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日本物理学会編
出版情報: 東京 : 裳華房, 2000.11  xv, 239p ; 22cm
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生物への新しい見方 / 垣谷俊昭, 美宅成樹 [執筆]
生命の理解のために / 美宅成樹 [執筆]
生命の始まりと脂質2分子幕 / 八田一郎 [執筆]
生体膜の弾性力学 / 本田誠, 瀧口金吾, 宝谷紘一 [執筆]
スマートゲルと生命の源 / 田中豊一 [執筆]
生態エネルギー変換の戦略 / 垣谷俊昭 [執筆]
バクテリオロドプシンの光エネルギー変換 / 神取秀樹 [執筆]
地球を変えた生体の電子とプロトン移動 / 伊藤繁 [執筆]
チトクロム酸化酵素のはたらき / 吉川信也 [執筆]
ATP合成酵素の動力学 / 安田涼平, 木下一彦 [執筆]
地球生命系の発展と安定化 / 垣谷宏子 [執筆]
生物への新しい見方 / 垣谷俊昭, 美宅成樹 [執筆]
生命の理解のために / 美宅成樹 [執筆]
生命の始まりと脂質2分子幕 / 八田一郎 [執筆]
2.

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八田一郎, 村田昌之担当編集委員
出版情報: 東京 : 共立出版, 2000.9  xii, 202p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ・ニューバイオフィジックス / 日本生物物理学会シリーズ・ニューバイオフィジックス刊行委員会編 ; 2-4
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序章 生体膜のヘテロ構造と膜中および膜上における動的相互作用 1
第1章 脂質膜の物性 7
   1-1 脂質膜におけるドメイン構造形成 7
   ①―脂質2成分系の相図 10
   ②―脂質2分子膜とイオン,タンパク質の相互作用 16
   ③―脂質・コレステロール系の相図と秩序液体相 20
   1-2 脂質の多形構造 26
   ①―脂質二重層膜 28
   ②―脂質集合体の主な構造 28
   ③―集合体の構造と分子形状 30
   ④―膜の曲げ弾性エネルギーと自発曲率 32
   ⑤―二層連続構造の立方相 35
   ⑥―膜脂質の自発曲率と膜タンパク質 37
   1-3 膜タンパク質の結晶化 42
   ①―膜タンパク質の結晶の分類 44
   ②―古典的結晶化法 46
   ③―古典的結晶化法の膜タンパク質への適用 52
   ④―平面膜を積み上げる結晶化法 54
   ⑤―膜の形態変化の熱力学 59
第2章 脂質膜における分子識別 63
   2-1 脂質膜上における分子認識 63
   ①―脂質膜界面と外来分子間の静電相互作用 64
   ②―脂質分子と外来分子の特異的相互作用 70
   ③―脂質膜界面の物理的描像 71
   ④―脂質膜界面中へのペプチドの分配 73
   ⑤―脂質膜界面中への低分子の分配とそれに伴う膜界面構造の変化 75
   2-2 生体膜上における分子認識:タンパク質の膜透過システム 82
   ①―SPRによるシグナル配列の認識と膜結合型リボソームの形成 83
   ②―トランスロコン:タンパク質透過装置 88
   ③―膜タンパク質の構造形成とトランスロコン 90
   ④―ミトコンドリアの前駆体タンパク質 93
   ⑤―ミトコンドリアのタンパク質輸入装置 95
第3章 細胞膜の構造と機能発見 100
   3-1 膜脂質のダイナミクスと細胞機能 100
   ①―脂質二重層内外での脂質分子の局在とその制御メカニズム 101
   ②―リン脂質非対称分布の生理的意義 106
   ③―膜のミクロドメイン:ラフト 110
   ④―細胞内におけるラフトの機能 113
   3-2 細胞内小胞輸送ネットワークにおけるゴルジ体のダイナミクス 119
   ①―Background-細胞内小胞輸送の素過程 120
   ②―小胞輸送の選別センターとしてのゴルジ体 122
   ③―ゴルジ体のバイオジェネシス,形態形成機構と位置決定機構 126
   ④―Staticなゴルジ体 132
   ⑤―細胞の形態形成と小胞輸送ネットワーク 132
   3-3 細胞膜タンパク質と膜骨格・細胞骨格の相互作用―細胞膜の構造形成 139
   ①―膜タンパク質の運動を測る 140
   ②―細胞膜の機能構造領域―膜内在性タンパク質―膜裏打ちタンパク質-細胞骨格- 147
   ③―細胞膜タンパク質と膜骨格,細胞骨格の相互作用 148
   ④―膜タンパク質と膜骨格系の相互作用の生理的意義 153
   3-4 シナプスの膜裏打ち構造と情報伝達 157
   ①―前シナプスの膜裏打ち構造 158
   ②―神経伝達物質放出の制御機構 160
   ③―後シナプスの膜裏打ち構造と情報伝達の制御 166
   3-5 細胞膜の変形と細胞応答―細胞の形が機能を決める? 173
   ①―細胞が自分の形を知るメカニズム 174
   ②―細胞の張力センサー,SAチャネル 175
   ③―機械刺激で誘導される内皮細胞の形態変化 177
   ④―機械刺激による細胞の形づくりのシグナリング機構 178
   ⑤―形の方向性はどこからくるのか―刺激の時空間構造の変換― 183
   ⑥―細胞の形の維持機構―tensegrity model― 185
索引 193
   用語解説索引 202
序章 生体膜のヘテロ構造と膜中および膜上における動的相互作用 1
第1章 脂質膜の物性 7
   1-1 脂質膜におけるドメイン構造形成 7
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岡崎進, 岡本祐幸 [編]
出版情報: 京都 : 化学同人, 2002.12  262p, 図版 [12] p ; 26cm
シリーズ名: 化学フロンティア ; 8
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座談会 コンピュータ・シミレーションはどこまで生体系に迫れるか 岡本祐幸・米田照代・岡崎進(進行役) 1
Ⅰ部 生体系のコンピュータ・シミレーション手法
   1章 巨大システムの取り扱い 岡崎進 14
   2章 拡張アンサンブルの方法 岡本祐幸 25
   3章 分子シミュレーション用ソフトウェアの開発とその利用 古明地勇人 43
   4章 分子動力学シミュレーションの並列計算 清水謙多郎・中村周吾 50
   5章 分子動力学専用計算機の開発 戎崎俊一 63
Ⅱ部 タンパク質のコンピュータ・シミュレーション
   6章 タンパク質をめぐる疑問とシミュレーション 笹井理生 76
   7章 全原子模型のタンパク質のフォールディング 岡本祐幸 84
   8章 タンパク質の立体構造予測 高田彰二 98
   9章 ゲノム情報解析への応用 西川建 110
   10章 水中でのペプチド・タンパク質の自由エネルギー地形 小野聡・中村春木 118
   11章 タンパク質の水和と構造安定性 木下正弘 131
   12章 タンパク質のダイナミクス 北尾彰朗 140
   13章 タンパク質の熱安定性の計算ができるまで 斎藤稔 149
   14章 タンパク質・核酸複合体 皿井明倫 160
Ⅲ部 生体膜のコンピュータ・シミュレーション
   15章 脂質二重層膜 岡崎進 168
   16章 生理活性分子と脂質膜 岡崎進 178
   17章 イオンポンプ能動輸送 池口満徳・木寺詔紀 186
   18章 イオンチャンネル受動輸送 篠田渉・三上益弘 196
Ⅳ部 創薬など応用研究をめざしたコンピュータ・シミュレーション
   19章 分子シミュレーションによる物質の生体膜透過性の予測は可能か? 高岡雄司・宮川博夫・北村一泰 210
   20章 ドッキングシミュレーションの創薬への応用 砂田真志 217
   21章 低分子・ペプチドからの創薬 中馬寛・小田晃司 223
   22章 オーダーメイド酵素創製をめざした分子設計 守川壮一・中井孝尚 234
   23章 薬物設計の標的タンパク質とリガンドの自動ドッキング 米田照代 243
   用語解説 251
   索引 257
座談会 コンピュータ・シミレーションはどこまで生体系に迫れるか 岡本祐幸・米田照代・岡崎進(進行役) 1
Ⅰ部 生体系のコンピュータ・シミレーション手法
   1章 巨大システムの取り扱い 岡崎進 14
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吉田賢右, 茂木立志編
出版情報: 東京 : 共立出版, 2000.11  x, 211p ; 22cm
シリーズ名: シリーズ・バイオサイエンスの新世紀 / 日本生化学会編 ; 7
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第1章 膜エネルギー装置の研究の展開 ―過去から未来へ 1
   1 ATP 合成酵素 2
   2 化学浸透圧説 3
   3 バクテリオロドプシン 5
   4 光合成系 6
   5 ATP利用系 7
第2章 細胞呼吸の膜エネルギー装置 ―起源と分子進化 11
   1 好気的呼吸鎖の膜酵素複合体 12
   2 複合体Ⅰの分子進化 14
   3 複合体Ⅱの分子進化 19
   4 複合体Ⅲの分子進化 23
   5 複合体Ⅳの分子進化 27
第3章 細胞呼吸の膜エネルギー装置 ―結晶構造から見た作動機構 32
   1 呼吸鎖複合体の構造生物学 32
   2 シトクロムC酸化酵素のプロトンポンプ機構 34
   3 シトクロムbc1複合体のプロトン駆動キノンサイクル 39
第4章 呼吸系の環境適応 ―寄生に伴う大胆な再編成 47
   1 寄生虫とミトコンドリア 47
   2 カイチュウの生活環における呼吸鎖の変動 48
   3 アフリカトリパノソーマにおける呼吸鎖の変換 54
第5章 嫌気呼吸系の膜エネルギー装置 60
   1 硝酸塩呼吸と脱窒 61
   2 硫酸塩呼吸 62
   3 炭酸塩呼吸 63
   4 硝酸塩呼吸・脱窒系の酵素群 63
第6章 ATP 合成の回転モーター ―ATP 合成酵素 74
   1 ATP を作る酵素 74
   2 逆向きに連結された2つのモーター 75
   3 目の回る考え : 回転触媒仮説 77
   4 1分子の回転直視 79
   5 トルク, ステップ, 効率 81
   6 βの開閉とF1の回転 83
   7 中間体構造, 1分子操作 84
   8 Foモーターの回転 85
   9 挑発するタンパク質 86
第7章 液胞型 ATPase ―細胞の中に酸のプールを作るポンプ 89
   1 液胞型 ATPase の発見 89
   2 酸のプールの検出 93
   3 液胞型 ATPase の阻害剤 94
   4 酸のプールと生理 95
   5 酸のプールから生物を見る 97
第8章 P型 ATPase のイオン輸送 102
   1 陽イオン輸送ポンプの生理的意義 103
   2 ATP 加水分解とイオン輸送の共役を説明する Post-Albers 仮説 106
   3 立体構造 107
   4 Ca2 +存在下の結晶構造とバナジン酸存在下の構造の比較 111
   5 P型ポンプのプロトマー構造 113
   6 4量体Na +,K + -ATPase の反応機構仮説 114
   7 ATP 加水分解とイオン輸送のオリゴマー共役 115
第9章 ABCタンパク質 ―細胞の ATP エンジン (その1) 118
   1 ABC タンパク質とは 118
   2 ABC タンパク質の特徴 119
   3 トランスポーター型 ABC タンパク質 121
   4 チャネル型 ABC タンパク質 125
   5 レセプター型 ABC タンパク質 127
第10章 AAA ATPase ―細胞の ATP エンジン (その2) 130
   1 AAA ファミリー ATPase はプロテインキネシスにはたらく 131
   2 膜タンパク質のクオリティーコントロール (品質管理) と膜形成にはたらく AAA プロテアーゼ 132
   3 膜融合にはたらく AAA ATPase 135
   4 AAA ATPase の構造 136
   5 AAA ATPase による基質タンパク質のリモデリング 138
   6 AAA ATPase による基質認識 139
第11章 ヒトの膜エネルギー装置 ―生理と病理 142
   1 生理と病理の細胞工学 142
   2 エネルギー産生系 144
   3 エネルギー利用系 146
   4 エネルギー調節系 148
   5 アポトーシスとミトコンドリア 151
第12章 光合成のエネルギー変換と進化 154
   1 光合成の主役, クロロフィル : 2つの役割 154
   2 光合成生物の種類と系統進化 157
   3 紅色細菌の光合成反応中心複合体の構造と機能 158
   4 光化学系Ⅰ型の光合成反応中心複合体 162
   5 光化学系Ⅱ反応中心複合体 : 水の電子を利用する系への飛躍 164
   6 光合成系の環境適応と進化 165
第13章 植物固有の膜輸送装置 ―水, イオン, 溶質輸送 169
   1 水チャネル (アクアポリン) 170
   2 H + -ピロホスファターゼ 173
   3 オーキシンの極性輸送 176
   4 糖輸送体の多様性と特異性 178
第14章 べん毛モーター ―細菌の高速タービン 181
   1 べん毛モーターの構築 183
   2 べん毛の運動解析 184
   3 モータータンパク質 186
   4 ナトリウムを共役イオンとするべん毛モーター 190
第15章 バクテリオロドプシン ―地上最小のイオンポンプ 194
   1 バクテリオロドプシンの構造 195
   2 プロトンの輸送経路 197
   3 スイッチ機構 201
   4 スイッチングをもたらすタンパク質の構造変化 203
コラム
   銅タンパク質 67
   強心作用 103
   膜タンパク質の3つの機能 120
   がんの多剤耐性と ABC タンパク質 122
   なぜ白人に嚢胞性線維症が多いのか? 125
   GTP 結合タンパク質 126
   AAA の由来 132
   ロドプシン 196
   どちらが上? 200
索引 207
第1章 膜エネルギー装置の研究の展開 ―過去から未来へ 1
   1 ATP 合成酵素 2
   2 化学浸透圧説 3
5.

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図書
秀島武敏著
出版情報: 東京 : 講談社, 2002.3  vii, 187p ; 21cm
シリーズ名: 非平衡系の科学 ; 6
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6.

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図書
末崎幸生著
出版情報: 福岡 : 九州大学出版会, 2007.1  vi, 152p, 図版[2]p ; 22cm
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