| はじめに |
| 1. 分子構造システムMOLSの概要 1 |
| 1.1 システムを構成するプログラムの概略 3 |
| 1.2 ファンクションキーの働き 7 |
| 1.3 しばしば用いられるルーチンの操作法 11 |
| 1.4 立体視の準備 15 |
| 1.5 演算、作画のスピード 15 |
| 補足1.1 TABLEの代わりにTABLを標準的に使う場合 16 |
| 補足1.2 ハードディスク,RAMディスクの利用 17 |
| 補足1.3 原子種を示す色の変更 17 |
| 補足1.4 ステレオ対の視差 17 |
| 補足1.5 ステレオ対の色の組み合わせ変更 17 |
| 補足1.6 EPSON系プリンタを用いるときの注意 18 |
| 補足1.7 サブディクトリにある構造データファイルのコピー 18 |
| 2. 分子構造 (結合距離,結合角,コンホメーションなど)の調節,置換基導入 19 |
| 2.1 MOLEの使い方 20 |
| 補足2.1 カラーコード指定のスキップ 31 |
| 補足2.2 分子構造データの書式 31 |
| 補足2.3 置換基の書式 33 |
| 補足2.4 ファイルの分類について 34 |
| 補足2.5 ARRANGEの使い方 34 |
| 補足2.6 ORDERの使い方 35 |
| 補足2.7 結合距離,結合角,ねじれ角の印刷,あるいは表示方法の変更 35 |
| 3. 分子構造の立体視-連続回転 36 |
| 3.1 DYNAの使い方 37 |
| 補足3.1 PC-9801シリーズの8色モードの場合 39 |
| 補足3.2 原子球の色 40 |
| 補足3.3 カラー表示の切り換え 40 |
| 補足3.4 モノクローム(単色)のプリンターで分子のハードコピーを行なう方法 41 |
| 補足3.5 指定した結合のまわりのねじれ角のみを表示する方法 43 |
| 4. ポロペプチド(蛋白質)の構造 44 |
| 4.1 PROTの使い方 52 |
| 4.2 SECOの使い方 56 |
| 4.3 FRAGの使い方 58 |
| 補足4.1 アミノ酸コード 59 |
| 補足4.2 内部回転とらせんパラメータ 59 |
| コラム4.1 cro リプレッサーの特徴 59 |
| 5. 核酸の構造 60 |
| 5.1 NUCLの使い方 62 |
| 補足5.1 原子種を示す色の変更 63 |
| コラム5.1 塩基対の水素結合 64 |
| コラム5.2 薬物と核酸の相互作用 64 |
| 6. 一般の高分子の構造 65 |
| 6.1 POLYの使い方 68 |
| 補足6.1 モノマー単位の書式 72 |
| 補足6.2 モノマーファイルの加工 73 |
| 補足6.3 HELI用ファイルを作るときの注意 74 |
| 補足6.4 環状分子 74 |
| 7. らせん分子の構造 75 |
| 7.1 HELIの使い方 75 |
| 補足7.1 円筒座標データファイルの書式 76 |
| 補足7.2 円筒座標データファイルをSECOまたはPOLYで作る方法 77 |
| 8. 分子の集合(分子複合体)の構造,構造比較 78 |
| 8.1 COMPの使い方 78 |
| コラム8.1 包接化合物,複合体の例 81 |
| 9. いかにして基本データを得るか 82 |
| 9.1 CRYSの使い方 85 |
| 9.2 結晶構造解析の報告例 88 |
| 補足9.1 入力パラメータの確認 90 |
| 10. 応用問題の手引き 91 |
| 10.1 ナフタリンからペリレンを作る 91 |
| 10.2 ペリレンからコロネンを作る 93 |
| 10.3 N-アセチルグルコサミンからN-アセチルムラミン酸を作る 93 |
| 10.4 リゾチームの基質であるNAM―NAG-NAM-NAG-NAM-NAGを作る第一段階としてNAM-NAGの分子を作る 96 |
| 10.5 アクチノマイシンとDNAの相互作用モデルを作る 97 |
| 10.6 ヘモグロビン分子のヘムとαヘリックスセグメントの結合 (側鎖とヒスチジンと鉄の配位結合による)を作る 98 |
| 練習問題10.1 フェナントレンの分子を作る 99 |
| 練習問題10.2 リゾチームの真の器質である NAG―NAM-NAG-NAM-NAG-NAM を作る 100 |
| 11. あとがきにかえて 101 |
| 付録 操作のフローチャート,ディスクの内容など 103 |
| 1 操作のフローチャートについて 103 |
| 2 ディスクの内容 106 |
| 3 構造データファイル 107 |
| プログラムリスト |
| 1. M.BAS 125 |
| 2. MOLE.BAS 分子構造を変化させる 126 |
| 3. DYNA.BAS 分子構造のステレオ.カラー表示など 142 |
| 4. PROT.BAS 蛋白質の構造と側鎖付加 149 |
| 5. SECO.BAS 蛋白質の高次構造など 157 |
| 6. FRAG.BAS ポリペプチドの連結 163 |
| 7. NUCL.BAS 核酸の構造 167 |
| 8. POLY.BAS ポリマーの構造 171 |
| 9. HELI.BAS らせんの構造 177 |
| 10. COMP.BAS 複合体の構造と構造比較 180 |
| 11. CRYS.BAS 結晶座標からの直交座標への変換 185 |
| 12. TABLE.BAS データファイルのコメントを読む 191 |
| 13. ORTH.BAS 直交座標入力による分子構造ファイルの作成 191 |
| 14. ARRANGE.BAS ファイル内での原子の配列順変更 192 |
| 15. ORDER. BAS 原子種の番号整理 194 |
| 16. TABL.BAS データファイル名をリスト,コメントを読む 195 |
| 17. BONDICM.BAS 結合距離,結合角,ねじれ角の画面表示 196 |
| データファイルの内容 |
| 1. 置換基のファイル 198 |
| 2. アミノ酸側鎖のファイル 198 |
| 3. 核酸データファイル 199 |
| 4. モノマーデータファイル 200 |
| 5. 円筒座標ファイル 202 |
| 6. 結晶構造データファイル 203 |
| 7. 分子構造データファイル 204 |
| 索引 211 |
図書
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