| 序文 iii |
| 1章 微生物と微生物学 1 |
| 1.1 微生物学と人間 2 |
| 1.2 細胞としての微生物 4 |
| 1.3 細胞の要素とウイルスの構造 6 |
| 1.4 生物間の進化的関係 8 |
| 1.5 微生物集団、共同体、および生態系 11 |
| 1.6 研究室における微生物の培養 12 |
| 1.7 微生物が人類の営みに果たす重要性 14 |
| 1.8 微生物学の歴史的ルーツ : van Leeuwenhoek、Pasteur、そしてKoch 17 |
| 1.9 20世紀への変遷 24 |
| 2章 生体高分子 29 |
| 2.1 強い結合と弱い結合 30 |
| 2.2 生体高分子の概要と生命の溶媒としての水 33 |
| 2.3 多糖類 34 |
| 2.4 脂質 36 |
| 2.5 核酸 37 |
| 2.6 アミノ酸 40 |
| 2.7 タンパク質 : ペプチド結合、一次構造、および二次構造 43 |
| 2.8 タンパク質 : 高次構造と変性 45 |
| 3章 細胞生物学 49 |
| 3.1 光学顕微鏡の使い方 51 |
| 3.2 三次元イメージ : 干渉コントラスト、原子間力、共焦点レーザー走査顕微鏡 55 |
| 3.3 電子顕微鏡 56 |
| 3.4 細胞構造の概観と小さいことの重要性 58 |
| 3.5 細胞膜の構造 61 |
| 3.6 細胞膜の機能 64 |
| 3.7 原核生物の細胞壁 : ペプチドグリカンと関連分子 70 |
| 3.8 グラム陰性菌の外膜 74 |
| 3.9 細胞壁合成と細胞分裂 77 |
| 3.10 原核生物におけるDNAの配置 78 |
| 3.11 鞭毛（Flagella）と運動性 80 |
| 3.12 細菌の行動 : 化学走性、光走性と他の走性 83 |
| 3.13 細菌の細胞表面構造と細胞含有物 86 |
| 3.14 ガス胞（Gas vesicle） 90 |
| 3.15 内性胞子（Endospores） 92 |
| 3.16 真核微生物の核と細胞小器官 96 |
| 3.17 原核細胞と真核細胞の比較 101 |
| 4章 栄養と代謝 103 |
| 4.1 代謝の概観 104 |
| 4.2 微生物の栄養 105 |
| 4.3 培地 107 |
| 4.4 エネルギー論 109 |
| 4.5 触媒作用と酵素 111 |
| 4.6 酸化還元 113 |
| 4.7 電子伝達体 116 |
| 4.8 高エネルギー化合物とエネルギー保存 117 |
| 4.9 発酵 : エムデンーマイヤーホフ経路（解糖） 118 |
| 4.10 呼吸と電子伝達 122 |
| 4.11 電子伝達からのエネルギー保存 124 |
| 4.12 炭素の流れ : クエン酸回路 127 |
| 4.13 好気呼吸とエネルギー保存のバランスシート 129 |
| 4.14 エネルギー産生の代替様式の概観 130 |
| 4.15 高分子構成単位の生合成 131 |
| 5章 微生物の増殖 137 |
| 5.1 細胞増殖の概要 138 |
| 5.2 個体群の増殖 139 |
| 5.3 個体群の増殖サイクル 141 |
| 5.4 増殖の測定 143 |
| 5.5 連続培養 : ケモスタット（恒成分培養槽） 147 |
| 5.6 環境が増殖に与える影響 149 |
| 5.7 温度が増殖に与える影響 149 |
| 5.8 低温での微生物の増殖 150 |
| 5.9 高温での微生物の増殖 153 |
| 5.10 低pHや高pHでの微生物の増殖 156 |
| 5.11 微生物の増殖における浸透圧の影響 157 |
| 5.12 微生物の増殖における因子としての酸素 160 |
| 6章 微生物の分子生物学 165 |
| 6.1 高分子と遺伝情報 167 |
| 6.2 DNAの構造 : 二重らせん 169 |
| 6.3 DNAの構造 : スーパーコイル 179 |
| 6.4 遺伝因子 181 |
| 6.5 DNAの制限と修飾 184 |
| 6.6 DNAの複製 186 |
| 6.7 転写 : 細菌における基本過程 193 |
| 6.8 転写 : 他の形式と阻害 197 |
| 6.9 RNAプロセシングとリボザイム 199 |
| 6.10 遺伝暗号 201 |
| 6.11 tRNA 203 |
| 6.12 翻訳 : タンパク質合成の過程 206 |
| 6.13 翻訳 : 例外とエラー 210 |
| 7章 遺伝子発現の制御 215 |
| 7.1 酵素活性の制御 216 |
| 7.2 転写の制御 : 誘導と抑制 220 |
| 7.3 転写の制御 : 正の調節 223 |
| 7.4 DNA結合タンパク質 224 |
| 7.5 減衰 227 |
| 7.6 包括的調節 229 |
| 7.7 情報伝達と二成分制御システム 232 |
| 7.8 原核生物と真核生物の遺伝子発現の比較 236 |
| 8章 ウイルス239 |
| 8.1 ウイルスの一般的な特性 240 |
| 8.2 ビリオンの特徴 241 |
| 8.3 ウイルスの宿主 245 |
| 8.4 ウイルスの定量化 245 |
| 8.5 ウイルスの繁殖における一般的な特徴 247 |
| 8.6 ウイルスの増殖過程 249 |
| 8.7 細菌ウイルスの概要 253 |
| 8.8 RNAバクテリオファージ 254 |
| 8.9 1本鎖の正20面体DNAバクテリオファージ 255 |
| 8.10 1本鎖の糸状DNAバクテリオファージ 257 |
| 8.11 2本鎖DNAバクテリオファージ : 溶菌ウイルス 258 |
| 8.12 テンペレートファージ（溶原バクテリオファージ） : 溶原性およびラムダファージ 262 |
| 8.13 転位性のファージ : バクテリオファージミュー 268 |
| 8.14 動物ウイルスの概要 270 |
| 8.15 正鎖RNAをもつ動物ウイルス 273 |
| 8.16 負鎖RNAをもつウイルス 275 |
| 8.17 2本鎖RNAのウイルス : レオウイルス 278 |
| 8.18 動物のDNAウイルスの複製 279 |
| 8.19 へルペスウイルス 281 |
| 8.20 ボックスウイルス 282 |
| 8.21 アデノウイルス 283 |
| 8.22 レトロウイルス 284 |
| 8.23 ウィロイドとプリオン 290 |
| 9章 微生物遺伝学 293 |
| 9.1 突然変異と突然変異株 295 |
| 9.2 突然変異の分子機構 298 |
| 9.3 変異原物質 301 |
| 9.4 突然変異誘発と発癌性 : エイムス試験 304 |
| 9.5 遺伝的組換え 305 |
| 9.6 遺伝的形質転換 309 |
| 9.7 形質導入 314 |
| 9.8 プラスミド 317 |
| 9.9 接合と染色体移動 322 |
| 9.10 トランスポゾンと挿入配列 327 |
| 9.11 大腸菌の染色体 332 |
| 9.12 原核生物の比較ゲノム学 336 |
| 9.13 真核微生物の遺伝学 339 |
| 9.14 酵母の遺伝学 340 |
| 10章 遺伝子工学とバイオテクノロジー 347 |
| 10.1 分子クローニング 349 |
| 10.2 クローニングベクターとしてのプラスミド 349 |
| 10.3 クローニングベクターとしてのバクテリオファージ・ラムダ 351 |
| 10.4 その他のベクター 354 |
| 10.5 クローニングベクターのための宿主 357 |
| 10.6 目的とするクローンの検出 358 |
| 10.7 発現ベクター 360 |
| 10.8 合成DNA 363 |
| 10.9 DNA増幅 : ポリメラーゼ連鎖反応 364 |
| 10.10 細菌細胞での哺乳類遺伝子のクローニングと発現 366 |
| 10.11 in vitroおよび部位特異的突然変異誘発 370 |
| 10.12 遺伝子工学の実際的応用 372 |
| 10.13 遺伝的に設計された微生物による哺乳類タンパク質およびワクチンの生産 374 |
| 10.14 植物や農業における遺伝子工学 378 |
| 10.15 動物とヒトの遺伝学における遣伝子工学 382 |
| 10.16 微生物研究の道具としての遺伝子工学 384 |
| 10.17 遺伝子工学の基礎における原理のまとめ 385 |
| 11章 工業微生物学／生物触媒反応 389 |
| 11.1 工業で利用される微生物と産生物 390 |
| 11.2 増殖と生物触媒反応における産物の形成 392 |
| 11.3 大規模発酵の特徴 394 |
| 11.4 発酵のスケールアップ 396 |
| 11.5 抗生物質 : 分離と性質決定 397 |
| 11.6 ペニシリンとテトラサイクリンの工業的生産 401 |
| 11.7 ビタミンとアミノ酸 404 |
| 11.8 微生物による生物的変換 406 |
| 11.9 酵素 408 |
| 11.10酢 410 |
| 11.11クエン酸などの有機化合物 411 |
| 11.12発酵剤および食品としての酵母 412 |
| 11.13アルコールとアルコール飲料 414 |
| 11.14食料品としてのキノコ 419 |
| 11.15下水および排水の微生物学 422 |
| 12章 微生物の進化と系統学 429 |
| 12.1 地球の進化と原始生命体 431 |
| 12.2 原始的な生物 : 分子の暗号化とエネルギー産生 434 |
| 12.3 真核生物と細胞小器官 437 |
| 12.4 進化のクロノメーター（時計） 439 |
| 12.5 リボソームRNA配列と細胞の進化 441 |
| 12.6 シグネチャー配列、系統学的プローブ、微生物の分子生態学 443 |
| 12.7 リボソームRNA配列決定によって示された微生物系統学 446 |
| 12.8 主要なドメインの特徴 449 |
| 12.9 従来の分類学と分子分類学 451 |
| 12.10 種の概念、命名法、Bergeyの手引書 456 |
| 13章 原核生物の多様性 : 細菌 461 |
| 界Ⅰ : プロテオバクテリア |
| 13.1 紅色光合成細菌 463 |
| 13.2 硝化細菌 469 |
| 13.3 硫黄酸化細菌および鉄酸化細菌 470 |
| 13.4 水素酸化細菌 474 |
| 13.5 メタン酸化細菌およびメチル酸化細菌 475 |
| 13.6 シュードモナスおよびシュードモナス類 478 |
| 13.7 酢酸菌 482 |
| 13.8 自由生活型好気性窒素固定細菌 483 |
| 13.9 ナイセリア、クロモバクテリウム、およびその関連細菌 484 |
| 13.10 腸内細菌 485 |
| 13.11 ビブリオおよびフォトバクテリウム 490 |
| 13.12 リケッチア 492 |
| 13.13 らせん菌 493 |
| 13.14 有鞘プロテオバクテリア : スフェロティルスおよびレプトスリックス 497 |
| 13.15 出芽性および付属器／有柄細菌 499 |
| 13.16 滑走粘液細菌 503 |
| 13.17 硫酸塩還元および硫黄還元プロテオバクテリア 506 |
| 界Ⅱ : グラム陽性細菌 |
| 13.18 無芽胞、低GCグラム陽性細菌 510 |
| 13.19 芽胞形成、低GCグラム陽性細菌 515 |
| 13.20 細胞壁欠損、低GCグラム陽性細菌 : マイコプラズマ 521 |
| 13.21 高GCグラム陽性細菌 : コリネ型およびプロピオン酸細菌 523 |
| 13.22 高GCグラム陽性細菌 : マイコバクテリウム 525 |
| 13.23 フィラメント状、高GCグラム陽性細菌 : 放線菌類 527 |
| 界Ⅲ : シアノバクテリア、原核緑色植物、および葉緑体 |
| 13.24 シアノバクテリア 532 |
| 13.25 原核緑色植物および葉緑体 535 |
| 界Ⅳ : クラミジア |
| 13.26 クラミジア 538 |
| 界Ⅴ : プランクトミセス／ピレラ |
| 13.27 プランクトミセス : 系統発牛上、特徴的な有柄細菌 540 |
| 界Ⅵ : バクテロイデス／フラボバクテリア |
| 13.28 バクテロイデス、フラボバクテリア、およびサイトファーガ 540 |
| 界Ⅶ : 緑色硫黄細菌 |
| 13.29 クロロビウムおよび他の緑色硫黄細菌 542 |
| 界Ⅷ：密に巻かれた細菌 : スピロヘータ |
| 13.30 スピロヘータ 545 |
| 界Ⅸ : デイノコッカス |
| 13.31 デイノコッカス／テルムス 549 |
| 界Ⅹ : 緑色非硫黄細菌 |
| 13.32 クロロフレクサスおよびへリオスリックス 550 |
| 界ⅩⅠ、ⅩⅡ、およびⅩⅢ : 超好熱菌 |
| 13.33 サーモトガおよびサーモデスルフォバクテリウム 551 |
| 13.34 アキフェックスおよびその関連細菌 552 |
| 14章 原核生物の多様性 : 古細菌 553 |
| 14.1 古細菌の系統学的な概要 554 |
| 好塩古細菌界 |
| 14.2 高度好塩古細菌 556 |
| 14.3 メタン生成古細菌 : メタン細菌 561 |
| 14.4 Thermoplasmatales : ThermoplasmaおよびPicrophilus 564 |
| 14.5 超好熱性の好塩古細菌 : ThermococcalesおよびMethanopyrus 566 |
| 14.6 超好熱性の好塩古細菌 : Archaeoglobales 568 |
| 好熱古細菌界 |
| 14.7 好熱古細菌の生息地とエネルギー代謝 569 |
| 14.8 陸上火山の生息地からの超好熱菌 : SulfolobalesおよびThermoproteales 572 |
| 14.9 海底火山の生息地からの超好熱菌 : Desulfurococcales 574 |
| 高温下での進化と生活 |
| 14.10 生体分子の熱安定性 576 |
| 14.11 超好熱性古細菌と微生物の進化 578 |
| 14.12 korarchaeota、水素、および他の惑星における微生物の生命体 579 |
| 15章 代謝の多様性 581 |
| 15.1 エネルギー保存と炭素代謝 582 |
| 15.2 光合成 583 |
| 15.3 光合成におけるクロロフィルとバクテリオクロロフィルの役割 584 |
| 15.4 カロチノイドとフィコビリン 588 |
| 15.5 酸素非発生型光合成 590 |
| 15.6 酸素発生型光合成 595 |
| 15.7 独立栄養生物のCO₂固定 : カルビン回路 598 |
| 15.8 独立栄養生物のCO2固定 : 逆行的クエン酸回路とヒドロキシプロピオン酸回路 600 |
| 15.9 無機栄養生物 : 無機電子供与体の酸化によるエネルギー 600 |
| 15.10 水素の酸化 602 |
| 15.11 還元型硫黄化合物の酸化 603 |
| 15.12 鉄の酸化 606 |
| 15.13 硝化作用 609 |
| 15.14 メタン酸化栄養とメチル酸化栄養 611 |
| 15.15 嫌気呼吸 613 |
| 15.16 硝酸還元と脱窒素反応 614 |
| 15.17 硫酸還元 616 |
| 15.18 酢酸生成 619 |
| 15.19 メタン生成 621 |
| 15.20 三価鉄、マンガン、塩素酸塩、および有機の電子受容体 625 |
| 15.21 発酵 : エネルギーと酸化還元についての考察 628 |
| 15.22 発酵の多様性 630 |
| 15.23 栄養共生 633 |
| 15.24 六炭糖、五炭糖、および多糖の利用 635 |
| 15.25 有機酸の代謝 637 |
| 15.26 微生物の栄養素としての脂質 639 |
| 15.27 生化学反応における反応物としての分子状酸素（O₂） 640 |
| 15.28 炭化水素の成分置換 640 |
| 15.29 窒素固定 643 |
| 16章 微生物生態学 651 |
| 16.1 個体群、ギルド、および群集 652 |
| 16.2 自然界における微生物 654 |
| 16.3 微生物生態学における方法 657 |
| 16.4 集積と分離方法 657 |
| 16.5 染色技術を用いた生存能と定量化 662 |
| 16.6 遺伝子染色、群集解析、および光ピンセット 664 |
| 16.7 微生物活性の測定 : 放射性同位元素と微小電極 667 |
| 16.8 微生物活性の測定 : 安定同位元素 669 |
| 16.9 陸上の環境 671 |
| 16.10 水中の生息場所 674 |
| 16.11 深海微生物学 676 |
| 16.12 熱水噴出孔 679 |
| 16.13 炭素循環 685 |
| 16.14 栄養共生とメタン生成の生態学 686 |
| 16.15 ルーメンの微生物生態系 690 |
| 16.16 窒素循環 694 |
| 16.17 硫黄循環 695 |
| 16.18 鉄循環 698 |
| 16.19 微生物による鉱石の可溶化 700 |
| 16.20 水銀と重金属の遷移 703 |
| 16.21 微生物による石油の分解 705 |
| 16.22 微生物による生体内異物の分解 707 |
| 16.23 植物と微生物の相互作用 : 地衣類と菌根 712 |
| 16.24 Agrobacteriumとクラウンゴール病 715 |
| 16.25 根粒菌とマメ科植物との共生 718 |
| 17章 真核生物 729 |
| 17.1 真核生物の構造 730 |
| 17.2 真核生物の系統発生 733 |
| 17.3 原生動物 734 |
| 17.4 真菌類 738 |
| 17.5 粘菌 742 |
| 17.6 藻類 744 |
| 18章 微生物の増殖コントロール 749 |
| 18.1 加熱滅菌 751 |
| 18.2 放射線滅菌 754 |
| 18.3 ろ過滅菌 756 |
| 18.4 化学物質による増殖のコントロール 759 |
| 18.5 防腐剤、消毒剤、および殺菌剤 760 |
| 18.6 合成抗菌化学療法薬剤 762 |
| 18.7 抗生物質 767 |
| 18.8 β‐ラクタム系抗生物質 : ペニシリン系とセファロスボリン系 768 |
| 18.9 真核生物由来の抗生物質 769 |
| 18.10 ウイルスのコントロール 771 |
| 18.11 真菌類のコントロール 773 |
| 18.12 抗菌剤への薬剤耐性 774 |
| 18.13 新しい抗菌剤の開発 779 |
| 19章 宿主－寄生体相互関係 783 |
| 19.1 微生物と高等生物との相互作用 785 |
| 19.2 皮膚の常在細菌叢 786 |
| 19.3 口腔の常在細菌叢 787 |
| 19.4 消化管の常在細菌叢 790 |
| 19.5 からだのその他の部位の常在細菌叢 792 |
| 19.6 宿主への病原体の侵入 794 |
| 19.7 定着と増殖 796 |
| 19.8 外毒素 798 |
| 19.9 腸管毒 801 |
| 19.10 内毒素 803 |
| 19.11 毒力（ビルレンス） 804 |
| 19.12 非特異的宿主防御 806 |
| 19.13 炎症と発熱 809 |
| 20章 免疫の概念 811 |
| 20.1 免疫系の細胞と器官 815 |
| 20.2 免疫原と抗原 816 |
| 20.3 非特異的免疫 : 貪食細胞と貪食作用 818 |
| 20.4 特異的免疫 : リンパ球 821 |
| 20.5 免疫グロブリン（抗体） 822 |
| 20.6 T細胞レセプター 833 |
| 20.7 組織適合性タンパク質 834 |
| 20.8 サイトカイン 836 |
| 20.9 細胞性免疫 839 |
| 20.10 クローン選択と免疫寛容 840 |
| 20.11 免疫グロブリン形成の機構 842 |
| 20.12 補体系 845 |
| 20.13 ポリクローナルおよびモノクローナル抗体 847 |
| 20.14 抗原抗体反応 850 |
| 20.15 免疫病 853 |
| 20.16 感染症に対する免疫 857 |
| 20.17 代替免疫戦略 860 |
| 21章 臨床微生物学と免疫学 865 |
| 21.1 臨床検体からの原因菌の分離 866 |
| 21.2 培養による同定法 872 |
| 21.3 薬剤感受性試験 876 |
| 21.4 免疫診断検査 878 |
| 21.5 凝集反応 881 |
| 21.6 免疫電子顕微鏡法 882 |
| 21.7 蛍光抗体法 882 |
| 21.8 固相酵素免疫法（ELISA法）とラジオイムノアッセイ 885 |
| 21.9 イムノブロット法 890 |
| 21.10 臨床診断における核酸プローブ法 893 |
| 21.11 臨床ウイルス学 898 |
| 21.12 臨床検査室における安全対策 899 |
| 22章 疫学および公衆衛俳徴生物学 903 |
| 22.1 疫学の科学 904 |
| 22.2 疫学の学術用語 905 |
| 22.3 感染の保菌宿主 907 |
| 22.4 エイズの疫学 : 疫学研究の実例 910 |
| 22.5 感染症の伝播 912 |
| 22.6 宿主群集 914 |
| 22.7 院内感染 917 |
| 22.8 病気予防のための公衆衛生施策 918 |
| 22.9 地球規模の健康対策 921 |
| 22.10 新興・再興感染症 924 |
| 23章 ヒトからヒトへ伝播する細菌感染症 933 |
| 23.1 空気感染の病原体 934 |
| 23.2 呼吸器系病原体 : 細菌 936 |
| 23.3 抗酸性菌と結核 941 |
| 23.4 呼吸器系病原体 : ウイルス 945 |
| 23.5 なぜ呼吸器感染症は多いのか 950 |
| 23.6 性行為感染症 951 |
| 23.7 後天性免疫不全症候群 957 |
| 24章 動物媒介性、昆虫媒介性および共通経路型の微生物感染症 967 |
| 動物媒介および昆虫媒介感染症 |
| 24.1 動物媒介感染症 : 狂犬病 968 |
| 24.2 動物媒介感染症 : ハンタウイルス肺症候群 970 |
| 24.3 昆虫とダニが媒介する感染症 : リケッチア症 971 |
| 24.4 ダニが媒介する感染症 : ライム病 974 |
| 24.5 昆虫媒介感染症 : マラリア 976 |
| 24.6 昆虫媒介感染症 : ペスト 979 |
| 共通経路型の疾患 |
| 24.7 土壌微生物 : 病原性真菌 982 |
| 24.8 公衆衛生と水質 984 |
| 24.9 飲料水が媒介する疾患 986 |
| 24.10 食品内での微生物の増殖 990 |
| 24.11 食品が媒介する疾患 : 毒素型食中毒 993 |
| 24.12 食品が媒介する疾患 : 感染型食中毒 995 |
| 付録 微生物生体エネルギー論におけるエネルギー計算 1001 |
| 用語集 1007 |
| 索引 1023 |
図書
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