tailing)
     [4] PCR反応
     [5] PCR産物の検出と回収
    5-3 3’RACE法 125
   6 リアルタイムPCR[小池千加] 126
    6-1 リアルタイムPCRの原理 126
     [1] SYBR(R) Green(サイバーグリーン)法
     [2] TaqMan(R)(タックマン)法
    6-2 リアルタイムPCRと必要な準備 128
     [1] プライマー,プローブの設計
     [2] RNAサンプルのDNase処理
     [3] cDNA合成
     [4] リアルタイムPCR
    6-3 解析方法 134
     [1] 標準曲線の作成
     [2] 融解曲線解析
     [3] Threshold line
     [4] Comparative Ct法(ΔΔCt法)
   7 DNAマイクロアレイ[関 直彦] 138
    7-1 DNAマイクロアレイ開発の歴史 138
    7-2 DNAマイクロアレイの基礎知識 139
     [1] DNAマイクロアレイの種類と原理
     [2] DNAマイクロアレイを用いた遺伝子解析研究の組み立て方
    7-3 DNAマイクロアレイによる遺伝子解析の流れ 141
    7-4 DNAマイクロアレイを用いたゲノム医学解析への応用例 143
    7-5 DNAマイクロアレイの展望 145
第6章 動物細胞へのDNA導入-遺伝子のはたらきを調べる[1] 147
   1 DNA導入の基礎知識[田中祐司] 147
    1 はじめに
    2 細胞へのDNA導入の意義
    3 細胞へのDNA導入方法の種類
    4 DNA導入を行う培養細胞について
    5 DNA導入効率の検討について
   2 リポフェクション法 150
    2-1 原理[田中祐司] 150
    2-2 LipofectamineTM2000を用いる方法[田中祐司] 151
    2-3 HilyMaxを用いた方法[与五沢真吾] 153
    2-4 Fugene(R)6を用いる方法[田中祐司] 155
   3 エレクトロポレーション[田中祐司] 156
   4 ヌクレオフェクション[田中祐司] 158
   5 リン酸カルシウム法[小西慶幸] 159
    5-1 原理 159
    5-2 実験方法 160
第7章 RNAiによる遺伝子抑制-遺伝子のはたらきを調べる[2] 163
   1 はじめに[小西慶幸] 163
    1-1 背景と原理 163
    1-2 RNAiの手法 164
     1 siRNA法
     2 shRNA法
   2 RNAi 実験の準備[小西慶幸] 165
    2-1 抑制配列の決定の基本 165
    2-2 RNAi効果の評価方法 166
   3 siRNAの調製 167
    3-1 siRNA配列のデザイン[小西慶幸] 167
    3-2 Silencer(R) siRNA Construction Kitを用いる[白石征士] 168
    3-3 StealthTM RNAi[小西慶幸] 172
   4 RNAi ベクターの作製[小西慶幸] 175
    4-1 pSUPER RNAi SystemTM 175
    4-2 それ以外のベクター 178
   5 細胞へのRNAi用核酸の導入 178
    5-1 導入方法の検討[小西慶幸] 178
    5-2 RNAi専用リポフェクション[与五沢真吾] 179
第8章 遺伝子情報の取得と解析-バイオデータベースを活用する[与五沢真吾] 181
   1 はじめに 181
   2 データベースへのアクセス-配列情報の取得 181
    2-1 特定遺伝子および遺伝子産物の情報(DNA塩基配列,アミノ酸配列等) 181
    2-2 SNP情報 184
    2-3 プロモーター情報 186
    2-4 スプライシング部位 189
   3 ホモロジー(相同性)検索 193
   4 おわりに 199
●トラブルシューティング 200
●付録 インターネットを利用した情報収集[与五沢真吾] 210
●索引 212
第1章 DNAシークエンシング-遺伝子の配列を読む 14
   1 はじめに[松浦 徹] 14
   2 アイソトープを用いるジデオキシ法(サンガー法)[松浦 徹] 14
3.

図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2012.10  252p ; 26cm
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4.

図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 講談社, 2014.7  iv, 203p ; 21cm
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5.

図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 裳華房, 2014.11  vi, 168p ; 21cm
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目次情報: 続きを見る
生物の特徴と細胞
分子と代謝
遺伝と遺伝子
核酸の構造
DNAの合成・分解にかかわる酵素とその利用
複製のしくみ
DNAの組換え、損傷、修復
RNAの合成と加工
転写の制御
RNAの多様性とその働き
タンパク質の合成
真核細胞のゲノムとクロマチン
細菌の遺伝要素
分子遺伝学に基づく生命工学
生物の特徴と細胞
分子と代謝
遺伝と遺伝子
6.

図書

図書
田村隆明, 村松正實著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2016.12  x, 268p ; 21cm
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目次情報: 続きを見る
第1部 分子生物学を学ぶ前に : 生物学の流れと分子生物学
生物学を理解するための基礎知識
生物と細胞
第2部 遺伝関連物質 : 遺伝物質DNAの発見
核酸:DNAとRNA
アミノ酸とタンパク質
第3部 基礎となる分子遺伝学 : 遺伝情報の保存:DNA複製
DNAの変異、損傷、修復
DNAの組換え
RNAの合成および加工
タンパク質の合成:翻訳
細菌の分子遺伝子学
第4部 核酸に関する普遍的技術 : DNAの取扱い
遺伝子組換え操作:遺伝子工学
第5部 真核生物の分子生物学 : 染色体とクロマチン
真核生物のゲノム生物学
細胞調節におけるRNAの役割
真核細胞の増殖と制御
高次生命現象の分子生物学的理解
分子生物学が関わる技術
第1部 分子生物学を学ぶ前に : 生物学の流れと分子生物学
生物学を理解するための基礎知識
生物と細胞
7.

図書

図書
田村隆明, 浦聖惠編著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2017.3  xii, 250p ; 21cm
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目次情報: 続きを見る
基礎生物学における遺伝子発現制御研究の状況とその展望
第1部 クロマチンの構造とその変換 : クロマチンの構造と染色体
ヒストンバリアント ほか
第2部 転写制御の素過程 : RNAポリメラーゼ2
転写の開始 ほか
第3部 生命現象と転写制御 : 発生と分化
細胞増殖とがん化 ほか
第4部 エピジェネティックな転写制御 : 位置効果バリエゲーション
ゲノムインプリンティング ほか
基礎生物学における遺伝子発現制御研究の状況とその展望
第1部 クロマチンの構造とその変換 : クロマチンの構造と染色体
ヒストンバリアント ほか
8.

図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2011.10  262p ; 26cm
所蔵情報: loading…
9.

図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 講談社, 2012.11  viii, 247p ; 21cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
1部 : 安全なバイオ実験のための予備知識
2部 : バイオ実験で使用する危険・有害物質
3部 : バイオ実験で注意を要する機器と操作
4部 : 注意すべき生物個体使用実験
5部 : 研究室を安全に維持するための目標
付録1 : ヒト材料取り扱いの注意と倫理
付録2 : 遺伝子組換え実験
付録3 : バイオ実験に関連する法規
1部 : 安全なバイオ実験のための予備知識
2部 : バイオ実験で使用する危険・有害物質
3部 : バイオ実験で注意を要する機器と操作
概要: 危険な実験操作や機器・試薬の取り扱いはもちろん、管理や廃棄のしかたまでサポート。RI実験や動物実験など、生命科学分野に特有の内容にも完全対応。バイオ実験に関連する法規など、役に立つ資料も充実。
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図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 裳華房, 2013.11  vi, 216p ; 26cm
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生命工学の基礎(1):細胞、代謝、発生、分化、増殖
生命工学の基礎(2):遺伝子と遺伝情報
核酸の性質と基本操作
組換えDNAをつくり、細胞に入れる
RNAとRNA工学
タンパク質、糖鎖、脂質に関する生命工学
組成を変えた細胞や新しい動物をつくる
医療における生命工学の利用
一次産業で使われるバイオ技術
生命反応や生物素材を利用・模倣する
環境問題やエネルギー問題に取り組む
生命工学の基礎(1):細胞、代謝、発生、分化、増殖
生命工学の基礎(2):遺伝子と遺伝情報
核酸の性質と基本操作
概要: 生命工学が関わる幅広い領域を、生物学から医学・薬学や農学、化学、そして工学まで、余すところなくカバー。厳選した101個のキーワードを見開き2頁に収め、見やすさを重視。明快な文章と豊富な図で、基礎から応用までを詳しく解説。生命工学の基礎固めに 最適の一冊。 続きを見る
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図書

図書
田村隆明著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2017.11  269, 1p ; 26cm
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図書

図書
Jordanka Zlatanova, Kensal E. van Holde著 ; 田村隆明監訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2018.9  xxix, 573p ; 26cm
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細胞そしてその先へ:分子生物学の世界
古典的遺伝学から分子遺伝学へ
タンパク質
核酸
組換えDNA:原理と応用
タンパク質‐核酸相互作用
遺伝暗号、遺伝子、ゲノム
遺伝物質の物理構造
細菌の転写
真核生物の転写〔ほか〕
細胞そしてその先へ:分子生物学の世界
古典的遺伝学から分子遺伝学へ
タンパク質
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