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1.

図書

図書
村松正実編
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1987.9  x, 236p ; 26cm
シリーズ名: 現代化学増刊 ; 12
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2.

図書

図書
木村資生編
出版情報: 東京 : 培風館, 1984-1986  2冊 ; 22cm
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3.

図書

図書
豊島久真男, 西村暹編
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1985.2-1997.4  2冊 ; 26-27 cm
シリーズ名: 現代化学増刊 ; 2, 33
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4.

図書

図書
大野乾著
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 1988.7  vi, 156p ; 21cm
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5.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
渡辺公綱著
出版情報: 東京 : 共立出版, 1988.6  v, 145p ; 21cm
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1章 遺伝暗号とは何か
   1-1 遺伝現象-遺伝子-遺伝暗号 1
   1-2 生体を構成する2大要素-タンパク質と核酸 2
   1-3 遺伝子の本体 5
   1-4 DNAの二重らせん構造 6
   1-5 DNAの複製機構 8
   1-6 DNAによる形質発現 10
   1-7 遺伝暗号 11
2章 遺伝情報発現のメカニズム
   2-1 遺伝子の構成 14
   2-2 mRNA 15
   2-3 リボソーム 17
   2-4 tRNA 19
   2-5 タンパク質合成の経路 21
   2-6 アミノアシル化反応 23
   2-7 ARSで誘起されるtRNAの構造変化 25
   2-8 リボソーム上でのtRNAのコドン認識 26
   2-9 アンチコドン1字目の違うtRNAによるコドンの読み分け 29
   2-10 コドンの使用頻度とtRNAの保存量の相関 32
3章 遺伝暗号はどのようにして解読されたか
   3-1 遺伝暗号解読の流れ 35
   3-2 ガモフの仮説 36
   3-3 アダプター仮説からtRNA 37
   3-4 tRNA研究の歴史 38
   3-5 トリプレットコドンに関する種々の仮説 40
   3-6 重複のない縮重したトリプレットコドンの実証 42
   3-7 酵素の誘導現象からオペロン説へ 46
   3-8 mRNA実在の証明 49
   3-9 遺伝暗号の解読ラッシュ 52
   3-10 ニーレンバーグとコナラによる仕上げ 55
   3-11 終止コドンの決定 56
   3-12 タンパク質合成の開始コドン 60
   3-13 in vivoコード 62
4章 自然界に存在する異常暗号とその解読機構
   4-1 遺伝暗号の普遍性 65
   4-2 ミトコンドリアとその遺伝子の構造 66
   4-3 種々の動物におけるミトコンドリアの遺伝情報系の特徴 68
   4-4 ミトコンドリアの異常暗号の解読機構と異常構造をもつtRNAの関係 73
   4-5 ミトコンドリアの進化と遺伝暗号の変遷 75
   4-6 三中二読仮説 77
   4-7 繊毛虫類にみられる異常暗号 79
   4-8 マイコプラズマの異常暗号とAT選択圧 82
   4-9 他の真核細胞に存在する天然サプレッサーtRNA 83
   4-10 フレームシフトによる終止コドンの回避 85
   4-11 異常コドンの読み取りとコンテックス効果 86
5章 遺伝暗号の起源と進化
   5-1 遺伝暗号のなぞを追って 88
   5-2 化学進化のモデル実験 89
   5-3 高分子物質の生成 92
   5-4 原始細胞モデル 93
   5-5 原始遺伝子を探る 93
   5-6 触媒活性をもつRNA-リボザイム-の発見 95
   5-7 自己複製能をもつRNA擬種-原始RNA遺伝子の出現 97
   5-8 原始タンパク質合成系と連携した遺伝暗号の成立過程 98
   5-9 エラーカタストロフィーとハイパーサイクルモデル 105
   5-10 遺伝暗号の起源-二つの仮説 107
   5-11 立体化学説にまつわる実験と仮説 109
   5-12 C4N仮説-その長所と短所 112
   5-13 遺伝暗号の起源をいかに探るか 116
   5-14 生物進化 121
   5-15 終わりに 122
参考書 123
引用文献 125
索引 139
1章 遺伝暗号とは何か
   1-1 遺伝現象-遺伝子-遺伝暗号 1
   1-2 生体を構成する2大要素-タンパク質と核酸 2
6.

図書

図書
石川辰夫著
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 1988.9  vi, 172p ; 19cm
シリーズ名: UP biology ; 71
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7.

図書

図書
松原謙一編
出版情報: 東京 : 岩波書店, 1989.7-1989.9  2冊 ; 27cm
シリーズ名: 岩波講座分子生物科学 / 岡田節人 [ほか] 編 ; 1-2
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8.

図書

図書
堀田凱樹, 岡田益吉編集
出版情報: 東京 : 丸善, 1989.2  xii, 270, 図版 [2] p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ分子生物学の進歩 / 日本分子生物学会編 ; 9
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9.

図書

図書
L.Wingerson著 ; 牧野賢治, 青野由利訳
出版情報: 京都 : 化学同人, 1994.3  vi, 459p ; 20cm
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10.

図書

図書
Maxine Singer, Paul Berg [著] ; 新井賢一, 正井久雄監訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1993.9-1994.2  2冊 ; 27cm
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11.

図書

図書
C.H.Shaw [編] ; 遠山益監訳
出版情報: 東京 : 丸善, 1991.7  xvi, 351p ; 22cm
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12.

図書

図書
竹村彰祐, 大井龍夫著
出版情報: 東京 : 講談社, 1990.4  viii,174p ; 21cm
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13.

図書

図書
松原謙一, 中村桂子著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 1990.5  vii, 230p ; 19cm
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14.

図書

図書
岡田吉美, 池田穣衛編集
出版情報: 東京 : 丸善, 1990.2  xii, 292, 図版 [2] p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ分子生物学の進歩 / 日本分子生物学会編 ; 13
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15.

図書

図書
橋爪裕司著
出版情報: 東京 : 学会出版センター, 1991.3  vi, 260p ; 19cm
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16.

図書

図書
堀雅明, 中村祐輔編
出版情報: 東京 : 丸善, 1991.3  xi, 149p, 図版2枚 ; 26cm
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17.

図書

図書
西村暹編
出版情報: 東京 : 講談社, 1991.9  xix,153p ; 21cm
シリーズ名: 蛋白工学シリーズ / 池原森男 [ほか] 編集委員
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18.

図書

図書
中原英臣, 佐川峻著
出版情報: 東京 : 講談社, 1991.10  245p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-890
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19.

図書

図書
石井直明著
出版情報: 東京 : 講談社, 2001.1  217, 5p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1317
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20.

図書

図書
G.ピータース, K.H.ヴァウスデン編 ; 野田亮訳
出版情報: 東京 : シュプリンガー・フェアラーク東京, 2000.3  xv, 310p ; 26cm
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21.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
小長谷明彦著
出版情報: 東京 : 共立出版, 2000.1  viii, 164p, 図版2p ; 19cm
シリーズ名: 情報フロンティアシリーズ / 情報処理学会編 ; 23
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はじめに i
1章 生命の設計図 1
   1 細胞とDNA 3
   2 ゲノム的生物観 6
   3 最初の生物 8
   4 最小遺伝子セット 9
   5 生命は海底から始まった 10
   6 解糖系の獲得 11
   7 光合成系の獲得 12
   8 酸素の出現 13
   9 共生説 14
   10 膜進化説 15
   11 真核生物の進化 16
2章 ゲノム解析プロジェクト 19
   1 ゲノム解析プロジェクトの発足 21
   2 プロジェクト目標 22
   3 遺伝子地図 23
   4 物理地図 24
   5 高性能配列決定技術開発 25
   6 モデル生物ゲノム解析 25
   7 微生物ゲノム解析 27
   8 実用ゲノム解析 27
   9 ゲノム関連データベース 29
   10 ゲノムネット 30
   11 統合型データベース 31
   12 遺伝子・ゲノム百科事典 32
   13 検索ソフトウェアおよび配列解析ツール 33
3章 遺伝子発見 35
   1 DNAの物理構造 38
   2 DNAの複製 39
   3 岡崎フラグメント 40
   4 遺伝子の発現と転写 41
   5 タンパク質への翻訳 42
   6 フレームシフト 44
   7 原核生物のゲノム構造 45
   8 プロモータ 46
   9 シャイン・ダルガルノ配列 47
   10 コード領域 47
   11 終結シグナル 48
   12 コドン使用頻度 48
   13 遺伝子発見技術の現状 49
   14 隠れマルコフモデルによる遺伝子発見 50
   15 外来性遺伝子の発見 51
   16 真核生物のゲノム構造 52
   17 イントロン 53
   18 真核生物の遺伝子発見 54
   19 イントロン部位の予測 55
   20 GCバンド 57
4章 遺伝子の機能予測 59
   1 遺伝子は変異する 62
   2 変異の原因 63
   3 変異には置換と欠損と挿入がある 64
   4 変異のスピードはタンパク質により異なる 65
   5 遺伝子の重要な部分は進化的に保存される 66
   6 ホモロジー検索の実際 67
   7 動的計画法 69
   8 置換行列 70
   9 ギャップコスト 71
   10 最適アラインメント 73
   11 ブラスト法 76
   12 ファスト法 78
   13 モチーフ検索 79
   14 モチーフ検索の実際 80
   15 シトクロムCとヘム分子は分子レベルで結合している 81
   16 機能部位がつねに進化的に保存されるとはかぎらない 82
   17 サンプリング数が少ないと偏りがでやすい 83
   18 モチーフによる機能予測の正当率は高くない 84
   19 モチーフ抽出 85
   20 多量アラインメント法 86
   21 プロファイル法 87
   22 隠れマルコフモデル法 88
   23 モチーフ表現例 89
5章 タンパク質の立体構造予測 91
   1 タンパク質はアミノ酸からできている 96
   2 タンパク質はアミノ酸配列が折りたたまれられてつくられる 98
   3 レビンサルのパラドックス 99
   4 フォールディング・ファネル(漏斗) 100
   5 タンパク質の立体構造 101
   6 二次構造 101
   7 三次構造 102
   8 タンパク質の立体構造情報は急増している 103
   9 X線結晶構造解析法による立体構造解析 104
   10 核磁気共鳴法による立体構造解析 105
   11 電子顕微鏡法による立体構造解析 105
   12 タンパク質立体構造予測の歴史は古い 107
   13 二次構造予測 108
   14 タンパク質の三次構造予測 110
   15 分子シミュレーション法 112
   16 ホモロジー法 115
   17 フォールド予測法 116
   18 スレディング法 118
   19 タンパク質の構造予測はなぜ難しいのか 120
   20 分子シャペリン 121
   21 プロリン異性体の修正は時間がかかる 122
   22 誤った結合の修正は数百ミリ秒必要 122
   23 αヘリックスがβシートに変わる場合がある 123
   24 ある種のタンパク質には柔らかい部分がある 124
6章 遺伝子ネットワーク 127
   1 遺伝子はネットワークを構成する 131
   2 遺伝子による代謝反応制御 132
   3 遺伝子発現解析 133
   4 遺伝子ノックアウト 134
   5 DNA二次元電気泳動法 135
   6 DNAマイクロアレイ 137
   7 オリゴヌクレオチドDNAチップ 138
   8 二次元電気泳動プロテオーム解析 139
   9 遺伝子ネットワークの推定 140
   10 ブーリアンネットワーク 141
   11 微分方程式 142
   12 細胞シミュレーション 145
   13 発現解析はなぜ難しいか 146
おわりに 149
付録 遺伝子解析に有用なWWWサイト 152
参考文献とミニガイド 162
さくいん 164
はじめに i
1章 生命の設計図 1
   1 細胞とDNA 3
22.

図書

図書
鵜飼保雄著
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 2000.1  xv, 350p ; 22cm
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23.

図書

図書
渡辺雄一郎著
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 1999.4  ix, 174p ; 21cm
シリーズ名: バイオソフィア
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24.

図書

図書
ダニエル・コーエン著 ; 西村薫訳 ; 小林恭子編集
出版情報: 東京 : 工作舎, 1999.8  241p, 図版2枚 ; 20cm
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25.

図書

図書
梁井貴史著
出版情報: 東京 : 泉文堂, 2000.3  vii, 128p ; 19cm
シリーズ名: 自然と共存シリーズ ; 2
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26.

図書

図書
木田盈四郎著
出版情報: 東京 : 菜根出版 , 東京 : 紀伊國屋書店 (発売), 1998.4  309p, 図版[3]p ; 24cm
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27.

図書

図書
奈良信雄著
出版情報: 東京 : 講談社, 1998.7  218, ivp ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1222
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28.

図書

図書
宮田隆著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 1996.3  xi, 119p ; 19cm
シリーズ名: 岩波科学ライブラリー ; 37
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29.

図書

図書
稲澤譲治編
出版情報: 東京 : 秀潤社, 1997.1  204p ; 26cm
シリーズ名: 細胞工学 ; 別冊 . 実験プロトコールシリーズ||ジッケン プロトコール シリーズ
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30.

図書

図書
清水信義著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2001.12  v, 104p ; 19cm
シリーズ名: 岩波科学ライブラリー ; 82
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31.

図書

図書
名和小太郎著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2002.5  v, 114p ; 19cm
シリーズ名: 岩波科学ライブラリー ; 86
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32.

図書

図書
丹羽利充編
出版情報: 京都 : 化学同人, 2003.7  219p ; 26cm
シリーズ名: 化学フロンティア ; 10
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33.

図書

図書
村上康文編
出版情報: 京都 : 化学同人, 2003.7  184p ; 26cm
シリーズ名: 化学フロンティア ; 11
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34.

図書

図書
榊佳之 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 共立出版, 2002.11  p2213-2659 ; 28cm
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35.

図書

図書
村上康文, 古谷利夫編
出版情報: 東京 : 講談社, 2003.1  xiii, 237p ; 21cm
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36.

図書

図書
村松正実監修 ; 林崎良英 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2001.3  xi, 143p ; 26cm
シリーズ名: 現代化学増刊 ; 40
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37.

図書

図書
中村桂子, 養老孟司著
出版情報: 東京 : 哲学書房, 2001.3  161p ; 18cm
シリーズ名: 哲学文庫 ; 2 . 叢書=生命の哲学||ソウショ セイメイ ノ テツガク ; 1
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38.

図書

図書
アンドリュー・ブラウン著 ; 長野敬, 赤松眞紀訳
出版情報: 東京 : 青土社, 2001.5  269, 9p ; 20cm
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39.

図書

図書
金久實著
出版情報: 東京 : 共立出版, 2001.6  viii, 174p ; 22cm
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40.

図書

図書
小笠原直毅 [ほか] 著
出版情報: 東京 : 学会出版センター, 2001.6  xiv, 291p ; 21cm
シリーズ名: 生物化学実験法 / 瓜谷郁三 [ほか] 編 ; 46
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41.

図書

図書
丸山工作著
出版情報: 東京 : 講談社, 2002.3  206p, 図版[8]p ; 18cm
シリーズ名: ブルーバックス ; B-1363
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42.

図書

図書
佐伯洋子著 ; 武部啓監修
出版情報: 東京 : 裳華房, 2001.8  xii, 171p ; 19cm
シリーズ名: ポピュラーサイエンス ; 236
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43.

図書

図書
マット・リドレー著 ; 中村桂子, 斉藤隆央訳
出版情報: 東京 : 紀伊國屋書店, 2000.12  424p ; 20cm
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44.

図書

図書
ロイス・ウィンガーソン著 ; 牧野賢治, 青野由利訳
出版情報: 京都 : 化学同人, 2000.12  xiii, 480p ; 20cm
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45.

図書

図書
水島‐菅野純子著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2001.11  158p ; 21cm
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46.

図書

図書
産業技術総合研究所生物情報解析研究センター, 産業技術総合研究所生命情報科学研究センター編
出版情報: 東京 : 丸善, 2002.9  xiii, 215p ; 19cm
シリーズ名: 産総研シリーズ
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47.

図書

図書
村上康文著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2002.10  ii, 226, 10p ; 19cm
シリーズ名: 科学のとびら ; 42
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48.

図書

図書
石浦章一著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2006.4  299p ; 19cm
シリーズ名: 東京大学超人気講義録 ; file2
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49.

図書

図書
ルイジ・ルカ・キャヴァリ=スフォルツア著 ; 赤木昭夫訳
出版情報: 東京 : 産業図書, 2001.9  11, 273p ; 20cm
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50.

図書

図書
多比良和誠編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2001.9  224p ; 29cm
シリーズ名: 実験医学 ; 別冊 . ザ・プロトコールシリーズ
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51.

図書

図書
エヴリン・フォックス・ケラー著 ; 長野敬, 赤松眞紀訳
出版情報: 東京 : 青土社, 2001.10  219, 19p ; 20cm
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52.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
Tom Strachan, Andrew P. Read [著] ; 村松正實 [ほか] 監訳
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2005.10  xx, 789p ; 28cm
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日本語版監修者の序 ⅲ
   序文 ⅴ
   インターネットの上手な利用法 xv
   略語表 xvⅱ
PART 1 DNAと細胞の基礎 1
Chapter1 DNAの構造と遺伝子発現 3
    1.1 DNA,RNA,ポリペプチドの構成単位と化学結合 4
    1.2 DNAの構造と複製 9
    1.3 DNAの転写と遺伝子発現 16
    1.4 RNAプロセシング 21
    1.5 翻訳と翻訳後プロセシング,およびタンパク質の構造 26
    Box1.1 水素結合―核酸とタンパク質における重要な役割 11
    Box1.2 DNA複製機構にかかわるおもなタンパク質 13
Chapter2 染色体の構造と機能 37
    2.1 倍数性と細胞周期 38
    2.2 染色体の構造と機能 39
    2.3 細胞分裂 : 体細胞分裂と減数分裂 46
    2.4 ヒト染色体の研究 51
    2.5 染色体異常 58
    Box2.1 紡錘体とその構成要素 41
    Box2.2 染色体バンド法 53
    Box2.3 ヒト染色体に関する用語 54
    Box2.4 染色体異常に関する用語 59
Chapter3 細胞と発生 67
    3.1 細胞の構造と多様性 68
    3.2 細胞間相互作用 75
    3.3 発生の概略 81
    3.4 発生過程における細胞の特殊化 81
    3.5 発生におけるパターン形成 89
    3.6 形態形成 95
    3.7 ヒトの初期発生 : 受精から原腸形成まで 97
    3.8 神経の発達 102
    3.9 発生過程の保存性 106
    Box3.1 動物細胞の構造 70
    Box3.2 細胞骨格 : 細胞運動と細胞形態の鍵となり,細胞内輸送の道筋をつける 72
    Box3.3 発生のモデル動物 82
    Box3.4 ヒト胚における双生児形成 83
    Box3.5 ヒトの組織はどこに由来するのか―哺乳類の発生の階層性 84
    Box3.6 ヒト細胞の多様性 85
    Box3.7 哺乳類胚に極性を与える―シグナル分子と遺伝子産物 90
    Box3.8 胚体外膜と胎盤 100
    Box3.9 性決定 : 遺伝子と環境による発生の制御 107
Chapter4 家系と集団における遺伝子 113
    4.1 一遺伝子遺伝と多因子遺伝 114
    4.2 家系図に現れるメンデル遺伝 114
    4.3 メンデル遺伝の基本パターンの複雑化 120
    4.4 多因子形質の遺伝学 : 多遺伝子閾値理論 127
    4.5 遺伝子頻度に影響する因子 132
    Box4.1 メンデル遺伝のパターンの特徴 115
    Box4.2 相補性試験 : 2つの劣性形質が対立遺伝子によるものか否かを決定する 119
    Box4.3 平均への回帰に関する2つの誤解 129
    Box4.4 分散の分割 130
    Box4.5 ハーディ-ワインベルグ平衡状態における遺伝子型頻度 133
    Box4.6 ハーディ-ワインベルグ分布を用いた保因者頻度と基本的な危険率の計算 134
    Box4.7 突然変異と選択の平衡 135
    Box4.8 嚢胞性線維症のヘテロ接合体に有利な選択 135
Chapter5 DNAの増幅 : 細胞を用いたDNAクローニングとPCR 137
    5.1 DNAクローニングの重要性 138
    5.2 PCR : 基礎的な概念とその応用 139
    5.3 細胞を用いたDNAクローニングの原理 147
    5.4 DNA断片の長さに応じて使い分ける各種ベクター 157
    5.5 一本鎖DNAと変異DNAを調製するためのクローニング 165
    5.6 遺伝子の発現を目的としたクローニング 169
    Box5.1 各種のPCR法 140
    Box5.2 制限酵素と修飾制限系 147
    Box5.3 ナンセンスサプレッサーを生じる塩基置換 157
    Box5.4 配列タグ部位の重要性 158
    Box5.5 動物培養細胞への遺伝子の導入 174
Chapter6 核酸ハイブリダイゼーション 179
    6.1 核酸プローブの調製 180
    6.2 核酸ハイブリダイゼーションの原理 187
    6.3 DNAクローンをプローブとした核酸集団のスクリーニング 193
    6.4 クローニングされた標的DNAを用いたハイブリダイゼーションとマイクロアレイ 200
    Box6.1 オートラジオグラフィーの原理 185
    Box6.2 蛍光標識とその検出法 187
    Box6.3 核酸ハイブリダイゼーションに関する用語集 190
    Box6.4 核酸ハイブリダイゼーションの標準的な方法と逆法 194
Chapter7 DNAと遺伝子の構造,変異,発現の解析 207
    7.1 DNAの塩基配列と遺伝子型の決定法 208
    7.2 DNAクローン内の遺伝子の同定とその構造解明 215
    7.3 遺伝子発現の解析 223
    Box7.1 DNA塩基配列決定に用いる一本鎖鋳型の調製法 208
    Box7.2 簡単な遺伝子多型タイピング法で検出できる一般的なDNA多型 213
    Box7.3 データベースのホモロジー検索 217
    Box7.4 抗体作製法 227
PART2 ヒトゲノムと他の生物のゲノム 233
Chapter8 ゲノムプロジェクトとモデル生物 235
    8.1 ゲノムプロジェクトのはかりしれない重要性 236
    8.2 ヒトゲノムプロジェクトの背景と組織 238
    8.3 ヒトゲノムはいかにしてマッピングされ,塩基配列決定されたか 241
    8.4 モデル生物のゲノムプロジェクト 257
    Box8.1 ゲノム学用語集 237
    Box8.2 ヒト遺伝子とDNA配列の命名法 241
    Box8.3 ヒトゲノムのマッピングと塩基配列決定の歴史におけるおもな出来事 242
    Box8.4 ハイブリッド細胞マッピング 244
    Box8.5 クローンコンティグを用いた物理地図の作成 247
    Box8.6 ゲノムプロジェクトにおける協力,競争,論争 250
    Box8.7 単細胞モデル生物 258
    Box8.8 発生,疾患,遺伝子機能の理解に役立つ多細胞モデル動物 262
Chapter9 ヒトゲノムの構成 273
    9.1 ヒトゲノムの一般的な構成 274
    9.2 ヒトRNA遺伝子の構成,分布および機能 282
    9.3 ヒトのポリペプチドをコードする遺伝子の構成,分布および機能 289
    9.4 非コードDNAの縦列反復配列 304
    9.5 非コードDNAの分散型反復配列 307
    Box9.1 ヒト細胞におけるゲノムコピー数の多様性 276
    Box9.2 ミトコンドリアゲノムの限定的な自律的発現 277
    Box9.3 DNAメチル化とCpGアイランド 281
    Box9.4 真核生物の細胞質tRNAのアンチコドンの特異性 284
    Box9.5 ヒトゲノムとヒト遺伝子についての統計データ 291
Chapter10 ヒト遺伝子の発現 315
    10.1 ヒト細胞における遺伝子発現の概要 316
    10.2 遺伝子発現の制御 : トランス作用性タンパク質因子のシス作用性調節配列への結合 317
    10.3 遺伝子の選択的な転写とプロセシング 333
    10.4 選択的遺伝子発現 : DNAメチル化などのエピジェネティックな機構による非対称性と永続性 338
    10.5 遠位からの遺伝子発現制御とゲノムインプリンティング 343
    10.6 lg遺伝子およびTCR遺伝子の構成と発現の独自性 353
    Box10.1 哺乳類細胞における遺伝子発現の時間的・空間的制限 316
    Box10.2 ポリペプチドをコードする遺伝子の転写調節に関与する各種のシス作用性配列 323
    Box10.3 選択的スプライシングによって起こるタンパク質の機能特性の変化 336
    Box10.4 ヒト細胞における2対立遺伝子性遺伝子の1対立遺伝子性発現の機構 348
    Box10.5 母方ゲノムと父方ゲノムは同等ではない 348
Chapter11 ヒトゲノムの不安定性 : 突然変異とDNA修復 363
    11.1 変異,多型,およびDNA修復の概説 364
    11.2 単純な突然変異 366
    11.3 反復配列間の配列交換を引き起こす遺伝的機構 378
    11.4 疾患を引き起こす変異 382
    11.5 反復配列が疾患を引き起こす可能性 388
    11.6 DNA修復 396
    Box11.1 遺伝子多型とその他の配列変異の分類 365
    Box11.2 集団における対立遺伝子頻度を変化させる機構 368
    Box11.3 ポリペプチドをコードするDNAでの1塩基置換の種類 370
    Box11.4 突然変異率の性差と男性主導の進化に対する疑問 375
Chapter12 生命の進化系統樹におけるヒトの位置 403
    12.1 遺伝子構造と重複遺伝子の進化 404
    12.2 染色体とゲノムの進化 415
    12.3 分子系統学と比較ゲノム学 428
    12.4 われわれをヒトたらしめているものは何か? 434
    12.5 ヒト集団の進化 444
    Box12.1 イントロンの分類 405
    Box12.2 対称性のあるエキソンとイントロンの相 408
    Box12.3 遺伝子重複の機構と相同性 409
    Box12.4 全生物の進化系統樹と水平遺伝子伝播 417
    Box12.5 後生動物に共通な系統分類群と用語の解説 440
    Box12.6 合祖解析 447
PART3 疾患遺伝子と突然変異のマッピングと同定 453
Chapter13 メンデル遺伝形質の遺伝的マッピング 455
    13.1 組換え体と非組換え体 456
    13.2 遺伝マーカー 459
    13.3 2点マッピング 464
    13.4 多点マッピングは2点マッピングよりも効率的である 467
    13.5 拡張した家系と祖先ハプロタイプを用いた詳細マッピング 469
    13.6 標準的なロッドスコア解析に問題がないわけではない 473
    Box13.1 ヒトの遺伝マーカーの発展 462
    Box13.2 情報性がある減数分裂と情報性がない減数分裂 462
    Box13.3 図13.6の家系についてのロッドスコアの計算 466
    Box13.4 連鎖の閾値についてのベイズの計算 467
Chapter14 ヒト疾患遺伝子の同定 477
    14.1 疾患遺伝子同定の原理と戦略 478
    14.2 位置情報に依存せずに疾患遺伝子を同定する 478
    14.3 ポジショナルクローニング 481
    14.4 染色体異常の利用 488
    14.5 候補遺伝子の確認 493
    14.6 さまざまな方法による疾患遺伝子の同定 : 8つの例 495
    Box14.1 転写地図の作成法 : データベース解析を補足し,ゲノムクローン内で発現している配列を同定するために実験室で行いうること 485
    Box14.2 マウス遺伝子のマッピング 487
    Box14.3 染色体異常の存在を示唆する現象 490
    Box14.4 位置効果―疾患遺伝子同定の落とし穴 491
    Box14.5 CGH法 : 普通の顕微鏡では観察できない染色体不均衡を検出する 493
Chapter15 複雑な疾患の遺伝的マッピングと同定 501
    15.1 非メンデル遺伝形質が遺伝性であるか否かを決定する : 家族研究,双生児研究,養子研究の役割 502
    15.2 分離解析 : 純粋なメンデル遺伝形質と純粋な多遺伝子形質の間に位置づけられる形質の解析 504
    15.3 複雑な形質の連鎖解析 507
    15.4 関連研究と連鎖不平衡 511
    15.5 感受性対立遺伝子の同定 518
    15.6 複雑な疾患の遺伝子解析の成果 : 8つの実例 518
    15.7 概観と要約 530
    Box15.1 分離比の補正 506
    Box15.2 連鎖不平衡の尺度 512
    Box15.3 伝達不平衡検定 : マーカー対立遺伝子M1が疾患と関連しているか否かを決定する 515
    Box15.4 罹患同胞対解析または伝達不平衡検定の検出力―全ゲノムスキャンによって疾患感受性遺伝子座を見出すのに必要な試料の数 517
    倫理Box1 アルツハイマー病,ApoE検査,そして差別 524
Chapter16 分子病理学 535
    16.1 はじめに 536
    16.2 対立遺伝子Aおよびaという表記法は簡便だが、DNA配列の多様性を表現しない 536
    16.3 突然変異の大分類 : 機能喪失性変異と機能獲得性変異 537
    16.4 機能喪失性変異 541
    16.5 機能獲得性変異 547
    16.6 分子病理学 : 遺伝子から疾患へ 549
    16.7 分子病理学 : 疾患から遺伝子へ 557
    16.8 染色体異常の分子病理学 559
    Box16.1 突然変異のおもな分類 536
    Box16.2 配列変化を記載する用語 537
    Box16.3 対立遺伝子の効果を記述する用語 538
    Box16.4 ヘモグロビン異常症 540
    Box16.5 塩基配列の変化が疾患をもたらすような影響をもつかを判断するための指針 540
    Box16.6 プラダー-ウィリー症候群とアンジェルマン症候群の分子病理 547
Chapter17 がんの遺伝学 565
    17.1 はじめに 566
    17.2 がんの発生と進展 566
    17.3 がん遺伝子 568
    17.4 がん抑制遺伝子 572
    17.5 ゲノムの安定性 577
    17.6 細胞周期の制御 582
    17.7 まとめ : がん化の経路とがん化能 584
    17.8 現在の知見をどのように役立てるか 586
    Box17.1 逐次(連続的な)変異を起こりやすくする2つの機序 567
Chapter18 個人および集団を対象とした遺伝学的検査 591
    18.1 はじめに 592
    18.2 検査試料の選択 : DNA,RNA,タンパク質 593
    18.3 遺伝子の変異を調べる 593
    18.4 特定の塩基配列変化を調べる 602
    18.5 遺伝子追跡 611
    18.6 集団スクリーニング 615
    18.7 DNAプロファイリングによる個人の同定や血縁関係の決定 618
    Box18.1 多重増幅プロープハイブリダイゼーション 601
    Box18.2 処理能力の高い2種類の遺伝子多型タイピング法 607
    Box18.3 遺伝子追跡の論理 611
    Box18.4 確率を組み合わせるためのベイズの定理 613
    Box18.5 訴追者の誤謬 622
PART4 新しい地平―21世紀に向けて 625
Chapter19 ゲノムプロジェクトの次にあるもの : 機能ゲノム学,プロテオミクス,バイオインフォマティクス 627
    19.1 機能ゲノム学の概観 628
    19.2 配列の比較による機能的アノテーション 630
    19.3 網羅的なmRNAプロファイリング―トランスクリプトミクス 635
    19.4 プロテオミクス 645
    19.5 まとめ 667
    Box19.1 グルコキナーゼの機能 629
    Box19.2 遺伝子発現を網羅的に解析するための配列サンプリング技術 637
    Box19.3 タンパク質チップ 647
    Box19.4 プロテオミクスにおける質量分析 650
    Box19.5 タンパク質構造の決定 656
    Box19.6 タンパク質構造の分類 659
Chapter20 細胞と動物個体の遺伝子操作 671
    20.1 遺伝子導入技術の概観 672
    20.2 遺伝子導入の原理 673
    20.3 遺伝子導入を用いた遺伝子の発現と機能の研究 695
    20.4 遺伝子導入や遺伝子ターゲティングによる疾患モデルの作製 701
    Box20.1 動物培養細胞に遺伝子を導入する方法 674
    Box20.2 動物細胞に対する選択マーカー 675
    Box20.3 哺乳類の胚性幹細胞の単離と操作 679
    Box20.4 動物細胞の研究に用いられるレポーター遺伝子 694
    Box20.5 遺伝子導入による突然変異誘発に用いられる巧妙なベクター 699
    Box20.6 ヒト疾患モデルとなりうる動物 703
Chapter21 疾患の新しい治療法 711
    21.1 遺伝病の治療は疾患の遺伝子治療とは異なる 712
    21.2 遺伝病の治療 712
    21.3 既存の治療法を改良して従来の治療に新たな展開をもたらすべく,遺伝学の知識を利用する 713
    21.4 遺伝子治療の原理 719
    21.5 標的細胞や標的組織に遺伝子を挿入して発現させる方法 723
    21.6 細胞内または組織内の病因性遺伝子を修復あるいは不活性化する方法 729
    21.7 ヒト遺伝子治療の試行例 731
    Box21.1 遺伝子治療に関する1995年のNIHパネル報告(Orkin-Motulsky report) 722
    倫理Box1 ヒトクローン化に関する倫理 717
    倫理Box2 生殖細胞系列の遺伝子治療と体細胞の遺伝子治療 720
    倫理Box3 デザイナーベビー 722
   用語解説 739
   病名索引 757
   和文索引 759
   欧文索引 775
日本語版監修者の序 ⅲ
   序文 ⅴ
   インターネットの上手な利用法 xv
53.

図書

図書
国立遺伝学研究所「遺伝子図鑑」編集委員会編
出版情報: 東京 : 悠書館, 2013.10  xi, 263p ; 31cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1部 生物とは : 生物—その多様性
生物のからだのしくみ
細胞—生物の構成単位
第2部 遺伝子とは : DNAとゲノム
遺伝子とタンパク質
遺伝子と表現型
遺伝子の進化
第3部 人間と遺伝子とのかかわり : ヒトゲノム
モデル生物研究の貢献
生活と遺伝子
遺伝子の研究方法
第1部 生物とは : 生物—その多様性
生物のからだのしくみ
細胞—生物の構成単位
概要: マウスと昆虫の神経回路をつくる遺伝子Slit1/Slit2。ゼブラフィッシュとヒトの体の色を決定する遺伝子golden。胚の段階で細胞の将来を決定するように働くハエからヒトまで共通する遺伝子HOX。—すべての生物の構造・働きをつかさどる遺伝 子の、世代を超えて性質を伝える仕組み、進化がおきる分子レベルの場面から、品種改良や犯罪捜査といった実用化の現場まで、遺伝子にかかわるあらゆる分野を鮮やかなビジュアル群とともに一冊に収録。 続きを見る
54.

図書

図書
山本雅之編
出版情報: 東京 : 共立出版, 2001.12  x, 178p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ・バイオサイエンスの新世紀 / 日本生化学会編 ; 1
所蔵情報: loading…
55.

図書

図書
ロバート・クック著 ; 牧野賢治訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1978.7  ii, 339, 7p ; 19cm
所蔵情報: loading…
56.

図書

図書
「大学と科学」公開シンポジウム組織委員会編
出版情報: 東京 : 朝日出版社, 1988.12  187p ; 26cm
シリーズ名: 明日の文化と産業を支える独創的・先端的研究の成果 / 「大学と科学」公開シンポジウム組織委員会編 ; 第2回 第6集
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
遺伝子の再構成と細胞の分化 / 本庶佑 [執筆]
転写の制御と細胞の運命決定 / 谷口維紹 [執筆]
遺伝子発現の制御 / 村松正實 [執筆]
P-450の提起する生物学的問題点 / 佐藤了 [執筆]
P-450の遺伝子の発現調節機構 / 藤井義明 [執筆]
P-450の遺伝子の多様性と進化 / 今井嘉郎 [執筆]
バイオテクノロジーとP-450 / 大川秀郎 [執筆]
ウイルスと癌 : 成人T細胞白血病ウイルス(HTLV‐1)の性質 / 畑中正一 [執筆]
ウイルスと癌 : ワクシニアウイルスを用いた抗白血病ウイルス(HTLV‐1)ワクチン開発 / 志田壽利 [執筆]
抗体や増殖因子の癌とのかかわり : 癌細胞表面を認識する単クローン抗体の作成とその応用 / 山科郁男 [執筆]
抗体や増殖因子の癌とのかかわり : 抗体を用いる癌の診断と治療 / 橋本嘉幸 [執筆]
抗体や増殖因子の癌とのかかわり : インターロイキン : 細胞の増殖と分化の調節 / 岸本忠三 [執筆]
抗体や増殖因子の癌とのかかわり : 造血因子による生体防御機構 / 高久史麿 [執筆]
遺伝子の再構成と細胞の分化 / 本庶佑 [執筆]
転写の制御と細胞の運命決定 / 谷口維紹 [執筆]
遺伝子発現の制御 / 村松正實 [執筆]
57.

図書

図書
由良隆 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 丸善, 1989.6-1990.1  2冊 ; 22cm
シリーズ名: シリーズ分子生物学の進歩 / 日本分子生物学会編 ; 4-5
所蔵情報: loading…
58.

図書

図書
高木利久, 冨田勝編
出版情報: 東京 : 中山書店, 2000.10  viii, 210p ; 21cm
シリーズ名: ポストシークエンスのゲノム科学 ; 6
所蔵情報: loading…
59.

図書

図書
池内俊彦著
出版情報: 東京 : 中央公論新社, 2001.12  iii, 209p ; 18cm
シリーズ名: 中公新書 ; 1618
所蔵情報: loading…
60.

図書

図書
赤坂甲治著
出版情報: 東京 : 裳華房, 2002.11  xiv, 262p ; 21cm
所蔵情報: loading…
61.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
和田昭允著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2005.8  xiv, 235, 2p ; 20cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
はじめに
第1章 東京大学物理学教室の雰囲気 1
   挑戦者たち
   ざっくばらんな会話
   歯に衣着せぬ議論
   交流のネットワーク
   生物と物理の国境に立つ
   足を引っ張られる
   サイエンスに“はずはない”はない
   広大な活躍の場-無限にある成功のチャンス
   生物と物理を隔てる壁-寺田寅彦と中谷字吉郎の視点
   物理から生命にチャレンジする三つのタイプ
   励まし-その絶大なる効果
   一流人物の共通項
第2章 化学から物理への越境とハーバード大学 33
   化学教室に培われていた物理学への流れ
   卒業研究の頃-森野先生の思い出
   新しいチャレンジへの模索
   知の舞台-ハーバード大学
   研究生活
   アメリカから帰る
   お茶の水女子大学理学部化学教室
第3章 生物物理学の展開 65
   生物物理学事始め
   学会設立にあたって
   生物の特徴と“枚挙”
   日本生物物理学会と国際生物物理学連盟の発足
   東大物理学教室へ-生物物理研究室の建設
   物理による生命研究とは?
   生物物理グループの強化に向けて
   DNAとタンパク質の精密計測
   物質と生命をつなぐパズル
第4章 分子に見られる生命と物質の境 95
   生体高分子の情報とは構造要素の配列秩序
   立体構造の秩序-タンパク質の一重ラセンとDNAの二重ラセン
   私の生命観と研究目標
   化学教室で、分子の変形とは何かの研究を始める
   高分子の形態変化-ラセン・コイル転移
   鉄のカーテンを越える共同研究
   “ある特定の情報”はどのように書き込まれたか?
   さらなる発展に向けて
   未踏の高峰-脳と心
   生命、そして、自然の理解はまだ序の口
第5章 DNAの高速自動解読 131
   日本の“お家芸”を生かそう!
   二一世紀を予言する
   レフェリーとの格闘
   「ウェットウェア」という新しい概念
   DNA研究の国家プロジェクト
   生かされなかった独創の「二つの芽」
   「飛ぶ鳥」を撃てない日本
   国際プロジェクト化への努力と挫折
   立ち遅れた日本の解読分担率は六%
   「小柴カミオカンデ」と「和田DNA」の違い-衆議院での証言
   反省の書「ゲノム敗北」と「ネイチャー」による書評
第6章 生命と物質を俯瞰するサイエンスに向けて-HFSPを例として 163
   サイエンスの総合化に向けての努力
   日本発の国際研究助成
   機構-HFSP
   アメリカの疑心暗鬼
   「和田 vs ゴワンズ」
   論争
   基本理念を正面切って発信すれば、世界は必ず正しい
   評価を与える
   自然を俯瞰する「時空計算尺“ガリバー”」の発明
第7章 理研ゲノム科学総合研究センター-「生命生存の智恵と戦略」の探究 181
   「予言力」が高まった生命科学-先見性の勝利
   理研ゲノム研究センターの発足
   研究のための環境と体制
   ユニークな運営と評価システム
   「生命生存の智恵と戦略」の解明
   科学の発展パターンと今後の科学研究に望むこと
   四本のシンボル・ツリーと二三〇年ぶりの里帰り標本
第8章 自然探求、研究者人生へのいざない 203
   大局的判断
   家庭のなかの“理工系の雰囲気”
   「お前は苦労が足りない」
   思い出すいろいろなこと
   博物学と理学・工学のフレーバー
   門前の小僧習わぬ経を読む
   旧制高等科理科-カルチャーショック・昭和二一年
おわりに 231
参考資料
コラム
   僕は物理学教室に恩義を感じている 小柴昌俊 4
   物理学教室が持つリベラルな雰囲気 伏見 譲 7
   “異分野のるつぼ”だった物理学教室 有馬朗人 13
   和田さんの“降格人事?” 有馬朗人 81
   サロンと生物物理セミナー 伏見 譲 87
   多眼・複眼・独創眼 陶山 明 117
   先読みする力、先読みしすぎの難点 大島泰郎 137
   DNA同窓会 浜岡 勤 143
   HFSPの基本哲学の防衛 有本建男 171
   日本のチャレンジHFSP 永山國昭 173
   正当性を主張する喧嘩 大島泰郎 175
   貴重なアドバイス 林崎良英 189
   Omic Spaceの構想 横山茂之 191
   広い視点に立つこと 曽田邦嗣 197
はじめに
第1章 東京大学物理学教室の雰囲気 1
   挑戦者たち
62.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
Benjamin Lewin [著] ; 菊池韶彦, 榊佳之, 水野猛, 伊庭英夫訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2006.1  xvi, 933p ; 30cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
1.情報の貯蔵庫としてDNA 1
1.DNAは遺伝物質である 3
   遺伝は巨大分子の働きによる 4
   タンパクの機能はコンホーメーションに依存している 5
   タンパクはどうやって正しいコンホーメーションを獲得するのか 13
   DNAの発見 16
   普遍的な遺伝物質はDNAである 19
   DNAの構成成分 22
   DNAは二重らせんである 27
   DNAの複製は半保存的である 31
   さらに読みたい人へ 34
2.遺伝子は染色体上にある 35
   遺伝子の発見 36
   遺伝における染色体の役割 41
   遺伝子はおのおの特異的な染色体上にある 45
   遺伝子は一列に並んでいる 48
   遺伝子地図は連続している 53
   一遺伝子-一タンパク 54
   精密な定義:シストロン 57
   用語についての注意 60
   さらに読みたい人へ 61
3.DNAの塩基配列を変える変異 63
   遺伝暗号はトリプレットで読まれる 64
   点変異は塩基対を一つ変える 67
   変異はホットスポットに集中する 71
   変異率 74
   さらに読みたい人へ 77
4.核酸のトポロジー 78
   一本鎖の核酸は二次構造を持つ 78
   インバーテッド繰り返しと二次構造 83
   二本鎖DNAは異なる二重らせん構造もとれる 86
   左巻き型のDNA 89
   閉じたDNAはスーパーコイルを作る 91
   スーパーコイルは二重らせん構造に影響を与える 95
   DNAは変性し,再生できる 97
   核酸は塩基対合によってハイブリッド分子を形成できる 98
   さらに読みたい人へ 101
5.遺伝子の単離 102
   制限酵素はDNAを特定の断片に切断する 104
   DNA断片を基にして制限酵素地図を作成する 106
   制限酵素切断部位は遺伝マーカーとして用いられる 111
   DNAの塩基配列決定 116
   原核生物の遺伝子タンパクは1対1の対応をする 119
   真核生物の遺伝子には分断されたものがある 121
   2種類以上のタンパクをコードするDNA塩基配列もある 123
   遺伝のパラダイム 126
   さらに読みたい人へ 127
   II.遺伝子からタンパクへ 129
6.遺伝暗号の解読 131
   タンパク合成は一方向に進行する 132
   メッセンジャーRNAの探索 134
   転移RNAはアダプターとして働く 135
   リボソームは一列になって移動する 139
   コドンの大部分はアミノ酸に対応する 143
   暗号には普遍性があるか 146
   さらに読みたい人へ 147
7.タンパク合成の流れ作業 148
   リボソームの活性部位 149
   ポリペプチド鎖の合成開始 151
   開始には30Sサブユニットと補助因子が必要である 154
   30Sサブユニットの遊離状態はIF3に制御されている 156
   IF2がイニシエーターtRNAの選択をする 157
   真核細胞の翻訳開始には多くの因子が関与している 159
   伸長反応:T因子がA部位ヘアミノアシル-tRNAを導入する 162
   リボソームの移動 167
   翻訳の完了:三つのコドンでタンパク合成を終結させる 171
   さらに読みたい人へ 173
8.転移のRNA:翻訳のアダプター 174
   共通のクローバー葉型 175
   三次構造はL字型になっている 178
   合成酵素はどのようにしてtRNAを認識するか 182
   アミノ酸結合のステップにおける識別 185
   コドンーアンチコドンの認識にはゆらぎがある 187
   tRNAには修飾された塩基がいろいろある 190
   塩基の修飾がコドンの認識を制御している可能性がある 193
   ミトコンドリアにはtRNAの最小セットがある 196
   変異tRNAは違うコドンを読む 197
   サプレッサーtRNAは元のコドンも認識できる 202
   tRNAは読み枠に影響を及ぼすことがある 205
   さらに読みたい人へ 206
9.翻訳工場としてのリボソーム 208
   リボソームはコンパクトなリボ核タンパク粒子である 209
   リボソームタンパクとrRNAの相互作用 213
   inuitroでの再構成はinuiuoでの集合過程によく似ている 219
   サブユニットの集合はトポロジーに関連している 221
   すべてのリボソーム成分に変異を導入できる 224
   リボソームには数種類の活性中心がある 226
   翻訳の正確さ 230
   さらに読みたい人へ 232
10.鋳型としてのメッセンジャーRNA 234
   細菌のメッセンジャーは寿命が短い 235
   細菌のmRNAの大多数はポリシストロニックである 238
   ポリシストロニックメッセンジャーの翻訳 240
   真核細胞mRNAの機能を明らかにする 243
   invitoro翻訳系の威力 245
   真核生物の大部分のmRNAは3'末端がポリアデニル化されている 247
   真核生物のmRNAは5'末端にメチル化されたキャップ構造を持つ 250
   翻訳開始にはmRNAとrRNAとの間に生ずる塩基対合が必要である 252
   リボソーム小サブユニット真核生物mRNAの翻訳開始部位に移動する 255
   タンパク合成と細胞内の局在性との関連 257
   さらに読みたい人へ 264
   Ⅲ.鋳型の産生 265
11.RNAポリメラーゼ : 基本的な転写装置 267
   転写はRNAポリメラーゼによって触媒される 269
   シグマ因子はDNAへの結合に関与する 271
   コア酵素はRNAを合成する 275
   真核細胞の複雑なRNAポリメラーゼ 280
   さらに読みたい人へ 282
12.プロモーター:転写開始の調節部位 283
   大腸菌RNAポリメラーゼの結合部位 286
   大腸菌のプロモーターのコンセンサス配列 289
   コンセンサス配列の働き 292
   シグマ因子の置き換えによる転写開始の調節 297
   RNAポリメラーゼIIに読まれるプロモーターは転写開始点より上流にある 303
   RNAポリメラーゼIIのプロモーターは複数の領域から構成されている 307
   エンハンサーは上流にあっても下流にあっても転写の開始を促進する 311
   RNAポリメラーゼIIIのプロモーターは下流領域にある 314
   さらに読みたい人へ 317
13.転写終結と抗転写終結 319
   大腸菌の2種類の転写終結にはパリンドロームが関与する 320
   ロー因子はどのように働くのだろうか 323
   抗転写終結はDNAの特定の部位で起こる 327
   RNAポリメラーゼにはさらに別のサブユニットがあるか 334
   真核生物を使う場合の困難 337
   さらに読みたい人へ 338
   IV.原核生物の遺伝子発現の調節 341
14.オペロン:モデル系としてのラクトース遺伝子 343
   誘導と抑制の調節は小分子によって行われる 343
   構造遺伝子のクラスターは調節遺伝子の制御を受ける 345
   オペロンの調節回路 348
   構成的変異を使ってリプレッサーの働きを調べる 350
   オペレーターはシス優性に働く 352
   プロモこターかリプレッサーに起こる変異は非誘導型になる 353
   リプレッサーはどのようにして転写を妨げるのか 355
   オペレーター領域での接触 356
   リプレッサーのサブゴニット間の相互作用 358
   DNA結合タンパクとしてのリプレッサー 361
   DNAからの離脱 362
   余剰のリプレッサーの貯蔵 364
   誘導のパラドックス 366
   さらに読みたい人へ 367
15.調節回路:オペロンの完全装備 368
   正負の調節を区別する 368
   トリプトファンオペロンは抑制型である 371
   トリプトファンオペロンを調節するアテニュエーター 374
   どの二次構造をとるかがアテニュエーターの働きを制御する 376
   他のアテニュエーター 382
   抑制は遺伝子座が複数であっても起こる 385
   カタボライト抑制にはプロモーターにおける正の調節が関与している 388
   リボソームタンパクの翻訳に見る自律的調節 391
   自律的制御と巨大分子集合体 395
   欠乏に対処する緊縮応答 396
   さらに読みたい人へ 399
16.溶菌に導く反応の連鎖と溶原性を保つリプレッション 400
   溶菌に導く過程は反応の連鎖によって調節される 401
   T7ファージとT4ファージの機能に対応するクラスター構造 404
   ラムダファージの溶菌反応の連鎖の進行には抗転写終結が関与している 407
   溶原性は自己調節系で維持されている 410
   リプレッサーは2量体であり,協同的にオペレーターに結合する 413
   リプレッサー合成はどのようにして確立されるのか 422
   溶菌感染にはアンチリプレッサーが必要である 426
   溶原化と溶菌の微妙なバランス 429
   さらに読みたい人へ 429
   ⅴ.真核生物ゲノムの構成 431
17.組み換えDNA技法は並はずれた力を発揮する 433
   どんなDNAも細菌を使ってクローニングできる 434
   キメラDNAの構築 438
   mRNAをDNAに作り替える 422
   特定の遺伝子をゲノムから単離する 444
   クロモソームウォーキング 448
   真核細胞の遺伝子は細菌の細胞内で翻訳できる 452
18.真核生物のゲノム:その中に見られるさまざまな配列 454
   ゲノムサイズの違いとC値パラドックス 454
   再会合カイネディックスは塩基配列の複雑さを反映する 457
   真核生物のゲノムには幾通りかの繰り返し配列の成分がある 459
   非繰り返しDNAの複雑度からゲノムのサイズを推定する 461
   真核生物のゲノムには繰り返し配列がある 462
   中頻度繰り返しDNAには異なる成分が多数ある 464
   同じ繰り返し頻度を持つファミリーのメンバーは互いに近縁だが同一ではない 466
   さらに読みたい人へ 469
19.mRNAに読みとられる構造遺伝子 470
   構造遺伝子の大部分は非繰り返しDNAである 472
   非繰り返し遺伝子はどのくらい発現しているか 474
   RNA駆動反応のカイネティックスを使って遺伝子の数を推測する 475
   遺伝子発現のレベルには非常に大きな差がある 478
   mRNA集団のオーバーラップ 479
   さらに読みたい人へ 482
20.分断された遺伝子 483
   分断きれた遺伝子を電子顕微鏡で見る 485
   分断された遺伝子の制限酵素地図作製 485
   ゲノムDNA断片の解析 494
   遺伝子にはさまざまの形や大きさがある 497
   rRNAやtRNAをコードする遺伝子にあるイントロン 500
   エクソン-イントロン境界には共通配列がある 501
   ある遺伝子のイントロンが他の遺伝子のエクソンのことがある 502
   大部分の変異はエクソンにマップされる 506
   調節に関与している巨大な複合遺伝子座 511
   分断された遺伝子はどのようにしてできてきたのか 517
   さらに読みたい人へ 524
   欧文索引
   和文索引
   下巻目次
   VI.関連した塩基配列のクラスター形成
21.構造遺伝子はファミリーを構成している
22.細胞小器官内にあるゲノム
23.重連した遺伝子群に見られる同一性と変化
24.単純な塩基配列とその編成
   Ⅶ.成熟:RNAのプロセシング
25.StableRNAの切断とトリミング
26.RNAスプライシングの機構
27.RNAプロセシングの調節
   VIII.DNAをパッケージする
28.ゲノムと染色体について
29.クロマチンの構造:ヌクレオソニム
30.活性クロヤチンの性質
   IX.遺伝する物質としてのDNA
31.レプリコン:複製の単位
32.DNA複製の装置
33.DNAを守るシステム
34.組み換えとDNAのトポロジーの変換
   X.動的なゲノム:変動するDNA
35.細菌の転移因子
36.真核生物の動く遺伝子
37.遺伝子の再編成と抗体の多様性の出現
38.ゲノム構造の作り替え
1.情報の貯蔵庫としてDNA 1
1.DNAは遺伝物質である 3
   遺伝は巨大分子の働きによる 4
63.

図書

図書
ワルター・J.ゲーリング ; 辻村秀信 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 2002.3  313, xxiiip ; 22cm
所蔵情報: loading…
64.

図書

図書
ジョナサン・ワイナー著 ; 垂水雄二訳
出版情報: 東京 : 早川書房, 2001.12  426p ; 20cm
所蔵情報: loading…
65.

図書

図書
榊佳之著
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2001.5  vii, 197p ; 18cm
シリーズ名: 岩波新書 ; 新赤版 728
所蔵情報: loading…
66.

図書

図書
Benjamin Lewin [著] ; 菊池韶彦 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2002.3  xv, 957p ; 26cm
所蔵情報: loading…
67.

図書

図書
L.アンドルーズ, D.ネルキン [著] ; 野田亮, 野田洋子訳
出版情報: 東京 : 岩波書店, 2002.8  viii, 247, 70p ; 19cm
所蔵情報: loading…
68.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
David W. Mount著 ; 香月祥太郎 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2005.12  xxii, 644p ; 28cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
1バイオインフォマティクスの歴史と全貌
   イントロダクション 2
   本害の各章の構造について 2
   生物医学系の人のために 2
   情報系の人のために 3
   バイオインフォマティクスの研究をめざして本書で学ぶこと 5
   用語集 5
   1.1バイオインフォマティクスとは何か 7
   1.2最初にデータベース化されたのはタンパク質の配列だった 7
   1.3DNA配列データベースは1980年代初頭から構築され始めた 8
   1.4配列は公共データベースから容易に検索することができる 9
   1.5数多くの配列解析プログラムが登場している 10
   1.5.1配列比較のためのドットマトリックス法,またはダイアグラム法 10
   1.5.2ダイナミックプログラミング法による配列のアラインメント 11
   1.5.3配列間の局所的アラインメントを見いだす 12
   1.5.4多重配列アラインメント 13
   1.6RNAの二次構造を予測する方法にはいくつかある 14
   1.7進化的関係は配列を用いて発見される 15
   1.8類似した配列のデータベース検索により遺伝子機能が明らかになる 15
   1.9FASTAとBLASTは迅速なデータベース検索を可能にする 16
   1.10DNA配列の翻訳によりタンパク質配列を予測できる 16
   1.11タンパク質の構造は予測できる 17
   1.12最初に完全なゲノム配列が得られたのはインフルエンザ菌であった 18
   1.13最初のゲノムデータベースは.AceDBであった 19
   1.14ゲノム解析法が開発され続けている 20
   1.15遺伝子発現解析にはマイクロアレイが用いられる 20
   1.16大規模な生物学的データセットにはデータ格納・マイニング技術が用いられる 22
   1.17BioPerlとインターネットを用いて配列解析を自動化することができる 22
   1.18インターネット上で便利なリソースを見つける 23
   ウエブで検索しよう 23
   参考文献 24
2配列の収集と蓄積
   イントロダクション 28
   生物医学系の人のために 28
   情報系の人のために 28
   この章で学ぶこと 29
   用語集 29
   2.1DNA配列決定は自動的に行われる 30
   2.2ゲノム配列決定は2つの方法で行われる 32
   2.3発現遺伝子ののNAライブラリの配列決定からコード領域を決定する 36
   2.4配列をデータベースへ登録するのは簡単である 37
   2.5配列の精度はさまざまである 38
   2.6配列は特別なファイル形式でコンピュータに蓄積する 38
   2.6.1GenBankDNA配列エントリー 40
   2.6.2EMBLデータライブラリ形式 41
   2.6.3SwissProt配列形式 42
   2.6.4FASTA配列形式 42
   2.6.5NBRF/PIR配列形式とCODATA形式 42
   2.6.6GeneticsComputerGroup配列形式 42
   2.6.7国立バイオメディカル研究財団・タンパク質情報リソース(NBRF/PIR)から検索された配列ファイルの形式 43
   2.6.8Plain/ASCIIStaden配列形式 43
   2.6.9ASN.1配列形式 43
   2.6.10XML配列形式 43
   2.6.11GDE配列形式 43
   2.6.12AceDB配列形式 43
   2.6.13GeneralFeature形式 45
   2.7ある配列形式はほかの形式に変換できる 45
   2.8複数の多重配列形式が使える 49
   2.9配列データベースは特別な保存形式が必要とされる 52
   2.10配列データベースはEntrezから簡単にアクセスできる 53
   ウエブで検索しよう 55
   参考文献 56
   棟習間題 57
3対にした配列のアラインメント
   イントロダクション 62
   生物学系の人のために 62
   情報系の人のために 63
   この章で学ぶこと 64
   用語集 64
   3.1配列アラインメントとは? 66
   3.1.1大域的アラインメント 66
   3.1.2局所的アラインメント 66
   3.2配列アラインメントは機能や構造や進化的な情報を明らかにする 67
   3.3ペアワイズ配列アラインメントには3つの主要な方法がある 69
   3.3.1ドットマトリックスによるペアワイズ配列比較 71
   ドットマトリックス法 72
   配列の繰り返しを見いだす 74
   単一の配列記号の繰り返しを見いだす 74
   3.32配列アラインメントのためのダイナミックプログラミング法 74
   ダイナミックプログラミングアルゴリズムの記述 78
   ダイナミックプログラミングは大域的アラインメントもしくは局所的配列アラインメントを生成する 81
   大域的アラインメントと局所的アラインメントの例 81
   局所的アラインメントプログラムはいつも局所的アラインメントを,また大域的アラインメントプログラムはいつも大域的アラインメントを生成するか? 85
   配列アラインメントのためのダイナミックプログラミングアルゴリズムの補助的な使用と改良点 86
   3.3.3ワードとk一タプル法 87
   3.4配列アラインメントにおけるスコア行列とギャップペナルティの使用方法 88
   3.4.1アミノ酸置換行列 88
   3.42Dayhoffのアミノ酸置換行列(PAM行列) 89
   配列類似性を検出するための最適なPAMスコア行列を選ぶ 92
   PAM行列で用いられるようなDayhoffのタンパク質進化モデルの解析 93
   PAMアミノ酸スコア行列の改訂 95
   3.4.3ブロックアミノ酸置換行列(BLOSUM) 95
   3.4.4PAMとBLOSUMアミノ酸置換行列の比較 97
   その他のアミノ酸スコア行列 98
   3.4.5核酸のPAMスコア行列 98
   3.4.6ギャップペナルティ 100
   アラインメントの両端でのギャップペナルティー1O 2
   パラメトリック配列アラインメントー 102
   不一致のギャップペナルティを変えたときの局所的アラインメントスコアへの影響 102
   類縁タンパク質を見いだすスコア行列とギャップペナルティの最適な組み合わせ 103
   ウエブで検索しよう 105
   参考文献 106
   練習悶題 109
4配列アライメントの確率的,統計的解析入門
   イントロダクション 114
   生物医学系の人のために 114
   情報系の人のために 115
   この章で学ぶこと 115
   用語集 116
   4.1配列アラインメントで確率がどのような役割を果たすか? 117
   4.2確率は統計的な有意性検定の基本的な要素である 118
   4.3配列アラインメントスコアの有意性の評価 120
   4.3.1配列アラインメントのための統計手法の開発 120
   4.3.2大域的アラインメントの有意性 121
   4.3.32つのランダムDNA配列間の最も可能なアラインメントのモデル化 122
   4.3.4アラインメントスコアを用いる 125
   4.3.5ギャップ入り局所的アラインメント 126
   4.3.6グンベル極値分布 126
   4.3.7アラインメントスコアの有意性の迅速な決定方法 129
   4.3.8統計解析でのスコア行列のタイプの重要性 130
   4.3.9ギャップのある局所的アラインメントの有意性 130
   4.3.10統計的パラメータの選択 133
   4.3.11配列間の個々のアラインメントスコアの統計的有意性とデータベース検索で見つかるスコアの有意性の計算法は異なっている 135
   4.4ベイズの統計的手法による配列アラインメントと進化的距離の見積もり 137
   4.4.1ベイズ統計学入門 137
   4.4.2配列解析へのベイズ統計の応用 139
   4.4.3ベイズの進化距離 140
   4.4.4ベイズの配列アラインメントアルゴリズム 141
   ウェブで検索しよう 147
   参考文献 148
   練習問題 149
5多重配列のアライメント
   イントロダクション 152
   生物医学系の人のために 152
   情報系の人のために 154
   この章で学ぶこと 155
   用語集 155
   5.1多重配列アラインメントの利用 157
   5.1.1類縁配列の検索 157
   5.1.2ゲノム配列決定 157
   5.2多重配列アラインメントは系統解析の出発点 159
   5.3大域的および局所的多重配列アラインメント 159
   5.4大域的多薫配列アラインメント 160
   5.4.1大域的多重配列アラインメント計算の困難さ 160
   5.4.2ダイナミックプログラミング法を用いたペアワイズアラインメントの拡張としての多重配列アラインメント 162
   5.4.3多重配列アラインメントのよさを測る尺度 164
   5.4.4累進法による多重配列アラインメント 167
   CLUSTALW 168
   PILEUP 171
   T-COFFEE 171
   累進法の問題点 171
   5.4.5反復演算を用いた多重配列アラインメント 172
   遺伝的アルゴリズム 173
   半順序グラフ 174
   5.4.6隠れマルコフモデル 175
   5.4.7多重配列アラインメントのためのその他のプログラムと方法 175
   5.4.8大域的多重配列アラインメントプログラムの性能 176
   5.5局所的多重配列アラインメント 176
   5.5.1プロファイル解析 177
   5.5.2ブロック解析 180
   大域的または局所的多重配列アラインメントからのブロックの抽出 181
   パターン検索 181
   BLOCKSサーバを用いた未整列の配列からのブロック作成 182
   5.5.3モチーフ解析のためのeMOTIF法 182
   5.5.4局所的アラインメントを支援するための統計的方法 184
   期待値最大化アルゴリズム 184
   モチーフ発見のための多重期待値最大化法(MEME) 187
   ギブスサンプリング法 187
   隠れマルコフモデル 190
   最良のHMMの生成 194
   モチーフに基づく隠れマルコフモデル 194
   5.5.5位置特異的スコア行列の利用 195
   位置特異的スコア行列の作成 196
   PSSMの計算 198
   位置特異的スコア行列の情報量 198
   配列ロゴ 199
   5.6多重配列アラインメントのエディタとフォーマッタ 200
   5.6.1配列工ディタ 200
   5.6.2配列フォーマッタ 201
   ウエブで検索しよう 202
   参考文献 203
   練習問題 206
6類似配列のデータベース検索
   イントロダクション 212
   生物医学系の人のために 212
   情報系の人のために 213
   この章で学ぶこと 214
   用語集 214
   6.1数多くのゲノムがデータベース検索に利用可能である 215
   6.2FASTAやBLASTを使うことで高速なデータベース検索が可能である 218
   6.3タンパク質配列の検索はDNA配列の検索より特異性が高い 218
   6.4データベース類似性検索で使うスコア行列には選択肢がある 220
   6.4.1進化モデルに基づいた行列 220
   6.4.2BLOSUM62スコア行列 221
   6.4.3その他のスコア行列 221
   6.5配列の出力は制限できる 222
   6.6配列類似性検索のフローチャート 222
   6.7FASTA配列データベース類似性検索を使う 223
   6.7.1FASTA一致の有意性 225
   6.7.2FASTAのバージョン 226
   6.7.3配列中の複雑度が低い領域 229
   6.8BLASTを使う 230
   6.8.1配列のフィルタリング 236
   6.8.2別のBLASTプログラムとオプション 237
   6.8.3別のBLAST関連のプログラム 237
   6.9Smith-Watermanダイナミックプログラミング法は最適な結果を与える 239
   6.10ベイズブロックアライナーを使ったデータベース検索は遠縁の配列を見つける 241
   6.11多重配列アラインメントを使ってスコア行列やプロファイルによるデータベース検索を行う 242
   6.12位置特異的スコア行列や配列プロファイルはタンパク質ファミリーの発見に有用である 243
   6.13配列とパターンのデータベースを比較する別の方法がある 247
   6.13.1PSI-BLAST,タンパク質ファミリーを見つけるためのBLASTの改良バージョン 250
   6.13.2PHI-BLAST(pattern-hit-initiatedBLAST) 251
   6.13.3PROBE 251
   6.14まとめ 252
   ウエブで検索しよう 254
   参考文献 255
   練習問題 257
7系統推定
   イントロダクション 262
   生物医学系の人のために 262
   情報系の人のために 263
   この章で学ぶこと 264
   用語集 264
   7.1PHYLIPとPAUPはよく利用される系統解析プログラムである 265
   7.2系統解析はどのように多重配列アラインメントに関連しているのか? 266
   7.3系統解析においてはゲノムの複雑度が考慮されなくてはならない 267
   7.4進化木は生物や遺伝子や遺伝子ファミリーの間の進化関係を表す 271
   7.53つの主要な系統予測のための方法がある 272
   7.5.1最節約法 274
   最節約法の使用における問題点 277
   最節約木の選択 278
   7.5.2距離法 279
   Fitch-Margoliash法および類似の方法 280
   近隣結合法および類似の近隣法 283
   UPGMA法 284
   外群の選択 286
   配列類似度の距離スコアへの変換 288
   多重変化と逆転のための核酸配列間距離の補正 289
   タンパク質配列の比較とタンパク質をコードしている遺伝子の比較 291
   距離法による読み枠の比較 292
   7.5.3最尤法 293
   進化モデルに基づいた配列アラインメント 295
   7.6系統予測はどの程度信頼でぎるか? 297
   系統解析はどのように利用されるか? 297
   ウエブで検索しよう 298
   参考文献 299
   練習問題 301
8RNA二次構造の予測
   イントロダクション 304
   生物医学系の人のために 304
   情報系の人のために 305
   この章で学ぶこと 305
   用語集 305
   8.1RNA二次構造と三次構造の特徴は何か? 306
   8.2配列と塩基対形成パターンはRNA構造予測に用いることができる 308
   8.3最小エネルギーをもつRNAの予測には限度がある 308
   8.4RNA予測手法はどのようにして開発されてきたのか? 309
   8.5RNA構造予測手法はおもに2つのアプローチを用いる 311
   8.5.1エネルギー最小化 311
   RNA配列の中の自己相補的な領域から二次構造が予測できる 311
   RNA二次構造予測のための最小自由エネルギー法 312
   mfoldとエネルギープロコットによる準最適構造の予測 314
   RNA分子の準最適フォールディングのための他のアルゴリズム 315
   最もありえそうなRNA二次構造の予測 318
   8.5.2共変異している塩基の同定 319
   8.5.3共変異解析のむずかしさ 321
   8.5.4RNA二次構造モデリングのための確率文脈自由文法 323
   8.6RNA遺伝子の検索 325
   8.7RNA構造のモデリングは重要な結果を生み出す 327
   ウェブで検索しよう 328
   参考文献 329
   練習問題 331
9遺伝子予測と遺伝子調節
   イントロダクション 334
   生物医学系の人のために 334
   情報系の人のために 335
   この章で学ぶこと 336
   用語集 337
   9.1ORFベースの遺伝子予測は原核生物と真核生物の生物学的な違いに影響される 338
   9.20RFの予測精度は検証可能である 341
   9.3真核生物の遺伝子には反復配列があり,おそらくヌクレオソーム構造を反映している 343
   9.4遺伝子予測の手順とは? 345
   9.5微生物ゲノムの遺伝子予測は比較的容易である 346
   9.5.1遺伝子の調節配列を利用する 346
   9.5.2よく保存された遺伝子の特徴を利用する 346
   9.6真核生物における遺伝子予測では既知のエキソンを認識することが重要である 349
   9.6.1配列データベースを検索する 349
   9.6.2既知のエキソンを認識する 349
   9.6.3複雑なパターンを見いだす 349
   9.6.4RNAポリメラーゼll転写遺伝子 350
   9.7ニユーラルネットワーク法とパターン判別法による真核生物遺伝子予測 350
   9.7.1ニューラルネットワーク 350
   Grail 350
   GeneParser 352
   9.7.2パターン判別法 352
   9.8最も優れた遺伝子予測法は何か 353
   9.9大腸菌のプロモーター予測によりDNAの調節配尉を見いだす 355
   9.9.1アラインメントしたプロモーター配列からのスコア行列法 356
   9.9.2行列法の信頼性 357
   9.9.3ニューラルネットワークによるプロモータ」予測 359
   9.9.4あまり保存されていない調節タンパク質結合部位をアラインメントできない配列で探索する 359
   統計的手法 360
   ConsensusとWConsensus 361
   9.10真核生物でのプロモーター予測は転写因子結合部位の予測にかかっている 362
   9.10.1真核生物での転写調節 362
   9.10.1RNAPIlプロモーター分類 365
   9.10.2RNAPIIプロモーターの同定と解析のための予測法 368
   ウエブで検索しよう 369
   参考文献 370
   練習問題 375
10たんぱく質の分類と構造予測
   イントロダクション 380
   生物医学系の人のために 380
   情報系の人のために 381
   この章で学ぶこと 382
   用語集 382
   10.1予測可能なタンパク質構造もある 386
   10.1.1構造予測に配列アラインメントを利用する上での問題点 387
   10.1.2タンパク質構造予測の目標 388
   10.2タンパク質構造の記述法 388
   10.2.1αヘリックス 388
   10.2.2βシート 391
   10.2.3ループ 391
   10.2.4コイル 391
   10.3構造・配列類似性に基づくタンパク質の分類 392
   10.3.1タンパク質の構造と配列を分類する際に用いられる用語 392
   10.3.2タンパク質構造のクラス 392
   10.3.3タンパク質データベース 393
   配列解析 394
   構造解析 395
   10.4タンパク質構造を表示するための分子ビューア 397
   10.5タンパク質構造分類データベース 400
   10.6タンパク質の構造アラインメントは配列アラインメントよりむずかしい 403
   10.6.1ダイナミックプログラミング 405
   10.6.2距離行列 406
   10.6.3二次構造解析に基づく構造類似性の高速探索 408
   10.6.4二次構造のアライメントの有意性 410
   10.6.5タンパク質構造アライメントの表示 410
   10.7タンパク質構造はアミノ酸配列を用いて予測できる 411
   10.7.1配列パターンの利用 411
   タンパク質分類法 411
   クラスタ 412
   タンパク質はモチーフ,モジュール,および構造上の意味をもったその他の配列要素からなる 412
   ある種のタンパク質の構造的特徴は配列解析によって簡単に同定できる 413
   10.7.2アミノ酸配列からのタンパク質二次構造の予測 420
   二次構造予測の精度 421
   二次構造予測の方法 422
   Chou-Fasman/GOR法 422
   疎水性アミノ酸のパターンが構造予測の役に立つことがある 425
   ニューラルネットワークモデルによる二次構造予測 425
   二次構造予測のための最近隣法 431
   10.7.3タンパク質の立体構造の予測 432
   接触度 434
   最も性能のよい立体構造予測法はおそらくロゼッタ法である 435
   隠れマルコフモデル 435
   環境テンプレート法と接触ポテンシャル法 440
   接触ポテンシャル法 444
   10.8構造予測の成功度のCASPによる評価 446
   10.9アミノ酸の位置とアミノ酸間の距離が構造モデリングにより示される 446
   10.10まとめと今後の展望 447
   ウエブで検索しよう 447
   参考文献 449
   練習問題 454
11ゲノム解析
   イントロダクション 458
   生物医学系の人のために 458
   情報系の人のために一 459
   この章で学ぶこと 460
   用語集 460
   11.1ゲノム解析は多くの挑戦を提供する 461
   11.1.1個人のゲノム配列は多様である 462
   11.1.2ゲノムの重複が遺伝的多型に影響を与える 462
   11.1.3プロテオームの解析 462
   11.1.4ゲノム解析のためのウェブリソースと計算ツール 465
   11.2ゲノムの構造は原核生物と真核生物において研究されてきた 466
   11.2.1原核生物ゲノムー 466
   11.2.2真核生物ゲノム 467
   反復配列 467
   真核生物の遺伝子構造はさまざまである 469
   偽遺伝子 471
   11.3どのようにしてゲノム配列をアセンブルし遺伝子を同定するか 472
   11.3.1タンパク質をコードする遺伝子のゲノム上での探索 472
   11.4どのようにしてゲノム解析を行うか? 477
   11.5ゲノムを用いてオーソログ,パラログ,プロテオームの比較ができる 480
   11.5.1プロテオーム解析 481
   総当たり自己比較による遺伝子ファミリーと重複遺伝子の数の解明 481
   プロテオーム間比較によるオーソログ,遺伝子ファミリー,ドメインの同定 483
   11.5.2古代からの保存領域 485
   11.5.3遺伝子の水平伝達 486
   11.6遺伝子は機能によって分類が可能である 487
   11.7遺伝子の並び(シンテニー)は近縁の生物種の染色体上で保存されている 488
   11.8ゲノムが進化関係を予灘するのに用いられる 489
   11.8.1染色体の再編成の可視化 489
   11.8.2遺伝子再編成のコンピュータ解析 491
   11.8.3染色体上の遺伝子クラスタは代謝的に類似した機能をもつ 494
   11.8.4複数のドメインをもつ混成遺伝子は同じドメイン群を共有するタンパク質問の物理的な相互作用と機能の関係を予言している 496
   11.8.5ゲノム解析のためのリソース 497
   11.9マイクロアレイ解析は全体的な遺伝子調節についての情報を提供する 498
   11.10複合解析を用いることにより遺伝子機能の予測ができる 498
   11.11機能ゲノム学アプローチにより遺伝子機能を同定する 498
   11.12ゲノムデータベース中にすべての情報を収集する 501
   ウェブで検索しよう 501
   参考文献 503
   練習問題 507
12PerlとPerlモジュールを用いたバイオインフォマティクス・プログラミング
   イントロダクション 510
   生物医学系の人のために 510
   情報系の人のために 511
   この章で学ぶこと 512
   用語集 512
   12.1バイオインフォマティクスに適したツール 514
   12.1.1ウェブサービスとウェブサイト 515
   12.1.2プログラミング言語とプラットフォームの選択 516
   12.1.3八一ドウェアプラットフォームの選択 516
   12.1.4オペレーティングシステムの選択 517
   12.1.5フリーソフトウェアの使用 517
   12.2ソフトウェアを書くための戦略 518
   12.2.1問題解決の戦略 518
   12.2.2ソフトウェア開発の各段階(フェーズ) 519
   12.2.3プログラミングの書式と正しい文法 519
   12.2.4コードのコメントづけとドキュメント 520
   12.3最初の一歩:Perlを手に入れて,インストールする 520
   12.4Perlスクリプトのデバッグ:エラーの発晃と修正 521
   12.5Perlモジュールのインストール 522
   12.5.1Perlのサブルーチン,パッケージ,モジュール 524
   サブルーチン 524
   パッケージ 525
   モジュール 526
   12.5.2Perlの手続き,手順 527
   Perlの中からプログラムを呼ぶ方法 528
   12.6Perlにはウェブにアクセスするためのモジュールがある 530
   12.6.1EntrezProgrammingUtilities(E-utils) 531
   12.7XMLとは何か,なぜXMLを使うのか 533
   12.7.1XML形式といくつかの基本的なルール 533
   12.7.2Perlとウェブサービス 536
   12.8BioPer1モジュールは,生物学的データを加工し,処理する 537
   12.8.1BioPerlで作られる生物学的なオブジェクト 537
   12.8.2スクリプト例1-BioPerl:GenBank形式のファイルから配列を読み,それをFASTA形式でファイルに出力する 539
   12.8.3解析のためにEMBOSSとPlSEプログラムを呼び出す方法 540
   12.8.4スクリプト例2-BioPerl:特定の拡張子のフナイル名のリストを得るためにglob関数を用いる 540
   12.8.5スクリプト例3-BioPerl:BLASTの出力をすべて読むために10を探す 543
   12.9Perlは,データベースとやりとりをすることができる 547
   12.9.1データベース構造 547
   12.9.2データベース構造化照会言語(DatabaseStruCturedQueryLanguage) 547
   12.9.3SQLite 548
   12.9.4PerlDBIの使用 550
   データベースとの接続の確立 550
   命令の用意 551
   実行ステートメント 551
   データの取得 551
   クリーンアップ 552
   12.9.5スクリプト例4Perl:DBIスクリプト 552
   12.10Perlの利用例 556
   12.10.1スクリプト例5Perl:ファイルを読み,文字列のパターンを探す 556
   12.10.2スクリプト例6Perl:コマンドライン引数とテキスト処理 558
   12.10.3スクリプト例7Perl:パターン置き換えとスクリプトのインクリメンタル開発 560
   ウェ単ブで検索しよう 564
   付録:UMIXをはじめよう 565
   参考文献 570
   練習闘題 571
13マイクロアレイの解析
   イントロダクション 574
   生物医学系の人のために 574
   情報系の人のために 575
   この章で学ぶこと 576
   用語集 576
   13.1マイクロアレイの複雑さは実験デザインや解析に影響を及ぼす 578
   13.1.1生命現象の調節を研究するうえでmRNAレベルを測定することの限界 578
   13.2マイクロアレイは2種類に大別される 579
   13.2.1cDNAアレイ(スポットアレイ) 579
   13.2.2高密度オリゴヌクレオチドアレイ 580
   13.2.3そのほかのマイクロアレイ 581
   13.3有用なデータを最大限得るための適切なマイクロアレイ実験デザイン 583
   13.3.1最初の実験 583
   13.3.2マイクロアレイ実験における統計的解析の計画 584
   13.3.3技術的反復と生物学的反復の比較と分散の計算 585
   13.3.4デザインの原理 586
   スポットアレイ 586
   オリゴヌクレオチドマイクロアレイ 588
   13.4マイクロアレイデータの解析に必須の統計学的な考察 588
   13.4.1データ品質とバックグラウンド減算 589
   13.4.2データの正規化 589
   いつ正規化すべきか 589
   統計モデルにのっとった正規化 590
   Lowessによる正規化 590
   Loessによる正規化 590
   分位による正規化 590
   実験で複数のアレイを使った場合の正規化 591
   13.4.3遺伝子発現変化の検出 594
   いずれかの一操作による差に関する分散の検定 594
   処理による発現レベル変化のための特異的なt検定 596
   13.4.4異なる遺伝子発現解析による機能的に関連する遺伝子群の予測 596
   距離をもとにした方法 596
   サンプルの分類 606
   13.5マイクロアレイ解析の結果は統計的推論により解釈される 611
   13.5.1差異のある発現 611
   13.5.2クラスタ解析 612
   13.6マイクロアレイデータは標準的な方法で蓄積されるべきである 612
   13.7マイクロアレイデータの機能的解析のためにツール群が開発されている 613
   13.7.1同時制御遺伝子のプロモーター解析 613
   13.8マイクロアレイには多岐にわたる応用が存在する 614
   13.8.1QTL解析により発現変化の責任領域を探る 614
   13.8.2遺伝子調節ネットワークのモデル化 616
   13.8.3ゲノム創薬における発現マイクロアレイの応用 616
   13.9この章のおわりに 617
   ウェブで検索しよう 618
   推奨する書籍リスト 618
   参考文献 619
   練習問題 621
1バイオインフォマティクスの歴史と全貌
   イントロダクション 2
   本害の各章の構造について 2
69.

図書

図書
渋谷正史編 ; 豊島久真男 [ほか] 執筆
出版情報: 東京 : 東京大学出版会, 1991.5  ix, 143p ; 21cm
シリーズ名: がんのバイオサイエンス / 豊島久真男, 黒木登志夫編集代表 ; 1
所蔵情報: loading…
70.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
日本生化学会編
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2000.11-2001.1  2冊 ; 26cm
シリーズ名: 基礎生化学実験法 / 日本生化学会編 ; 第4巻
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1章 DNAの分離と精製 1
   1・1 DNAの取扱い 田村隆明 1
   1・2 DNAの精製 青木務,田村隆明 4
    1・2・1 タンパク質の除去 4
    1・2・2 低分子の除去・脱塩 7
     A. 陰イオン交換樹脂を用いた低分子の除去
     B. ゲルろ過による低分子の除去・脱塩
    1・2・3 RNAの除去 9
     A. 塩化リチウムによるRNAの除去
     B. RNase AによるRNAの除去
     C. 塩化セシウム密度勾配遠心法
   1・3 DNAの濃縮 小西慶幸,田村隆明 12
    A. エタノール沈殿法
    B. イソプロパノール沈殿法
    C. プタノール濃縮法
    D. ポリエチレングリコール(PEG)沈殿法
   1・4 DNAの電気泳動 田村隆明 17
    1・4・1 DNAのサイズで分離する電気泳動 17
     A. アガロースゲル電気泳動
     B. ポリアクリルアミドゲル電気泳動
     C. ゲルからのDNA回収法
     D. パルスフィールドゲル電気泳動
    1・4・2 DNA高次構造を解析する電気泳動 23
     A. メチル化DNAの解析
     B. 超らせんの解析
     C. 複製フォークの解析
   1・5 DNAの検出と定量 高橋由明,木南凌 28
    1・5・1 分光法 28
    1・5・2 染色法 28
第2章 ゲノムDNAの分離と精製 33
   2・1 真核細胞のゲノムDNA 33
    2・1・1 動物ゲノムDNAの調製 高橋由明,木南凌 34
    2・1・2 植物ゲノムDNAの調製 上口智治 37
    2・1・3 線虫ゲノムDNAの調製 高橋由明,木南凌 39
    2・1・4 酵母ゲノムDNAの調製 高橋由明,木南凌 42
    2・1・5 細胞小器官DNAの調製 高橋由明,木南凌 46
   2・2 原核細胞のゲノムDNA 上口智治 50
   2・3 ウイルスのゲノムDNA 斎藤泉,高橋由明,木南凌 51
    2・3・1 アデノウイルスDNA 51
    2・3・2 ワクシニアウイルスDNA 54
第3章 RNAの分離と精製 横川隆志,西川一八 57
   3・1 RNAの取扱い一般に関する注意 57
   3・2 RNAの分離 59
    3・2・1 RNAの分離一般 59
     A. 酸性フェノール法
     B. グアニジンチオシアネート法
     C. RNA抽出キット
    3・2・2各種RNAの分離 61
     A. mRNA
     B. rRNA
     C. tRNA
     D. その他の低分子RNA
     E. 組織特異的なRNA
   3・3 RNAの精製 64
    3・3・1 タンパク質の除去 64
    3・3・2 脱塩と簡易精製 66
     A. DEAEセルロースカラムクロマトグラフィー
     B. ゲルろ過カラムクロマトグラフィー
    3・3・3 塩基特異的RNAの精製 69
     A. mRNA(ポリ(A)RNA)の濃縮
     B. 固相化プローブ法
   3・4 RNAの濃縮 72
    A. アルコール沈殿法
    B. 透析
   3・5 RNAの電気泳動 75
    A. ポリアクリルアミドゲル電気泳動
    B. アガロースゲル電気泳動
    C. ゲルからのRNA回収法
   3・6 RNAの検出と定量 81
   3・7 in vitro転写系を用いたRNAの大量調製 84
    3・7・1 T7 RNAポリメラーゼによる転写のための鋳型の調整法 85
    3・7・2 転写用酵素の調製 88
    3・7・3 転写反応 90
第4章 プラスミドDNAの調製 升方久夫 93
   4・1 プラスミドの基礎知識 93
   4・2 大腸菌へのプラスミドの導入 98
    A. DMSO法
    B. エレクトロボレーション法
    C. プラスミド保持菌の培養と保存
   4・3 大腸菌プラスミドDNAの調製 102
第5章 ファージの調製とDNAの抽出 升方久夫 109
   5・1 ファージの基礎知識 109
   5・2 λファージの調製 112
   5・3 λファージの濃縮 114
   5・4 λファージの精製 115
   5・5 λファージDNAの抽出 116
第6章 核酸の検出と定量 119
   6・1 ヌクレオチド,ヌクレオシドの検出および定量 鈴木勉 120
    6・1・1 吸光光度計による定量 120
    6・1・2 薄層クロマトグラフィー 122
    6・1・3 高速液体クロマトグラフィー法 125
   6・2 ゲノムのGC含量の推定 横田明 128
    A. 超遠心法
    B. 融解温度法
    C. 高速液体クロマトグラフィー法
第7章 遺伝子操作のための各種酵素の利用法 青山卓史 133
   7・1 制限酵素 134
   7・2 DNA合成酵素 137
    A. T4 DNAポリメラーゼおよびクレノウ酵素
    B. 耐熱菌由来DNAポリメラーゼ
    C. 逆転写酵素
    D. ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ
   7・3 DNA分解酵素 142
    A. エキソヌクレアーゼ
    B. エンドヌクレアーゼ
   7・4 DNAリガーゼ 144
   7・5 ポリヌクレオチドキナーゼおよびアルカリホスファターゼ 145
第8章 DNA塩基配列の解析 149
   8・1 DNA塩基配列決定の戦略 笠原康裕,小笠原直毅 149
    8・1・1 ショットガン法 149
    8・1・2 デリーションミュータント法 154
    8・1・3 プライマーウォーキング法 156
   8・2 DNA塩基配列決定法 笠原康裕,小笠原直毅 157
    A. ジデオキシ法
    B. マクサム・ギルバート法
    C. シークエンスゲルの作製法と泳動条件
   8・3 自動シークエンサー 森浩禎,北川正成,荒武 163
   8・4 コンピューターによるゲノムデータの解析 森浩禎,北川正成,荒武 166
第9章 RNA塩基配列の解析 175
   9・1 逆転写酵素を用いたRNAの塩基配列決定法(ジデオキシ法) 菊池洋 175
   9・2 RNAの標識法と末端構造の解析 菊池洋 177
   9・3 ドニス・ケラー法によるRNAの塩基配列解析 菊池洋 182
   9・4 ホルムアミド分解法によるRNAの塩基配列解析 菊池洋 186
   9・5 RNAの二次構造の解析 菊池洋,大槻高史 190
    A. コンピューターによるRNAの二次構造解析
    B. 酵素による二次構造マッピング
    C. 化学試薬による二次構造マッピング
第10章 核酸の化学合成法 関根光雄 197
   10・1 DNAの化学合成 197
    10・1・1 DNA合成の原理 197
    10・1・2 DNA合成の実際 200
    10・1・3 自動合成機の利用 206
    10・1・4 合成DNAの外注 206
   10・2 RNAの化学合成 207
    10・2・1 RNA合成の原理 207
    10・2・2 RNA合成の実際 209
索引 213
第1章 ハイブリダイゼーションによるゲノムとDNAとRNAの解析法 1
   1.1 サザンハイブリダイゼーション 横堀 伸一 1
   1.2 ノーザンハイブリダイゼーション 横堀 伸一 13
   1.3 プラーク/コロニーハイブリダイゼーション 横堀 伸一 16
   1.4 蛍光 in situハイブリダイゼーション(FISH) 志賀 靖弘 21
   1.5 プローブの標識と選択 横堀 伸一 26
第2章 ライブラリーの作製とクローニング 野島 博 31
   2.1 cDNAライブラリーの作製 31
   2.2 ゲノムライブラリーの作製 44
   2.3 スクリーニング 49
   2.4 サブクローニング 58
第3章 PCRの活用法 久木田洋児, 林 健志 65
   3.1 PCRの原理 65
   3.2 PCRのための準備 67
   3.3 PCRの基本手順 69
   3.4 応用的PCR TAクローニング/RT-PCR法/RACE法/degenerate-PCR法/PCR-SSCP法 71
第4章 遺伝子機能解析のアラカルト 83
   4.1 遺伝子とタンパク質の相互作用 83
    4.1.1 タンパク質-核酸結合実験に用いる材料の調製法 今川 正良 84
    4.1.2 ゲルシフト法 今川 正良 92
    4.1.3 フットプリント法 今川 正良 96
    4.1.4 UVによる架橋法 平尾 一郎 102
   4.2 転写開始点などの解析 酒井 正春 104
    4.2.1 S1マッピング法 105
    4.2.2 RNasaプロテクション(マッピング)法 109
    4.2.3 プライマー伸長法 111
   4.3 プロモーターアッセイ 今川 正良 114
   4.4 遺伝子への人工変異の導入 平尾 一郎 118
   4.5 ディファレンシャルディスプレー法による遺伝子検索 田口 精一 125
   4.6 DNAチップによるゲノムの総合解析 田口 精一 129
   4.7 リポザイムやアンチセンスRNAの利用 黒崎直子, 田村 裕, 高久 洋 133
第5章 遺伝子導入による遺伝子機能解析 139
   5.1 細胞への遺伝子導入と解析 中平健祐,岩崎靖乃 139
    5.1.1 トランスフェクション法の種類とその選択 139
    5.1.2 トランスフェクション法の実際 リン酸カルシウム法/リポフェクション法 143
   5.2 トランスジェニックマウスの作製 鹿川 哲史 149
   5.3 遺伝子破壊-ノックアウトマウスの作製 三宝 誠, 三宝千秋, 八木 健 157
   5.4 レトロウイルスを用いた遺伝子導入 池中 一裕 192
索引 197
第1章 DNAの分離と精製 1
   1・1 DNAの取扱い 田村隆明 1
   1・2 DNAの精製 青木務,田村隆明 4
71.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
リチャード・ドーキンス [著] ; 日高敏隆 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : 紀伊國屋書店, 2006.5  xxix, 558p ; 20cm
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三〇周年記念版への序文 i
一九八九年版へのまえがき xvi
序文(ロバート・L トリヴァース)
一九七六年版へのまえがき
1 人はなぜいるのか 1
2 自己複製子 17
3 不滅のコイル 29
4 遺伝子機械 66
5 攻撃―安定性と利己的機械 96
6 遺伝子道 128
7 家族計画 158
8 世代間の争い 182
9 雄と雌の争い 212
10 ぼくの背中を掻いておくれ、お返しに背中をふみつけてやろう 253
11 ミーム―新登場の自己複製子 291
12 気のいい奴が一番になる 312
13 遺伝子の長い腕 364
補注 417
書評抜粋 509
   公共の利益のために ピーター・メダワー卿 510
   自然が演じる芝居 W.D.ハミルトン 514
   遺伝子とミーム ジョン・メイナード=スミス 522
訳者あとがき 525
第二版への訳者あとがき 529
第三版への訳者あとがき 531
訳者補注 536
参考文献 548
索引及び参考文献への鍵 558
三〇周年記念版への序文 i
一九八九年版へのまえがき xvi
序文(ロバート・L トリヴァース)
72.

図書

図書
T.A. ブラウン著
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2018.9  xviii, 552p ; 28cm
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目次情報: 続きを見る
第1部 ゲノムの研究 : ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム
DNAを研究する ほか
第2部 ゲノムの構成 : 真核生物の核ゲノム
原核生物ゲノムと真核生物の細胞小器官ゲノム ほか
第3部 ゲノムの発現 : ゲノムへの接近
ゲノム発現におけるDNA結合タンパク質の役割 ほか
第4部 ゲノムの複製と進化 : ゲノム複製
変異とDNA修復 ほか
第1部 ゲノムの研究 : ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム
DNAを研究する ほか
第2部 ゲノムの構成 : 真核生物の核ゲノム
概要: ゲノムについての分子生物学的な知見を、この1冊に凝縮。11年振りの改訂第4版。全章を最新知見にアップデート。必ず押さえるべき基本から、ごく最近明らかになった知見まで、驚くほど見事に明快に解説。次世代シークエンサー技術やゲノム編集技術、ゲノム 発現、RNA、トランスクリプトーム、プロテオームなどをカバー。生物学、医学、歯学、農学、情報学などの広範な分野の学生・院生、研究者、医師、教育者にとっての必読書。 続きを見る
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