| 刊行のことばⅲ |
| まえがきⅳ |
| 本書を読むにあたってⅵ |
| 口絵説明ならびに写真提供者一覧ⅷ |
| 第1部微生物の世界その特性と大きな系統 |
| 1章微生物としての細菌と菌類[杉山純多] |
| 1-1はじめに 2 |
| 1-2微生物とは 4 |
| 1-2-1微生物の細胞体制 5 |
| 1-2-2微生物の種多様性 6 |
| 1-2-3微生物の大きさ 7 |
| 1-2-4微生物の代謝活性 7 |
| 1-2-5微生物の多様な生態群と分布 7 |
| 1-2-6微生物のエネルギー獲得形式の多様性と自然界における物質循環への寄与 9 |
| 1-2-7微生物の機能的多様性とその利用 13 |
| 1-3系統論の系譜と生物界における微生物の系統的位置 15 |
| 1-3-12界体系における微生物の位置づけ 16 |
| 1-3-23界体系における位置づけ 16 |
| 1-3-35界体系における位置づけ 18 |
| 1-3-4マーグリスの細胞内共生説と修正5界体系における位置づけ 20 |
| 1-3-53ドメイン体系と微生物の主要な系統関係 22 |
| ①深海の微生物[能木裕一] 28 |
| 第II部菌類の多様性と系統進化 |
| 2章菌類の多様性と分類体系[杉山純多] |
| 2-1はじめに:菌類とは 30 |
| 2-2菌類系統分類学を中心とする菌類多様性研究の流れ 31 |
| 2-2-1ミケーリからサッカルドまで 32 |
| 2-2-2サッカルド以降、アインスワース体系まで 34 |
| 2-2-3菌類分子系統分類学の登場と最近の動向 37 |
| 3-3菌類の起源と系統 42 |
| 2-3-1菌類の起源に関する諸説 42 |
| 2-3-2高等菌類の系統論 45 |
| 2-3-3比較生化学から系統へのアプローチ 46 |
| 2-3-4キャヴァリエースミスの説とクロミスタ界の提唱 47 |
| 2-3-5菌類分子系統学の成果 48 |
| ②微胞子虫類(Microsporidia)は果たして真の菌類か? |
| [田辺雄彦] 56 |
| 3章形態からみた多様性と系統[安藤勝彦] |
| 3-1はじめに 57 |
| 3-2葉状体の構造 57 |
| 3-2-1菌糸の体制 57 |
| 3-2-2菌糸隔壁の特性とその類型 59 |
| 3-2-3隔壁構造は系統の指標となりうるか 61 |
| 3-3有性生殖器官の形態的多様性と系統 63 |
| 3-3-1配偶子嚢と配偶子 63 |
| 3-3-2卵胞子 64 |
| 3-3-3接合胞子 64 |
| 3-3-4子嚢果、子嚢と子嚢胞子 67 |
| 3-3-5担子器果、担子器と担子胞子 75 |
| 3-4無性生殖器官の形態的多様性と系統 81 |
| 3-4-1遊走子嚢と遊走子 82 |
| 3-4-2胞子嚢と胞子嚢胞子 85 |
| 3-4-3分生子 87 |
| 3-4-4厚壁胞子 90 |
| 3-4-5その他の無性胞子と繁殖体 91 |
| 4章生活環からみた多様性と系統[安藤勝彦・杉山純多] |
| 4-1はじめに 92 |
| 4-2菌類の生活環 92 |
| 4-2-1有性生活環 93 |
| 4-2-2無性生活 95 |
| 4-2-3擬似有性生活環 95 |
| 4-3生活環の多様性と進化上の意義 96 |
| 4-3-1サビキン類の生活環の多様性 96 |
| 4-3-2サビキン類の生活環の進化 98 |
| 5章生理・生化学的形質からみた多様性と系統[北本勝ひご] |
| 5-1炭水化物 101 |
| 5-2タンパク質 104 |
| 5-3アミノ酸 107 |
| 5-4二次代謝産物 109 |
| 5-5その他 110 |
| 6章化学分類学的形質からみた多様性と系統 |
| [西田洋巳・杉山純多] |
| 6-1はじめに 111 |
| 6-2細胞壁組成を比較する 112 |
| 6-3菌体糖組成を比較する 112 |
| 6-4アイソザイムの電気泳動パターンを比較する 113 |
| 6-5キノン系を比較する 115 |
| 6-6DNA塩基組成を比較する 117 |
| 6-7DNA-DNAハイブリッド形成を比較する 118 |
| 7章遺伝情報からみた多様性と系統進化[西田洋巳] |
| 7-1はじめに 121 |
| 7-2遺伝子を比較する 121 |
| 7-2-1点突然変異の蓄積に基づく比較 122 |
| 7-2-2挿入・欠失の由来に基づく比較 125 |
| 7-3遺伝子群を比較する 126 |
| 7-3-1菌類のリジン生合成に関与する遺伝子群 127 |
| 7-3-2菌類の特徴と遺伝情報 130 |
| 7-4おわりに 131 |
| ③菌類ゲノム解析プロジェクト[北本勝ひこ] 134 |
| ④菌類の隠蔽種と分子時計[春日孝夫] 136 |
| 8章菌類集団の多様性と種分化[津田盛也・田中千尋] |
| 8-1菌類集団のとらえ方 137 |
| 8-1-1菌類個体の特徴 137 |
| 8-1-2菌類における集団 138 |
| 8-2菌類における遺伝子多様性維持のシステム 138 |
| 8-2-1有性生殖 139 |
| 8-2-2無性繁殖 140 |
| 8-2-3種の維持機構 142 |
| 8-3菌類における種分化のシステム 144 |
| 8-3-1宿主種との対応進化 144 |
| 8-3-2人為選択の影響と種分化一アスペルギルス・フラブスとA.オリザエの同根性 146 |
| 8-3-3動物病原菌のクローン性と種分化一カンジダ・アルビカンス近縁分類群の分化 147 |
| 8-3-4植物病原菌類の適応戦略 148 |
| 8-3-5病原菌類の内生菌化と内生菌類の病原性獲得 152 |
| 8-3-6遺伝子の水平移動 153 |
| 8-4おわりに 154 |
| ⑤ゴンドワナ大陸の分断に伴うナンキョクブナ属植物一子嚢菌類キッタリアの共進化[瀬戸口浩彰] 155 |
| ⑥冬虫夏草の宿主特異性の進化[深津武馬] 157 |
| 9章生態・分布からみた多様性[徳増征二] |
| 9-1菌類の進化と植物 158 |
| 9-2菌類の栄養獲得様式 159 |
| 9-3菌類と基質の関係 162 |
| 9-4地理的分布 167 |
| 9-5なぜ菌類は高い種多様性をもつのか 168 |
| ⑦菌根菌類の多様性とその生存戦略[小川眞] 169 |
| 第III部菌類群ごとの特徴一図版解説一 |
| 1.アクラシス菌門[萩原博光] 172 |
| 2.タマホコリカビ門[萩原博光] 174 |
| 3.変形菌門[萩原博光] 179 |
| 4.ネコブカビ門[萩原博光] 186 |
| 5.ラビリンツラ菌門[徳増征二] 188 |
| 6.サカゲツボカビ門[徳増征二] 190 |
| 7.卵菌門[徳増征二] 191 |
| 8.ツボカビ門[徳増征二] 198 |
| 9.接合菌門[三川隆] 204 |
| 9-1接合菌綱 205 |
| 9-2トリコミケス綱 213 |
| 10.子嚢菌門[杉山純多・西田洋巳・土居祥兌・安藤勝彦] 216 |
| 10-1古生子嚢菌綱 219 |
| 10-2半子嚢菌綱 222 |
| 10-3真正子嚢菌綱 227 |
| 10-3・1不整子嚢菌類 227 |
| 10-3・2核菌類 250 |
| 10-3・3ラブルベニア菌類 250 |
| 10-3・4盤菌類 253 |
| 10-3・5小房子嚢菌類 256 |
| ⑧コウジカビとアフラトキシン[阿部敬悦] 259 |
| ⑨ウドンコカビの巧妙な生存戦略と進化[高松進] 260 |
| 11.担子菌門[杉山純多・柿罵員・根田仁] 263 |
| 11-1担子菌酵母 267 |
| 11-2寄生性担子菌類 273 |
| 11-3菌蕈類 282 |
| 11-3・1キクラゲ類 282 |
| 11-3・2真正担子菌類 284 |
| ⑩菌蕈類テングタケ属の形態進化と分子進化 |
| [津田盛也・田中千尋] 293 |
| 12.不完全菌類(アナモルフ菌類)[安藤勝彦] 295 |
| 13.地衣類[柏谷博之] 308 |
| 第IV部細菌の多様性と系統 |
| 10章細菌の多様性と系統[横田明・平石明] |
| 10-1細菌の多様性と系統分類 318 |
| 10-1-1はじめに 318 |
| 10-1-2原核生物の種 319 |
| 10-1-3原核生物の系統分類 320 |
| 10-1-4バクテリア・アーキアの初期の系統論と化学分類・分子分類 320 |
| 10-2原核生物の糸統進化 323 |
| 10-2-1生物界の2大系統を占める原核生物 323 |
| 10-2-2生命は熱水環境から生まれた? 324 |
| 10-2-3原核生物の生態進化 326 |
| 10-2-4現存種の多様性 331 |
| 10-3グラム陰性細菌の主要分類群と特徴 333 |
| 10-3-1グラム陰性細菌の特徴と系統群 333 |
| 10-3-2プロテオバクテリア門 335 |
| 10-3-3バクテロイデス門 338 |
| 10-3-4アシドバクテリア門 339 |
| 10-4シアノバクテリアの多様性と系統進化 340 |
| 10-4-1シアノバクテリアの分布・生態 340 |
| 10-4-2シアノバクテリアの多様性と進化 341 |
| 10-4-3シアノバクテリアの系統関係 341 |
| 10-4-4シアノバクテリアの分類 344 |
| 10-5グラム陽性細菌の主要分類群と特徴 346 |
| 10-5-1グラム陽性細菌の特徴と系統群 346 |
| 10-5-2アクチノバクテリア門 346 |
| 10-5-3ファーミキューテス門 353 |
| 10-5-4デイノコックスーサーマス門 356 |
| 10-6アーキアの特徴と系統 357 |
| 10-6-1古細菌の発見と一般的特徴 357 |
| 10-6-2アーキアの系統と種類 358 |
| 10-6-3非極限環境におけるアーキア 362 |
| ⑪巨大細菌[横田明] 364 |
| ⑫光合成細菌[平石明] 365 |
| ⑬化学合成細菌[平石明] 366 |
| ⑭株の識別が要求される食中毒と院内感染の病原体[江崎孝行] 367 |
| 第V部ウイルスの多様性と系統 |
| 11章ウイルスの多様性と系統[花田耕介・五條堀孝] |
| 11-1ウイルスの多様性と分類 370 |
| 11-1-1はじめに 370 |
| 11-1-2ウイルスの分類 374 |
| 11-1-3DNAウイルス 377 |
| 11-1-4RNAウイルス 379 |
| 11-1-5逆転写酵素をもつウイルス 382 |
| 11-1-6ウイロイド 383 |
| 11-1-7まとめ 386 |
| 11-2ウイルスの進化 386 |
| 11-2-1はじめに 386 |
| 11-2-2置換距離の推定法 387 |
| 11-2-3ウイルス進化速度の推定 389 |
| ⑮次々と起こるエマージング感染症[花田耕介・五條堀孝] 392 |
| 分類表(広義の菌類396/広義の細菌406/ウイルス410) |
| 引用文献ならひに参考文献 413 |
| 人名索引 436 |
| 生物名索引 437 |
| 学名・英名索引 456 |
| 事項索引 474 |
