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1.

図書

東工大
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東工大
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関宏子 [ほか] 著 ; 日本分析化学会編
出版情報: 東京 : 共立出版, 2010.8  viii, 191p, 図版1枚 ; 21cm
シリーズ名: 分析化学実技シリーズ ; 応用分析編 ; 3
所蔵情報: loading…
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刊行のことば i
   まえがき iii
Chapter 1 はじめに 1
   1.1 有機構造解析に入る前に 2
   1.2 有機化合物の分子構造と分子全体の枠組み 5
   1.3 試料の取り扱い 6
   1.4 構造推定の手法から何がわかるか 7
   1.5 再結晶と融点測定 9
   1.6 クロマトグラフ分離法 12
Chapter 2 有機元素分析組成式から分子式へ 15
   2.1 有機元素分析装置とはかり 16
   2.2 はかりとり操作が重要な理由 19
   2.3 どんな試料を測定できるか 21
   2.4 試料の燃焼分解,酸化および還元反応とは 24
    2.4.1 燃焼分解・酸化 24
    2.4.2 金属酸化物による酸化 25
    2.4.3 妨害元素の除去 26
    2.4.4 窒素酸化物の還元と残存酸素の除去 28
   2.5 分解・生成ガスの分離 29
    2.5.1 ガスクロマトグラフ法 29
    2.5.2 カラム吸着・脱離分離法 30
    2.5.3 吸収管除去法 31
   2.6 どのようにしてガス成分の量を測定するのか 32
   2.7 組成式の計算-標準物質による検量線とその補正 35
    2.7.1 検量線の作成手順と分析値の計算 36
    2.7.2 K-ファクターの作成手順と分析値の計算 37
   2.8 特殊な試料にはどんな対策をするか 38
   章末Q&A コーナーよくある質問 41
Chapter 3 質量分析分子量を決める 47
   3.1 質量分析から得られる情報の種類 48
   3.2 測定法-分子イオンの生成法 50
   3.3 質量分析計の基本構成と測定原理 51
    3.3.1 イオン化法 52
    3.3.2 質量の分離 55
    3.3.3 イオン検出モード 56
   3.4 分子イオン・フラグメントイオンから分子量へ 57
    3.4.1 分子イオン,擬分子イオンからの分子量同定 57
    3.4.2 窒素ルール(Nitrogen Rule) 57
    3.4.3 同位体ピークパターン 58
    3.4.4 フラグメントイオン 59
    3.4.5 精密質量(ミリマス) 59
   章末Q&A コーナーよくある質問 65
Chapter 4 核磁気共鳴スペクトルから分子構造へ 79
   4.1 核磁気共鳴(NMR)の特徴 80
   4.2 構造解析によく使われる測定手法 83
    4.2.1 化学シフト(Chemical Shift) 83
    4.2.2 面積強度 84
    4.2.3 シグナルの分裂(スピン-スピン結合;カップリング) 87
    4.2.4 NMR の手法88
   4.3 スペクトル解析の具体例-化合物の場合 91
    4.3.1 構造解析によく使われる測定手法(続き) 102
   4.4 化学シフトは変化する? 104
    4.4.1 溶媒中の水のピーク 104
    4.4.2 温度依存性 106
    4.4.3 濃度依存性 106
   4.5 見直そう1次元NMR 110
    4.5.1 2次元NMRと1次元NMRとを組み合わせて 110
    4.5.2 ヘテロ核測定(15N)の D測定の具体例 112
   章末Q&A コーナーよくある質問115
Chapter 5 X線構造解析X 線の回折像から分子の3 次元構造へ 129
   5.1 身近になったX線構造解析装置 130
   5.2 X線による単結晶構造解析の概略 131
   5.3 単結晶試料の作成-良質の結晶を作ろう 133
    5.3.1 単結晶の作成方法 133
    5.3.2 結晶を装着するときの注意点 134
    5.3.3 測定の手順 135
   5.4 X線構造解析の具体例 136
    5.4.1 結晶作成 136
    5.4.2 装置への装着 136
    5.4.3 予備測定(格子定数の決定) 138
    5.4.4 本測定と積分 140
    5.4.5 空間群の決定 141
    5.4.6 構造解析141
   5.5 原理-どうして3次元構造がわかるのか 148
    5.5.1 装置 148
    5.5.2 単結晶は分子が規則正しく配列した状態 150
    5.5.3 結晶構造因子と位相問題-回折X線強度はどのようにして決まるか- 153
    5.5.4 温度因子-分子・原子は熱振動をしている- 154
    5.5.5 回折強度測定から結晶構造へ 154
   章末Q&A コーナーよくある質問 160
Chapter 6 スペクトルによる構造解析 165
   6.1 スペクトルデータの相補的な利用とは 166
   6.2 他のスペクトロスコピーの特徴 168
   6.3 部分構造と分子構造の推定 172
   章末Q&A コーナーよくある質問 174
おわりに執筆を終えて 181
参考文献 183
参考書 183
索引 187
刊行のことば i
   まえがき iii
Chapter 1 はじめに 1
2.

図書

図書
三宅静雄著
出版情報: 東京 : 朝倉書店, 1969.3  2, 4, 341p ; 22cm
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3.

図書

図書
桜井敏雄著
出版情報: 東京 : 裳華房, 1967.8  xi, 400p ; 22cm
シリーズ名: 物理科学選書 / 今井功 [ほか共] 編 ; 2
所蔵情報: loading…
4.

図書

図書
西川先生記念会編
出版情報: [東京] : [西川先生記念会], 1982.7  268p ; 22cm
所蔵情報: loading…
5.

図書

図書
H.S.Lipson [著] ; 能村光郎訳
出版情報: 東京 : 共立出版, 1976.3  viii, 220p ; 21cm
シリーズ名: モダンサイエンスシリーズ
所蔵情報: loading…
6.

図書

図書
角戸正夫[ほか]著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1978.11  338p ; 22cm
所蔵情報: loading…
7.

図書

図書
加藤範夫著
出版情報: 東京 : 朝倉書店, 1995.9  vi, 190p ; 22cm
シリーズ名: 現代人の物理 ; 6
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8.

図書

東工大
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図書
東工大
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桜井敏雄著
出版情報: 東京 : 裳華房, 1983.1  xi, 284p ; 22cm
シリーズ名: 応用物理学選書 ; 4
所蔵情報: loading…
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1. 概観
   1.1 序 説 1
   1.2 結晶解析の物理的背景 2
   1.3 物体からのX線の回折 7
   1.4 原子構造因子 10
   1.5 単位胞の構造因子 12
   1.6 結晶の構造因子 14
   1.7 逆格子 16
   1.8 フーリエ変換 19
   1.9 逆結晶 21
   1.10 回折像と逆結晶 22
   1.11 複素数としての構造因子 23
   1.12 結晶構造解析の立場 25
2. 対称
   2.1 結晶の対称性 27
   2.2 結晶格子の形 29
   2.3 軸の変換 36
   2.4 複合格子による消滅則 41
   2.5 対称操作の数学的表わし方 42
   2.6 逆結晶の対称性 46
   2.7 空間群の表わし方 49
   2.8 |逆結晶|の対称性 52
3. 回折データの測定
   3.1 X線を取扱う注意 55
   3.2 結品 57
   3.2.1 結晶の準備 57
   3.2.2 結晶の面と軸 60
   3.3 測定の原理 62
   3.3.1 4軸型単結晶回折計 63
   3.3.2 単色X線 65
   3.3.3 Kα尾の二重線 68
   3.3.4 4軸型ゴニオメータの幾何学 69
   3.4 測定の手順 73
   3.4.1 ピーク探し 74
   3.4.2 単純逆格子の組み立て 75
   3.4.3 晶系と空間格子の決定 78
   3.4.4 |逆結晶|の対称と空間群の決定 94
   3.4.5 セッティングパラメータと格子定数の糖密決定 98
   3.4.6 回折強度の測定 101
   3.5 測定データの補正 106
   3.5.1 吸収補正 107
   3.5.2 損傷の補正 111
   3.6 異常分散効果の利用 113
   3.6.1 異常分散効果の測定 113
   3.6.2 絶対構造の決定 118
   3.6.3 点群の判定 120
4. 結晶解析の手はじめ
   4.1 はじめに何をしたらよいか 123
   4.2 単位胞の中の分子数 125
   4.3 非対称単位 129
   4.4 重原子法 131
   4.4.1 重原子法 131
   4.4.2 原点の任意性 132
   4.4.3 チェシャー群 135
   4.5 パターソンの関数 137
   4.6 R因子法 144
   4.7 偽の対称 145
   4.8 同型置換法と異常分散法 149
5. 直接法
   5.1 直接法の原理 151
   5.2 直接法の手順 156
   5.3 規格化構造因子 157
   5.4 位相の関係式 160
   5.5 最初の位相 161
   5.5.1 原点指定の組 161
   5.5.2 初期位相の指定 164
   5.6 位相の拡張 165
   5.7 解けないときの対策 171
   5.7.1 フーリエ合成の検討 171
   5.7.2 位相角の分布の検討 172
   5.7.3 原点と初期位相の選択 172
   5.7.4 |E|の計算法 173
   5.8 モンテカルロ法による位相の決定 174
   5.9 位相と空間群との関係 178
   5.10 解きにくい構造 180
6. 結晶解析の完成
   6.1 構造の精密化の手順 183
   6.2 最小二乗法の実行 189
   6.3 特殊位置の取扱い 191
   6.3.1 原子多重度の取扱い 191
   6.3.2 特殊位置の座標 192
   6.3.3 非等方性温度因子 192
   6.4 最小二乗法が失敗する場合 201
   6.5 束縛条件下の最小二乗法 202
   6.6 分子モデルの作製 204
   6.7 解析結果の関数 207
   6.7.1 原子座標の関数 207
   6.7.2 温度因子の関数 209
   6.8 解析結果の精度 212
7. フーリエ合成と結晶構造因子
   7.1 フーリエ合成とはどういうことか 214
   7.2 部分的に正しいフーリエ合成 228
   7.3 D合成による結合電子の表示 230
   7.4 光学的フーリエ合成 232
   7.5 結晶構造因子の計算 236
   7.6 結晶構造因子の位相と対称操作 240
8. 計算プログラムとデータ検索
   8.1 コンピュータプログラム 241
   8.2 プログラムシステムの構成 242
   8.3 結晶データはどうして探したらよいか 243
参考文献 246
問題解答 247
付録
   1. 特殊な用語についての付記 252
   2. 論文に記載する項目 254
   3. 付表
   付表Ⅰ 空間群決定の表 258
   付表Ⅱ 単斜晶系の2回軸(2または2)の選び方による空間群記号の変化 268
   付表Ⅲ 直方品系(斜方品系)で付表Ⅰで求められた空間群名と標準空間群名との関係 268
   付表Ⅳ チェシャー群と原点の表 269
   付表Ⅴ 結晶軸の変換にともなう各種のパラメータの変換 273
   付表Ⅵ 異常分散項と吸収断面積 274
   付表Ⅶ 非対称単位の表 276
索引 279
1. 概観
   1.1 序 説 1
   1.2 結晶解析の物理的背景 2
9.

図書

東工大
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図書
東工大
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J.ドレント著 ; 竹中章郎 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : シュプリンガー・ジャパン, 2008.12  xiv, 313p ; 26cm
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   注 : F([h k l])[h k l]の上にバー
   
第1章 タンパク質の結晶化 1
   1.1 はじめに 1
   1.2 タンパク質結晶化の原理 1
   1.3 結晶化の手法 4
   1.4 リゾチームの結晶化 8
   1.5 結晶についての予備的ノート 9
   1.6 X線回折実験の準備 10
   1.7 凍結操作 13
   1.8 ノート 16
   まとめ 19
第2章 X線源と検出器 21
   2.1 はじめに 21
   2.2 X線源 21
   2.3 モノクロメーター 30
   2.4 カメラと検出器 32
   2.5 検出器 33
   2.6 振動カメラ 38
   まとめ 44
第3章 結晶 45
   3.1 はじめに 45
   3.2 対称 49
   3.3 タンパク質結晶で可能な対称 55
   3.4 座標値 : 一般位置と特殊位置 56
   3.5 非対称単位 56
   3.6 点群 57
   3.7 結晶系 58
   3.8 放射線損傷 60
   3.9 結晶のキャラクタリゼーション 60
   まとめ 62
第4章 結晶によるX線回折の理論 63
   4.1 はじめに 63
   4.2 波とその加え合わせ 64
   4.3 二電子系 66
   4.4 原子による散乱 69
   4.5 単位胞による散乱 71
   4.6 結晶による散乱 72
   4.7 回折条件 74
   4.8 逆格子とEwald作図 75
   4.9 温度因子 79
   4.10 電子密度ρ(x y z)の計算 82
   4.11 F([h k l])とF([h k l])の比較 87
   4.12 回折パターンの対称 88
   4.13 中心格子に対するh k l 反射条件 91
   4.14 結晶によって回折される強度 92
   4.15 原子の並ぶ面による反射 98
   4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 100
   まとめ 101
第5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 103
   5.1 はじめに 103
   5.2 平均強度Wilsonプロット 105
   5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 107
   5.4 双晶 109
   まとめ 111
第6章 構造因子の特殊な形式 113
   6.1 はじめに 113
   6.2 ユニタリ構造因子 113
   6.3 規格化構造因子 114
   まとめ 115
第7章 同形置換法による位相問題の解決法 117
   7.1 はじめに 117
   7.2 パターソン関数 118
   7.3 同形置換法 126
   7.4 X線強度に対する重原子の効果 132
   7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 134
   7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 136
   7.7 差フーリエ合成 138
   7.8 異常分散 140
   7.9 異常分散パターソン合成 144
   7.10 すべての誘導体に対する共通の原点 145
   7.11 タンパク質の初期位相角を用いての重原子パラメータの精密化 148
   7.12 タンパク質の位相角 151
   7.13 最良フーリエ図の残留誤差 154
   7.14 単一同形置換法 159
   まとめ 160
第8章 位相の改善 161
   8.1 はじめに 161
   8.2 Sim重みとオミットマップ 162
   8.3 溶媒平滑化 167
   8.4 非結晶学的対称と分子平均化 173
   8.5 ヒストグラムマッチング法 176
   8.6 wARPによる重複精密化ダミー原子モデルの重みつき平均化 178
   8.7 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 179
   まとめ 180
第9章 タンパク質位相角と絶対配置の決定における異常散乱181
   9.1 はじめに 181
   9.2 異常散乱によるタンパク質位相角決定 181
   9.3 異常散乱を用いたタンパク質位相角の改善 182
   9.4 絶対配置の決定 184
   9.5 多波長異常分散法(MAD法)と単波長異常分散法(SAD法) 185
   まとめ 194
第10章 分子置換法 197
   10.1 はじめに 197
   10.2 回転関数 198
   10.3 並進関数 204
   まとめ 215
第11章 直接法 217
   11.1 はじめに 217
   11.2 Shake-and-Bake 217
   11.3 SHELXD 222
   11.4 最大エントロピーの原理 224
   まとめ 226
第12章 ラウエ回折 227
   12.1 はじめに 227
   12.2 逆空間の利用可能領域 228
   12.3 エネルギー重複 228
   12.4 エネルギー重複した反射強度の分離 230
   12.5 回折斑点の空間重複問題 231
   12.6 波長規格化 231
   まとめ 232
第13章 モデル構造の精密化 235
   13.1 はじめに 235
   13.2 精密化の数学的基礎 237
   13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 247
   13.4 特殊な精密化方法 249
   まとめ 262
第14章 位相情報の組合わせ 263
   14.1 はじめに 263
   14.2 同形置換法による位相情報 264
   14.3 異常分散効果による位相情報 266
   14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 267
   14.5 SAD法による位相情報 267
   まとめ 267
第15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 269
   15.1 はじめに 269
   15.2 R因子 269
   15.3 Ramachandranプロット 271
   15.4 立体化学によるチェック 272
   15.5 3D-1Dプロフィール法 272
   15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 275
   まとめ 279
第16章 タンパク質結晶化の実際 281
   16.1 はじめに 281
   16.2 遺伝子クローニングと発現 282
   16.3 タンパク精製 283
   16.4 タンパク質結晶化 286
   まとめ 287
付録1 電子密度マップの計算に用いる数式のまとめ 289
付録2 信頼度因子のまとめ 293
付録3 X線強度の計数誤差 299
参考文献 301
索引 309
   注 : F([h k l])[h k l]の上にバー
   
第1章 タンパク質の結晶化 1
10.

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東工大
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東工大
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J.ドレント著 ; 竹中章郎, 勝部幸輝, 笹田義夫訳
出版情報: 東京 : シュプリンガー・フェアラーク東京, 1998.1  xi, 296p ; 26cm
所蔵情報: loading…
目次情報: 続きを見る
1章 タンパク質の結晶化 1
   1.1 はじめに 1
   1.2 タンパク質の結晶化の原理 1
   1.3 結晶化の手法 4
   1.4 リゾチームの結晶化 7
   1.5 結晶について予備的なノート 10
   1.6 X線回折実験の手順 11
   1.7 ノート 15
   まとめ 18
2章 X線源と検出器 19
   2.1 はじめに 19
   2.2 X線源 19
   2.3 モノクロメータ 29
   2.4 カメラと検出器 30
   2.5 検出器 32
   2.6 プレセッションカメラ 38
   2.7 回転(振動)装置 44
   2.8 電子二次元検出器 50
   まとめ 52
3章 結晶 53
   3.1 はじめに 53
   3.2 対称 58
   3.3 タンパク質結晶で可能な対称 64
   3.4 座標値:一般位置と特殊位置 64
   3.5 非対称単位 65
   3.6 点群 66
   3.7 結晶系 66
   3.8 放射線損傷 69
   3.9 結晶のキャラクタリゼーション 69
   まとめ 71
4章 結晶によるX線回折の理論 72
   4.1 はじめに 72
   4.2 波とその加え合わせ 73
   4.3 二電子系 76
   4.4 原子による散乱 79
   4.5 単位胞による散乱 81
   4.6 結晶による散乱 82
   4.7 回折条件 84
   4.8 逆格子とEwald作図 85
   4.9 温度因子 90
   4.10 電子密度ρ(xyz)の計算 93
   4.11 F(hkl)とF(h-k-l-)の比較 97
   4.12 回折パターンの対称 98
   4.13 中心格子に対するhkl反射条件 101
   4.14 ある軸方向の電子密度の投影 102
   4.15 結晶によって回折される強度 103
   4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 109
   まとめ 111
5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 112
   5.1 はじめに 112
   5.2 平均強度:Wilsonプロット 114
   5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 116
   まとめ 118
6章 構造因子の特殊な形式 119
   6.1 はじめに 119
   6.2 ユニタリ構造因子 119
   6.3 規格化構造因子 120
   まとめ 121
7章 同形置換法による位相問題の解 122
   7.1 はじめに 122
   7.2 パターソン関数 123
   7.3 同形置換法 130
   7.4 X線強度への重原子の効果 136
   7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 139
   7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 141
   7.7 差フーリエ合成 144
   7.8 異常分散 146
   7.9 異常分散パターソン合成 150
   7.10 Matthewsのパターソン合成 152
   7.11 すべての誘導体についての共通の原点 155
   7.12 Rossmannの方法 158
   7.13 他の"共通原点"決定法 159
   7.14 重原子パラメータの精密化 159
   7.15 タンパク質結晶の位相角 164
   7.16 最良フーリエ図に残る誤差 170
   7.17 単一同形置換法(SIR) 173
   まとめ 174
8章 位相の改善 176
   8.1 はじめに 176
   8.2 Simの重みとオミットマップ 177
   8.3 溶媒領域の平滑化 182
   8.4 分子平均化(molecular averaging) 187
   8.5 ヒストグラムマッチング(histogram matchingまたは histogram mapping) 188
   8.6 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 191
   まとめ 192
9章 タンパク質の位相角および絶対構造の決定に対する異常分散の役割 193
   9.1 はじめに 193
   9.2 異常分散によるタンパク質結晶の位相角決定 193
   9.3 異常分散利用によるタンパク質結晶の位相角の改良 194
   9.4 絶対構造の決定 196
   9.5 多波長異常分散法(MAD法) 198
   まとめ 203
10章 分子置換法 204
   10.1 はじめに 204
   10.2 回転関数 205
   10.3 並進関数 214
   まとめ 224
11章 直接法 225
   まとめ 227
12章 ラウエ回折 228
   12.1 はじめに 228
   12.2 逆空間の利用可能領域 229
   12.3 多重問題 229
   12.4 多重強度の解読 231
   12.5 位置の重なり問題 232
   12.6 波長の規格化 232
   まとめ 234
13章 モデル構造の精密化 236
   13.1 はじめに 236
   13.2 最小二乗法 238
   13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 243
   13.4 特殊な精密化方法 244
   まとめ 256
14章 位相情報の組合わせ 257
   14.1 はじめに 257
   14.2 同形置換法による位相情報 258
   14.3 異常分散効果による位相情報 260
   14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 261
   まとめ 261
15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 262
   15.1 はじめに 262
   15.2 R因子 262
   15.3 Ramachandranプロット 264
   15.4 立体化学によるチェック 264
   15.5 3D-1Dプロフィール法 266
   15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 268
   まとめ 272
付録1 電子密度マップの計算に使われる数式のまとめ 274
   電子密度マップ 274
   差電子密度マップ 274
   2Fobs-Fcalcマップ 274
   残余(あるいは二重差)電子密度マップ 275
   オミットマップ 275
   Simの重みつきオミットマップ 275
   部分構造の位相角αcalcを用いる重みつき電子密度マップ 276
付録2 信頼度因子のまとめ 277
   モデル構造の妥当性を表す一般的な結晶学的R因子 277
   フリーR因子 277
   対称によって関係づけられる強度を比較するR因子 277
   対称によって関係づけられる構造因子を比較するためのR因子 277
   N個のデータセットを併合したときのそれらのR因子 278
   実空間R因子 278
   Rcullis 278
   Rkraut 278
   Ranomalous 279
   誘導体R因子 279
   構造因子の実測値と計算値間の標準線形相関係数 279
   重原子の寄与の良質度 279
   Figure of Merit 280
付録3 X線強度の計数誤差 281
参考文献 283
索引 288
1章 タンパク質の結晶化 1
   1.1 はじめに 1
   1.2 タンパク質の結晶化の原理 1
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