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1.

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1. ゲノムケミストリー : 人工核酸を活用する化学的アプローチ
関根光雄, 齋藤烈編
出版情報: 東京 : 講談社, 2003.4  xiii, 240p ; 21cm
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ゲノムケミストリー contents
   刊行のことば (齋藤 烈) iii
   はじめに (関根光雄) vii
第1章 ゲノムケミストリーを可能にする新技術 (関根光雄・早川芳宏) 1
   1.1 DNA合成技術の最前線 1
   1.1.1 DNAの化学合成の現状 1
   1.1.2 核酸塩基部およびインターヌクレオチド部保護法 3
   1.1.3 新しいリン酸基の保護基 4
   1.1.4 塩基部無保護法によるDNA合成 6
   1.1.5 ヌクレオシドホスファイト中間体の酸化法 9
   1.1.6 ヌクレオシドホスホロアミダイト反応の促進剤 10
   1.1.7 固相担体とリンカー 11
   1.1.8 反応剤の化学量論量使用による合成法 12
   1.1.9 反応促進剤の触媒使用による合成法 12
   1.1.10 再使用可能なリンカーをもつ固相担体 13
   1.1.11 H-ホスホネート法の展開 14
   1.2 RNA化学合成の最前線 14
   1.2.1 RNAの化学合成の現状 14
   1.2.2 シリル系の2'糖水酸基の保護基 14
   1.2.3 アセタール系の2'糖水酸基の保護基 15
   1.2.4 リン酸基の転位に関する問題点 16
   1.2.5 新しい2'-水酸基の開発の動向と今後のRNAの化学合成 17
   1.2.6 今後の課題と研究の展開 17
第2章 ゲノムに機能する人工核酸 22
   2.1 塩基およびリン酸部修飾人工核酸によるアンチセンス法への展開 (篠塚和夫) 22
   2.1.1 塩基部修飾人工核酸 22
   2.1.2 リン酸部修飾人工核酸 29
   2.2 人工核酸によるアンチセンス法への展開 糖部修飾核酸を中心に (今西武) 37
   2.2.1 フラノース環置換基修飾 39
   2.2.2 フラノース型からピラノース型への改変 42
   2.2.3 多環式ヌクレオシド類縁体 43
   2.3 人工核酸によるアンチジーン法への展開 三重らせん形成による遺伝子治療 (上野義仁・松田彰) 49
   2.3.1 アンチジーン法と三本鎖核酸 49
   2.3.2 オリゴプリン/オリゴピリミジン交互配列を標的とした三本鎖核酸形成 51
   2.3.3 一本鎖核酸を標的とした三本鎖核酸形成 56
   2.4 人工ペプチド核酸による遺伝子制御機能 (稲木良昭) 62
   2.4.1 ペプチド核酸 62
   2.4.2 PNA 63
   2.4.3 CAS 67
   2.5 ゲノム切断機能をもつ人工核酸 (井上英夫) 74
   2.5.1 アルキル化能をもつオリゴヌクレオチド 75
   2.5.2 活性酸素発生能をもつオリゴヌクレオチド 78
   2.5.3 核酸分解酵素類似機能をもつオリゴヌクレオチド 80
   2.6 ゲノムクロスリンク能をもつ人工核酸 (佐々木茂貴) 89
   2.6.1 核酸塩基の反応点 90
   2.6.2 クロスリンク反応の分類 91
   2.6.3 光クロスリンク反応 91
   2.6.4 ハロゲン化アシルクロスリンク分子 92
   2.6.5 高ひずみ化合物によるクロスリンク分子 93
   2.6.6 誘起反応性をもつクロスリンク分子 94
   2.6.7 2-アミノ-6-ビニルプリン誘導体:新しい誘起反応性クロスリンク分子 95
   2.6.8 二本鎖DNA形成をトリガーとするシンクロナイぜーション活性化によるクロスリンク反応 96
   2.6.9 三本鎖形成クロスリンク反応への展開 97
第3章 ゲノム探索能をもつ人工核酸 101
   3.1 人工核酸を用いる新しい遺伝子診断技術 (清尾康志) 101
   3.1.1 新しい遺伝子解析技術 101
   3.1.2 遺伝子解析の基盤技術=ハイブリダイぜーション 104
   3.1.3 今後の展望 112
   3.2 ケミカルライゲーションを用いる遺伝子変異検出法 (山東信介) 113
   3.2.1 ライゲーションを用いる遺伝子診断 113
   3.2.2 ケミカルライゲーションを用いる遺伝子診断 115
   3.3 蛍光性官能基を導入した人工核酸による直接遺伝子診断法 (山名一成) 121
   3.3.1 蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)を利用した核酸プローブ 121
   3.3.2 モレキュラービーコンプローブ 123
   3.3.3 ピレン蛍光プローブ 125
   3.4 二重らせんミスマッチ認識能をもつ人工機能塩基 (中谷和彦) 132
   3.4.1 遺伝子変異とミスマッチ 132
   3.4.2 ロジウム錯体によるミスマッチ検出 135
   3.4.3 ミスマッチ塩基を水素結合で認識する 136
   3.4.4 ミスマッチ検出リガンドの展望 142
第4章 新機能人工核酸のゲノムケミストリーへの展開 143
   4.1 DNAを経るホール移動とDNAナノワイヤーの創製 (岡本晃充・齋藤 烈) 143
   4.1.1 DNA内での電子移動効率に対する相反する議論 144
   4.1.2 多段階ホッピング機構と経由した長距離ホール移動 147
   4.1.3 DNA高次構造でのホール捕捉効率の変化 150
   4.1.4 DNA結合タンパク存在下でのホール移動 150
   4.1.5 人工核酸を利用したホール移動の制御,ホールの捕捉 151
   4.1.6 DNA媒介ホール輸送の生物学的意義 153
   4.1.7 ナノ材料としてのDNA 153
   4.1.8 高性能人工DNAワイヤーへ向けた挑戦 154
   4.2 人工修飾核酸を用いた試験管内選択法(セレックス法)の拡張 (澤井宏明・桑原正靖) 157
   4.2.1 試験管内選択法による機能性核酸(触媒,アプタマー)の創製 158
   4.2.2 修飾RNA,修飾DNAの酵素的合成と試験管内選択への適用 160
   4.2.3 試験管内選択法による機能性修飾核酸の創製 163
   4.2.4 その他の手法による機能性修飾核酸の創製 170
   4.3 ポリメラーゼ認識能をもつ人工塩基対 (平尾一郎) 174
   4.3.1 複製・転写のメカニズム 176
   4.3.2 塩基間の水素結合の様式を変えた人工塩基対 180
   4.3.3 立体障害を利用した人工塩基対 181
   4.3.4 疎水性の塩基による人工塩基対 183
   4.3.5 今後の課題 186
   4.4 核酸-異分子コンジュゲート (藤井政幸) 187
   4.4.1 化学修飾核酸と核酸コンジュゲート 187
   4.4.2 核酸-異分子コンジュゲートの合成法 187
   4.4.3 核酸-異分子コンジュゲートの機能 193
   4.5 DNA-金コンジュゲート (牧野圭祐・金原秀行) 201
   4.5.1 DNA-金コンジュゲートの調製法 201
   4.5.2 DNA-金ナノ微粒子コンジュゲートの核酸検出法への応用 203
第5章 ゲノム計算化学 213
   5.1 人工塩基の塩基対認識能 (川原俊一) 213
   5.1.1 塩基対形成能の理論化学的研究 213
   5.1.2 核酸塩基の塩基対形成能を分子軌道法により評価する場合の計算レベルの設定 215
   5.1.3 分子軌道法による人工核酸塩基の塩基対形成能の評価 216
   5.2 MacroModelによる核酸構造の最適化 (和田猛) 224
   5.2.1 MacroModelとはどんなソフトウェアか? 224
   5.2.2 MacroModelによる核酸構造(初期構造)の構築 225
   5.2.3 AMBER*力場を用いる核酸の構造最適化 226
   5.2.4 溶媒効果とリン酸アニオンの取り扱い 227
   5.2.5 RNA成分を含む二重らせん構造の最適化 229
   5.2.6 特異な高次構造を有する核酸分子の構造最適化 231
   索引 234
ゲノムケミストリー contents
   刊行のことば (齋藤 烈) iii
   はじめに (関根光雄) vii
2.

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2. 分子遺伝学のための核酸酵素テキストブック
宍戸和夫著
出版情報: 東京 : コロナ社, 2004.5  viii, 221p ; 21cm
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序章
1. DNAポリメラーゼと関連酵素
   1.1 DNAポリメラーゼとは 7
   1.2 細菌のDNAポリメラーゼ 8
   1.2.1 大腸菌DNAポリメラーゼ I 8
   1.2.2 大腸菌DNAポリメラーゼ II 11
   1.2.3 大腸菌DNAポリメラーゼ III ホロ酵素 11
   1.2.4 大腸菌DNAポリメラーゼ IV および V 14
   1.2.5 ほかの細菌ポリメラーゼ 15
   1.3 ファージのDNAポリメラーゼ 16
   1.3.1 T4DNAポリメラーゼ 16
   1.3.2 T7およびT5DNAポリメラーゼ 18
   1.4 真核生物のDNAポリメラーゼ 18
   1.4.1 DNAポリメラーゼα(I) 19
   1.4.2 DNAポリメラーゼδ(III) 20
   1.4.3 DNAポリメラーゼε(II) 21
   1.4.4 DNAポリメラーゼβ 21
   1.4.5 DNAポリメラーゼγ 21
   1.4.6 DNAポリメラーゼζ,η,θ(k),ι 21
   1.5 動物ウイルスのDNAポリメラーゼ 22
   1.5.1 アデノウイルスDNAポリメラーゼ 22
   1.5.2 ほかのウイルスのDNAポリメラーゼ 23
   1.6 テロメラーゼ 24
   1.7 逆転写酵素 26
   1.7.1 レトロウイルスの逆転写酵素 26
   1.7.2 真核細胞におけるほかの逆転写酵素 28
   1.7.3 原核細胞の逆転写酵素 29
   1.8 末端デオキシリボヌクレオチジルトランスフェラーゼ 30
   1.8.1 末端転移酵素の特性 30
   1.8.2 末端転移酵素の応用 30
   1.9 各種DNAポリメラーゼの構造科学的共通性 31
2. RNAポリメラーゼと関連酵素
   2.1 RNAポリメラーゼとは 33
   2.2 細菌のRNAポリメラーゼ 33
   2.2.1 大腸菌RNAポリメラーゼ 34
   2.2.2 枯草菌RNAポリメラーゼ 39
   2.3 ファージのRNAポリメラーゼ 40
   2.4 真核生物のRNAポリメラーゼ 42
   2.4.1 RNAポリメラーゼ I 43
   2.4.2 RNAポリメラーゼ II 45
   2.4.3 RNAポリメラーゼ III 48
   2.4.4 細胞小器官のRNAポリメラーゼ 50
   2.5 プラマーRNAポリメラーゼ（プライマーゼ） 51
   2.6 RNAレプリカーゼ 52
   2.7 ポリ A ポリメラーゼ 55
   2.8 tRNAヌクレジルトランスフェラーゼ 56
   2.9 ポリヌクレオチドホスホリラーゼ 57
3. リガーゼ
   3.1 リガーゼとは 59
   3.2 DNAリガーゼ 59
   3.2.1 細菌およびファージのDNAリガーゼ 60
   3.2.2 真核生物およびウイルスのDNAリガーゼ 64
   3.3 RNAリガーゼ 67
   3.3.1 T4RNAリガーゼ 67
   3.3.2 酵母のRNAリガーゼ 68
   3.3.3 動物細胞のRNAリガーゼ 69
   3.4 各種リガーゼの活性部位の構造的・反応機構的共通性 70
4. 核酸分解・切断酵素と関連酵素
   4.1 部位非特異的デオキシリボヌクレーゼ 72
   4.1.1 5'-リン酸基生成型エキソデオキシリボヌクレアーゼ 72
   4.1.2 5'-リン酸基生成型エンドデオキシリボヌクレアーゼ 78
   4.1.3 3'-リン酸基生成型エンドデオキシリボヌクレアーゼ 83
   4.2 制限酵素 83
   4.2.1 制限修飾系と制限酵素の発見 83
   4.2.2 制限酵素の種類と特異性 84
   4.3 遺伝的組換えあるいは転移などにかかる部位特異的エンドデオキシリボヌクレアーゼ 93
   4.3.1 大腸菌RecBCDヌクレアーゼ 93
   4.3.2 ホーミングエンドヌクレアーゼ 96
   4.3.3 Tn3トランスポゼース 105
   4.3.4 Muファージのトランスポゼース 107
   4.3.5 レトロウイルスのエンドヌクレアーゼ 108
   4.3.6 大腸菌ファージλターミナーゼ 109
   4.4 損傷あるいは不正塩基対合部位特性的エンドデオキシリボヌクレアーゼ 109
   4.4.1 細菌およびファージの酵素 110
   4.4.2 真核生物由来のUVエンドヌクレアーゼ 112
   4.4.3 不正対号修復酵素系 112
   4.5 APエンドヌクレアーゼ 114
   4.5.1 細菌およびファージのAPエンドヌクレアーゼ 115
   4.5.2 真核細胞および他のAPエンドヌクレアーゼ 118
   4.6 リボヌクレアーゼとリボザイム 119
   4.6.1 エキソリボヌクレアーゼ 119
   4.6.2 エンドリボヌクレアーゼ 121
   4.6.3 リボザイム 128
   4.7 ヌクレアーゼおよび関連酵素 131
   4.7.1 一本鎖核酸に特異性を示すヌクレアーゼ 131
   4.7.2 一本鎖核酸と二本鎖核酸の両方を分解するヌクレアーゼ 135
   4.7.3 ホスホジエステラーゼ 136
5. DNAトポイソメラーゼと関連酵素
   5.1 DNAトポイソマー 139
   5.1.1 超らせんDNA 139
   5.1.2 連環状DNAおよび結び目環状DNA 141
   5.2 DNAトポイソメラーゼの種類と特性 142
   5.2.1 I型DNAトポイソメラーゼ 142
   5.2.2 II型DNAトポイソメラーゼ 147
   5.3 DNAトポイソメラーゼの生理・生物学的機能 154
   5.3.1 複製におけるトポイソメラーゼ 154
   5.3.2 転写におけるトポイソメラーゼ 155
   5.3.3 組換えとゲノム安定性におけるトポイソメラーゼ 157
   5.3.4 染色体構造の構築，染色体凝集と有糸分裂，染色体分配におけるトポイソメラーゼ 158
   5.3.5 トポイソメラーゼの期待される新奇な機能 158
   5.4 DNAトポイソメラーゼに関連する酵素 160
   5.4.1 λインテグラーゼ 160
   5.4.2 Tn3リゾルベース 162
   5.4.3 大腸菌一本鎖DNAファージ複製開始・終結タンパク質 163
   5.4.4 サルモネラ菌のHinタンパク質（インベルターゼ） 165
   5.4.5 大腸菌MuファージのGinタンパク質（インベルターゼ） 166
   5.4.6 S. cereviviae 2μプラスミドのFLP組換え酵素（フリッパーゼ） 167
6. ヘリカーゼ
   6.1 六量体型DNAヘリカーゼ 171
   6.1.1 大腸菌DnaB 172
   6.1.2 大腸菌RuvB 172
   6.1.3 T7遺伝子4産物 175
   6.1.4 T4遺伝子41産物 175
   6.1.5 SV40T抗原 175
   6.2 非六量体型および他のDNAヘリカーゼ瑠衣 176
   6.2.1 大腸菌UvrD（ヘリカーゼII），UvrA2B 176
   6.2.2 DEXXボックス型DNAヘリカーゼ 177
   6.2.3 大腸菌PriA 178
   6.2.4 大腸菌RecBCD 179
   6.2.5 大腸菌RecQおよびその類縁酵素 179
   6.2.6 大腸菌TraI（ヘリカーゼI） 181
   6.2.7 HeLaヘリカーゼ 181
   6.2.8 HSV1の複製起点結合タンパク質（UL9）およびHSV1ヘリカーゼ／プライマーゼ 181
   6.3 （DNA－RNA＋RNA）ヘリカーゼ 182
   6.4 RNAヘリカーゼ 182
   6.4.1 真核生物細胞質eIF-4A（DEADボックス型） 183
   6.4.2 ヒト細胞核内タンパク質p68（DEADボックス型） 185
   6.4.3 大腸菌RhlB（DEADボックス型） 185
   6.4.4 RNAヘリカーゼCI（DEXHボックス型） 185
   6.4.5 RNAヘリカーゼ活性が予想されるタンパク質 186
7. メチラーゼ
   7.1 DNAメチラーゼ 187
   7.1.1 原核生物（細菌）のDNAメチラーゼ 189
   7.1.2 真核生物（細菌）のDNAメチラーゼ 191
   7.2 DNAメチラーゼおよびmRNAキャップ生合成酵素 196
   7.2.1 tRNA（rRNA）メチラーゼ 196
   7.2.2 mRNAのキャップ構造の生合成にかかわる酵素系 198
8. その他の核酸関連酵素類
   8.1 アミノアシルtRNA合成酵素 204
   8.2 tRNA-グアニントランスグリコシラーゼ 206
   8.3 光回復酵素 208
   8.4 DNAグリコシラーゼとDNA塩基挿入酵素 209
   8.4.1 DNAグリコシラーゼ 209
   8.4.2 DNA塩基挿入酵素 210
   8.5 ポリヌクレオチドキナーゼとホスファターゼ 211
   8.5.1 ポリヌクレオチドキナーゼ 211
   8.5.2 ホスファターゼ 211
参考文献 213
索引 215
序章
1. DNAポリメラーゼと関連酵素
   1.1 DNAポリメラーゼとは 7
3.

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3. 電気泳動なるほどQ&A : 今さら聞けない基礎知識+原理を学んでトラブル解決!
大藤道衛編集
出版情報: 東京 : 羊土社, 2005.1  249p ; 26cm
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4.

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4. 核酸医薬の最前線
和田猛監修
出版情報: 東京 : シーエムシー出版, 2009.2  vi, 254p ; 27cm
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第1章　核酸医薬の開発編
   1.　核酸医薬の分子設計
   　1.1　セントラルドグマに学ぶセントラルドグマの制御方法(三好大輔、杉本直己) 1
   　　1.1.1　はじめに 1
   　　1.1.2　核酸の構造形成に重要な駆動力 2
   　　1.1.3　最近接塩基対モデルを使った核酸構造の安定性予測 4
   　　1.1.4　細胞内環境における核酸の分子設計 5
   　　1.1.5　核酸医薬の合理的な分子設計 7
   　　1.1.6　高機能で多機能な核酸医薬の開発に向けて 11
   　1.2　核酸アナログとsiRNAの配列設計(加藤敬行、宮内健常、鈴木　勉) 14
   　　1.2.1　はじめに 14
   　　1.2.2　核酸アナログの利用 14
   　　1.2.3　siRNAの配列設計方法 17
   　1.3　人工核酸シャペロンの設計とナノバイオテクノロジーへの展開(丸山　厚) 26
   　　1.3.1　はじめに 26
   　　1.3.2　核酸シャペロン活性を有する高分子材料の設計 26
   　　1.3.3　カチオン性くし型共重合体のシャペロン活性 28
   　　1.3.4　より高い活性を持つシャペロン高分子の合理設計 31
   　　1.3.5　共重合体の核酸解析への応用 32
   　　1.3.6　共重合体を利用した核酸ナノマシーンの迅速化 33
   　　1.3.7　おわりに 36
   2.　RNAサイレンシング経路の作用メカニズム(泊　幸秀) 38
   　2.1　はじめに 38
   　2.2　Argonaute 38
   　2.3　siRNA経路 39
   　　2.3.1　生合成 39
   　　2.3.2　RISCの形成 39
   　　2.3.3　RISCの働き 41
   　2.4　miRNA経路 41
   　　2.4.1　miRNAの生合成 41
   　　2.4.2　miRNA-RISCの形成 42
   　　2.4.3　miRNA-RISCの働き 43
   　2.5　RISCの標的mRNA認識 43
   3.　核酸医薬の化学合成法
   　3.1　長鎖RNAの化学合成(大木忠明、矢野純一) 47
   　　3.1.1　はじめに 47
   　　3.1.2　CEM法を用いたRNA合成例 50
   　3.2　糖部架橋型核酸医薬の合成とその性質(小比賀　聡、今西　武) 55
   　　3.2.1　はじめに 55
   　　3.2.2　核酸の糖部架橋化のねらい 56
   　　3.2.3　糖部をN型に固定したBNAの合成と性質 58
   　　3.2.4　糖部をS型に固定したBNAの合成と性質 61
   　　3.2.5　おわりに 64
   　3.3　リン原子修飾核酸の化学的創製(和田　猛) 67
   　　3.3.1　はじめに 67
   　　3.3.2　オキサザホスホリジン法によるホスホロチオエートDNAの立体選択的合成 69
   　　3.3.3　オキサザホスホリジン法によるボラノホスフェートDNAの立体選択的合成 70
   　　3.3.4　オキサザホスホリジン法によるホスホロチオエートRNAの立体選択的合成 71
   　　3.3.5　オキサザホスホリジン法によるH-ホスホネートDNAの立体選択的合成 73
   　　3.3.6　今後の展望 74
   4.　核酸医薬のDDS技術 76
   　4.1　体内動態・細胞内動態・核内動態制御を可能とする核酸送達システムの開発(紙谷浩之、原島秀吉) 76
   　　4.1.1　序論　 76
   　　4.1.2　体内動態制御 77
   　　4.1.3　細胞内動態制御 78
   　　4.1.4　核内動態制御 80
   　　4.1.5　結語 83
   　4.2　核酸医薬のDDS開発－核酸複合型β-グルカンによる免疫細胞特異的DDSと免疫制御(小山芳一) 85
   　　4.2.1　βグルカンとシゾフィラン(SPG) 86
   　　4.2.2　核酸のSPGによる複合化と核酸分解酵素からの保護作用 87
   　　4.2.3　βグルカンのパターン認識受容体:Dectin-1 88
   　　4.2.4　ASODN/SPG複合体のin vitroおよびin vivo安定性 88
   　　4.2.5　ASODN/SPG複合体による炎症実験モデル動物における評価 89
   　　4.2.6　おわりに 89
   　4.3　核酸医薬封入PLGAナノ粒子の調製とそのDDS製剤、医療デバイスへの応用(辻本広行) 92
   　　4.3.1　はじめに 92
   　　4.3.2　PLGAナノ粒子の調製とDDS実用のためのナノコンポジット化 92
   　　4.3.3　PLGA粒子を基盤キャリアとした応用技術 97
   　　4.3.4　PLGA粒子を用いたナノメディシンの開発 100
   　　4.3.5　おわりに 105
   5.　ヒトゲノム解析とバイオインフォマティックス(鈴木　穣) 109
   　5.1　要旨 109
   　5.2　はじめに 109
   　5.3　ゲノム配列決定と遺伝子予測 110
   　5.4　完全長cDNA計画とゲノムアノテーション 111
   　5.5　発現解析 114
   　5.6　新しいクラスの転写産物(ノンコーディングRNA・選択的スプライシング・選択的プロモーター) 115
   　　5.6.1　ノンコーディングRNA 116
   　　5.6.2　選択的スプライシング 116
   　　5.6.3　転写開始点データと選択的プロモーター 117
   　　5.6.4　ポストゲノム時代の問題提起へ 118
   　5.7　次世代シークエンサーを用いたゲノム解析 119
   　　5.7.1　個人ゲノム配列から個別ガンの配列決定 119
   　　5.7.2　アセンブルへの試み 120
   　　5.7.3　cDNA解析と発現解析への応用 120
   　5.8　おわりに 121
第2章　核酸の機能性
   1.　アンチセンス核酸法(山吉麻子、村上　章) 124
   　1.1　緒言　歴史から現状へ 124
   　1.2　アンチセンス核酸の開発 126
   　　1.2.1　化学構造　 127
   　　1.2.2　アンチセンス核酸法の作用機構 129
   　　1.2.3　アンチセンス研究の配列デザイン 130
   　　1.2.4　ドラッグデリバリー 131
   　1.3　アンチセンス核酸法の応用と現状 132
   　1.4　おわりに 134
   2.　RNA
   　2.1　RNAサイレンシング機構とretrotransposon発現抑制(河村佳紀、塩見美喜子) 137
   　　2.1.1　はじめに 137
   　　2.1.2　RNAi 137
   　　2.1.3　マウスpiRNAによるretrotransposon発現抑制 139
   　　2.1.4　ショウジョウバエpiRNAによるretrotransposon発現抑制 140
   　　2.1.5　マウス内在性siRNAによるretrotransposon発現抑制 142
   　　2.1.6　ショウジョウバエ内在性siRNAによるretrotransposon発現抑制 143
   　　2.1.7　おわりに 144
   　2.2　RNAi医薬とRNAi療法(鈴木正則) 146
   　　2.2.1　はじめに 146
   　　2.2.2　核酸医薬としてのsiRNAの特徴 146
   　　2.2.3　RNAi医薬の開発とRNAi療法の現状 148
   　　2.2.4　ncRNA医薬 153
   　　2.2.5　克服すべき課題 155
   　　2.2.6　おわりに 158
   3.　アプタマー(藤原将寿、宮川　伸、西山道久、中村義一) 162
   　3.1　はじめに 162
   　3.2　アプタマーの取得方法 162
   　3.3　ターゲット分子検出系への応用 163
   　3.4　アフィニティクロマトグラフィへの応用 164
   　3.5　医薬品への応用 165
   　　3.5.1　医薬品としてのアプタマーの改変と薬物体内動態 165
   　　3.5.2　アプタマー医薬品の開発の現状 166
   　　3.5.3　考慮すべき副作用 172
   　　3.5.4　DDSへの応用 173
   　3.6　おわりに 174
   4.　RNA医薬としてのリボザイムの現状と展望(井川善也) 176
   　4.1　はじめに 176
   　4.2　Smallリボザイムの構造 176
   　4.3　抗HIV-1治療薬としてのsmallリボザイム－HIVのライフサイクル 177
   　4.4　ウィルスRNAを標的とした抗HIVリボザイム 178
   　4.5　ホスト細胞の因子を標的とした抗HIVリボザイム 180
   　4.6　siRNAとの比較 181
   　4.7　抗HIV-RNAを用いたHAARTの可能性 181
   　4.8　アロステリック・リボザイム 182
   　4.9　Largeリボザイムの医薬応用 182
   　4.10　グループIイントロンを用いた遺伝子治療 183
   　4.11　グループIIイントロンを用いた遺伝子治療 184
   　4.12　リボヌクレアーゼPの創薬応用 184
   　4.13　おわりに 185
第3章　応用(使用例)
   1.　アトピー性皮膚炎(中野創、玉井克人) 187
   　1.1　アトピー性皮膚炎とは 187
   　1.2　病態生理 187
   　1.3　治療とその問題点　 189
   　1.4　オリゴヌクレオチドを用いたデコイ療法 190
   　　1.4.1　概念 190
   　　1.4.2　ADモデルマウスを用いたNDON軟膏外用療法 191
   　　1.4.3　重症ADを対象としたNDON軟膏臨床試験 192
   　　1.4.4　ADに対するNDON軟膏療法の第I相および第II相臨床試験 193
   　1.5　まとめ 194
   2.　眼科疾患(小畑亮、玉置泰裕) 196
   　2.1　はじめに 196
   　2.2　加齢黄斑変性および脈絡膜新生血管に対する薬物治療の開発 197
   　2.3　抗VEGF薬の登場とVEGFアプタマー 199
   　　2.3.1　VEGFなどの血管新生関連因子の研究の進展 199
   　　2.3.2　VEGFアプタマー 201
   　2.4　加齢黄斑変性および脈絡膜新生血管に対するsiRNA薬の開発　 202
   3.　核酸医薬の血管疾患治療への応用(三宅隆、森下竜一) 207
   　3.1　要旨 207
   　3.2　はじめに 207
   　3.3　血行再建後の再狭窄予防 208
   　　3.3.1　細胞周期をコントロールするアンチセンス法 208
   　　3.3.2　増殖因子を抑制するアプタマー法 209
   　　3.3.3　デコイ療法 209
   　3.4　核酸医薬による動脈瘤治療 212
   　　3.4.1　NFκB・etsの動脈瘤への関与 212
   　　3.4.2　キメラデコイの動脈瘤治療効果 213
   　3.5　今後の核酸医薬を用いた治療法 215
   4.　核酸医薬による腎疾患の遺伝子治療(冨田奈留也、森下竜一) 217
   　4.1　はじめに 217
   　4.2　腎臓への遺伝子導入方法 218
   　　4.2.1　ウイルスベクター 218
   　　4.2.2　リポソーム法 219
   　　4.2.3　HVJ-リポソーム法 29
   　　4.2.4　メサンギウムベクター法 220
   　　4.2.5　エレクトロポレーション法 221
   　　4.2.6　超音波導入方法 221
   　4.3　腎疾患モデル動物におけるデコイ核酸医薬による治療 222
   　　4.3.1　メサンギウム細胞増殖性腎炎モデル 222
   　　4.3.2　半月体形成を伴う腎炎モデル 223
   　　4.3.3　腎移植後拒絶反応の軽減 225
   　4.4　改良型デコイとしてのリボン型デコイ 225
   　4.5　おわりに 226
第4章　核酸医薬品の安全性評価(小澤健夫)
   1.　はじめに 229
   2.　siRNA医薬品 230
   　2.1　RNAiの分子機構 230
   　2.2　RNAiによる遺伝子発現抑制 230
   　2.3　siRNAの配列選択 231
   　2.4　医薬品としてのsiRNA 232
   　2.5　siRNAの化学修飾およびデリバリーシステム(DDS:Drug Delivery System) 232
   　2.6　siRNAの安全性 233
   　2.7　siRNAの合成コスト 233
   　2.8　siRNAの特許 234
   3.　その他の核酸医薬品 234
   　3.1　アンチセンス医薬品 234
   　　3.1.1　アンチセンス医薬品の遺伝子発現抑制 234
   　　3.1.2　アンチセンス医薬品の臨床応用 235
   　　3.1.3　アンチセンス医薬品の投与方法 235
   　　3.1.4　Genasense(R)(一般名:oblimersen sodium)の開発 235
   　3.2　アプタマー医薬品 236
   　　3.2.1　アプタマー医薬品の分子機能 236
   　　3.2.2　Macugen(R)(一般名:pegaptanib sodium)の非臨床安全性試験 236
   　3.3　リボザイム医薬品 237
   　　3.3.1　リボザイムの分子機能 237
   　3.4　デコイオリゴ医薬品 237
   4.　核酸医薬の研究開発動向 238
   　4.1　siRNA医薬品 238
   　　4.1.1　開発状況 238
   　　4.1.2　日本における開発状況 238
   　4.2　アンチセンス医薬品 239
   　4.3　アプタマー医薬品 239
   　4.4　リボザイム医薬品 240
   　4.5　デコイオリゴ医薬品 240
   5.　核酸医薬品開発における薬事規制から見た品質・安全性面の課題 240
   6.　核酸医薬品への期待 242
第5章　医薬品開発の新たなトレンド(核酸医薬の動向)(清末芳生、ポストゲノム医薬品開発調査ワーキンググループ)
   1.　はじめに 245
   2.　核酸医薬開発の動向 246
   3.　アンチセンス医薬 246
   4.　RNAi医薬 248
   5.　miRNA医薬 250
   6.　アプタマー医薬 251
   7.　デコイ医薬 253
   8.　リボザイム医薬 253
第1章　核酸医薬の開発編
   1.　核酸医薬の分子設計
   　1.1　セントラルドグマに学ぶセントラルドグマの制御方法(三好大輔、杉本直己) 1
5.

図書

東工大
目次DB
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東工大
目次DB
5. 核酸・遺伝子実験 (1: 基礎編 ; 2: 応用編)
日本生化学会編
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 2000.11-2001.1  2冊 ; 26cm
シリーズ名: 基礎生化学実験法 / 日本生化学会編 ; 第4巻
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
第1章 DNAの分離と精製 1
   1･1 DNAの取扱い 田村隆明 1
   1･2 DNAの精製 青木務,田村隆明 4
   　1･2･1 タンパク質の除去 4
   　1･2･2 低分子の除去・脱塩 7
   　　A. 陰イオン交換樹脂を用いた低分子の除去
   　　B. ゲルろ過による低分子の除去・脱塩
   　1･2･3 RNAの除去 9
   　　A. 塩化リチウムによるRNAの除去
   　　B. RNase AによるRNAの除去
   　　C. 塩化セシウム密度勾配遠心法
   1･3 DNAの濃縮 小西慶幸,田村隆明 12
   　A. エタノール沈殿法
   　B. イソプロパノール沈殿法
   　C. プタノール濃縮法
   　D. ポリエチレングリコール(PEG)沈殿法
   1･4 DNAの電気泳動 田村隆明 17
   　1･4･1 DNAのサイズで分離する電気泳動 17
   　　A. アガロースゲル電気泳動
   　　B. ポリアクリルアミドゲル電気泳動
   　　C. ゲルからのDNA回収法
   　　D. パルスフィールドゲル電気泳動
   　1･4･2 DNA高次構造を解析する電気泳動 23
   　　A. メチル化DNAの解析
   　　B. 超らせんの解析
   　　C. 複製フォークの解析
   1･5 DNAの検出と定量 高橋由明,木南凌 28
   　1･5･1 分光法 28
   　1･5･2 染色法 28
第2章 ゲノムDNAの分離と精製 33
   2･1 真核細胞のゲノムDNA 33
   　2･1･1 動物ゲノムDNAの調製 高橋由明,木南凌 34
   　2･1･2 植物ゲノムDNAの調製 上口智治 37
   　2･1･3 線虫ゲノムDNAの調製 高橋由明,木南凌 39
   　2･1･4 酵母ゲノムDNAの調製 高橋由明,木南凌 42
   　2･1･5 細胞小器官DNAの調製 高橋由明,木南凌 46
   2･2 原核細胞のゲノムDNA 上口智治 50
   2･3 ウイルスのゲノムDNA 斎藤泉,高橋由明,木南凌 51
   　2･3･1 アデノウイルスDNA 51
   　2･3･2 ワクシニアウイルスDNA 54
第3章 RNAの分離と精製 横川隆志,西川一八 57
   3･1 RNAの取扱い一般に関する注意 57
   3･2 RNAの分離 59
   　3･2･1 RNAの分離一般 59
   　　A. 酸性フェノール法
   　　B. グアニジンチオシアネート法
   　　C. RNA抽出キット
   　3･2･2各種RNAの分離 61
   　　A. mRNA
   　　B. rRNA
   　　C. tRNA
   　　D. その他の低分子RNA
   　　E. 組織特異的なRNA
   3･3 RNAの精製 64
   　3･3･1 タンパク質の除去 64
   　3･3･2 脱塩と簡易精製 66
   　　A. DEAEセルロースカラムクロマトグラフィー
   　　B. ゲルろ過カラムクロマトグラフィー
   　3･3･3 塩基特異的RNAの精製 69
   　　A. mRNA(ポリ(A)RNA)の濃縮
   　　B. 固相化プローブ法
   3･4 RNAの濃縮 72
   　A. アルコール沈殿法
   　B. 透析
   3･5 RNAの電気泳動 75
   　A. ポリアクリルアミドゲル電気泳動
   　B. アガロースゲル電気泳動
   　C. ゲルからのRNA回収法
   3･6 RNAの検出と定量 81
   3･7 in vitro転写系を用いたRNAの大量調製 84
   　3･7･1 T7 RNAポリメラーゼによる転写のための鋳型の調整法 85
   　3･7･2 転写用酵素の調製 88
   　3･7･3 転写反応 90
第4章 プラスミドDNAの調製 升方久夫 93
   4･1 プラスミドの基礎知識 93
   4･2 大腸菌へのプラスミドの導入 98
   　A. DMSO法
   　B. エレクトロボレーション法
   　C. プラスミド保持菌の培養と保存
   4･3 大腸菌プラスミドDNAの調製 102
第5章 ファージの調製とDNAの抽出 升方久夫 109
   5･1 ファージの基礎知識 109
   5･2 λファージの調製 112
   5･3 λファージの濃縮 114
   5･4 λファージの精製 115
   5･5 λファージDNAの抽出 116
第6章 核酸の検出と定量 119
   6･1 ヌクレオチド,ヌクレオシドの検出および定量 鈴木勉 120
   　6･1･1 吸光光度計による定量 120
   　6･1･2 薄層クロマトグラフィー 122
   　6･1･3 高速液体クロマトグラフィー法 125
   6･2 ゲノムのGC含量の推定 横田明 128
   　A. 超遠心法
   　B. 融解温度法
   　C. 高速液体クロマトグラフィー法
第7章 遺伝子操作のための各種酵素の利用法 青山卓史 133
   7･1 制限酵素 134
   7･2 DNA合成酵素 137
   　A. T4 DNAポリメラーゼおよびクレノウ酵素
   　B. 耐熱菌由来DNAポリメラーゼ
   　C. 逆転写酵素
   　D. ターミナルデオキシヌクレオチジルトランスフェラーゼ
   7･3 DNA分解酵素 142
   　A. エキソヌクレアーゼ
   　B. エンドヌクレアーゼ
   7･4 DNAリガーゼ 144
   7･5 ポリヌクレオチドキナーゼおよびアルカリホスファターゼ 145
第8章 DNA塩基配列の解析 149
   8･1 DNA塩基配列決定の戦略 笠原康裕,小笠原直毅 149
   　8･1･1 ショットガン法 149
   　8･1･2 デリーションミュータント法 154
   　8･1･3 プライマーウォーキング法 156
   8･2 DNA塩基配列決定法 笠原康裕,小笠原直毅 157
   　A. ジデオキシ法
   　B. マクサム・ギルバート法
   　C. シークエンスゲルの作製法と泳動条件
   8･3 自動シークエンサー 森浩禎,北川正成,荒武 163
   8･4 コンピューターによるゲノムデータの解析 森浩禎,北川正成,荒武 166
第9章 RNA塩基配列の解析 175
   9･1 逆転写酵素を用いたRNAの塩基配列決定法(ジデオキシ法) 菊池洋 175
   9･2 RNAの標識法と末端構造の解析 菊池洋 177
   9･3 ドニス・ケラー法によるRNAの塩基配列解析 菊池洋 182
   9･4 ホルムアミド分解法によるRNAの塩基配列解析 菊池洋 186
   9･5 RNAの二次構造の解析 菊池洋,大槻高史 190
   　A. コンピューターによるRNAの二次構造解析
   　B. 酵素による二次構造マッピング
   　C. 化学試薬による二次構造マッピング
第10章 核酸の化学合成法 関根光雄 197
   10･1 DNAの化学合成 197
   　10･1･1 DNA合成の原理 197
   　10･1･2 DNA合成の実際 200
   　10･1･3 自動合成機の利用 206
   　10･1･4 合成DNAの外注 206
   10･2 RNAの化学合成 207
   　10･2･1 RNA合成の原理 207
   　10･2･2 RNA合成の実際 209
索引 213
第1章 ハイブリダイゼーションによるゲノムとDNAとRNAの解析法 1
   1.1 サザンハイブリダイゼーション 横堀 伸一 1
   1.2 ノーザンハイブリダイゼーション 横堀 伸一 13
   1.3 プラーク/コロニーハイブリダイゼーション 横堀 伸一 16
   1.4 蛍光 in situハイブリダイゼーション(FISH) 志賀 靖弘 21
   1.5 プローブの標識と選択 横堀 伸一 26
第2章 ライブラリーの作製とクローニング 野島 博 31
   2.1 cDNAライブラリーの作製 31
   2.2 ゲノムライブラリーの作製 44
   2.3 スクリーニング 49
   2.4 サブクローニング 58
第3章 PCRの活用法 久木田洋児, 林 健志 65
   3.1 PCRの原理 65
   3.2 PCRのための準備 67
   3.3 PCRの基本手順 69
   3.4 応用的PCR TAクローニング/RT-PCR法/RACE法/degenerate-PCR法/PCR-SSCP法 71
第4章 遺伝子機能解析のアラカルト 83
   4.1 遺伝子とタンパク質の相互作用 83
   　4.1.1 タンパク質-核酸結合実験に用いる材料の調製法 今川 正良 84
   　4.1.2 ゲルシフト法 今川 正良 92
   　4.1.3 フットプリント法 今川 正良 96
   　4.1.4 UVによる架橋法 平尾 一郎 102
   4.2 転写開始点などの解析 酒井 正春 104
   　4.2.1 S1マッピング法 105
   　4.2.2 RNasaプロテクション(マッピング)法 109
   　4.2.3 プライマー伸長法 111
   4.3 プロモーターアッセイ 今川 正良 114
   4.4 遺伝子への人工変異の導入 平尾 一郎 118
   4.5 ディファレンシャルディスプレー法による遺伝子検索 田口 精一 125
   4.6 DNAチップによるゲノムの総合解析 田口 精一 129
   4.7 リポザイムやアンチセンスRNAの利用 黒崎直子, 田村 裕, 高久 洋 133
第5章 遺伝子導入による遺伝子機能解析 139
   5.1 細胞への遺伝子導入と解析 中平健祐,岩崎靖乃 139
   　5.1.1 トランスフェクション法の種類とその選択 139
   　5.1.2 トランスフェクション法の実際 リン酸カルシウム法/リポフェクション法 143
   5.2 トランスジェニックマウスの作製 鹿川 哲史 149
   5.3 遺伝子破壊-ノックアウトマウスの作製 三宝 誠, 三宝千秋, 八木 健 157
   5.4 レトロウイルスを用いた遺伝子導入 池中 一裕 192
索引 197
第1章 DNAの分離と精製 1
   1･1 DNAの取扱い 田村隆明 1
   1･2 DNAの精製 青木務,田村隆明 4
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