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1.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
佐藤矩行 [ほか] 著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2004.6  ix, 238p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ進化学 / 石川統 [ほか] 編集 ; 4
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   編集にあたって
   序生物界の広がりと体制の多様性 1
   1生物界の広がり 2
   2植物の多様性 6
   3動物の多様性 9
   ●コラム生物の系統類縁関係に関する分子系統学的解析 5
   生物の分類法 8
   動物の発生 12
1現代進化発生学の勃興一遺伝子の普遍性と進化 21
   1動物の発生と発生遺伝子 22
   2ショウジョウバエの発生を制御する発生遺伝子群 24
   3ホメオボックス遺伝子の普遍性と動物の体の前後軸形成 30
   4背腹軸の決定メカニズム 38
   5動物の眼の形成と発生遺伝子 41
   6心臓をつくりだす遺伝子の共通性 46
   ●コラムシュペーマンのオーガナイザーの分子的実体 42
   細胞の極性の決定メ力ニズム 43
   個体の大きさや寿命に関与する遺伝子群の普遍性 48
2動物の発生と進化 53
   1無脊椎動物の発生と進化 53
   1多細胞動物の起源と海綿動物 54
   2二胚葉動物は三胚葉動物とどれだけ違うか 56
   3左右相称動物の進化とその幼生型 59
   4線虫 : その発生と進化 67
   5ウニの発生遺伝子ネットワーク 71
   ●コラム線虫C.エレガンス 69
   ヘテロクロニック遺伝子 70
   II節足動物の多様な形態を生むメカニズム 75
   1体節の形成メカニズムと進化 77
   2付属肢の形成と進化 90
   ●コラムRNA干渉(RNAI)の遺伝子機能解析への応用 79
   脊椎動物の体節形成 86
   III脊索動物の起源と進化の発生メカニズム 99
   1オタマジャクシ型体制の出現 100
   2脊索形成の分子メカニズム 103
   3左右相称動物の神経系の進化と脊索動物の背側神経管の形成 108
   4鯉裂と内柱 117
   ●コラムナメクジウオ:脊椎動物への進化の道しるべ? 116
   IV脊椎動物の発生と進化
   1ボディプランから見た脊椎動物の起源 120
   2脊椎動物の多様化 139
   ●コラム紋様の多様性とチューリングモデル 150
   眼の退化:応答能と誘導能 151
3植物の発生と進化 159
   1植物の出発点一細胞内共生 160
   2不等分裂―単細胞から多細胞への出発点 162
   3細胞骨格系の進化 165
   4細胞間認識機構の進化 166
   5陸上植物にもっとも近縁な緑藻類 167
   6最初の陸上植物―コケ植物 168
   7維管束をもつ陸上植物 173
   8葉は何回も独立に進化した 175
   9シダ植物と被子植物の葉は平行進化か収斂か 176
   10コケ植物セン類と維管束植物のシュート 184
   11オーキシンの極性輸送 183
   12植物のボディプランの多様性 187
   13陸上植物の生殖器官の進化 188
   14花の進化 192
   ●コラム世代交代 172
   獲得形質は遺伝する? 178
4発生と進化の研究史 195
   1起源 : アリストテレス以来 196
   219世紀以前の先験論的哲学―形態学の誕生とゲーテ 198
   319世紀:自然哲学と比較形態学り成立 199
   420世紀:遺伝学・分子生物学・発生生物学 209
   結び進化発生学の新たな幕開け 219
   文献 225
   索引 233
   編集にあたって
   序生物界の広がりと体制の多様性 1
   1生物界の広がり 2
2.

図書

図書
石井直明著
出版情報: 東京 : 講談社, 2001.1  217, 5p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1317
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3.

図書

図書
G.ピータース, K.H.ヴァウスデン編 ; 野田亮訳
出版情報: 東京 : シュプリンガー・フェアラーク東京, 2000.3  xv, 310p ; 26cm
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4.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
小長谷明彦著
出版情報: 東京 : 共立出版, 2000.1  viii, 164p, 図版2p ; 19cm
シリーズ名: 情報フロンティアシリーズ / 情報処理学会編 ; 23
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はじめに i
1章 生命の設計図 1
   1 細胞とDNA 3
   2 ゲノム的生物観 6
   3 最初の生物 8
   4 最小遺伝子セット 9
   5 生命は海底から始まった 10
   6 解糖系の獲得 11
   7 光合成系の獲得 12
   8 酸素の出現 13
   9 共生説 14
   10 膜進化説 15
   11 真核生物の進化 16
2章 ゲノム解析プロジェクト 19
   1 ゲノム解析プロジェクトの発足 21
   2 プロジェクト目標 22
   3 遺伝子地図 23
   4 物理地図 24
   5 高性能配列決定技術開発 25
   6 モデル生物ゲノム解析 25
   7 微生物ゲノム解析 27
   8 実用ゲノム解析 27
   9 ゲノム関連データベース 29
   10 ゲノムネット 30
   11 統合型データベース 31
   12 遺伝子・ゲノム百科事典 32
   13 検索ソフトウェアおよび配列解析ツール 33
3章 遺伝子発見 35
   1 DNAの物理構造 38
   2 DNAの複製 39
   3 岡崎フラグメント 40
   4 遺伝子の発現と転写 41
   5 タンパク質への翻訳 42
   6 フレームシフト 44
   7 原核生物のゲノム構造 45
   8 プロモータ 46
   9 シャイン・ダルガルノ配列 47
   10 コード領域 47
   11 終結シグナル 48
   12 コドン使用頻度 48
   13 遺伝子発見技術の現状 49
   14 隠れマルコフモデルによる遺伝子発見 50
   15 外来性遺伝子の発見 51
   16 真核生物のゲノム構造 52
   17 イントロン 53
   18 真核生物の遺伝子発見 54
   19 イントロン部位の予測 55
   20 GCバンド 57
4章 遺伝子の機能予測 59
   1 遺伝子は変異する 62
   2 変異の原因 63
   3 変異には置換と欠損と挿入がある 64
   4 変異のスピードはタンパク質により異なる 65
   5 遺伝子の重要な部分は進化的に保存される 66
   6 ホモロジー検索の実際 67
   7 動的計画法 69
   8 置換行列 70
   9 ギャップコスト 71
   10 最適アラインメント 73
   11 ブラスト法 76
   12 ファスト法 78
   13 モチーフ検索 79
   14 モチーフ検索の実際 80
   15 シトクロムCとヘム分子は分子レベルで結合している 81
   16 機能部位がつねに進化的に保存されるとはかぎらない 82
   17 サンプリング数が少ないと偏りがでやすい 83
   18 モチーフによる機能予測の正当率は高くない 84
   19 モチーフ抽出 85
   20 多量アラインメント法 86
   21 プロファイル法 87
   22 隠れマルコフモデル法 88
   23 モチーフ表現例 89
5章 タンパク質の立体構造予測 91
   1 タンパク質はアミノ酸からできている 96
   2 タンパク質はアミノ酸配列が折りたたまれられてつくられる 98
   3 レビンサルのパラドックス 99
   4 フォールディング・ファネル(漏斗) 100
   5 タンパク質の立体構造 101
   6 二次構造 101
   7 三次構造 102
   8 タンパク質の立体構造情報は急増している 103
   9 X線結晶構造解析法による立体構造解析 104
   10 核磁気共鳴法による立体構造解析 105
   11 電子顕微鏡法による立体構造解析 105
   12 タンパク質立体構造予測の歴史は古い 107
   13 二次構造予測 108
   14 タンパク質の三次構造予測 110
   15 分子シミュレーション法 112
   16 ホモロジー法 115
   17 フォールド予測法 116
   18 スレディング法 118
   19 タンパク質の構造予測はなぜ難しいのか 120
   20 分子シャペリン 121
   21 プロリン異性体の修正は時間がかかる 122
   22 誤った結合の修正は数百ミリ秒必要 122
   23 αヘリックスがβシートに変わる場合がある 123
   24 ある種のタンパク質には柔らかい部分がある 124
6章 遺伝子ネットワーク 127
   1 遺伝子はネットワークを構成する 131
   2 遺伝子による代謝反応制御 132
   3 遺伝子発現解析 133
   4 遺伝子ノックアウト 134
   5 DNA二次元電気泳動法 135
   6 DNAマイクロアレイ 137
   7 オリゴヌクレオチドDNAチップ 138
   8 二次元電気泳動プロテオーム解析 139
   9 遺伝子ネットワークの推定 140
   10 ブーリアンネットワーク 141
   11 微分方程式 142
   12 細胞シミュレーション 145
   13 発現解析はなぜ難しいか 146
おわりに 149
付録 遺伝子解析に有用なWWWサイト 152
参考文献とミニガイド 162
さくいん 164
はじめに i
1章 生命の設計図 1
   1 細胞とDNA 3
5.

図書

図書
鵜飼保雄著
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 2000.1  xv, 350p ; 22cm
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6.

図書

図書
ニコラス・ウェイド編 ; 翻訳工房ことだま訳
出版情報: 東京 : 翔泳社, 2000.1  366p ; 20cm
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7.

図書

図書
梁井貴史著
出版情報: 東京 : 泉文堂, 2000.3  vii, 128p ; 19cm
シリーズ名: 自然と共存シリーズ ; 2
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8.

図書

図書
美宅成樹著
出版情報: 東京 : 講談社, 2000.6  237, viip ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1294
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9.

図書

図書
清水信義著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2001.12  v, 104p ; 19cm
シリーズ名: 岩波科学ライブラリー ; 82
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10.

図書

図書
テリー・バーナム, ジェイ・フェラン著 ; 森内薫訳
出版情報: 東京 : 日本放送出版協会, 2002.1  301p ; 20cm
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11.

図書

図書
Cynthia Gibas, Per Jambeck著 ; 水島洋監修・訳 ; 明石浩史, またぬき訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2002.1  xxvi, 427p ; 24cm
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12.

図書

図書
名和小太郎著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2002.5  v, 114p ; 19cm
シリーズ名: 岩波科学ライブラリー ; 86
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13.

図書

図書
丹羽利充編
出版情報: 京都 : 化学同人, 2003.7  219p ; 26cm
シリーズ名: 化学フロンティア ; 10
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14.

図書

図書
五條堀孝編
出版情報: 東京 : シュプリンガー・フェアラーク東京, 2003.6  vi, 222p, 図版1枚, ; 26cm
シリーズ名: Springer reviews
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15.

図書

図書
村上康文編
出版情報: 京都 : 化学同人, 2003.7  184p ; 26cm
シリーズ名: 化学フロンティア ; 11
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16.

図書

図書
田沼靖一編
出版情報: 京都 : 化学同人, 2003.9  199p ; 26cm
シリーズ名: 化学フロンティア ; 12
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17.

図書

図書
榊佳之 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 共立出版, 2002.11  p2213-2659 ; 28cm
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18.

図書

図書
山岸秀夫著
出版情報: 東京 : 裳華房, 2003.5  xii, 253p ; 21cm
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19.

図書

図書
福島弘文著
出版情報: 東京 : 裳華房, 2003.3  x, 129p ; 19cm
シリーズ名: ポピュラーサイエンス ; 255
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20.

図書

図書
村上康文, 古谷利夫編
出版情報: 東京 : 講談社, 2003.1  xiii, 237p ; 21cm
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21.

図書

図書
中村保一, 礒合敦, 石川淳編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2003.1  203p ; 28cm
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22.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
定家義人 [ほか] 共著
出版情報: 東京 : 培風館, 2004.3  ix, 257p ; 22cm
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序章 バクテリアもヒトも同じ遺伝暗号を使う ⅰ
1部 ゲノムサイエンス
1.分子遺伝学の誕生 2
    1-1 遺伝子と染色体地図 2
    1-2 遺伝子の実体 7
2.遺伝子研究の方法 19
    2-1 遺伝解析 19
    2-2 遺伝子クローニング法の誕生 22
    2-3 遺伝解析のできない生物の遺伝子研究 25
    2-4 シークエンス法の誕生とその威力 27
    2-5 PCR法の誕生とその威力 29
    2-6 マイクロアレーの登場 30
3.全ゲノムシークエンス 32
    3-1 大規模シークエンス 33
    3-2 コンピューターソフトによる遺伝子同定 36
    3-3 データベース 41
4.ゲノムの比較 45
    4-1 微生物ゲノムを中心とした各ゲノムの特徴の概観 45
    4-2 分子遺伝解析の豊富な枯草菌と大腸菌のゲノム比較 68
5.ポストゲノムシークエンス
    5-1 ポストゲノムシークエンス時代の遺伝子研究法の概略 72
    5-2 微生物ゲノムの機能未知遺伝子研究 76
2部 微生物分子遺伝学
6.代謝,構造,生理活性 84
    6-1 遺伝子の転写・翻訳の制御 84
    6-2 グラム陽性菌の枯草菌とグラム陰性菌の大腸菌の生理活性の違い 111
    6-3 細胞表層 118
7.DNA複製の遺伝的制御 136
    7-1 ゲノム複製開始 137
    7-2 染色体分配のメカニズム 147
    7-3 染色体複製複合体 155
    7-4 DNA複製の終結 158
    7-5 修復,組換え 161
8.細胞分裂の遺伝的制御 169
    8-1 細胞分裂隔壁 169
    8-2 細胞分裂を司る遺伝子 171
    8-3 FtsZリング 177
    8-4 細胞分裂装置 180
    8-5 細胞分裂位置決定機構 185
    8-6 細胞分裂の時間的制御 194
    8-7 細胞分裂研究の今後 197
9.増殖か分化か 198
    9-1 逐次的遺伝子発現制御と細胞機能分化 198
    9-2 不等分裂と細胞分化 199
    9-3 枯草菌の胞子形成研究 203
    9-4 胞子形成開始のシグナル伝達 209
    9-5 シグマカスケード 219
    9-6 不等分裂の制御 232
    9-7 胞子コートタンパク質の構築 235
    9-8 発芽と成長 237
    9-9 形質転換 238
    9-10 タンパク質分泌 241
   付録 244
   参考文献 249
   索引 253
   「コラム」目次
   1.RNAエディティング 10
   2.遺伝子研究と微生物 18
   3.パラログ,オルソログ,ホモログ 39
   4.T4ファージのイントロン 47
   5.ウイルスゲノム 48
   6.ヒトの分子遺伝学 66
   7.古細菌,真核生物の転写装置 105
   8.カルジオリピンの細菌細胞内における局在 127
   9.ARS 144
   10.複製開始の同調とoriC領域を標識したDNAの調製 145
   11.Terアッセイ 159
   12.原核生物のチューブリンとアクチン 178
   13.遺伝子の転写量をLacZレポーター活性で測る 223
序章 バクテリアもヒトも同じ遺伝暗号を使う ⅰ
1部 ゲノムサイエンス
1.分子遺伝学の誕生 2
23.

図書

図書
東嶋和子著
出版情報: 東京 : 講談社, 2003.11  302p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1424
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24.

図書

図書
村松正実監修 ; 林崎良英 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2001.3  xi, 143p ; 26cm
シリーズ名: 現代化学増刊 ; 40
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25.

図書

図書
中村桂子, 養老孟司著
出版情報: 東京 : 哲学書房, 2001.3  161p ; 18cm
シリーズ名: 哲学文庫 ; 2 . 叢書=生命の哲学||ソウショ セイメイ ノ テツガク ; 1
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26.

図書

図書
アンドリュー・ブラウン著 ; 長野敬, 赤松眞紀訳
出版情報: 東京 : 青土社, 2001.5  269, 9p ; 20cm
所蔵情報: loading…
27.

図書

図書
金久實著
出版情報: 東京 : 共立出版, 2001.6  viii, 174p ; 22cm
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28.

図書

図書
小笠原直毅 [ほか] 著
出版情報: 東京 : 学会出版センター, 2001.6  xiv, 291p ; 21cm
シリーズ名: 生物化学実験法 / 瓜谷郁三 [ほか] 編 ; 46
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29.

図書

図書
榊佳之, 小原雄治編
出版情報: 東京 : 中山書店, 2001.6  x, 212p ; 21cm
シリーズ名: ポストシークエンスのゲノム科学 ; 4
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30.

図書

図書
上田昇著
出版情報: 東京 : 日刊工業新聞社, 2000.9  230p ; 19cm
シリーズ名: B&Tブックス
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31.

図書

図書
村上和雄著
出版情報: 東京 : 徳間書店, 2000.9  251p ; 20cm
所蔵情報: loading…
32.

図書

図書
中辻憲夫編
出版情報: 東京 : 共立出版, 2000.10  ii, 161, 図版[2]p ; 26cm
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33.

図書

図書
丸山工作著
出版情報: 東京 : 講談社, 2002.3  206p, 図版[8]p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1363
所蔵情報: loading…
34.

図書

図書
田沼, 靖一(1952-)
出版情報: 東京 : ニュートンプレス, 2002.6  190p ; 21cm
シリーズ名: はじめて学ぶゲノム生物学
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目次情報:
第1章:DNAほど重要な物質は存在しない / ヤン・ウィトコウスキー原著 (Newton 2000年7月号)
第2章:DNAに秘められた生命のシナリオ / ローリー・グッドマン原著 (Newton 2000年7月号)
第3章:遺伝子革命がもたらす黄金時代へ / デイビッド・スチュワート原著 (Newton 2000年7月号)
第1章:DNAほど重要な物質は存在しない / ヤン・ウィトコウスキー原著 (Newton 2000年7月号)
第2章:DNAに秘められた生命のシナリオ / ローリー・グッドマン原著 (Newton 2000年7月号)
第3章:遺伝子革命がもたらす黄金時代へ / デイビッド・スチュワート原著 (Newton 2000年7月号)
35.

図書

図書
佐倉統編著
出版情報: 東京 : 東京書籍, 2002.7  238p ; 20cm
所蔵情報: loading…
36.

図書

図書
本橋登著
出版情報: 東京 : 丸善, 2002.7  vii, 176p ; 18cm
シリーズ名: 丸善ライブラリー ; 358
所蔵情報: loading…
37.

図書

図書
八木達彦著 ; 飯田雪子イラスト
出版情報: 東京 : 丸善, 2001.7  155p ; 21cm
シリーズ名: 理科年表読本
所蔵情報: loading…
38.

図書

図書
佐伯洋子著 ; 武部啓監修
出版情報: 東京 : 裳華房, 2001.8  xii, 171p ; 19cm
シリーズ名: ポピュラーサイエンス ; 236
所蔵情報: loading…
39.

図書

図書
マット・リドレー著 ; 中村桂子, 斉藤隆央訳
出版情報: 東京 : 紀伊國屋書店, 2000.12  424p ; 20cm
所蔵情報: loading…
40.

図書

図書
ライアル・ワトソン著 ; 旦敬介訳
出版情報: 東京 : 筑摩書房, 2000.11  454p ; 20cm
所蔵情報: loading…
41.

図書

図書
ロイス・ウィンガーソン著 ; 牧野賢治, 青野由利訳
出版情報: 京都 : 化学同人, 2000.12  xiii, 480p ; 20cm
所蔵情報: loading…
42.

図書

図書
水島‐菅野純子著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2001.11  158p ; 21cm
所蔵情報: loading…
43.

図書

図書
R.E.タンジ, A.B.パーソン共著 ; 谷垣暁美訳
出版情報: 東京 : 文一総合出版, 2002.9  411, 36p ; 20cm
所蔵情報: loading…
44.

図書

図書
産業技術総合研究所生物情報解析研究センター, 産業技術総合研究所生命情報科学研究センター編
出版情報: 東京 : 丸善, 2002.9  xiii, 215p ; 19cm
シリーズ名: 産総研シリーズ
所蔵情報: loading…
45.

図書

図書
村上康文著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2002.10  ii, 226, 10p ; 19cm
シリーズ名: 科学のとびら ; 42
所蔵情報: loading…
46.

図書

図書
佐々木卓治, 田畑哲之, 島本功監修
出版情報: 東京 : 秀潤社, 2001.2  254p ; 28cm
シリーズ名: 細胞工学 ; 別冊 . 植物細胞工学シリーズ||ショクブツ サイボウ コウガク シリーズ ; 14
所蔵情報: loading…
47.

図書

図書
中村祐輔, 中村雅美著
出版情報: 東京 : 講談社, 2001.2  234p ; 20cm
所蔵情報: loading…
48.

図書

図書
村山美穂, 渡邊邦夫, 竹中晃子編
出版情報: 京都 : 京都大学学術出版会, 2006.4  xix, 450p ; 22cm
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49.

図書

図書
スペンサー・ウェルズ著 ; 和泉裕子訳
出版情報: 東京 : バジリコ, 2007.2  315p ; 20cm
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50.

図書

図書
フィリップ R.レイリー著 ; 高野利也訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2007.2  xx, 386, 16p ; 20cm
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51.

図書

図書
石浦章一著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2006.4  299p ; 19cm
シリーズ名: 東京大学超人気講義録 ; file2
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52.

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岸野洋久著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2006.2  vii, 106p ; 19cm
シリーズ名: 岩波科学ライブラリー ; 116
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   1 極限状態に置かれた生命のストラテジー 1
   2 集団の遺伝的多様性と人間社会 29
   3 ゲノムは時を旅してきた 51
   4 遺伝子を失うことの意味、得ることの意味 75
   5 蓄積するゲノムデータが生命の見方を変える 99
   1 極限状態に置かれた生命のストラテジー 1
   2 集団の遺伝的多様性と人間社会 29
   3 ゲノムは時を旅してきた 51
53.

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デーヴィッド A. ミクロス, グレッグ A. フライヤー, デーヴィッド A. クロティ著 ; 清水信義, 蓑島伸生, 工藤純監訳
出版情報: 東京 : 医学書院, 2006.2  xv, 361p ; 26cm
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   第2版 序 ⅲ
   第2版 監訳者序 ⅶ
   初版 監訳者序 ix
   謝辞 xi
第1章 DNAが遺伝物質であることをどのようにして学んだか 1
第2章 DNAの機能をどのようにして学んだか 37
第3章 遺伝子はどのように調節されているか 69
第4章 DNAサイエンスの基本となる道具と技術 109
第5章 重要な遺伝子を発見し発現させるための方法 145
第6章 ゲノム全体を解析する最新の技術 191
第7章 癌のDNAサイエンス 233
第8章 ヒト遺伝学と進化へのDNAサイエンスの応用 275
   索引 341
   第2版 序 ⅲ
   第2版 監訳者序 ⅶ
   初版 監訳者序 ix
54.

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ルイジ・ルカ・キャヴァリ=スフォルツア著 ; 赤木昭夫訳
出版情報: 東京 : 産業図書, 2001.9  11, 273p ; 20cm
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55.

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多比良和誠編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2001.9  224p ; 29cm
シリーズ名: 実験医学 ; 別冊 . ザ・プロトコールシリーズ
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56.

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斎藤成也著
出版情報: 東京 : 大和書房, 2001.9  229p ; 20cm
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57.

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エヴリン・フォックス・ケラー著 ; 長野敬, 赤松眞紀訳
出版情報: 東京 : 青土社, 2001.10  219, 19p ; 20cm
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58.

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櫻庭雅文著
出版情報: 東京 : 学習研究社, [2005.8]  94p ; 26cm
シリーズ名: 歴史群像シリーズ
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はじめに 2
第1章 DNAは生命の設計図だ
   1 『ジュラシック・パーク』の恐竜再生は可能性があるか 6
   2 永久凍土から発掘されたマンモスの再生計画 8
   3 DNAとは、いったい何のことなのか? 10
   4 DNAと遺伝子は、いったいどう違うのか? 12
   5 とても数が少なかった人間の遺伝子の数 14
   6 DNAは、すべての細胞の核の中に詰まっている 16
   7 細長いDNAをきちんと折りたたんで詰め込む仕組み 18
   8 DNAの「二重らせん」の仕組みを知っておこう 20
第2章 DNAの働きを知っておこう
   1 とんでもない情報量がすべての細胞に詰まっている 22
   2 成長とともにDNAがコピーされて増えていく 24
   3 DNAが間違いなくコピーされる仕組み 26
   4 細胞の中には核のほかの場所にもDNAがある 28
   5 医学研究に新しい可能性を開くもの 30
   6 DNAは人体を構成するたんぱく質の設計図だ 32
   7 DNAの情報に従ってたんぱく質ができる 34
   8 実際にたんぱく質はどうやってつくられるのか 36
   9 たんぱく質をつくる設計図に使われる言葉 38
   10 DNA情報からできた体内物質を活性化するシステム 40
   11 DNAに対する考え方を変えた大きな発見 42
   12 同じDNAをもつ細胞が別々の役割を果たす仕組み 44
   13 DNAには死もプログラミングされている 46
第3章 人類進化の不思議をDNAで読み解く
   1 人類のルーツはたった一人の母につながっていた 48
   2 北京原人はわれわれ人類の祖先ではない 50
   3 Y染色体が男性の「性」を決定する 52
   4 人類の全男性の父アダムはアフリカにいた 54
   5 現代日本人はどこからやってきたのか 56
   6 人類に一番近い類人猿はチンパンジーだった 58
   7 地球生物がDNAをもつようになった起源 60
   8 DNAには人類の滅亡がプログラムされている!? 62
第4章 ここまで進んだ遺伝子治療技術
   1 ヒトゲノム解読完了で医療応用への道が広がる 64
   2 さまざまな遺伝病の仕組みがわかった 66
   3 DNAの異常が遺伝病を引き起こす 68
   4 遺伝子診断はどのように行われるのか 70
   5 DNAの違いがわかればどんな体質かわかる 72
   3 出生前に行われる胎児のDNA診断 74
   7 遺伝病の診断はどのようにして受けるべきか 76
   8 遺伝子治療は、このようにして行われる 78
   9 DNAの研究で医療が大きく変わる 80
第5章 暮らしに役立つDNA技術
   1 遺伝子組み換えはどう行われているのか 82
   2 なぜ、遺伝子組み換え作物が必要なのか 84
   3 動物の遺伝子組み換え技術の最先端 86
   4 DNA研究、遺伝子組み換えの倫理問題と安全性 88
付録 DNAを深く知るための読む年表 90
索引 95
奥付 96
はじめに 2
第1章 DNAは生命の設計図だ
   1 『ジュラシック・パーク』の恐竜再生は可能性があるか 6
59.

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崎谷満著
出版情報: 東京 : 勉誠出版, 2005.8  ix, 187p ; 22cm
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はじめに
第一章 :様々な「日本人」像の追求 3
   1. 問題:曖昧な「日本」「日本人」理解 3
   アイデンティティ(自己同一性)の基礎
   ヒト集団・民族・国籍・国家・国民・地域
   日本列島内部の二つの相の多様性の区別
   2. 学際研究の発展 7
   「日本人」に関する学際研究の進展
   DNA多型分析・形質人類学・ウイルス学・言語学
   3. 本書の目的と構成 10
   本書の目的
   本書の構成
   4. 第一章 のまとめ 11
第二章 :成人T細胞白血病ウイルス研究の貢献 13
   1. ウイルス学と人類学 13
   ヒトとウイルスの共進化
   RNA型レトロウイルス
   2. 成人T細胞白血病ウイルス分布の地理的偏り 14
   成人T細胞白血病と成人T細胞白血病ウイルス
   HTLV-Iキャリアの分布
   HTLV-I亜型の分布
   HTLV-I研究の人類学における意義
   3. ウイルス学から「日本人」の起源へ 20
   日沼氏の「多集団共存モデル」(1986)
   埴原氏の「二重構造モデル」(1991)による追認
   DNA多型分析による日沼モデルの追認
   4. 第二章 のまとめ 23
第三章 :DNA多型によるヒト集団の分類 25
   1. DNAという導きの糸 25
   DNA情報の単純さ
   骨・タンパクの分析からDNA分析へ
   2. ミトコンドリアDNA 27
   ミトコンドリアDNAの系統樹
   ミトコンドリアDNAの亜型分布
   3. Y染色体 30
   Y染色体の系統樹
   Y染色体の亜型分布
   4. 第三章 のまとめ 38
第四章 :日本列島におけるDNA多型 39
   1. 日本列島に特徴的なY染色体亜型 39
   日本列島内部のヒト集団の多様性
   日本列島内における3大グループ・主要5系統
   3大グループ・主要5系統の近親グループ
   2. 日本列島内部における地理的偏り 47
   北海道(アイヌ)
   琉球(北部琉球・南部琉球)
   中間部三島(本州・九州・四国)
   3. 第四章 のまとめ 55
第五章 :人類の移動の歴史 57
   1. 人類の誕生 57
   人類発祥の地アフリカ
   人類誕生の年代推定
   2. アフリカにおけるDNA多型と出アフリカ 60
   アフリカに固有の集団、アフリカ外と共通の集団
   アフリカに留まった集団、出て行った集団、戻った集団
   出アフリカのルート
   3. ユーラシア南部におけるDNA多型 66
   ユーラシア南部(南アジア)おけるヒト集団
   南アジアにおけるDE系統およびC系統の分布
   南アジアにおけるFR系統の分布
   南アジアにおけるKR系統の分布
   南アジアにおけるPR系統の分布
   4. オセアニア・オーストラリアにおけるDNA多型 73
   ニューギニアおよびオーストラリアにおける先住系ヒト集団
   メラネシア、ミクロネシア、ポリネシアにおけるDNA多型
   オセアニア・オーストラリアヘのヒトの移動(まとめ)
   5. ユーラシア西部におけるDNA多型 82
   アナトリアにおけるDNA多型
   ヨーロッパ・地中海世界におけるDNA多型
   6. 中央アジア、シベリア、アメリカにおけるDNA多型 92
   中央アジアにおけるDNA多型
   シベリアにおけるDNA多型
   アメリカ大陸へのヒトの移動
   7. ユーラシア東部におけるDNA多型 104
   日本列島周辺の民族と言語
   ユーラシア東部(東南アジア、東北アジア)におけるDNA多型
   ユーラシア東部におけるD系統の分布
   ユーラシア東部におけるC系統の分布
   ユーラシア東部におけるO系統の分布
   ユーラシア東部におけるR系統、N系統、K系統の分布
   朝鮮半島におけるDNA多型
   8. ヒト集団の移動の歴史(まとめ) 112
   C系統
   DE系統
   FR系統
   KR系統
   PR系統
   9. 第五章 のまとめ 117
第六章 :日本列島内の様々なヒト集団の歴史 119
   1. 日本列島へのヒト集団の移動 119
   日本列島内のルーツを異にする様々なヒト集団
   C3系統
   D2系統
   C1系統
   O系統(O2b系統、O3系統)
   その他の系統
   2. 日本列島の先住系ヒト集団 128
   先住系遺伝子プールと古代における先住系民族
   エミシ
   ツチグモ
   ハヤト
   3. 第六章 のまとめ 133
第七章 :DNA多型から見た日本列島諸言語の歴史 135
   1. DNA多型と言語との関連 135
   DNA多型と言語との乖離
   DNA多型と言語との相関例
   2. 言語学的方法論の有効性と問題点 137
   系統樹モデルの前提条件とその制約
   地域伝播モデルによる言語変化
   タイポロジーに基く言語学的方法論
   系統か?地域か?
   3. 日本列島諸言語と近隣諸言語との接触 148
   ヒト集団の歴史的推移と言語接触
   有史以前に接触した可能性
   歴史時代以降に現れた影響
   4. 日本列島諸語の地域ごとの成立史 157
   アイヌ語
   日本語諸語
   琉球語諸語
   5. 第七章 のまとめ 162
第八章 :結論と今後の展望 165
   1. 結論 165
   2. 残された問題 168
   3. 今後の課題 169
   4. 第八章 のまとめ 170
あとがき 173
参考文献 175
はじめに
第一章 :様々な「日本人」像の追求 3
   1. 問題:曖昧な「日本」「日本人」理解 3
60.

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岡崎康司, 坊農秀雅編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2005.9  220p ; 26cm
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序 岡崎康司
1章 ゲノムの比較でわかること、わかったこと 岡崎康司 15
   1 はじめに-ゲノムの解読後の研究課題 16
   2 比較ゲノム学とは 17
   3 機能ゲノム学とは 18
   1)遺伝子の機能についての記述の仕方
   2)塩基配列の比較によるホモロジー検索に基づく機能注釈
   3)ホモロジー検索による機能注釈における注意点
   4 比較ゲノムを用いた機能ゲノム解析 22
   1)比較ゲノム学を用いたゲノムの機能の解析
   2)モデル生物間で保存された類似性に着目した疾患遺伝子の同定
   3)ホモロジー検索によって機能的な注釈をつけにくい遺伝子への機能注釈の方法
   4)遺伝子間の機能的な関係の網羅的解析
   5)ハイスループット解析技術の発展とバイオインフォマティクス
   5 この本の目的と概説 27
2章 遺伝子・タンパク質の機能を調べる (in silico編) 31
   1 配列の比較により遺伝子の機能に迫る 粕川雄也 32
   1-1 遺伝子クラスタリングにより遺伝子配列をグループ分けする (RTPSクラスタリング) 32
   1)遺伝子とTU(transcriptional unit)
   2)トランスクリプト配列のクラスタリング法
   3)RTPSクラスタリング法
   4)RTPSクラスタリング結果の応用法
   1-2 配列の類似性をもとにした機能情報の収集 39
   1)クローニングした遺伝子の機能アノテーション
   2)配列類似性検索
   3)配列類似性検索による機能アノテーション
   1-3 タンパク質ドメインをもとにした機能情報の収集 46
   1)既知タンパク質ドメインの探索
   2)既知タンパク質ドメインによる機能アノテーション
   1-4 機能情報の記述方法 49
   1)機能情報の種類
   2)機能の記述方法の統一化:GO
   3)その他の機能情報の記述方法
   2 種々のデータベースを利用して遺伝子の機能に迫る 54
   2-1 遺伝子の発現情報をデータベースから調べる 坊農秀雅 54
   1)発現情報データベース
   2)データの解釈
   2-2 遺伝子・タンパク質の機能を文献から調べる 仲里猛留 63
   1)必要な文献をいかにうまく検索するか-PubMedなどを活用する
   2)必要な知識をいかに文献から抽出するか-文献データを用いたテキストマイニング
   3 タンパク質配列モチーフを探索する 川路英哉 73
   3-1 タンパク質配列のモチーフ探索の重要性 73
   3-2 新規モチーフ探索のアプローチ 74
   1)PSI-BLASTを用いる手法
   2)MDS法
   3-3 新規モチーフ探索の実際 78
3章 特定の遺伝子・タンパク質の機能を生体で調べる 津久井通 岡崎康司 81
   1 生体における機能解析のストラテジー 82
   1-1 in vivo解析を始める前に 82
   1-2 in silicoで得られたデータを活用する 87
   1-3 生体における発現プロファイリングの検討 87
   1-4 目的とする遺伝子の変異体はあるか? 89
   1-5 致死性(Lethality)の検討 90
   2 モデル生物を選択する 91
   2-1 機能解析にモデル生物を利用するメリット・デメリット 91
   2-2 S.cereviciae(出芽酵母)/S.pombe(分裂酵母) 94
   2-3 C.elegans(線虫) 94
   2-4 D.melanogaster(ショウジョウバエ) 95
   2-5 Danino rerio(ゼブラフィッシュ)/Oryzias latipes(メダカ) 96
   2-6 G.gallus(ニワトリ) 97
   2-7 M.musculus(マウス) 98
   2-8 H.sapiens(ヒト) 98
   3 生体内の遺伝子を操作する-遺伝子改変動物を活用した機能解析 101
   3-1生体内における遺伝子操作による機能解析法の種類 102
   1)遺伝子付加-Gain of function 〔トランスジェニック(Tg)、ウイルスベクターなどによる導入〕
   2)遺伝子欠失(相同組換え)-Loss of function(KO:Knock-out)
   3)遺伝子置換-Replacement(KI:Knock-in)
   4)ランダム変異導入法-Random mutagenesis(ENU/UVなどを含む)
   5)Conditional transgenesisの応用(組織・時期特異的な遺伝子改変)
   3-2 リバースジェネティクスによる遺伝子改変動物の利用-モデル動物を活用した疾患遺伝子の解析・検討 105
4章 ゲノムワイド大量実験情報に基づいて機能を調べる 107
   1 マイクロアレイによる遺伝子発現プロファイルから機能を調べる 坊農秀雅 108
   1-1 マイクロアレイデータ解析とは 108
   1-2 遺伝子発現プロファイルから機能を調べる 109
   2 トランスクリプトームから機能を調べる 113
   2-1 発現プロファイルからプロモーター配列を解析する 寺井悟朗 113
   1)phylogenetlc footprint法
   2)発現プロファイルとプロモーター配列の特徴を結びつける解析
   3)高等真核生物のプロモーター配列解析の可能性
   2-2 多型を利用した遺伝子同定-ゲノムワイドな遺伝統計学的遺伝子同定の活用 谷口丈晃 121
   1)形質関連遺伝子を同定するためのさまざまな手法
   2)遺伝統計学的遺伝子同定の基礎知識
   3)SNP同定プロジェクトおよびハプロタイプ同定プロジェクト
   4)ゲノムワイドな遺伝統計学的遺伝子同定
   5)ヒト以外を対象とした多型活用の動向
   6)ゲノムワイドな遺伝統計学的遺伝子同定への期待
   2-3 アノテーションの関連解析-選択的スプライシングを例に 中尾光輝 129
   1)関連性の抽出、アノテーションの関連性とは
   2)選択的スプライシングと関連するアノテーションの探索
   3)比較ゲノム解析による選択的スプライシングの探索
   4)タンパク質相互作用ネットワークにおける選択的スプライシングの影響
   3 インタラクトームから機能を調べる 鈴木治和 136
   3-1 プロテオームワイドにタンパク質相互作用を調べる 136
   1)two-hybrid法
   2)two-hybrid法を用いた大規模解析
   3)質量分析を用いた複合体解析法
   4)モデル動物から得られたタンパク質相互作用の比較ゲノム解析
   3-2 ゲノムワイドにタンパク質-DNA相互作用を調べる 142
   1)レポーターアッセイ法
   2)クロマチン免疫沈降法
   3)クロマチン免疫沈降法を用いたDNA結合タンパク質の研究
   4 プロテオームから機能を調べる-プロテォミクスLIMS 小野塚昭 Johannes Floekner 147
   4-1 プロテオミクスLIMSによる解析情報の主な流れ 148
   4-2 プロテオミクスLIMSの必要性 152
   4-3 プロテオミクスLIMSのシステム仕様 152
   4-4 curation作業とマスターゲルの作成 155
   4-5 発現解析 157
   4-6 質量分析によるタンパク質同定 159
   4-7 アノテーション 161
   4-8 ICAT法によるタンパク質発現の定量分析 163
   5 グライコーム、メタボローム-注目されるゲノムワイドな機能解析 坊農秀雅 166
   5-1 グライコームとは 166
   5-2 メタボローム 167
   1)メタボロームとは
   2)トランスクリプトームに基づくマウス代謝経路再構築解析
5章 モデル生物から疾患遺伝子を探索する 171
   1 フォワードジェネティクスとリバースジェネティクス 仲地豊 岡崎康司 172
   1-1 ミュータジェネシスと形質のスクリーニング 172
   1)形質から遺伝子を探る-遺伝学的手法の順と逆
   2)ミュータジェネシスでさまざまな形質を誘発する
   3)モデル生物のミュ一タジェネシスによる形質スクリーニング
   1-2 ミュータジェネシスとジーンドリブンスクリーニング 176
   1)リバースジエネティクスとは
   2)モデル生物とリバースジェネティクス
   2 疾患関連遺伝子のマッピング-染色体上にマッピングされた遺伝子を同定する 仲地豊 岡崎康司 180
   2-1 形質と遺伝子の結びつけによる機能の同定 180
   1)ポジショナルクロー二ング
   2)マッピング
   3)連鎖解析
   4)マッピング後の解析
   2-2 ポジショナルキャンディデートクローニング 184
   2-3 モデル生物で得られた情報をもとにヒトの疾患関連遺伝子を探す 186
   3 遺伝学とマイクロアレイの統合による疾患遺伝子の発見 二階堂愛 190
   3-1 第一の革命-遺伝学とマイクロアレイの出会い、発現マッピング 190
   1)発現マッピングとゲノムシークエンスとの出会い
   2)発現マッピングとインプリント疾患
   3-2 第二の革命-発現量を量的形質として捉える、発現QTLマッピング 196
   1)出芽酵母における発現QTLマッピング
   2)高等生物における発現QTLマッピング
   3-3 第三の革命-多型チップの登場 198
   3-4 最後に-比較ゲノムの視点から 199
   4 ヒト疾患研究にモデル生物を利用する 八木研 200
   4-1 ヒト疾患研究におけるモデル生物利用の有用性 200
   4-2 比較ゲノム学におけるモデル生物 201
   1)モデル生物を利用するためには
   2)モデル生物を用いた比較ゲノム研究に用いられるツール
   4-3 モデル生物を用いたゲノム研究 205
   1)酵母
   2)線虫
   3)ショウジョウバエ
   4)ゼブラフィッシュ
   4-4 モデル生物を利用したヒト疾患研究の例 209
   1)循環器系
   2)神経系
   3)発生・分化、細胞内シグナル伝達
   4)環境応答シグナル
   5)代謝系
索引 217
コラム
   機能する非コードRNA(ncRNA:non-coding RNA) 岡崎康司 28
   RNA干渉(RNAi)による線虫の全ゲノム機能解析 岡崎康司 29
   ヒトとチンパンジーの比較ゲノム学 岡崎康司 30
   耐熱性細菌の比較ゲノム学 岡崎康司 30
   文献やその他の情報を活用しよう:遺伝子・タンパク質の機能以外にわかること 仲里猛留 72
   用語としての「リバースジェネティクス」 仲地豊 179
   ファンクショナルクロー二ング 仲地豊 189
   SNPを用いた線虫でのマッピング 仲地豊 189
序 岡崎康司
1章 ゲノムの比較でわかること、わかったこと 岡崎康司 15
   1 はじめに-ゲノムの解読後の研究課題 16
61.

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ジョン・リレスフォード著 ; 沼尻由起子訳
出版情報: 東京 : 講談社, 2005.8  294p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1491
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タイムマシン 5
第1章 人間の遺伝子の歴史 14
   「ルーツ」を求めて 14
   人類の歴史を探し求めて 17
   限られる「ルーツ」の情報 19
   本書の構成 23
第2章 裸のサル 25
   「グループ分け」の基準 25
   人間は自然界の中でどんな地位にあるのか 28
   ヒトにもっとも近い動物 33
   免疫が明かす「ヒトにもっとも近い動物」 35
   遺伝子の正体 38
   アミノ酸配列で見たヒトと類人猿 39
   DNAから探るヒト 43
   枝分かれの年代を定める 47
   化石で探るヒトの進化 49
   遺伝的距離で知る系統分岐 51
   真の系統樹とは何か 55
   ヒト科それともヒト族? 58
   類縁と適応を反映する分類体系 61
第3章 あなたの祖先はどこにいるのか 63
   祖先はどこで暮らしていたのか 63
   現代型人類の誕生 65
   種はいくつあるのか 68
   「アフリカ単一起源説」と「多地域進化説」 71
   遺伝子流動による多様性 74
   化石の記録 77
   決着できない起源論争 78
   ミトコンドリアDNA 81
   ミトコンドリア・イブ 85
   イブ説が呼び起こした論争 86
   性染色体と人類の祖先 88
   遺伝的多様性のパターン 91
   集団の規模と遺伝子浮動と進化 93
   集団規模による遺伝子の定着・消失の確率 95
   大規模集団を確信する 96
   祖先は何人いた? 98
   大多数出アリフカ説 101
第4章 ネアンデルタール人の運命 105
   私たちの祖先なのか 108
   ネアンデルタール人の化石の記録 109
   共存の痕跡 110
   ネアンデルタール人のDNA 113
   DNA配列の比較結果 115
   まだ残る異論 116
   ネアンデルタール人は「異種」か「別の亜種」か 120
   消えたミトコンドリアDNA配列 122
   決着しない祖先論争 124
   ネアンデルタール人とヨーロッパ人のDNAの類似性 126
   ジーンプールの変化 128
   ネアンデルタール人はどこへ去ったのか 132
   考えられるシナリオ 134
   化石が語ること 137
第5章 過去を語る羊皮紙 140
   人類史のパリンプセスト 140
   人類の遺伝的多様性の評価法 142
   遺伝的距離による比較 144
   遺伝的距離の地図 146
   遺伝的距離の解釈 149
   全世界の遺伝的多様性と距離による隔離 150
   遺伝的距離と地理的距離 153
   隔離と遺伝的距離 156
   集団と個人間の遺伝的多様性 161
   再び羊皮紙について 164
第6章 最初のアメリカ人 165
   コロンブスの勘違い 165
   最初のアメリカ人はどこから来たか 167
   アジアと北アメリカ大陸の遺伝的つながり 171
   ミトコンドリアDNAで探るアメリカ先住民のルーツ 175
   ハプログループによる祖先探し 177
   東アジアが故郷? 181
   移住は何回、起こったのか 182
   新世界にいつか住みついたか 185
   ケネウィク・マン 188
   過去と現在 192
第7章 ヨーロッパ農耕の起源と普及 196
   移動生活から定住生活へ 196
   農耕の起源 198
   ヨーロッパの農耕の起源 200
   文化的伝播と集団の拡散 202
   集団の拡散を示す遺伝的証拠 206
   遺伝的変異の歴史地図 209
   新石器時代の農民の遺伝的寄与 211
   ヨーロッパでは何が起こったのか 213
   比較的小さな影響の分析 218
   層をはぎとる 220
第8章 太平洋の航海者 223
   フロンティアを求めて 223
   ポリネシア人はどこからやってきたのか 226
   遺伝的距離とポリネシア 230
   ミトコンドリアDNAは何を教えてくれるか 234
   ポリネシア・モチーフ 236
   Y染色体が示す証拠 239
   アジアのどこから拡散したのか 241
   大多数の意見 243
   拡散について考える 246
第9章 アイルランドにまつわる三つの物語 250
   研究の出発点 250
   アイルランドの旅人 253
   アラン諸島でたどるイングランドヒトの遺伝子流動 256
   文化的変化と遺伝的変化 259
   侵入と定住とアイルランドの歴史 260
第10章 遺伝的混合と文化的同一性 265
   移動と遺伝子混合 265
   アフリカ系アメリカ人の混合 267
   混合に及ぼした影響の性差 270
   大統領は奴隷の子どもの父親だったか 273
   ユダヤ人集団の遺伝的特性 277
   ディアスポラによる遺伝的混合 279
   Y染色体が示すアロンの末裔 283
   アイデンティティと遺伝 286
   遺伝的祖先と文化的同一性 287
   私はどこから来たのか 290
さくいん 294
タイムマシン 5
第1章 人間の遺伝子の歴史 14
   「ルーツ」を求めて 14
62.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
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西田徹著
出版情報: [東京] : 日経BP社 , 東京 : 日経BP出版センター (発売), 2005.7  276p ; 20cm
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はじめに 3
第1章 免疫システムと人生の試練-借り物でない自己の確立- 13
   免疫とは「自分とは何か?」を規定すること 13
   免疫とは「敵」ではなく「非自己」を排除する仕組み 15
   「自己・非自己」は実社会でも重要なテーマ 18
   自己は演繹ではなく帰納で定義される 18
   演繹はスマートで帰納は力仕事のイメージ 20
   企業発展の原動力は帰納法? 22
   免疫の主役は非自己を攻撃する抗体と、それを生産するB細胞 24
   抗体の驚くべき多様性 26
   なぜ抗体は、非自己にのみ反応するのか?-帰納法の活用 27
   自己成長=免疫システムの確立 32
   2度感染なしの仕組みと、人生での自己確立の類似 33
   成長する人、成長しない人 36
   人生は、借り物の自己から始まる 38
   価値観の空白を乗り越えよう 40
   借り物はしょせん借り物 43
   この章のまとめ 45
第2章 「敵対的買収」をする生命-進化の背景にあるダイナミズム- 47
   我々は「デーモン」である!? 48
   ミトコンドリアと葉緑体は独立した生物だった 49
   真核生物と原核生物 50
   ミトコンドリアはエネルギー生産工場 52
   ミトコンドリアが生まれた日 54
   生命の合体の不思議、その未来 57
   ミトコンドリアは自分のDNAを持つ 58
   何重もの合体、現在進行中の合体 60
   進化は「あみだくじ」図で表される 61
   企業の吸収合併(M&A)も同じ原理 63
   遺伝子は種を超えて水平に移動する! 64
   ウィルスと大腸菌の間での遺伝子の水平移動 67
   人間も、細菌やウィルスからの遺伝子水平移動の産物 70
   「ヘッドハンター」はウィルスか? 73
   ダイナミズムが活力源 75
   この章のまとめ 76
第3章 意図的な細胞死アポトーシス-見直される「消去法」- 79
   意図的な細胞死アポトーシス 81
   手の5本指構造は消去法の産物 81
   2002年のノーベル生理学・医学賞はアポトーシスの研究 84
   なぜ消去法なのか? 87
   消去法は効率が良い 88
   消去法でしかできないことがある 90
   企業戦略のコツも消去法? 92
   人間への進化の道のりも消去法だった 94
   人間までの進化の英雄伝は疑問視され始めた 94
   消去法による人間までの進化、「イーストサイド・ストーリー」 96
   進化とは、消去法そのもの 98
   適者生存=不適者排除 100
   窮地こそ最大のチャンス 101
   ミクロの消去がマクロでの発展を生む 104
   この章のまとめ 106
第4章 超保守的な遺伝子の革新性-不変と変革が織りなすモザイク- 109
   生命=自己複製するもの 110
   自己複製の難易度はウルトラC級 111
   自己複製の3ステップ 112
   遺伝子の記述は、デジタル方式で不変を実現 114
   遺伝子DNAは「4文字」で記述されている 115
   デジタル的複製でまずは不変を実現 116
   複製にビルトインされた変革のメカニズム 119
   DNAの読み取り方の驚くべき保守性 121
   設計図(DNA)から部品(アミノ酸)へ 123
   コドン表は全ての生物で共通 125
   結果ではなく原因に、不変の軸足を置く 127
   変革と不変は対立概念ではない 129
   生命は肉体構造レベルでも、徹底した保守性と大胆な変革を併せ持つ 132
   この章のまとめ 138
第5章 遺伝子の雑音イントロン-混沌から引き出されるすごい価値- 141
   創世記が投げかける「混沌」の意義 142
   我々の遺伝子は雑音だらけ 143
   遺伝子内の「雑音」、イントロンとは? 144
   イントロン(雑音)を取り除く過程、スプライシング 146
   イントロンの短期的役割、選択的スプライシング 148
   イントロンの長期的役割、エキソン・シャッフリング 152
   イントロンを持たない生命は発展しない 156
   イントロンは、本来敵対的(利己的)な存在 157
   秩序か混沌か自体に正解はない 159
   秩序から価値を生むのは容易だが、混沌から価値を生むのは困難 160
   もうひとつの混沌、「性」 165
   性は実は不要 166
   性は恐るべき混沌 167
   性による遺伝子混ぜ合わせ効果 169
   「2倍体」によりさらに効果的な混ぜ合わせを実現 173
   生殖のプロセスも混沌なら、その結果も混沌 174
   混沌からの価値引き出しの決め手は「自然淘汰」 175
   混沌から価値を引き出すもうひとつのコツ 177
   この章のまとめ 178
第6章 命の回数券ヘイフリック限界-「死」をポジティブにとらえる- 181
   死は意図的に起きる 182
   テロメアという回数券が尽きたら「意図的な死」が待っている 185
   命の回数券の再購入能力は意図的に封印されている 187
   「事故死」「すり切れ死」「わざと死」の3パターン 188
   生命の進化と死の獲得 189
   性の発明が死を呼び込んだ 192
   「事故死」にもポジティブな意味がある 196
   老化死の多くは「わざと死」か? 198
   空間(部分と全体)の視野を広げる 201
   時間の視野を広げる 204
   企業の「事故死」「わざと死」 205
   企業の死を看取る「ホスピス」の必要性 206
   この章のまとめ 208
第7章 揺れ動く進化論-偶然か、はたまた必然か- 211
   生物進化は偶然か必然か 212
   正統派進化論の復習 213
   葬り去られた古い学説たち 214
   必然を信じたくなる事例の数々 217
   精緻な生命の登場も「偶然」で説明できる 219
   すべてが偶然だとしたら 224
   自己組織化という必然のメカニズムも存在 226
   収斂進化における必然 229
   平行放散進化 232
   エピジェネティクスという新しいテーマ 234
   我々の存在は偶然であり必然でもある 236
   この章のまとめ 237
第8章 生命は利己的な遺伝子の乗り物?-絶対的なあきらめの先の希望- 241
   分子生物学が呼び覚ますニヒリズム 242
   ベジタリアンは殺生をしない人か 243
   なぜ人を殺してはいけないか 245
   チンパンジーと人間の共通の祖先は殺してもよいか 246
   生命には目的がない 248
   DNAは読めるが、その意味は簡単にはわからない 249
   生命とは自分のコピーを後世に残すこと、目的は存在しない 250
   生命は遺伝子の乗り物にすぎない? 254
   利他行動を説明する群淘汰理論 254
   利他行動は、「利己的な遺伝子」でも説明できる 256
   親のまま子殺しも「利己的な遺伝子」なら説明できる 258
   我々は遺伝子の乗り物に過ぎないのか 259
   絶対的なあきらめの先に希望がある 260
   この章のまとめ 261
あとがき 264
参考文献 267
索引 278
はじめに 3
第1章 免疫システムと人生の試練-借り物でない自己の確立- 13
   免疫とは「自分とは何か?」を規定すること 13
63.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
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Tom Strachan, Andrew P. Read [著] ; 村松正實 [ほか] 監訳
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2005.10  xx, 789p ; 28cm
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日本語版監修者の序 ⅲ
   序文 ⅴ
   インターネットの上手な利用法 xv
   略語表 xvⅱ
PART 1 DNAと細胞の基礎 1
Chapter1 DNAの構造と遺伝子発現 3
    1.1 DNA,RNA,ポリペプチドの構成単位と化学結合 4
    1.2 DNAの構造と複製 9
    1.3 DNAの転写と遺伝子発現 16
    1.4 RNAプロセシング 21
    1.5 翻訳と翻訳後プロセシング,およびタンパク質の構造 26
    Box1.1 水素結合―核酸とタンパク質における重要な役割 11
    Box1.2 DNA複製機構にかかわるおもなタンパク質 13
Chapter2 染色体の構造と機能 37
    2.1 倍数性と細胞周期 38
    2.2 染色体の構造と機能 39
    2.3 細胞分裂 : 体細胞分裂と減数分裂 46
    2.4 ヒト染色体の研究 51
    2.5 染色体異常 58
    Box2.1 紡錘体とその構成要素 41
    Box2.2 染色体バンド法 53
    Box2.3 ヒト染色体に関する用語 54
    Box2.4 染色体異常に関する用語 59
Chapter3 細胞と発生 67
    3.1 細胞の構造と多様性 68
    3.2 細胞間相互作用 75
    3.3 発生の概略 81
    3.4 発生過程における細胞の特殊化 81
    3.5 発生におけるパターン形成 89
    3.6 形態形成 95
    3.7 ヒトの初期発生 : 受精から原腸形成まで 97
    3.8 神経の発達 102
    3.9 発生過程の保存性 106
    Box3.1 動物細胞の構造 70
    Box3.2 細胞骨格 : 細胞運動と細胞形態の鍵となり,細胞内輸送の道筋をつける 72
    Box3.3 発生のモデル動物 82
    Box3.4 ヒト胚における双生児形成 83
    Box3.5 ヒトの組織はどこに由来するのか―哺乳類の発生の階層性 84
    Box3.6 ヒト細胞の多様性 85
    Box3.7 哺乳類胚に極性を与える―シグナル分子と遺伝子産物 90
    Box3.8 胚体外膜と胎盤 100
    Box3.9 性決定 : 遺伝子と環境による発生の制御 107
Chapter4 家系と集団における遺伝子 113
    4.1 一遺伝子遺伝と多因子遺伝 114
    4.2 家系図に現れるメンデル遺伝 114
    4.3 メンデル遺伝の基本パターンの複雑化 120
    4.4 多因子形質の遺伝学 : 多遺伝子閾値理論 127
    4.5 遺伝子頻度に影響する因子 132
    Box4.1 メンデル遺伝のパターンの特徴 115
    Box4.2 相補性試験 : 2つの劣性形質が対立遺伝子によるものか否かを決定する 119
    Box4.3 平均への回帰に関する2つの誤解 129
    Box4.4 分散の分割 130
    Box4.5 ハーディ-ワインベルグ平衡状態における遺伝子型頻度 133
    Box4.6 ハーディ-ワインベルグ分布を用いた保因者頻度と基本的な危険率の計算 134
    Box4.7 突然変異と選択の平衡 135
    Box4.8 嚢胞性線維症のヘテロ接合体に有利な選択 135
Chapter5 DNAの増幅 : 細胞を用いたDNAクローニングとPCR 137
    5.1 DNAクローニングの重要性 138
    5.2 PCR : 基礎的な概念とその応用 139
    5.3 細胞を用いたDNAクローニングの原理 147
    5.4 DNA断片の長さに応じて使い分ける各種ベクター 157
    5.5 一本鎖DNAと変異DNAを調製するためのクローニング 165
    5.6 遺伝子の発現を目的としたクローニング 169
    Box5.1 各種のPCR法 140
    Box5.2 制限酵素と修飾制限系 147
    Box5.3 ナンセンスサプレッサーを生じる塩基置換 157
    Box5.4 配列タグ部位の重要性 158
    Box5.5 動物培養細胞への遺伝子の導入 174
Chapter6 核酸ハイブリダイゼーション 179
    6.1 核酸プローブの調製 180
    6.2 核酸ハイブリダイゼーションの原理 187
    6.3 DNAクローンをプローブとした核酸集団のスクリーニング 193
    6.4 クローニングされた標的DNAを用いたハイブリダイゼーションとマイクロアレイ 200
    Box6.1 オートラジオグラフィーの原理 185
    Box6.2 蛍光標識とその検出法 187
    Box6.3 核酸ハイブリダイゼーションに関する用語集 190
    Box6.4 核酸ハイブリダイゼーションの標準的な方法と逆法 194
Chapter7 DNAと遺伝子の構造,変異,発現の解析 207
    7.1 DNAの塩基配列と遺伝子型の決定法 208
    7.2 DNAクローン内の遺伝子の同定とその構造解明 215
    7.3 遺伝子発現の解析 223
    Box7.1 DNA塩基配列決定に用いる一本鎖鋳型の調製法 208
    Box7.2 簡単な遺伝子多型タイピング法で検出できる一般的なDNA多型 213
    Box7.3 データベースのホモロジー検索 217
    Box7.4 抗体作製法 227
PART2 ヒトゲノムと他の生物のゲノム 233
Chapter8 ゲノムプロジェクトとモデル生物 235
    8.1 ゲノムプロジェクトのはかりしれない重要性 236
    8.2 ヒトゲノムプロジェクトの背景と組織 238
    8.3 ヒトゲノムはいかにしてマッピングされ,塩基配列決定されたか 241
    8.4 モデル生物のゲノムプロジェクト 257
    Box8.1 ゲノム学用語集 237
    Box8.2 ヒト遺伝子とDNA配列の命名法 241
    Box8.3 ヒトゲノムのマッピングと塩基配列決定の歴史におけるおもな出来事 242
    Box8.4 ハイブリッド細胞マッピング 244
    Box8.5 クローンコンティグを用いた物理地図の作成 247
    Box8.6 ゲノムプロジェクトにおける協力,競争,論争 250
    Box8.7 単細胞モデル生物 258
    Box8.8 発生,疾患,遺伝子機能の理解に役立つ多細胞モデル動物 262
Chapter9 ヒトゲノムの構成 273
    9.1 ヒトゲノムの一般的な構成 274
    9.2 ヒトRNA遺伝子の構成,分布および機能 282
    9.3 ヒトのポリペプチドをコードする遺伝子の構成,分布および機能 289
    9.4 非コードDNAの縦列反復配列 304
    9.5 非コードDNAの分散型反復配列 307
    Box9.1 ヒト細胞におけるゲノムコピー数の多様性 276
    Box9.2 ミトコンドリアゲノムの限定的な自律的発現 277
    Box9.3 DNAメチル化とCpGアイランド 281
    Box9.4 真核生物の細胞質tRNAのアンチコドンの特異性 284
    Box9.5 ヒトゲノムとヒト遺伝子についての統計データ 291
Chapter10 ヒト遺伝子の発現 315
    10.1 ヒト細胞における遺伝子発現の概要 316
    10.2 遺伝子発現の制御 : トランス作用性タンパク質因子のシス作用性調節配列への結合 317
    10.3 遺伝子の選択的な転写とプロセシング 333
    10.4 選択的遺伝子発現 : DNAメチル化などのエピジェネティックな機構による非対称性と永続性 338
    10.5 遠位からの遺伝子発現制御とゲノムインプリンティング 343
    10.6 lg遺伝子およびTCR遺伝子の構成と発現の独自性 353
    Box10.1 哺乳類細胞における遺伝子発現の時間的・空間的制限 316
    Box10.2 ポリペプチドをコードする遺伝子の転写調節に関与する各種のシス作用性配列 323
    Box10.3 選択的スプライシングによって起こるタンパク質の機能特性の変化 336
    Box10.4 ヒト細胞における2対立遺伝子性遺伝子の1対立遺伝子性発現の機構 348
    Box10.5 母方ゲノムと父方ゲノムは同等ではない 348
Chapter11 ヒトゲノムの不安定性 : 突然変異とDNA修復 363
    11.1 変異,多型,およびDNA修復の概説 364
    11.2 単純な突然変異 366
    11.3 反復配列間の配列交換を引き起こす遺伝的機構 378
    11.4 疾患を引き起こす変異 382
    11.5 反復配列が疾患を引き起こす可能性 388
    11.6 DNA修復 396
    Box11.1 遺伝子多型とその他の配列変異の分類 365
    Box11.2 集団における対立遺伝子頻度を変化させる機構 368
    Box11.3 ポリペプチドをコードするDNAでの1塩基置換の種類 370
    Box11.4 突然変異率の性差と男性主導の進化に対する疑問 375
Chapter12 生命の進化系統樹におけるヒトの位置 403
    12.1 遺伝子構造と重複遺伝子の進化 404
    12.2 染色体とゲノムの進化 415
    12.3 分子系統学と比較ゲノム学 428
    12.4 われわれをヒトたらしめているものは何か? 434
    12.5 ヒト集団の進化 444
    Box12.1 イントロンの分類 405
    Box12.2 対称性のあるエキソンとイントロンの相 408
    Box12.3 遺伝子重複の機構と相同性 409
    Box12.4 全生物の進化系統樹と水平遺伝子伝播 417
    Box12.5 後生動物に共通な系統分類群と用語の解説 440
    Box12.6 合祖解析 447
PART3 疾患遺伝子と突然変異のマッピングと同定 453
Chapter13 メンデル遺伝形質の遺伝的マッピング 455
    13.1 組換え体と非組換え体 456
    13.2 遺伝マーカー 459
    13.3 2点マッピング 464
    13.4 多点マッピングは2点マッピングよりも効率的である 467
    13.5 拡張した家系と祖先ハプロタイプを用いた詳細マッピング 469
    13.6 標準的なロッドスコア解析に問題がないわけではない 473
    Box13.1 ヒトの遺伝マーカーの発展 462
    Box13.2 情報性がある減数分裂と情報性がない減数分裂 462
    Box13.3 図13.6の家系についてのロッドスコアの計算 466
    Box13.4 連鎖の閾値についてのベイズの計算 467
Chapter14 ヒト疾患遺伝子の同定 477
    14.1 疾患遺伝子同定の原理と戦略 478
    14.2 位置情報に依存せずに疾患遺伝子を同定する 478
    14.3 ポジショナルクローニング 481
    14.4 染色体異常の利用 488
    14.5 候補遺伝子の確認 493
    14.6 さまざまな方法による疾患遺伝子の同定 : 8つの例 495
    Box14.1 転写地図の作成法 : データベース解析を補足し,ゲノムクローン内で発現している配列を同定するために実験室で行いうること 485
    Box14.2 マウス遺伝子のマッピング 487
    Box14.3 染色体異常の存在を示唆する現象 490
    Box14.4 位置効果―疾患遺伝子同定の落とし穴 491
    Box14.5 CGH法 : 普通の顕微鏡では観察できない染色体不均衡を検出する 493
Chapter15 複雑な疾患の遺伝的マッピングと同定 501
    15.1 非メンデル遺伝形質が遺伝性であるか否かを決定する : 家族研究,双生児研究,養子研究の役割 502
    15.2 分離解析 : 純粋なメンデル遺伝形質と純粋な多遺伝子形質の間に位置づけられる形質の解析 504
    15.3 複雑な形質の連鎖解析 507
    15.4 関連研究と連鎖不平衡 511
    15.5 感受性対立遺伝子の同定 518
    15.6 複雑な疾患の遺伝子解析の成果 : 8つの実例 518
    15.7 概観と要約 530
    Box15.1 分離比の補正 506
    Box15.2 連鎖不平衡の尺度 512
    Box15.3 伝達不平衡検定 : マーカー対立遺伝子M1が疾患と関連しているか否かを決定する 515
    Box15.4 罹患同胞対解析または伝達不平衡検定の検出力―全ゲノムスキャンによって疾患感受性遺伝子座を見出すのに必要な試料の数 517
    倫理Box1 アルツハイマー病,ApoE検査,そして差別 524
Chapter16 分子病理学 535
    16.1 はじめに 536
    16.2 対立遺伝子Aおよびaという表記法は簡便だが、DNA配列の多様性を表現しない 536
    16.3 突然変異の大分類 : 機能喪失性変異と機能獲得性変異 537
    16.4 機能喪失性変異 541
    16.5 機能獲得性変異 547
    16.6 分子病理学 : 遺伝子から疾患へ 549
    16.7 分子病理学 : 疾患から遺伝子へ 557
    16.8 染色体異常の分子病理学 559
    Box16.1 突然変異のおもな分類 536
    Box16.2 配列変化を記載する用語 537
    Box16.3 対立遺伝子の効果を記述する用語 538
    Box16.4 ヘモグロビン異常症 540
    Box16.5 塩基配列の変化が疾患をもたらすような影響をもつかを判断するための指針 540
    Box16.6 プラダー-ウィリー症候群とアンジェルマン症候群の分子病理 547
Chapter17 がんの遺伝学 565
    17.1 はじめに 566
    17.2 がんの発生と進展 566
    17.3 がん遺伝子 568
    17.4 がん抑制遺伝子 572
    17.5 ゲノムの安定性 577
    17.6 細胞周期の制御 582
    17.7 まとめ : がん化の経路とがん化能 584
    17.8 現在の知見をどのように役立てるか 586
    Box17.1 逐次(連続的な)変異を起こりやすくする2つの機序 567
Chapter18 個人および集団を対象とした遺伝学的検査 591
    18.1 はじめに 592
    18.2 検査試料の選択 : DNA,RNA,タンパク質 593
    18.3 遺伝子の変異を調べる 593
    18.4 特定の塩基配列変化を調べる 602
    18.5 遺伝子追跡 611
    18.6 集団スクリーニング 615
    18.7 DNAプロファイリングによる個人の同定や血縁関係の決定 618
    Box18.1 多重増幅プロープハイブリダイゼーション 601
    Box18.2 処理能力の高い2種類の遺伝子多型タイピング法 607
    Box18.3 遺伝子追跡の論理 611
    Box18.4 確率を組み合わせるためのベイズの定理 613
    Box18.5 訴追者の誤謬 622
PART4 新しい地平―21世紀に向けて 625
Chapter19 ゲノムプロジェクトの次にあるもの : 機能ゲノム学,プロテオミクス,バイオインフォマティクス 627
    19.1 機能ゲノム学の概観 628
    19.2 配列の比較による機能的アノテーション 630
    19.3 網羅的なmRNAプロファイリング―トランスクリプトミクス 635
    19.4 プロテオミクス 645
    19.5 まとめ 667
    Box19.1 グルコキナーゼの機能 629
    Box19.2 遺伝子発現を網羅的に解析するための配列サンプリング技術 637
    Box19.3 タンパク質チップ 647
    Box19.4 プロテオミクスにおける質量分析 650
    Box19.5 タンパク質構造の決定 656
    Box19.6 タンパク質構造の分類 659
Chapter20 細胞と動物個体の遺伝子操作 671
    20.1 遺伝子導入技術の概観 672
    20.2 遺伝子導入の原理 673
    20.3 遺伝子導入を用いた遺伝子の発現と機能の研究 695
    20.4 遺伝子導入や遺伝子ターゲティングによる疾患モデルの作製 701
    Box20.1 動物培養細胞に遺伝子を導入する方法 674
    Box20.2 動物細胞に対する選択マーカー 675
    Box20.3 哺乳類の胚性幹細胞の単離と操作 679
    Box20.4 動物細胞の研究に用いられるレポーター遺伝子 694
    Box20.5 遺伝子導入による突然変異誘発に用いられる巧妙なベクター 699
    Box20.6 ヒト疾患モデルとなりうる動物 703
Chapter21 疾患の新しい治療法 711
    21.1 遺伝病の治療は疾患の遺伝子治療とは異なる 712
    21.2 遺伝病の治療 712
    21.3 既存の治療法を改良して従来の治療に新たな展開をもたらすべく,遺伝学の知識を利用する 713
    21.4 遺伝子治療の原理 719
    21.5 標的細胞や標的組織に遺伝子を挿入して発現させる方法 723
    21.6 細胞内または組織内の病因性遺伝子を修復あるいは不活性化する方法 729
    21.7 ヒト遺伝子治療の試行例 731
    Box21.1 遺伝子治療に関する1995年のNIHパネル報告(Orkin-Motulsky report) 722
    倫理Box1 ヒトクローン化に関する倫理 717
    倫理Box2 生殖細胞系列の遺伝子治療と体細胞の遺伝子治療 720
    倫理Box3 デザイナーベビー 722
   用語解説 739
   病名索引 757
   和文索引 759
   欧文索引 775
日本語版監修者の序 ⅲ
   序文 ⅴ
   インターネットの上手な利用法 xv
64.

図書

図書
A. Malcolm Campbell, Laurie J. Heyer共著 ; 佐藤翻訳事務所訳
出版情報: 東京 : オーム社, 2004.6  xx, 410p ; 26cm
所蔵情報: loading…
65.

図書

図書
石浦章一著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2004.7  269p ; 19cm
シリーズ名: 東京大学超人気講義録
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66.

図書

東工大
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図書
東工大
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ジェームス・D・ワトソン, アンドリュー・ベリー著 ; 青木薫訳
出版情報: 東京 : 講談社, 2005.3  323p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1472 . DNA ; 上
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序章 生命の神秘 15
第1章 遺伝学の始まり ― メンデルからヒトラーまで 22
   遺伝の謎 25
   遺伝子の発見 30
   ショウジョウバエと遺伝子地図 36
   優生学の誕生 41
   カリカク家 50
   断種法と科学的人種差別 57
   遺伝学史上最大の汚点 64
第2章 二重らせん ― これが生命だ 69
   DNAの構造をつきとめる 77
   クリックとの出会い 85
   二重らせんの発見 92
   興奮とやっかみのはざまで 99
   DNA複製の証明 105
第3章 暗号の解読 ― DNAから生命ヘ 111
   セントラル・ドグマ 118
   塩基配列からアミノ酸へ 127
   分子レベルで生命をとらえる 133
   遺伝子のスイッチ 137
   RNAワールド 143
第4章 神を演じる ― カスタマイズされるDNA分子 148
   組み換え革命前夜 150
   DNAの大量生産に成功する 154
   パンドラの箱会議 160
   市民を巻き込んだ規制論争 169
   DNAの配列を読む 175
   イントロンとエクソン 182
第5章 DNAと金と薬 ― バイオテクノロジーの誕生 187
   医薬品開発競争の幕開け 190
   DNAと特許論争 201
   バイオテクノロジー・ビジネスの開拓者たち 210
   がん治療への可能性 216
   反対運動ふたたび 221
第6章 シリアル箱の中の嵐 ― 遺伝子組み換え農業 226
   アグロバクテリウムをめぐる争い 228
   ハイブリッドコーンと種子産業 233
   Bt作物の登場 239
   植物をデザインする 247
   組み換え作物への抵抗 251
   フランケンフード 258
   正しい議論とは何か 261
   不自然である 262
   食物にアレルギーの原因物質(アレルゲン)や毒物が含まれてしまう 263
   無差別的で、目的以外の種に害を及ぼす 264
   「スーパー雑草」の登場により環境の崩壊を引き起こす 265
第7章 ヒトゲノム ― 生命のシナリオ 271
   ヒトゲノム計画始まる 274
   DNA解読技術のブレーク・スルー 286
   ビジネスになったゲノム解読 295
   加速するゲノム解読競争 303
   生命科学の新たなるスタート 315
注 319
さくいん 323
序章 生命の神秘 15
第1章 遺伝学の始まり ― メンデルからヒトラーまで 22
   遺伝の謎 25
67.

図書

東工大
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図書
東工大
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ジェームス・D・ワトソン, アンドリュー・ベリー著 ; 青木薫訳
出版情報: 東京 : 講談社, 2005.3  370p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1473 . DNA ; 下
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第8章 ゲノムを読む ― 今起こりつつある進化 15
   遺伝子の数から何がわかるか 18
   飛び移る遺伝子 26
   最小ゲノム計画 33
   ゲノムが明らかにした微生物の多様性 38
   遺伝子はいつどこで働くのか 49
   遺伝子発現のルール 58
第9章 アフリカに発す ― DNAと人類の歴史 65
   DNAで進化をたどる 72
   ミトコンドリア・イブ 78
   十五万年前に何が起こったのか 83
   人類の伝播 93
   わずか〇・一パーセントの違い 98
   環境に適応した多様性 105
第10章 遺伝子の指紋 ― 法廷とDNA 116
   O・J・シンプソン事件とDNA鑑定 125
   時効の壁を越える 135
   ロマノフ皇帝とアナスタシアの謎 142
   DNAで身元確認 147
   自分の血縁を探る 150
   正義の武器 157
第11章 病原遺伝子を探して ― ヒトの病気の遺伝学 165
   遺伝子探索の妙手 173
   遺伝病と出生前診断 184
   遺伝子の何が病気を引き起こすのか 191
   乳がん遺伝子の発見 198
   完成近づくヒトゲノムマップ 207
第12章 病気に挑む ― 遺伝病の治療と予防 216
   遺伝子診断のジレンマ 223
   遺伝病スクリーニングの是非 234
   遺伝子検査の成果 242
   遺伝的運命を知る 250
   DNAを修復する 257
   遺伝子治療の可能性 265
   遺伝情報は諸刃の剣 271
第13章 私たちは何者なのか ― 遺伝と環境 278
   社会的公正と遺伝学 282
   ソビエト科学の壮大な失敗 286
   すべては「育ち」か 298
   双子の研究 301
   ネズミの愛情遺伝子 312
   性格は遺伝するのか? 320
終章 遺伝子と未来 333
注 353
謝辞 356
訳者あとがき 359
さくいん 370
第8章 ゲノムを読む ― 今起こりつつある進化 15
   遺伝子の数から何がわかるか 18
   飛び移る遺伝子 26
68.

図書

図書
斎藤成也著
出版情報: 東京 : 新曜社, 2004.9  vi, 210, 12p ; 19cm
シリーズ名: ワードマップ
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69.

図書

図書
ピーター・リトル著 ; 美宅成樹訳
出版情報: 東京 : 講談社, 2004.12  570p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1462
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70.

図書

図書
村上和雄著
出版情報: 東京 : 致知出版社, 2009.6  165p ; 20cm
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71.

図書

図書
関口睦夫 [ほか] 著
出版情報: 東京 : 共立出版, 2006.4  vi, 195p ; 21cm
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72.

図書

図書
山本雅之編
出版情報: 東京 : 共立出版, 2001.12  x, 178p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ・バイオサイエンスの新世紀 / 日本生化学会編 ; 1
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73.

図書

図書
中村祐輔編集
出版情報: 東京 : 羊土社, 2002.4  260p ; 26cm
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74.

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東工大
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図書
東工大
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池田清彦編著 ; 小川眞里子 [ほか著]
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2006.5  231p ; 20cm
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はじめに 1
1 男と女の狭間 27
   男と女の狭間◆池田清彦 28
   性アイデンティティをめぐって◆小川眞里子 44
   対談 男と女の狭間◆小川眞里子vs池田清彦 54
2 教育のパラドックス 73
   教育のパラドックス◆池田清彦 74
   「ハズれ」を敬う教育◆正高信男 87
   対談 教育のパラドックス◆正高信男vs池田清彦 95
3 心の在り処 119
   心の在り処◆池田清彦 120
   二分法の呪縛◆計見一雄 134
   対談 心の在り処◆計見一雄vs池田清彦 158
4 「いのち」を誰が決めるのか 175
   「いのち」を誰が決めるのか◆池田清彦 176
   自由は優生を支持しないと思う◆立岩真也 189
   対談 「いのち」を誰が決めるのか◆立岩真也vs池田清彦 204
はじめに 1
1 男と女の狭間 27
   男と女の狭間◆池田清彦 28
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図書

図書
Benjamin Lewin著 ; 菊池韶彦, 榊佳之, 水野猛, 伊庭英夫, 紅順子訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2007.2  xvi, 557p ; 30cm
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76.

図書

東工大
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石浦章一著
出版情報: 東京 : ぱる出版, 2007.10  175p ; 19cm
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まえがき 3
Part1 どこから遺伝子?どこまで遺伝子?
1 遺伝に関する迷信 14
   ぼけは遺伝するのか-遺伝的な素因と生活環境を分けて考えよう
2 こんなことまでわかるようになった! 17
   発病する可能性を予言したり、予防するとも可能に
3 相関とはどういうこと? 20
   相関は、因果関係とは別のこと、まあ読んでみてください
4 意欲は遺伝するか 24
   クスリで意欲を掻き立てることもありますね
5 ハゲは遺伝しちゃうの? 28
   タンパク質”デスモグレイン4”や酵素”ホスホリパーゼ”が犯人
6 性格は遺伝するのか 32
   参好奇心旺盛な人は、DNA配列の特定部位の繰り返し回数が多い!?
7 頭のよさは遺伝するのか 37
   双生児の研究でいろいろとわかった
8 酒飲みは遺伝するか 41
   アルデヒド脱水素酵素(ALDH2)遺伝子上の配列がGかAだと…
9 不安症は遺伝するか 45
   ハームアボイダンス(Harm Avoidanc HAと略)が高いか低いか
10 びっくり反応も遺伝? 50
   驚愕反応は抑制性神経伝達に問題あり
11 運動能力も遺伝するの? 54
   オリンピック症候群や高山無酸素登頂のスーパークライマーの遺伝子変異
Part2 遺伝子はこんなことまで決めている!
12 左利きとは-利き手は遺伝するのか 62
   英国のカー一族は左利きの人がめっぽう多いらしい
13 体臭も遺伝-ヒトのフェロモンか 68
   ある特定の異性の匂いで性中枢が活性化される!?
14 怖く感じるモノも遺伝するか 72
   社会恐怖症を起す第15染色体の重複を発生頻度の多いアフリカの大家族に発見!?
15 便利だが、問題も残る遺伝子診断 77
   好むと好まざるに関わらず親子関係や将来の遺伝病発祥が露見することがある
16 ネアンデルタール人と現代人の遺伝子は別物か 81
   私たちとネアンデルタール人とは50万年から65万年前に分岐した
17 チンパンジーと現代人の味覚の違い 85
   同じ人間でも、ある種の苦みを感じる人とそうでない人が存在する
18 現代人の肥満のナゾを解きましょう 89
   過酷な生活環境の時代に発達した”節約遺伝子”がヒトを太らせる
19 遺伝子か、それとも生活環境か 94
   一卵性双生児(MZ)と二卵性双生児(DZ)の研究によると…
20 タンパク質が進化する 98
   ポリグルタミン病は何かの進化の過程かもしれない
21 記憶はどこに蓄えられているのか 102
   参覚え込むと脳に電気が流れやすくなることを長期増強(LTP)という
22 アタマをよくする薬!?①オリーブオイル 106
   抗炎症効果のあるものを摂取し続けると…
23 アタマをよくする薬!?②リタリンなど 109
   集中力を増進させるクスリとイヤな記憶を消し去るクスリ
Part3 遺伝子でれかること・変えられること
24 うつが遺伝するのは確かなのか 114
   81人のうち19人が躁うつ病の家系を遺伝解析してみたが…
25 喫煙習慣で脳の受容体が増加 119
   ニコチンが本来のアセチルコリンの受容体に入り込む
26 遺伝子操作した形質は次代に受け継がれるか 124
   受精直後の核にDNAをピペットで注入。ただし受精卵が合一前でないとダメ
27 老化は遺伝子のエラーで起こる 127
   長寿遺伝子!?E2型をホモでもつ人は百歳を越える確率も高い
28 狂牛病は遺伝しないのか 131
   クロイツフェルト・ヤコブ病の家系が存在-素因遺伝子は未だ特定されず
29 クレオパトラの鼻だって造れるかも 139
   親に似る遺伝様式の一端を垣間見た!
30 遺伝子変異も治すことができる① 143
   エキソンスキッピングという方法
31 遺伝子変異も治すことができる② 147
   NMDというすばらしい方法
32 コメを食べて病気を治す 153
   βタンパク質遺伝子導入の遺伝子組換え作物をワクチンにする
33 ミトコンドリアを取り替える 160
   核の部分のみ正常なミトコンドリアと入れ替えれば可能だが…
34 ヒトとネズミの違いが治療を変える 163
   ヒト同士でも薬物代謝能力には個人差。ラットとでは代謝機能も異なる
巻末付録 遺伝子用語の基礎知識 169
あとがき 174
まえがき 3
Part1 どこから遺伝子?どこまで遺伝子?
1 遺伝に関する迷信 14
77.

図書

東工大
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T.A.ブラウン著
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2007.12  xxi, 732p ; 28cm
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第Ⅰ部 ゲノムを学ぶ 1
   第1章 ゲノム,トランスクリプトーム,プロテオーム 3
   第2章 DNA研究法 33
   第3章 ゲノム地図の作成 67
   第4章 ゲノム配列の解析 107
   第5章 ゲノム配列を理解する 135
   第6章 ゲノムがどのようにして機能するかを理解する 169
第Ⅱ部 ゲノム解剖学 199
   第7章 真核生物ゲノム 201
   第8章 原核生物ゲノムと真核生物の細胞小器官ゲノム 229
   第9章 ウイルスゲノムと動く遺伝子 253
第Ⅲ部 ゲノムの機能 273
   薯10章 ゲノムへの接近 275
   第11章 転写開始複合体の形成 299
   第12章 RNAの合成とプロセシング 339
   第13章 プロテオームの合成とプロセシング 391
   第14章 ゲノム機能の調節 431
第Ⅳ部 ゲノムの複製と進化 473
   第15章 ゲノム複製 475
   第16章 変異とDNA修復 513
   第17章 組換え 547
   第18章 ゲノムの進化 577
   第19章 分子系統学 603
章末問題の解答 635
用語解説 659
図の出典 699
和文索引 701
欧文索引 716
第Ⅰ部 ゲノムを学ぶ 1
   第1章 ゲノム,トランスクリプトーム,プロテオーム 3
   第2章 DNA研究法 33
78.

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東工大
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図書
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崎谷満著
出版情報: 東京 : 勉誠出版, 2009.9  159p ; 22cm
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はしがき 1
第一章 日本列島ヒト集団のDNA多様性 9
 1 単系統説 11
   形質人類学から分子人類学へ 11
   多地域進化説の問題点 14
   分子人類学による単系統説 16
   出アフリカ 18
   「人種」概念の曖昧さ 19
 2 北ルート系集団南下説 25
   出アフリカ後の3ルート 25
   南ルート系集団 28
   北ルート系集団 29
   西ルート系集団 30
   成人T細胞白血病ウイルス研究の貢献 31
   ピロリ菌研究の貢献 32
   根拠を欠く南ルート系集団北上説 32
   東アジアにおけるヒト集団の成立史 35
   黄河流域および長江領域における先史時代 38
   極東・アムール川流域および北海道における先史時代 40
 3 ハプログループ多源論 43
   日本列島における多様なDNAハプログループ分布 43
   歴史的変遷 47
   東アジアとのコントラスト 49
   「南方系旧モンゴロイド」概念の問題点 52
   「北方系旧モンゴロイド」概念の問題点 53
   二重構造モデルの問題点 55
   ハプログループ単位での視点の確立 58
第二章 日本列島に流入した多様な文化
 1 日本列島多民族共存論 61
   民族・ヒト集団の多様性 63
   アイヌ民族 63
   日本列島中間部(九州・西日本・東日本)のヒト集団 66
   琉球民族 69
 2 日本列島文化複数起源論 72
   複数の後期旧石器時代文化の流入 72
   後期更新世末期~完新世前半における新石器時代文化への移行 75
   新石器時代草創期における普遍的な縄文施文 76
   新石器時代前半における縄文施文の地域限局化 81
   多様な農耕文化の流入 84
   「縄文土器」「縄文時代」「縄文文化」という用語の問題点 87
   日本列島における2ジャームセンターモデル・10クラスターモデル 91
 3 多文化共生モデル 94
   単一文化絶対主義の問題点 94
   多文化共生のあり方 98
第三章 日本列島における言語の多様性 101
 1 多言語共存論 103
   アイヌ語・琉球語・九州語・西日本語・関西語・東日本語 103
   アイヌ語 103
   琉球語 105
   九州語 106
   西日本語 109
   関西語 111
   東日本語 113
 2 言語学的普遍主義 116
   既存の言語学的方法論の問題点 116
   普遍的方法論確立の必要性 125
 3 言語多元主義 129
   東京方言・国語の問題点 129
   言語多元主義に向けて 132
第四章 多様性の認識 137
   DNA多様性の認識 138
   文化多様性の認識 139
   言語多様性の認識 140
あとがき 142
参考文献 145
はしがき 1
第一章 日本列島ヒト集団のDNA多様性 9
 1 単系統説 11
79.

図書

図書
石浦章一著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2008.11  269p ; 19cm
シリーズ名: 東京大学超人気講義録 ; file3
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80.

図書

図書
野島博著
出版情報: 東京 : 南江堂, 2009.4  ix, 270p ; 26cm
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81.

図書

図書
大野秀樹, 及川恒之, 石井直方編
出版情報: 東京 : 大修館書店, 2001.7  vi, 259p ; 21cm
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82.

図書

図書
Tom Strachan, Andrew P. Read [著] ; [後藤貞夫ほか訳]
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2001.9  xxiv, 658p ; 28cm
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83.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
菅原秀明編集
出版情報: 東京 : 共立出版, 2002.10  iv, 126p ; 26cm
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序(菅原秀明) I
第0章 使えるバイオインフォマティクス(菅原秀明) 1
   バイオインフォマティクスとは
   バイオインフォマティクスの古典を活かす
   本書の使い方
   ゲノムプロジェクトとバイオインフォマティクス
   データベース,データベース,データベース,そして…
第1章 配列を手に入れる DDBJが提供するSRSシステムによる検索の仕方(宮崎 智) 5
   キーワード検索の仕組み
   DDBJフラットファイルの構造
   SRSシステムの特徴
   SRSの使い方
第2章 既知の配列と比較する:相同性検索(今西 規・宮崎 智) 13
   相同性検索のすすめ
   DDBJを利用した配列の相同性検索
第3章 配列に共通のパターンを探す CLUSTALWを中心としてマルチプルアラインメントの方法を紹介(池尾一穂・深海-小林 薫) 21
   多重配列とは
   CLASTALとは
   CLASTALを使用するには?
   アラインメントプログラムの利用に際して気をつけること
   マルチプルアラインメントを機能部位の絞り込みに役立てる
第4章 配列から遺伝子の進化を探る(斎藤成也) 32
   進化距離とは?
   DDBJ WebのCLASTALWで近隣結合系統樹を作成する
第5章 アミノ酸配列から既知のパターンを探す:モチーフ検索(池尾一穂) 37
   モチーフとは何か?
   モチーフ検索
   SWISS-PROTとは?
   モチーフ検索の考え方
   PROSITEからデータを探す
   配列からモチーフを抽出する
   配列モチーフデータを利用するときに注意すべきこと
   配列モチーフのもつ進化的な意味
第6章 立体構造を手に入れる PDBの利用方法(楠樹正巳) 44
   PDBエントリーの検索
   検索結果の見方
   PDBエントリーファイルの説明
   グラフィックソフトウェアの紹介
第7章 アミノ酸配列の保存領域からタンパク質を知る(深海-小林 薫) 53
   相同性検索による機能予測とその限界
   1ドメイン1機能
   アミノ酸配列の保存領域のデータベース
   機能未知の配列がどんな保存領域をもつかを調べる
第8章 立体構造の類似性を知る(木寺詔紀) 61
   タンパク質立体構造の博物学
   比較・分類で何がわかるか
   比較の方法論
   タンパク質立体構造比較・分類のサイト
第9章 アミノ酸配列から2次構造を予測する(太田元親) 69
   2次構造予測とは
   30分でマスターする2次構造予測の基礎知識
   Webによる2次構造予測
   2次構造を予測してどうするの?
第10章 アミノ酸配列から立体構造を予測する(太田元親) 77
   構造認識の基礎知識
   構造認識
第11章 ゲノム配列から遺伝子を発見する(矢田哲士) 85
   遺伝子発見のコンピュータプログラム
   原核生物からの遺伝子発見
   真核生物ゲノムからの遺伝子発見
第12章 遺伝子ネットワークを使いこなす(五斗 進) 92
   遺伝子から遺伝子ネットワークへ
   代謝系のデータベース
   代謝系のデータベースを用いた解析
第13章 生理活性脂質データベースを利用する(八杉悦子・渡邊清博) 100
   生理活性脂質データベースと他の脂質データベースサイト
   生理活性脂質データベースへのアクセス状況
   生理活性脂質データベースの操作法
   リポミクスプロジェクト
第14章 公共データベースに登録する
DDBJへの登録(宮崎 智) 106
   DDBJのデータ公開形式
   生物学的特徴の記載
   データ登録
PDBへの登録(楠木正巳) 109
   PDBの内容とデータベース化の必要性
   PDBの編集の世界
   PDBエントリーの登録の手続き
   PDBの編集の手続き
第15章 Q&A
配列からの遺伝子系統樹解析を役立てるには?(斎藤成也) 115
   最初から系統樹だと決めてかかってはいけない
アルゴリズムって何? 隠れマルコフモデルって何?(中井謙太) 118
   バイオインフォマティクスって
   アルゴリズムとデータ構造
   ハッシュ法
   マルコフ過程
   隠れマルコフモデル
掲載URL一覧 124
索引 127
序(菅原秀明) I
第0章 使えるバイオインフォマティクス(菅原秀明) 1
   バイオインフォマティクスとは
84.

図書

図書
高木利久, 冨田勝編
出版情報: 東京 : 中山書店, 2000.10  viii, 210p ; 21cm
シリーズ名: ポストシークエンスのゲノム科学 ; 6
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85.

図書

図書
池内俊彦著
出版情報: 東京 : 中央公論新社, 2001.12  iii, 209p ; 18cm
シリーズ名: 中公新書 ; 1618
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86.

図書

図書
石田雅彦著
出版情報: 東京 : 扶桑社, 2002.9  294p ; 20cm
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87.

図書

図書
赤坂甲治著
出版情報: 東京 : 裳華房, 2002.11  xiv, 262p ; 21cm
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88.

図書

図書
キム・ステルレルニー著 ; 狩野秀之訳
出版情報: 東京 : 筑摩書房, 2004.10  187, 19p ; 15cm
シリーズ名: ちくま学芸文庫 ; [ウ-13-1]
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89.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
和田昭允著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2005.8  xiv, 235, 2p ; 20cm
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はじめに
第1章 東京大学物理学教室の雰囲気 1
   挑戦者たち
   ざっくばらんな会話
   歯に衣着せぬ議論
   交流のネットワーク
   生物と物理の国境に立つ
   足を引っ張られる
   サイエンスに“はずはない”はない
   広大な活躍の場-無限にある成功のチャンス
   生物と物理を隔てる壁-寺田寅彦と中谷字吉郎の視点
   物理から生命にチャレンジする三つのタイプ
   励まし-その絶大なる効果
   一流人物の共通項
第2章 化学から物理への越境とハーバード大学 33
   化学教室に培われていた物理学への流れ
   卒業研究の頃-森野先生の思い出
   新しいチャレンジへの模索
   知の舞台-ハーバード大学
   研究生活
   アメリカから帰る
   お茶の水女子大学理学部化学教室
第3章 生物物理学の展開 65
   生物物理学事始め
   学会設立にあたって
   生物の特徴と“枚挙”
   日本生物物理学会と国際生物物理学連盟の発足
   東大物理学教室へ-生物物理研究室の建設
   物理による生命研究とは?
   生物物理グループの強化に向けて
   DNAとタンパク質の精密計測
   物質と生命をつなぐパズル
第4章 分子に見られる生命と物質の境 95
   生体高分子の情報とは構造要素の配列秩序
   立体構造の秩序-タンパク質の一重ラセンとDNAの二重ラセン
   私の生命観と研究目標
   化学教室で、分子の変形とは何かの研究を始める
   高分子の形態変化-ラセン・コイル転移
   鉄のカーテンを越える共同研究
   “ある特定の情報”はどのように書き込まれたか?
   さらなる発展に向けて
   未踏の高峰-脳と心
   生命、そして、自然の理解はまだ序の口
第5章 DNAの高速自動解読 131
   日本の“お家芸”を生かそう!
   二一世紀を予言する
   レフェリーとの格闘
   「ウェットウェア」という新しい概念
   DNA研究の国家プロジェクト
   生かされなかった独創の「二つの芽」
   「飛ぶ鳥」を撃てない日本
   国際プロジェクト化への努力と挫折
   立ち遅れた日本の解読分担率は六%
   「小柴カミオカンデ」と「和田DNA」の違い-衆議院での証言
   反省の書「ゲノム敗北」と「ネイチャー」による書評
第6章 生命と物質を俯瞰するサイエンスに向けて-HFSPを例として 163
   サイエンスの総合化に向けての努力
   日本発の国際研究助成
   機構-HFSP
   アメリカの疑心暗鬼
   「和田 vs ゴワンズ」
   論争
   基本理念を正面切って発信すれば、世界は必ず正しい
   評価を与える
   自然を俯瞰する「時空計算尺“ガリバー”」の発明
第7章 理研ゲノム科学総合研究センター-「生命生存の智恵と戦略」の探究 181
   「予言力」が高まった生命科学-先見性の勝利
   理研ゲノム研究センターの発足
   研究のための環境と体制
   ユニークな運営と評価システム
   「生命生存の智恵と戦略」の解明
   科学の発展パターンと今後の科学研究に望むこと
   四本のシンボル・ツリーと二三〇年ぶりの里帰り標本
第8章 自然探求、研究者人生へのいざない 203
   大局的判断
   家庭のなかの“理工系の雰囲気”
   「お前は苦労が足りない」
   思い出すいろいろなこと
   博物学と理学・工学のフレーバー
   門前の小僧習わぬ経を読む
   旧制高等科理科-カルチャーショック・昭和二一年
おわりに 231
参考資料
コラム
   僕は物理学教室に恩義を感じている 小柴昌俊 4
   物理学教室が持つリベラルな雰囲気 伏見 譲 7
   “異分野のるつぼ”だった物理学教室 有馬朗人 13
   和田さんの“降格人事?” 有馬朗人 81
   サロンと生物物理セミナー 伏見 譲 87
   多眼・複眼・独創眼 陶山 明 117
   先読みする力、先読みしすぎの難点 大島泰郎 137
   DNA同窓会 浜岡 勤 143
   HFSPの基本哲学の防衛 有本建男 171
   日本のチャレンジHFSP 永山國昭 173
   正当性を主張する喧嘩 大島泰郎 175
   貴重なアドバイス 林崎良英 189
   Omic Spaceの構想 横山茂之 191
   広い視点に立つこと 曽田邦嗣 197
はじめに
第1章 東京大学物理学教室の雰囲気 1
   挑戦者たち
90.

図書

図書
松原謙一著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2002.11  vii, 195p ; 18cm
シリーズ名: 岩波新書 ; 新赤版 815
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91.

図書

図書
マイケル・ウォルドホルツ著 ; 大平裕司訳
出版情報: 東京 : 朝日新聞社, 2002.12  403, ix, vip ; 20cm
所蔵情報: loading…
92.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
Benjamin Lewin [著] ; 菊池韶彦, 榊佳之, 水野猛, 伊庭英夫訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2006.1  xvi, 933p ; 30cm
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1.情報の貯蔵庫としてDNA 1
1.DNAは遺伝物質である 3
   遺伝は巨大分子の働きによる 4
   タンパクの機能はコンホーメーションに依存している 5
   タンパクはどうやって正しいコンホーメーションを獲得するのか 13
   DNAの発見 16
   普遍的な遺伝物質はDNAである 19
   DNAの構成成分 22
   DNAは二重らせんである 27
   DNAの複製は半保存的である 31
   さらに読みたい人へ 34
2.遺伝子は染色体上にある 35
   遺伝子の発見 36
   遺伝における染色体の役割 41
   遺伝子はおのおの特異的な染色体上にある 45
   遺伝子は一列に並んでいる 48
   遺伝子地図は連続している 53
   一遺伝子-一タンパク 54
   精密な定義:シストロン 57
   用語についての注意 60
   さらに読みたい人へ 61
3.DNAの塩基配列を変える変異 63
   遺伝暗号はトリプレットで読まれる 64
   点変異は塩基対を一つ変える 67
   変異はホットスポットに集中する 71
   変異率 74
   さらに読みたい人へ 77
4.核酸のトポロジー 78
   一本鎖の核酸は二次構造を持つ 78
   インバーテッド繰り返しと二次構造 83
   二本鎖DNAは異なる二重らせん構造もとれる 86
   左巻き型のDNA 89
   閉じたDNAはスーパーコイルを作る 91
   スーパーコイルは二重らせん構造に影響を与える 95
   DNAは変性し,再生できる 97
   核酸は塩基対合によってハイブリッド分子を形成できる 98
   さらに読みたい人へ 101
5.遺伝子の単離 102
   制限酵素はDNAを特定の断片に切断する 104
   DNA断片を基にして制限酵素地図を作成する 106
   制限酵素切断部位は遺伝マーカーとして用いられる 111
   DNAの塩基配列決定 116
   原核生物の遺伝子タンパクは1対1の対応をする 119
   真核生物の遺伝子には分断されたものがある 121
   2種類以上のタンパクをコードするDNA塩基配列もある 123
   遺伝のパラダイム 126
   さらに読みたい人へ 127
   II.遺伝子からタンパクへ 129
6.遺伝暗号の解読 131
   タンパク合成は一方向に進行する 132
   メッセンジャーRNAの探索 134
   転移RNAはアダプターとして働く 135
   リボソームは一列になって移動する 139
   コドンの大部分はアミノ酸に対応する 143
   暗号には普遍性があるか 146
   さらに読みたい人へ 147
7.タンパク合成の流れ作業 148
   リボソームの活性部位 149
   ポリペプチド鎖の合成開始 151
   開始には30Sサブユニットと補助因子が必要である 154
   30Sサブユニットの遊離状態はIF3に制御されている 156
   IF2がイニシエーターtRNAの選択をする 157
   真核細胞の翻訳開始には多くの因子が関与している 159
   伸長反応:T因子がA部位ヘアミノアシル-tRNAを導入する 162
   リボソームの移動 167
   翻訳の完了:三つのコドンでタンパク合成を終結させる 171
   さらに読みたい人へ 173
8.転移のRNA:翻訳のアダプター 174
   共通のクローバー葉型 175
   三次構造はL字型になっている 178
   合成酵素はどのようにしてtRNAを認識するか 182
   アミノ酸結合のステップにおける識別 185
   コドンーアンチコドンの認識にはゆらぎがある 187
   tRNAには修飾された塩基がいろいろある 190
   塩基の修飾がコドンの認識を制御している可能性がある 193
   ミトコンドリアにはtRNAの最小セットがある 196
   変異tRNAは違うコドンを読む 197
   サプレッサーtRNAは元のコドンも認識できる 202
   tRNAは読み枠に影響を及ぼすことがある 205
   さらに読みたい人へ 206
9.翻訳工場としてのリボソーム 208
   リボソームはコンパクトなリボ核タンパク粒子である 209
   リボソームタンパクとrRNAの相互作用 213
   inuitroでの再構成はinuiuoでの集合過程によく似ている 219
   サブユニットの集合はトポロジーに関連している 221
   すべてのリボソーム成分に変異を導入できる 224
   リボソームには数種類の活性中心がある 226
   翻訳の正確さ 230
   さらに読みたい人へ 232
10.鋳型としてのメッセンジャーRNA 234
   細菌のメッセンジャーは寿命が短い 235
   細菌のmRNAの大多数はポリシストロニックである 238
   ポリシストロニックメッセンジャーの翻訳 240
   真核細胞mRNAの機能を明らかにする 243
   invitoro翻訳系の威力 245
   真核生物の大部分のmRNAは3'末端がポリアデニル化されている 247
   真核生物のmRNAは5'末端にメチル化されたキャップ構造を持つ 250
   翻訳開始にはmRNAとrRNAとの間に生ずる塩基対合が必要である 252
   リボソーム小サブユニット真核生物mRNAの翻訳開始部位に移動する 255
   タンパク合成と細胞内の局在性との関連 257
   さらに読みたい人へ 264
   Ⅲ.鋳型の産生 265
11.RNAポリメラーゼ : 基本的な転写装置 267
   転写はRNAポリメラーゼによって触媒される 269
   シグマ因子はDNAへの結合に関与する 271
   コア酵素はRNAを合成する 275
   真核細胞の複雑なRNAポリメラーゼ 280
   さらに読みたい人へ 282
12.プロモーター:転写開始の調節部位 283
   大腸菌RNAポリメラーゼの結合部位 286
   大腸菌のプロモーターのコンセンサス配列 289
   コンセンサス配列の働き 292
   シグマ因子の置き換えによる転写開始の調節 297
   RNAポリメラーゼIIに読まれるプロモーターは転写開始点より上流にある 303
   RNAポリメラーゼIIのプロモーターは複数の領域から構成されている 307
   エンハンサーは上流にあっても下流にあっても転写の開始を促進する 311
   RNAポリメラーゼIIIのプロモーターは下流領域にある 314
   さらに読みたい人へ 317
13.転写終結と抗転写終結 319
   大腸菌の2種類の転写終結にはパリンドロームが関与する 320
   ロー因子はどのように働くのだろうか 323
   抗転写終結はDNAの特定の部位で起こる 327
   RNAポリメラーゼにはさらに別のサブユニットがあるか 334
   真核生物を使う場合の困難 337
   さらに読みたい人へ 338
   IV.原核生物の遺伝子発現の調節 341
14.オペロン:モデル系としてのラクトース遺伝子 343
   誘導と抑制の調節は小分子によって行われる 343
   構造遺伝子のクラスターは調節遺伝子の制御を受ける 345
   オペロンの調節回路 348
   構成的変異を使ってリプレッサーの働きを調べる 350
   オペレーターはシス優性に働く 352
   プロモこターかリプレッサーに起こる変異は非誘導型になる 353
   リプレッサーはどのようにして転写を妨げるのか 355
   オペレーター領域での接触 356
   リプレッサーのサブゴニット間の相互作用 358
   DNA結合タンパクとしてのリプレッサー 361
   DNAからの離脱 362
   余剰のリプレッサーの貯蔵 364
   誘導のパラドックス 366
   さらに読みたい人へ 367
15.調節回路:オペロンの完全装備 368
   正負の調節を区別する 368
   トリプトファンオペロンは抑制型である 371
   トリプトファンオペロンを調節するアテニュエーター 374
   どの二次構造をとるかがアテニュエーターの働きを制御する 376
   他のアテニュエーター 382
   抑制は遺伝子座が複数であっても起こる 385
   カタボライト抑制にはプロモーターにおける正の調節が関与している 388
   リボソームタンパクの翻訳に見る自律的調節 391
   自律的制御と巨大分子集合体 395
   欠乏に対処する緊縮応答 396
   さらに読みたい人へ 399
16.溶菌に導く反応の連鎖と溶原性を保つリプレッション 400
   溶菌に導く過程は反応の連鎖によって調節される 401
   T7ファージとT4ファージの機能に対応するクラスター構造 404
   ラムダファージの溶菌反応の連鎖の進行には抗転写終結が関与している 407
   溶原性は自己調節系で維持されている 410
   リプレッサーは2量体であり,協同的にオペレーターに結合する 413
   リプレッサー合成はどのようにして確立されるのか 422
   溶菌感染にはアンチリプレッサーが必要である 426
   溶原化と溶菌の微妙なバランス 429
   さらに読みたい人へ 429
   ⅴ.真核生物ゲノムの構成 431
17.組み換えDNA技法は並はずれた力を発揮する 433
   どんなDNAも細菌を使ってクローニングできる 434
   キメラDNAの構築 438
   mRNAをDNAに作り替える 422
   特定の遺伝子をゲノムから単離する 444
   クロモソームウォーキング 448
   真核細胞の遺伝子は細菌の細胞内で翻訳できる 452
18.真核生物のゲノム:その中に見られるさまざまな配列 454
   ゲノムサイズの違いとC値パラドックス 454
   再会合カイネディックスは塩基配列の複雑さを反映する 457
   真核生物のゲノムには幾通りかの繰り返し配列の成分がある 459
   非繰り返しDNAの複雑度からゲノムのサイズを推定する 461
   真核生物のゲノムには繰り返し配列がある 462
   中頻度繰り返しDNAには異なる成分が多数ある 464
   同じ繰り返し頻度を持つファミリーのメンバーは互いに近縁だが同一ではない 466
   さらに読みたい人へ 469
19.mRNAに読みとられる構造遺伝子 470
   構造遺伝子の大部分は非繰り返しDNAである 472
   非繰り返し遺伝子はどのくらい発現しているか 474
   RNA駆動反応のカイネティックスを使って遺伝子の数を推測する 475
   遺伝子発現のレベルには非常に大きな差がある 478
   mRNA集団のオーバーラップ 479
   さらに読みたい人へ 482
20.分断された遺伝子 483
   分断きれた遺伝子を電子顕微鏡で見る 485
   分断された遺伝子の制限酵素地図作製 485
   ゲノムDNA断片の解析 494
   遺伝子にはさまざまの形や大きさがある 497
   rRNAやtRNAをコードする遺伝子にあるイントロン 500
   エクソン-イントロン境界には共通配列がある 501
   ある遺伝子のイントロンが他の遺伝子のエクソンのことがある 502
   大部分の変異はエクソンにマップされる 506
   調節に関与している巨大な複合遺伝子座 511
   分断された遺伝子はどのようにしてできてきたのか 517
   さらに読みたい人へ 524
   欧文索引
   和文索引
   下巻目次
   VI.関連した塩基配列のクラスター形成
21.構造遺伝子はファミリーを構成している
22.細胞小器官内にあるゲノム
23.重連した遺伝子群に見られる同一性と変化
24.単純な塩基配列とその編成
   Ⅶ.成熟:RNAのプロセシング
25.StableRNAの切断とトリミング
26.RNAスプライシングの機構
27.RNAプロセシングの調節
   VIII.DNAをパッケージする
28.ゲノムと染色体について
29.クロマチンの構造:ヌクレオソニム
30.活性クロヤチンの性質
   IX.遺伝する物質としてのDNA
31.レプリコン:複製の単位
32.DNA複製の装置
33.DNAを守るシステム
34.組み換えとDNAのトポロジーの変換
   X.動的なゲノム:変動するDNA
35.細菌の転移因子
36.真核生物の動く遺伝子
37.遺伝子の再編成と抗体の多様性の出現
38.ゲノム構造の作り替え
1.情報の貯蔵庫としてDNA 1
1.DNAは遺伝物質である 3
   遺伝は巨大分子の働きによる 4
93.

図書

図書
ワルター・J.ゲーリング ; 辻村秀信 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 2002.3  313, xxiiip ; 22cm
所蔵情報: loading…
94.

図書

図書
ジョナサン・ワイナー著 ; 垂水雄二訳
出版情報: 東京 : 早川書房, 2001.12  426p ; 20cm
所蔵情報: loading…
95.

図書

図書
榊佳之著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2001.5  vii, 197p ; 18cm
シリーズ名: 岩波新書 ; 新赤版 728
所蔵情報: loading…
96.

図書

図書
Benjamin Lewin [著] ; 菊池韶彦 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2002.3  xv, 957p ; 26cm
所蔵情報: loading…
97.

図書

図書
L.アンドルーズ, D.ネルキン [著] ; 野田亮, 野田洋子訳
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2002.8  viii, 247, 70p ; 19cm
所蔵情報: loading…
98.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
David W. Mount著 ; 香月祥太郎 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2005.12  xxii, 644p ; 28cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
1バイオインフォマティクスの歴史と全貌
   イントロダクション 2
   本害の各章の構造について 2
   生物医学系の人のために 2
   情報系の人のために 3
   バイオインフォマティクスの研究をめざして本書で学ぶこと 5
   用語集 5
   1.1バイオインフォマティクスとは何か 7
   1.2最初にデータベース化されたのはタンパク質の配列だった 7
   1.3DNA配列データベースは1980年代初頭から構築され始めた 8
   1.4配列は公共データベースから容易に検索することができる 9
   1.5数多くの配列解析プログラムが登場している 10
   1.5.1配列比較のためのドットマトリックス法,またはダイアグラム法 10
   1.5.2ダイナミックプログラミング法による配列のアラインメント 11
   1.5.3配列間の局所的アラインメントを見いだす 12
   1.5.4多重配列アラインメント 13
   1.6RNAの二次構造を予測する方法にはいくつかある 14
   1.7進化的関係は配列を用いて発見される 15
   1.8類似した配列のデータベース検索により遺伝子機能が明らかになる 15
   1.9FASTAとBLASTは迅速なデータベース検索を可能にする 16
   1.10DNA配列の翻訳によりタンパク質配列を予測できる 16
   1.11タンパク質の構造は予測できる 17
   1.12最初に完全なゲノム配列が得られたのはインフルエンザ菌であった 18
   1.13最初のゲノムデータベースは.AceDBであった 19
   1.14ゲノム解析法が開発され続けている 20
   1.15遺伝子発現解析にはマイクロアレイが用いられる 20
   1.16大規模な生物学的データセットにはデータ格納・マイニング技術が用いられる 22
   1.17BioPerlとインターネットを用いて配列解析を自動化することができる 22
   1.18インターネット上で便利なリソースを見つける 23
   ウエブで検索しよう 23
   参考文献 24
2配列の収集と蓄積
   イントロダクション 28
   生物医学系の人のために 28
   情報系の人のために 28
   この章で学ぶこと 29
   用語集 29
   2.1DNA配列決定は自動的に行われる 30
   2.2ゲノム配列決定は2つの方法で行われる 32
   2.3発現遺伝子ののNAライブラリの配列決定からコード領域を決定する 36
   2.4配列をデータベースへ登録するのは簡単である 37
   2.5配列の精度はさまざまである 38
   2.6配列は特別なファイル形式でコンピュータに蓄積する 38
   2.6.1GenBankDNA配列エントリー 40
   2.6.2EMBLデータライブラリ形式 41
   2.6.3SwissProt配列形式 42
   2.6.4FASTA配列形式 42
   2.6.5NBRF/PIR配列形式とCODATA形式 42
   2.6.6GeneticsComputerGroup配列形式 42
   2.6.7国立バイオメディカル研究財団・タンパク質情報リソース(NBRF/PIR)から検索された配列ファイルの形式 43
   2.6.8Plain/ASCIIStaden配列形式 43
   2.6.9ASN.1配列形式 43
   2.6.10XML配列形式 43
   2.6.11GDE配列形式 43
   2.6.12AceDB配列形式 43
   2.6.13GeneralFeature形式 45
   2.7ある配列形式はほかの形式に変換できる 45
   2.8複数の多重配列形式が使える 49
   2.9配列データベースは特別な保存形式が必要とされる 52
   2.10配列データベースはEntrezから簡単にアクセスできる 53
   ウエブで検索しよう 55
   参考文献 56
   棟習間題 57
3対にした配列のアラインメント
   イントロダクション 62
   生物学系の人のために 62
   情報系の人のために 63
   この章で学ぶこと 64
   用語集 64
   3.1配列アラインメントとは? 66
   3.1.1大域的アラインメント 66
   3.1.2局所的アラインメント 66
   3.2配列アラインメントは機能や構造や進化的な情報を明らかにする 67
   3.3ペアワイズ配列アラインメントには3つの主要な方法がある 69
   3.3.1ドットマトリックスによるペアワイズ配列比較 71
   ドットマトリックス法 72
   配列の繰り返しを見いだす 74
   単一の配列記号の繰り返しを見いだす 74
   3.32配列アラインメントのためのダイナミックプログラミング法 74
   ダイナミックプログラミングアルゴリズムの記述 78
   ダイナミックプログラミングは大域的アラインメントもしくは局所的配列アラインメントを生成する 81
   大域的アラインメントと局所的アラインメントの例 81
   局所的アラインメントプログラムはいつも局所的アラインメントを,また大域的アラインメントプログラムはいつも大域的アラインメントを生成するか? 85
   配列アラインメントのためのダイナミックプログラミングアルゴリズムの補助的な使用と改良点 86
   3.3.3ワードとk一タプル法 87
   3.4配列アラインメントにおけるスコア行列とギャップペナルティの使用方法 88
   3.4.1アミノ酸置換行列 88
   3.42Dayhoffのアミノ酸置換行列(PAM行列) 89
   配列類似性を検出するための最適なPAMスコア行列を選ぶ 92
   PAM行列で用いられるようなDayhoffのタンパク質進化モデルの解析 93
   PAMアミノ酸スコア行列の改訂 95
   3.4.3ブロックアミノ酸置換行列(BLOSUM) 95
   3.4.4PAMとBLOSUMアミノ酸置換行列の比較 97
   その他のアミノ酸スコア行列 98
   3.4.5核酸のPAMスコア行列 98
   3.4.6ギャップペナルティ 100
   アラインメントの両端でのギャップペナルティー1O 2
   パラメトリック配列アラインメントー 102
   不一致のギャップペナルティを変えたときの局所的アラインメントスコアへの影響 102
   類縁タンパク質を見いだすスコア行列とギャップペナルティの最適な組み合わせ 103
   ウエブで検索しよう 105
   参考文献 106
   練習悶題 109
4配列アライメントの確率的,統計的解析入門
   イントロダクション 114
   生物医学系の人のために 114
   情報系の人のために 115
   この章で学ぶこと 115
   用語集 116
   4.1配列アラインメントで確率がどのような役割を果たすか? 117
   4.2確率は統計的な有意性検定の基本的な要素である 118
   4.3配列アラインメントスコアの有意性の評価 120
   4.3.1配列アラインメントのための統計手法の開発 120
   4.3.2大域的アラインメントの有意性 121
   4.3.32つのランダムDNA配列間の最も可能なアラインメントのモデル化 122
   4.3.4アラインメントスコアを用いる 125
   4.3.5ギャップ入り局所的アラインメント 126
   4.3.6グンベル極値分布 126
   4.3.7アラインメントスコアの有意性の迅速な決定方法 129
   4.3.8統計解析でのスコア行列のタイプの重要性 130
   4.3.9ギャップのある局所的アラインメントの有意性 130
   4.3.10統計的パラメータの選択 133
   4.3.11配列間の個々のアラインメントスコアの統計的有意性とデータベース検索で見つかるスコアの有意性の計算法は異なっている 135
   4.4ベイズの統計的手法による配列アラインメントと進化的距離の見積もり 137
   4.4.1ベイズ統計学入門 137
   4.4.2配列解析へのベイズ統計の応用 139
   4.4.3ベイズの進化距離 140
   4.4.4ベイズの配列アラインメントアルゴリズム 141
   ウェブで検索しよう 147
   参考文献 148
   練習問題 149
5多重配列のアライメント
   イントロダクション 152
   生物医学系の人のために 152
   情報系の人のために 154
   この章で学ぶこと 155
   用語集 155
   5.1多重配列アラインメントの利用 157
   5.1.1類縁配列の検索 157
   5.1.2ゲノム配列決定 157
   5.2多重配列アラインメントは系統解析の出発点 159
   5.3大域的および局所的多重配列アラインメント 159
   5.4大域的多薫配列アラインメント 160
   5.4.1大域的多重配列アラインメント計算の困難さ 160
   5.4.2ダイナミックプログラミング法を用いたペアワイズアラインメントの拡張としての多重配列アラインメント 162
   5.4.3多重配列アラインメントのよさを測る尺度 164
   5.4.4累進法による多重配列アラインメント 167
   CLUSTALW 168
   PILEUP 171
   T-COFFEE 171
   累進法の問題点 171
   5.4.5反復演算を用いた多重配列アラインメント 172
   遺伝的アルゴリズム 173
   半順序グラフ 174
   5.4.6隠れマルコフモデル 175
   5.4.7多重配列アラインメントのためのその他のプログラムと方法 175
   5.4.8大域的多重配列アラインメントプログラムの性能 176
   5.5局所的多重配列アラインメント 176
   5.5.1プロファイル解析 177
   5.5.2ブロック解析 180
   大域的または局所的多重配列アラインメントからのブロックの抽出 181
   パターン検索 181
   BLOCKSサーバを用いた未整列の配列からのブロック作成 182
   5.5.3モチーフ解析のためのeMOTIF法 182
   5.5.4局所的アラインメントを支援するための統計的方法 184
   期待値最大化アルゴリズム 184
   モチーフ発見のための多重期待値最大化法(MEME) 187
   ギブスサンプリング法 187
   隠れマルコフモデル 190
   最良のHMMの生成 194
   モチーフに基づく隠れマルコフモデル 194
   5.5.5位置特異的スコア行列の利用 195
   位置特異的スコア行列の作成 196
   PSSMの計算 198
   位置特異的スコア行列の情報量 198
   配列ロゴ 199
   5.6多重配列アラインメントのエディタとフォーマッタ 200
   5.6.1配列工ディタ 200
   5.6.2配列フォーマッタ 201
   ウエブで検索しよう 202
   参考文献 203
   練習問題 206
6類似配列のデータベース検索
   イントロダクション 212
   生物医学系の人のために 212
   情報系の人のために 213
   この章で学ぶこと 214
   用語集 214
   6.1数多くのゲノムがデータベース検索に利用可能である 215
   6.2FASTAやBLASTを使うことで高速なデータベース検索が可能である 218
   6.3タンパク質配列の検索はDNA配列の検索より特異性が高い 218
   6.4データベース類似性検索で使うスコア行列には選択肢がある 220
   6.4.1進化モデルに基づいた行列 220
   6.4.2BLOSUM62スコア行列 221
   6.4.3その他のスコア行列 221
   6.5配列の出力は制限できる 222
   6.6配列類似性検索のフローチャート 222
   6.7FASTA配列データベース類似性検索を使う 223
   6.7.1FASTA一致の有意性 225
   6.7.2FASTAのバージョン 226
   6.7.3配列中の複雑度が低い領域 229
   6.8BLASTを使う 230
   6.8.1配列のフィルタリング 236
   6.8.2別のBLASTプログラムとオプション 237
   6.8.3別のBLAST関連のプログラム 237
   6.9Smith-Watermanダイナミックプログラミング法は最適な結果を与える 239
   6.10ベイズブロックアライナーを使ったデータベース検索は遠縁の配列を見つける 241
   6.11多重配列アラインメントを使ってスコア行列やプロファイルによるデータベース検索を行う 242
   6.12位置特異的スコア行列や配列プロファイルはタンパク質ファミリーの発見に有用である 243
   6.13配列とパターンのデータベースを比較する別の方法がある 247
   6.13.1PSI-BLAST,タンパク質ファミリーを見つけるためのBLASTの改良バージョン 250
   6.13.2PHI-BLAST(pattern-hit-initiatedBLAST) 251
   6.13.3PROBE 251
   6.14まとめ 252
   ウエブで検索しよう 254
   参考文献 255
   練習問題 257
7系統推定
   イントロダクション 262
   生物医学系の人のために 262
   情報系の人のために 263
   この章で学ぶこと 264
   用語集 264
   7.1PHYLIPとPAUPはよく利用される系統解析プログラムである 265
   7.2系統解析はどのように多重配列アラインメントに関連しているのか? 266
   7.3系統解析においてはゲノムの複雑度が考慮されなくてはならない 267
   7.4進化木は生物や遺伝子や遺伝子ファミリーの間の進化関係を表す 271
   7.53つの主要な系統予測のための方法がある 272
   7.5.1最節約法 274
   最節約法の使用における問題点 277
   最節約木の選択 278
   7.5.2距離法 279
   Fitch-Margoliash法および類似の方法 280
   近隣結合法および類似の近隣法 283
   UPGMA法 284
   外群の選択 286
   配列類似度の距離スコアへの変換 288
   多重変化と逆転のための核酸配列間距離の補正 289
   タンパク質配列の比較とタンパク質をコードしている遺伝子の比較 291
   距離法による読み枠の比較 292
   7.5.3最尤法 293
   進化モデルに基づいた配列アラインメント 295
   7.6系統予測はどの程度信頼でぎるか? 297
   系統解析はどのように利用されるか? 297
   ウエブで検索しよう 298
   参考文献 299
   練習問題 301
8RNA二次構造の予測
   イントロダクション 304
   生物医学系の人のために 304
   情報系の人のために 305
   この章で学ぶこと 305
   用語集 305
   8.1RNA二次構造と三次構造の特徴は何か? 306
   8.2配列と塩基対形成パターンはRNA構造予測に用いることができる 308
   8.3最小エネルギーをもつRNAの予測には限度がある 308
   8.4RNA予測手法はどのようにして開発されてきたのか? 309
   8.5RNA構造予測手法はおもに2つのアプローチを用いる 311
   8.5.1エネルギー最小化 311
   RNA配列の中の自己相補的な領域から二次構造が予測できる 311
   RNA二次構造予測のための最小自由エネルギー法 312
   mfoldとエネルギープロコットによる準最適構造の予測 314
   RNA分子の準最適フォールディングのための他のアルゴリズム 315
   最もありえそうなRNA二次構造の予測 318
   8.5.2共変異している塩基の同定 319
   8.5.3共変異解析のむずかしさ 321
   8.5.4RNA二次構造モデリングのための確率文脈自由文法 323
   8.6RNA遺伝子の検索 325
   8.7RNA構造のモデリングは重要な結果を生み出す 327
   ウェブで検索しよう 328
   参考文献 329
   練習問題 331
9遺伝子予測と遺伝子調節
   イントロダクション 334
   生物医学系の人のために 334
   情報系の人のために 335
   この章で学ぶこと 336
   用語集 337
   9.1ORFベースの遺伝子予測は原核生物と真核生物の生物学的な違いに影響される 338
   9.20RFの予測精度は検証可能である 341
   9.3真核生物の遺伝子には反復配列があり,おそらくヌクレオソーム構造を反映している 343
   9.4遺伝子予測の手順とは? 345
   9.5微生物ゲノムの遺伝子予測は比較的容易である 346
   9.5.1遺伝子の調節配列を利用する 346
   9.5.2よく保存された遺伝子の特徴を利用する 346
   9.6真核生物における遺伝子予測では既知のエキソンを認識することが重要である 349
   9.6.1配列データベースを検索する 349
   9.6.2既知のエキソンを認識する 349
   9.6.3複雑なパターンを見いだす 349
   9.6.4RNAポリメラーゼll転写遺伝子 350
   9.7ニユーラルネットワーク法とパターン判別法による真核生物遺伝子予測 350
   9.7.1ニューラルネットワーク 350
   Grail 350
   GeneParser 352
   9.7.2パターン判別法 352
   9.8最も優れた遺伝子予測法は何か 353
   9.9大腸菌のプロモーター予測によりDNAの調節配尉を見いだす 355
   9.9.1アラインメントしたプロモーター配列からのスコア行列法 356
   9.9.2行列法の信頼性 357
   9.9.3ニューラルネットワークによるプロモータ」予測 359
   9.9.4あまり保存されていない調節タンパク質結合部位をアラインメントできない配列で探索する 359
   統計的手法 360
   ConsensusとWConsensus 361
   9.10真核生物でのプロモーター予測は転写因子結合部位の予測にかかっている 362
   9.10.1真核生物での転写調節 362
   9.10.1RNAPIlプロモーター分類 365
   9.10.2RNAPIIプロモーターの同定と解析のための予測法 368
   ウエブで検索しよう 369
   参考文献 370
   練習問題 375
10たんぱく質の分類と構造予測
   イントロダクション 380
   生物医学系の人のために 380
   情報系の人のために 381
   この章で学ぶこと 382
   用語集 382
   10.1予測可能なタンパク質構造もある 386
   10.1.1構造予測に配列アラインメントを利用する上での問題点 387
   10.1.2タンパク質構造予測の目標 388
   10.2タンパク質構造の記述法 388
   10.2.1αヘリックス 388
   10.2.2βシート 391
   10.2.3ループ 391
   10.2.4コイル 391
   10.3構造・配列類似性に基づくタンパク質の分類 392
   10.3.1タンパク質の構造と配列を分類する際に用いられる用語 392
   10.3.2タンパク質構造のクラス 392
   10.3.3タンパク質データベース 393
   配列解析 394
   構造解析 395
   10.4タンパク質構造を表示するための分子ビューア 397
   10.5タンパク質構造分類データベース 400
   10.6タンパク質の構造アラインメントは配列アラインメントよりむずかしい 403
   10.6.1ダイナミックプログラミング 405
   10.6.2距離行列 406
   10.6.3二次構造解析に基づく構造類似性の高速探索 408
   10.6.4二次構造のアライメントの有意性 410
   10.6.5タンパク質構造アライメントの表示 410
   10.7タンパク質構造はアミノ酸配列を用いて予測できる 411
   10.7.1配列パターンの利用 411
   タンパク質分類法 411
   クラスタ 412
   タンパク質はモチーフ,モジュール,および構造上の意味をもったその他の配列要素からなる 412
   ある種のタンパク質の構造的特徴は配列解析によって簡単に同定できる 413
   10.7.2アミノ酸配列からのタンパク質二次構造の予測 420
   二次構造予測の精度 421
   二次構造予測の方法 422
   Chou-Fasman/GOR法 422
   疎水性アミノ酸のパターンが構造予測の役に立つことがある 425
   ニューラルネットワークモデルによる二次構造予測 425
   二次構造予測のための最近隣法 431
   10.7.3タンパク質の立体構造の予測 432
   接触度 434
   最も性能のよい立体構造予測法はおそらくロゼッタ法である 435
   隠れマルコフモデル 435
   環境テンプレート法と接触ポテンシャル法 440
   接触ポテンシャル法 444
   10.8構造予測の成功度のCASPによる評価 446
   10.9アミノ酸の位置とアミノ酸間の距離が構造モデリングにより示される 446
   10.10まとめと今後の展望 447
   ウエブで検索しよう 447
   参考文献 449
   練習問題 454
11ゲノム解析
   イントロダクション 458
   生物医学系の人のために 458
   情報系の人のために一 459
   この章で学ぶこと 460
   用語集 460
   11.1ゲノム解析は多くの挑戦を提供する 461
   11.1.1個人のゲノム配列は多様である 462
   11.1.2ゲノムの重複が遺伝的多型に影響を与える 462
   11.1.3プロテオームの解析 462
   11.1.4ゲノム解析のためのウェブリソースと計算ツール 465
   11.2ゲノムの構造は原核生物と真核生物において研究されてきた 466
   11.2.1原核生物ゲノムー 466
   11.2.2真核生物ゲノム 467
   反復配列 467
   真核生物の遺伝子構造はさまざまである 469
   偽遺伝子 471
   11.3どのようにしてゲノム配列をアセンブルし遺伝子を同定するか 472
   11.3.1タンパク質をコードする遺伝子のゲノム上での探索 472
   11.4どのようにしてゲノム解析を行うか? 477
   11.5ゲノムを用いてオーソログ,パラログ,プロテオームの比較ができる 480
   11.5.1プロテオーム解析 481
   総当たり自己比較による遺伝子ファミリーと重複遺伝子の数の解明 481
   プロテオーム間比較によるオーソログ,遺伝子ファミリー,ドメインの同定 483
   11.5.2古代からの保存領域 485
   11.5.3遺伝子の水平伝達 486
   11.6遺伝子は機能によって分類が可能である 487
   11.7遺伝子の並び(シンテニー)は近縁の生物種の染色体上で保存されている 488
   11.8ゲノムが進化関係を予灘するのに用いられる 489
   11.8.1染色体の再編成の可視化 489
   11.8.2遺伝子再編成のコンピュータ解析 491
   11.8.3染色体上の遺伝子クラスタは代謝的に類似した機能をもつ 494
   11.8.4複数のドメインをもつ混成遺伝子は同じドメイン群を共有するタンパク質問の物理的な相互作用と機能の関係を予言している 496
   11.8.5ゲノム解析のためのリソース 497
   11.9マイクロアレイ解析は全体的な遺伝子調節についての情報を提供する 498
   11.10複合解析を用いることにより遺伝子機能の予測ができる 498
   11.11機能ゲノム学アプローチにより遺伝子機能を同定する 498
   11.12ゲノムデータベース中にすべての情報を収集する 501
   ウェブで検索しよう 501
   参考文献 503
   練習問題 507
12PerlとPerlモジュールを用いたバイオインフォマティクス・プログラミング
   イントロダクション 510
   生物医学系の人のために 510
   情報系の人のために 511
   この章で学ぶこと 512
   用語集 512
   12.1バイオインフォマティクスに適したツール 514
   12.1.1ウェブサービスとウェブサイト 515
   12.1.2プログラミング言語とプラットフォームの選択 516
   12.1.3八一ドウェアプラットフォームの選択 516
   12.1.4オペレーティングシステムの選択 517
   12.1.5フリーソフトウェアの使用 517
   12.2ソフトウェアを書くための戦略 518
   12.2.1問題解決の戦略 518
   12.2.2ソフトウェア開発の各段階(フェーズ) 519
   12.2.3プログラミングの書式と正しい文法 519
   12.2.4コードのコメントづけとドキュメント 520
   12.3最初の一歩:Perlを手に入れて,インストールする 520
   12.4Perlスクリプトのデバッグ:エラーの発晃と修正 521
   12.5Perlモジュールのインストール 522
   12.5.1Perlのサブルーチン,パッケージ,モジュール 524
   サブルーチン 524
   パッケージ 525
   モジュール 526
   12.5.2Perlの手続き,手順 527
   Perlの中からプログラムを呼ぶ方法 528
   12.6Perlにはウェブにアクセスするためのモジュールがある 530
   12.6.1EntrezProgrammingUtilities(E-utils) 531
   12.7XMLとは何か,なぜXMLを使うのか 533
   12.7.1XML形式といくつかの基本的なルール 533
   12.7.2Perlとウェブサービス 536
   12.8BioPer1モジュールは,生物学的データを加工し,処理する 537
   12.8.1BioPerlで作られる生物学的なオブジェクト 537
   12.8.2スクリプト例1-BioPerl:GenBank形式のファイルから配列を読み,それをFASTA形式でファイルに出力する 539
   12.8.3解析のためにEMBOSSとPlSEプログラムを呼び出す方法 540
   12.8.4スクリプト例2-BioPerl:特定の拡張子のフナイル名のリストを得るためにglob関数を用いる 540
   12.8.5スクリプト例3-BioPerl:BLASTの出力をすべて読むために10を探す 543
   12.9Perlは,データベースとやりとりをすることができる 547
   12.9.1データベース構造 547
   12.9.2データベース構造化照会言語(DatabaseStruCturedQueryLanguage) 547
   12.9.3SQLite 548
   12.9.4PerlDBIの使用 550
   データベースとの接続の確立 550
   命令の用意 551
   実行ステートメント 551
   データの取得 551
   クリーンアップ 552
   12.9.5スクリプト例4Perl:DBIスクリプト 552
   12.10Perlの利用例 556
   12.10.1スクリプト例5Perl:ファイルを読み,文字列のパターンを探す 556
   12.10.2スクリプト例6Perl:コマンドライン引数とテキスト処理 558
   12.10.3スクリプト例7Perl:パターン置き換えとスクリプトのインクリメンタル開発 560
   ウェ単ブで検索しよう 564
   付録:UMIXをはじめよう 565
   参考文献 570
   練習闘題 571
13マイクロアレイの解析
   イントロダクション 574
   生物医学系の人のために 574
   情報系の人のために 575
   この章で学ぶこと 576
   用語集 576
   13.1マイクロアレイの複雑さは実験デザインや解析に影響を及ぼす 578
   13.1.1生命現象の調節を研究するうえでmRNAレベルを測定することの限界 578
   13.2マイクロアレイは2種類に大別される 579
   13.2.1cDNAアレイ(スポットアレイ) 579
   13.2.2高密度オリゴヌクレオチドアレイ 580
   13.2.3そのほかのマイクロアレイ 581
   13.3有用なデータを最大限得るための適切なマイクロアレイ実験デザイン 583
   13.3.1最初の実験 583
   13.3.2マイクロアレイ実験における統計的解析の計画 584
   13.3.3技術的反復と生物学的反復の比較と分散の計算 585
   13.3.4デザインの原理 586
   スポットアレイ 586
   オリゴヌクレオチドマイクロアレイ 588
   13.4マイクロアレイデータの解析に必須の統計学的な考察 588
   13.4.1データ品質とバックグラウンド減算 589
   13.4.2データの正規化 589
   いつ正規化すべきか 589
   統計モデルにのっとった正規化 590
   Lowessによる正規化 590
   Loessによる正規化 590
   分位による正規化 590
   実験で複数のアレイを使った場合の正規化 591
   13.4.3遺伝子発現変化の検出 594
   いずれかの一操作による差に関する分散の検定 594
   処理による発現レベル変化のための特異的なt検定 596
   13.4.4異なる遺伝子発現解析による機能的に関連する遺伝子群の予測 596
   距離をもとにした方法 596
   サンプルの分類 606
   13.5マイクロアレイ解析の結果は統計的推論により解釈される 611
   13.5.1差異のある発現 611
   13.5.2クラスタ解析 612
   13.6マイクロアレイデータは標準的な方法で蓄積されるべきである 612
   13.7マイクロアレイデータの機能的解析のためにツール群が開発されている 613
   13.7.1同時制御遺伝子のプロモーター解析 613
   13.8マイクロアレイには多岐にわたる応用が存在する 614
   13.8.1QTL解析により発現変化の責任領域を探る 614
   13.8.2遺伝子調節ネットワークのモデル化 616
   13.8.3ゲノム創薬における発現マイクロアレイの応用 616
   13.9この章のおわりに 617
   ウェブで検索しよう 618
   推奨する書籍リスト 618
   参考文献 619
   練習問題 621
1バイオインフォマティクスの歴史と全貌
   イントロダクション 2
   本害の各章の構造について 2
99.

図書

図書
坊農秀雅著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2002.10  157p ; 26cm
所蔵情報: loading…
100.

図書

図書
中松米久著
出版情報: 東京 : 文葉社, 2003.2  188p ; 19cm
所蔵情報: loading…
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