| 総論編 |
| 第1章DNAチップと応用 松永是 |
| 1ポストシークエンス時代のバイオテクノロジー 3 |
| 2ゲノム工学研究会 3 |
| 3DNAチップ技術の将来 5 |
| 4おわりに 8 |
| 第2章DNA計測技術の動向 神原秀記、釜堀政男 |
| 1はじめに 9 |
| 2応用面からみたDNA計測とDNA計測法 9 |
| 3最近話題のDNA計測法 14 |
| 3.1キャピラリーアレー電気泳動装置 14 |
| 3.2電気泳動チップ 15 |
| 3.3DNAチップ 15 |
| 3.4ビーズ技術 16 |
| 3.5質量分析 17 |
| 3.6パイロシーケンシング 17 |
| 4おわりに 19 |
| 第3章DNAチップの開発動向 川口竜二 |
| 1はじめに 21 |
| 2DNAチップ法と遺伝子解析プロセス 21 |
| 3DNAチップ解析の各工程における技術開発 23 |
| 4DNAチップの現状と方向性 25 |
| 5おわりに 27 |
| 第4章生命体ソフトウェアの開発 大竹久夫、滝口昇 |
| 1はじめに 30 |
| 2大腸菌とゲノム情報 31 |
| 3バーチャル大腸菌システム 32 |
| 3.1大腸菌の機能ルールとRuleKB 33 |
| 3.2機能ルールを呼び出すためのルール 35 |
| 4Vestの実行例 36 |
| 5おわりに 39 |
| DNAチップ・装置編 |
| 第5章DNAマイクロアレイの実際とその応用 久原哲 |
| 1はじめに 43 |
| 2マイクロアレイの技術 44 |
| 2.1マイクロアレイの基本技術 44 |
| 2.2マイクロアレイの実際 45 |
| Ⅰマイクロアレイ用DNAの調製 45 |
| ⅡRNA試料からのターゲット調製 46 |
| Ⅲマイクロアレイの作製およびハイブリダイゼーション 47 |
| Ⅳスポットの定量 49 |
| 3チップの応用 50 |
| 3.1RNA発現解析 50 |
| 3.2DNAへの応用 53 |
| 4今後の展開 53 |
| 第6章ダイヤモンドを用いた保存型DNAチップ 高橋浩二郎 |
| 1はじめに 55 |
| 2なぜ、ダイヤモンド？ 56 |
| 3オリゴDNAの固定化 57 |
| 4cDNAライブラリーの固定化 58 |
| 5二本鎖DNAの固定化 59 |
| 6二本鎖cDNAライブラリーの考察 60 |
| 7固定化ｇDNAチップとレプリカ・チップの考察 62 |
| 8バーチャル自動遺伝子診断装置 63 |
| 9将来の展望 65 |
| 第7章磁気ビーズ利用DNAチップ 竹山春子、松永是 |
| 1はじめに 67 |
| 2従来型DNAチップ 68 |
| 3ビーズを用いた遺伝子検出 69 |
| 4DNA固定化磁性細菌微粒子を用いた遺伝子検出法 69 |
| 4.1種特異的DNAプローブ固定化磁性細菌微粒子を用いたマグロ魚種判別 70 |
| 4.2磁気ビーズマイクロアレイ 72 |
| 5おわりに 75 |
| 第8章電気化学法によるDNA検出 竹中繁織 |
| 1新規DNA結合性リガンドの開発 77 |
| 2検出装置と測定 78 |
| 3DNAプローブ修飾電極の作成 79 |
| 4ハイブリダイゼーション反応 80 |
| 5DNA検出例 80 |
| 5.1オリゴヌクレオチドの検出 80 |
| 5.2プラスミドDNA上の目的遺伝子配列の検出と定量 81 |
| 6検出操作の簡略化 82 |
| 7超高感度化 84 |
| 8PCR産物の検出例 86 |
| 9DNAマイクロアレイへの応用 87 |
| 第9章自動装置 澤上一美、田島秀二 |
| 1はじめに 88 |
| 2DNAチップ技術の基本 88 |
| 3一貫した自動化システム構築への将来展望 97 |
| 4まとめ 98 |
| 第10章マイクロマシンによるDNA解析 養王田正文 |
| 1はじめに 100 |
| 2電気泳動とPCRのマイクロ化 101 |
| 3集積化DNA解析チップ 105 |
| 4DNA解析をマイクロ化することのメリットとデメリット 108 |
| 応用編 |
| 第11章医療計測への応用 川口竜二、福島雅夫 |
| 1病原微生物同定解析への応用 114 |
| 2シゲラ、サルモネラ菌のDNAチップ法による検出・同定 116 |
| 3発現解析の診断への応用 117 |
| 4遺伝子変異解析への応用 121 |
| 5BACライブラリーチップの染色体異常解析への応用 121 |
| 6まとめ 122 |
| 第12章SNPs(一塩基多型)解析 馬場嘉信 |
| 1はじめに 124 |
| 2ゲノムシークエンシングからSNP解析へ 125 |
| 3DNAチップによるSNP解析 127 |
| 4集積型マイクロチップによるSNP解析 131 |
| 5おわりに 132 |
| 第13章SELDIプロテインチップ(R)システムによるバイオマーカー探索技術 有國尚、斉藤賢治 |
| 1はじめに 134 |
| 2SELDIプロテインチップ技術 135 |
| 3タンパク質バイオマーカーの探索と分析の手法 137 |
| 4SELDIプロテインチップ(R)技術を用いたマーカー探索 138 |
| 5SELDIプロテインチップ(R)を用いたマーカー探索の応用例 140 |
| 5.1前立腺ガン 140 |
| 5.2神経膠腫 146 |
| 6プロテオーム解析の現状と問題点 146 |
| 第14章遺伝子発現プロファイリング 大門尚志 |
| 1はじめに 150 |
| 2DNAチップの原理 150 |
| 3DNAチップのための装置とソフトウェア 152 |
| 3.1DNAチップ作製装置 152 |
| 3.2DNAチップ読み取り装置 152 |
| 3.3データ解析ソフト 153 |
| 3.4DNAチップ 153 |
| 4DNAチップを用いた遺伝子発現モニタリング 153 |
| 4.1DNAチップ 153 |
| 4.2発現実験の手順 154 |
| 4.3データ解析 156 |
| 5DNAチップの応用と課題 156 |
| 第15章結核菌の耐性診断 鈴木定彦、市原竜生、田丸亜貴、アミン・ルフル、勝川千尋、牧野正直、阿部千代治 |
| 1はじめに 159 |
| 2結核菌の多剤耐性獲得機序 160 |
| 3結核菌の薬剤耐性に関与する遺伝子 161 |
| 3.1イソニアジド(INH)耐性 161 |
| 3.2リファンピシン(RFP)耐性 161 |
| 3.3ピラジナミド(PZA)耐性 162 |
| 3.4エタンブトール(EB)耐性 162 |
| 3.5ストレプトマイシン(SM)耐性 162 |
| 3.6カナマイシン(KM)耐性 162 |
| 3.7その他の薬剤に対する耐性に関与する遺伝子 162 |
| 4これまでの遺伝子工学的手法による結核菌の耐性迅速診断 163 |
| 5DNAチップによる薬剤耐性結核菌の迅速鑑別 163 |
| 6おわりに 169 |
| 第16章環境ゲノム 加藤貴彦、今井博久 |
| 1はじめに 171 |
| 2疫学と分子疫学 171 |
| 3発癌感受性素因について 172 |
| 4尿路上皮癌の発癌感受性素因 173 |
| 5分子疫学研究の予防医学的意義 175 |
| 6発癌感受性研究の問題点 176 |
| (1)癌原性化学物質と代謝の多様性 176 |
| (2)曝露量の評価 176 |
| (3)遺伝子多型の人種差 177 |
| (4)遺伝子解析の倫理的な問題 177 |
| 7DNAチップ技術への期待 178 |
| 8おわりに 179 |
| 第17章出芽酵母遺伝子のマイクロアレイによる発現解析 村上康文 |
| 1はじめに 180 |
| 2出芽酵母における遺伝子発現プロフィールの解析 181 |
| 3オリゴDNAマイクロアレイによる遺伝子発現プロフィールの解析 182 |
| 4マイクロアレイシステムの改良の試み 186 |
| 第18章好熱古細菌ゲノム解析 河原林裕 |
| 1はじめに 189 |
| 2世界での好熱菌ゲノム解析 189 |
| 3解析対象とした超好熱古細菌 190 |
| 4好熱菌ゲノムの全塩基配列決定 192 |
| 5ゲノム解析結果 193 |
| 6各菌のゲノム解析から明らかとなった特長 194 |
| 7古細菌間のゲノム比較 196 |
| 8ゲノム解析データの利用－新規機能の探索－ 198 |
| 9ゲノム解析データの利用－機能解析に向けて－ 199 |
| 10ゲノム解析の今後 200 |
| 第19章cDNAライブラリー 今本文男 |
| 1はじめに 202 |
| 2発現遺伝子のｃDNA作製 203 |
| 3細胞の発現遺伝子像を反映するｃDNAライブラリー 204 |
| 4cDNAライブラリーのrare cDNA濃縮 206 |
| 5ｃDNAライブラリーのrare cDNA捕捉 207 |
| 6完全長ｃDNAのライブラリー作製 209 |
| 7おわりに 210 |
| 第20章2D-PAGE画像処理におけるBioinformaticsの重要性 高橋勝利 |
| 1はじめに 213 |
| 22D-PAGEによるプロテオーム解析 214 |
| 2.12D-PAGEによる蛋白質分離 215 |
| 2.2質量分析による蛋白質スポットの同定 216 |
| 2.32D-PAGEマップの比較によるプロテオーム解析 |
| 32D-PAGE画像のコンピュータ画像処理 218 |
| 3.1スポットの自動認識と形状推定 219 |
| 3.2スポットパターンの自動照合 222 |
| 3.3マスタースポットパターンの自動生成 224 |
| 4まとめ 224 |
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