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1.

図書

図書
James Tisdall著 ; 水島洋監修・訳 ; 明石浩史, またぬき, 小林慎治訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2002.11  xxiii, 393p ; 24cm
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2.

図書

図書
村上康文, 古谷利夫編
出版情報: 東京 : 講談社, 2003.1  xiii, 237p ; 21cm
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3.

図書

図書
中村保一, 礒合敦, 石川淳編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2003.1  203p ; 28cm
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4.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
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鈴木治和, 河合純編集
出版情報: 東京 : 共立出版, 2005.10  p2605-3019 ; 28cm
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   序林崎良英 2611
   Ⅱ.ゲノムネットワークリソースの整備
   ゲノムシークエンス豊田敦 2620
   トランスクリプトームー完全長cDNAプロジェクト佐々木大輔・河合純 2627
   プロテオームに向けた蛋白質リソース開発臼井健悟 2635
   ENUマウスミュータジェネシスと新しい逆向遺伝学櫻庭喜行・権藤洋一 2642
   クローン資源頒布渡辺幸彦 2649
   物理的クローンの整備事業芋谷弘一・福田史朗 2655
   RNAiのメカニズムとsiRNA配列設計法程久美子・西郷薫 2662
   抗体とアプタマー花田優子・柴田一浩・伊藤昌可 2671
   Ⅲ.横断的解析手法とデータ
1.発現プロファイル
   国際公共遺伝子発現データベース(CIBEX)とデータの登録館野義男・池尾一穂 2678
   タイリングアレイ西田洋巳 2684
   CAGE一シークエンスベースの発現解析中村真理・PieroCarninci 2688
   その他の発現解析法柴田一浩 2694
2.データベース転写制御ネットワーク(1)
   転写開始点探索一CAGE,GIS近藤伸二 2701
   転写ネットワーク解析一PDI,ワンハイブリッド法青木淳・金森陸 2704
   転写ネットワーク解析一ChlPonchip三浦尚・外丸靖浩 2710
   転写ネットワークの解析一DNAマイクロアレイ飯田樹理・金森陸 2717
   転写制御因子の発現動態一リアルタイムRT-PCR奥西理絵・鈴木治和 2723
   転写制御因子の発現動態一insituハイブリダイゼーション市川学・於保祐子 2729
   転写制御の組織特異性鈴木正則 2734
3.データベース転写制御ネットワーク(2)
   モデル生物の転写制御ネットワーク解析実例一酵母,ウニ高松邦彦・竹田忠行 2742
4.蛋白質一蛋白質相互作用(1)
   高精度ハイスループット酵母ツーハイブリッドシステム
   哺乳類細胞ツーハイブリッド法武田志津 2751
   哺乳類細胞ツーハイブリッド法甲斐誓利 2758
   Tagged-MS法新井亮一・白水美香子・横山茂之・廣田洋 2763
   生物機能解明に向けたinvitrovirus(TVV)法によるゲノムネットワーク解析宮本悦子・柳川弘志 2768
   蛍光相互相関分光法による蛋白質問相互作用解析小山理恵子・柳川弘志 2768
   生体分子相互作用の動的解析一BIACORE・原子間力顕微鏡青木誠・伊藤昌可 2780
   プロテインチップ前田倫広 2786
   網羅的かつ信頼性の高い蛋自質ネットワーク構築のための種々の実験手法鈴木治和 2792
5.蛋白質一蛋白質相互作用(2)
   網羅的相互作用解析と比較ゲノムーバクテリア,酵母,線虫,ショウジョウバエ,マウス,ヒト森睦 2798
6.1分子観察と細胞内分子動態
   核酸増幅を用いた細胞内1分子検出法三谷康正・加藤千晶 2808
   分子プローブ花見健志 2813
   FRET小田浩史 2819
   細胞内局在・修飾荒川貴博 2826
7.perturbation
   RNAiの意義西川実希・林崎良英 2832
   遺伝子発現抑制による撹乱田中卓 2837
   過剰発現系中西美聡・外丸靖浩 2843
   環境刺激によるperturbation於保祐子 2850
8.ゲノムネットワークのインフォマティクス
   ゲノムワイドなネットワーク・アーキテクチュアの理論北野宏明 2855
   転写因子データベース金森陸 2864
   RTPS粕川雄也 2871
   転写因子結合部位の計算機予測川路英哉 2877
   ゲノムワイドデータの精製斉藤輔太郎・鈴木治和・冨田勝 2882
   遺伝子発現解析データベース下川和郎 2889
   疾患原因遺伝子探索データベース長谷川由紀 2894
   比較ゲノム解析による機能領域の同定野口英樹 2902
   遺伝子ネットワーク研究のためのオーソログ,パラログと比較ゲノム川頭信之 2909
   統合データベース(1)一ゲノムネットワークプロジェクトにおける統合データベース田村卓郎・池尾一穂・五條堀孝 2916
   統合データベース(2)一データから見たインフオマティクス岡山利次・池尾一穂・五條堀孝 2921
   インフォマティクスによるネットワークの推測片山慎太郎 2928
   Ⅳ.縦軸プロジェクト
   生命を形づくる遺伝子発現機構の網羅的解析一ゲノムネットワークプロジェクト橋本徳・浅原弘嗣 2934
   発生時間生物学一2時間を刻む生物時計影山龍一郎 2939
   運動器の形成・維持・老化にかかわる遺伝子制御ネットワークの解明高柳広 2943
   ゲノムワイドな転写調節因子結合配列の解析堀内和幸・加藤規弘 2950
   個別生命機能における転写因子の機能ネットワークと疾患高橋智・加藤光保・石井俊輔 2955
   生体においてステロイドホルモンが担うゲノムネットワーク井上聡 2961
   脂肪・骨芽細胞分化ネットワークのクロストークと冗長性の解明坊農秀雅・八木研・仲地豊・二階堂愛・岡崎康司 2965
   non-codingRNAによるゲノム情報発現制御機構の解析塩見春彦・原英二 2970
   時間的・空間的発現制御機i構のシステム生物学上田泰己 2974
   精密ゲノム遺伝子解析法を指向した新技術の展開関根光雄・大窪章寛・岡本到・小堀哲生・清尾康志 2978
   ⅴ.ゲノムネットワークと科学技術政策
   ゲノムネットワークプロジェクト施策実現までの道一ポストシークエンス時代を見据えた国の取り組み榊佳之・粟屋昭 2986
   ゲノムネットワーク関連の国際的潮流一欧米の施策と研究所・センター・学科の新設ラッシュ八尾徹 2993
   ゲノムネットワークと知的所有権一ゲノムネットワーク鼎談林崎良英・生沼寿彦・香月祥太郎〔司会〕 3001
   Ⅵ将来展望林崎良英 3017
   Key Words索引 3018
   序林崎良英 2611
   Ⅱ.ゲノムネットワークリソースの整備
   ゲノムシークエンス豊田敦 2620
5.

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東工大
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東工大
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菅原秀明編集
出版情報: 東京 : 共立出版, 2002.10  iv, 126p ; 26cm
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序(菅原秀明) I
第0章 使えるバイオインフォマティクス(菅原秀明) 1
   バイオインフォマティクスとは
   バイオインフォマティクスの古典を活かす
   本書の使い方
   ゲノムプロジェクトとバイオインフォマティクス
   データベース,データベース,データベース,そして…
第1章 配列を手に入れる DDBJが提供するSRSシステムによる検索の仕方(宮崎 智) 5
   キーワード検索の仕組み
   DDBJフラットファイルの構造
   SRSシステムの特徴
   SRSの使い方
第2章 既知の配列と比較する:相同性検索(今西 規・宮崎 智) 13
   相同性検索のすすめ
   DDBJを利用した配列の相同性検索
第3章 配列に共通のパターンを探す CLUSTALWを中心としてマルチプルアラインメントの方法を紹介(池尾一穂・深海-小林 薫) 21
   多重配列とは
   CLASTALとは
   CLASTALを使用するには?
   アラインメントプログラムの利用に際して気をつけること
   マルチプルアラインメントを機能部位の絞り込みに役立てる
第4章 配列から遺伝子の進化を探る(斎藤成也) 32
   進化距離とは?
   DDBJ WebのCLASTALWで近隣結合系統樹を作成する
第5章 アミノ酸配列から既知のパターンを探す:モチーフ検索(池尾一穂) 37
   モチーフとは何か?
   モチーフ検索
   SWISS-PROTとは?
   モチーフ検索の考え方
   PROSITEからデータを探す
   配列からモチーフを抽出する
   配列モチーフデータを利用するときに注意すべきこと
   配列モチーフのもつ進化的な意味
第6章 立体構造を手に入れる PDBの利用方法(楠樹正巳) 44
   PDBエントリーの検索
   検索結果の見方
   PDBエントリーファイルの説明
   グラフィックソフトウェアの紹介
第7章 アミノ酸配列の保存領域からタンパク質を知る(深海-小林 薫) 53
   相同性検索による機能予測とその限界
   1ドメイン1機能
   アミノ酸配列の保存領域のデータベース
   機能未知の配列がどんな保存領域をもつかを調べる
第8章 立体構造の類似性を知る(木寺詔紀) 61
   タンパク質立体構造の博物学
   比較・分類で何がわかるか
   比較の方法論
   タンパク質立体構造比較・分類のサイト
第9章 アミノ酸配列から2次構造を予測する(太田元親) 69
   2次構造予測とは
   30分でマスターする2次構造予測の基礎知識
   Webによる2次構造予測
   2次構造を予測してどうするの?
第10章 アミノ酸配列から立体構造を予測する(太田元親) 77
   構造認識の基礎知識
   構造認識
第11章 ゲノム配列から遺伝子を発見する(矢田哲士) 85
   遺伝子発見のコンピュータプログラム
   原核生物からの遺伝子発見
   真核生物ゲノムからの遺伝子発見
第12章 遺伝子ネットワークを使いこなす(五斗 進) 92
   遺伝子から遺伝子ネットワークへ
   代謝系のデータベース
   代謝系のデータベースを用いた解析
第13章 生理活性脂質データベースを利用する(八杉悦子・渡邊清博) 100
   生理活性脂質データベースと他の脂質データベースサイト
   生理活性脂質データベースへのアクセス状況
   生理活性脂質データベースの操作法
   リポミクスプロジェクト
第14章 公共データベースに登録する
DDBJへの登録(宮崎 智) 106
   DDBJのデータ公開形式
   生物学的特徴の記載
   データ登録
PDBへの登録(楠木正巳) 109
   PDBの内容とデータベース化の必要性
   PDBの編集の世界
   PDBエントリーの登録の手続き
   PDBの編集の手続き
第15章 Q&A
配列からの遺伝子系統樹解析を役立てるには?(斎藤成也) 115
   最初から系統樹だと決めてかかってはいけない
アルゴリズムって何? 隠れマルコフモデルって何?(中井謙太) 118
   バイオインフォマティクスって
   アルゴリズムとデータ構造
   ハッシュ法
   マルコフ過程
   隠れマルコフモデル
掲載URL一覧 124
索引 127
序(菅原秀明) I
第0章 使えるバイオインフォマティクス(菅原秀明) 1
   バイオインフォマティクスとは
6.

図書

図書
金久實編
出版情報: 東京 : 共立出版, 2002.11  207p ; 27cm
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7.

図書

図書
坊農秀雅著
出版情報: 東京 : 羊土社, 2002.10  157p ; 26cm
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8.

図書

図書
広川貴次, 美宅成樹著
出版情報: 東京 : 中山書店, 2002.7  viii, 198p ; 26cm
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9.

図書

図書
Cynthia Gibas, Per Jambeck著 ; 水島洋監修・訳 ; 明石浩史, またぬき訳
出版情報: 東京 : オライリー・ジャパン , 東京 : オーム社 (発売), 2002.1  xxvi, 427p ; 24cm
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10.

図書

図書
香島拓也著
出版情報: 東京 : 経済産業調査会, 2001.11  xv, 527p ; 21cm
シリーズ名: 現代産業選書
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