1.
|
図書
|
桜井敏雄著
|
2.
|
図書
|
角戸正夫[ほか]著
出版情報: |
東京 : 東京化学同人, 1978.11 338p ; 22cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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|
3.
|
図書
|
三宅静雄著
出版情報: |
東京 : 朝倉書店, 1969.3 2, 4, 341p ; 22cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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|
4.
|
図書
|
西川先生記念会編
出版情報: |
[東京] : [西川先生記念会], 1982.7 268p ; 22cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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|
5.
|
図書
|
H.S.Lipson [著] ; 能村光郎訳
出版情報: |
東京 : 共立出版, 1976.3 viii, 220p ; 21cm |
シリーズ名: |
モダンサイエンスシリーズ |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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|
6.
|
図書
東工大 目次DB
|
J.ドレント著 ; 竹中章郎, 勝部幸輝, 笹田義夫訳
出版情報: |
東京 : シュプリンガー・フェアラーク東京, 1998.1 xi, 296p ; 26cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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1章 タンパク質の結晶化 1 |
1.1 はじめに 1 |
1.2 タンパク質の結晶化の原理 1 |
1.3 結晶化の手法 4 |
1.4 リゾチームの結晶化 7 |
1.5 結晶について予備的なノート 10 |
1.6 X線回折実験の手順 11 |
1.7 ノート 15 |
まとめ 18 |
2章 X線源と検出器 19 |
2.1 はじめに 19 |
2.2 X線源 19 |
2.3 モノクロメータ 29 |
2.4 カメラと検出器 30 |
2.5 検出器 32 |
2.6 プレセッションカメラ 38 |
2.7 回転(振動)装置 44 |
2.8 電子二次元検出器 50 |
まとめ 52 |
3章 結晶 53 |
3.1 はじめに 53 |
3.2 対称 58 |
3.3 タンパク質結晶で可能な対称 64 |
3.4 座標値:一般位置と特殊位置 64 |
3.5 非対称単位 65 |
3.6 点群 66 |
3.7 結晶系 66 |
3.8 放射線損傷 69 |
3.9 結晶のキャラクタリゼーション 69 |
まとめ 71 |
4章 結晶によるX線回折の理論 72 |
4.1 はじめに 72 |
4.2 波とその加え合わせ 73 |
4.3 二電子系 76 |
4.4 原子による散乱 79 |
4.5 単位胞による散乱 81 |
4.6 結晶による散乱 82 |
4.7 回折条件 84 |
4.8 逆格子とEwald作図 85 |
4.9 温度因子 90 |
4.10 電子密度ρ(xyz)の計算 93 |
4.11 F(hkl)とF(h-k-l-)の比較 97 |
4.12 回折パターンの対称 98 |
4.13 中心格子に対するhkl反射条件 101 |
4.14 ある軸方向の電子密度の投影 102 |
4.15 結晶によって回折される強度 103 |
4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 109 |
まとめ 111 |
5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 112 |
5.1 はじめに 112 |
5.2 平均強度:Wilsonプロット 114 |
5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 116 |
まとめ 118 |
6章 構造因子の特殊な形式 119 |
6.1 はじめに 119 |
6.2 ユニタリ構造因子 119 |
6.3 規格化構造因子 120 |
まとめ 121 |
7章 同形置換法による位相問題の解 122 |
7.1 はじめに 122 |
7.2 パターソン関数 123 |
7.3 同形置換法 130 |
7.4 X線強度への重原子の効果 136 |
7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 139 |
7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 141 |
7.7 差フーリエ合成 144 |
7.8 異常分散 146 |
7.9 異常分散パターソン合成 150 |
7.10 Matthewsのパターソン合成 152 |
7.11 すべての誘導体についての共通の原点 155 |
7.12 Rossmannの方法 158 |
7.13 他の"共通原点"決定法 159 |
7.14 重原子パラメータの精密化 159 |
7.15 タンパク質結晶の位相角 164 |
7.16 最良フーリエ図に残る誤差 170 |
7.17 単一同形置換法(SIR) 173 |
まとめ 174 |
8章 位相の改善 176 |
8.1 はじめに 176 |
8.2 Simの重みとオミットマップ 177 |
8.3 溶媒領域の平滑化 182 |
8.4 分子平均化(molecular averaging) 187 |
8.5 ヒストグラムマッチング(histogram matchingまたは histogram mapping) 188 |
8.6 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 191 |
まとめ 192 |
9章 タンパク質の位相角および絶対構造の決定に対する異常分散の役割 193 |
9.1 はじめに 193 |
9.2 異常分散によるタンパク質結晶の位相角決定 193 |
9.3 異常分散利用によるタンパク質結晶の位相角の改良 194 |
9.4 絶対構造の決定 196 |
9.5 多波長異常分散法(MAD法) 198 |
まとめ 203 |
10章 分子置換法 204 |
10.1 はじめに 204 |
10.2 回転関数 205 |
10.3 並進関数 214 |
まとめ 224 |
11章 直接法 225 |
まとめ 227 |
12章 ラウエ回折 228 |
12.1 はじめに 228 |
12.2 逆空間の利用可能領域 229 |
12.3 多重問題 229 |
12.4 多重強度の解読 231 |
12.5 位置の重なり問題 232 |
12.6 波長の規格化 232 |
まとめ 234 |
13章 モデル構造の精密化 236 |
13.1 はじめに 236 |
13.2 最小二乗法 238 |
13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 243 |
13.4 特殊な精密化方法 244 |
まとめ 256 |
14章 位相情報の組合わせ 257 |
14.1 はじめに 257 |
14.2 同形置換法による位相情報 258 |
14.3 異常分散効果による位相情報 260 |
14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 261 |
まとめ 261 |
15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 262 |
15.1 はじめに 262 |
15.2 R因子 262 |
15.3 Ramachandranプロット 264 |
15.4 立体化学によるチェック 264 |
15.5 3D-1Dプロフィール法 266 |
15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 268 |
まとめ 272 |
付録1 電子密度マップの計算に使われる数式のまとめ 274 |
電子密度マップ 274 |
差電子密度マップ 274 |
2Fobs-Fcalcマップ 274 |
残余(あるいは二重差)電子密度マップ 275 |
オミットマップ 275 |
Simの重みつきオミットマップ 275 |
部分構造の位相角αcalcを用いる重みつき電子密度マップ 276 |
付録2 信頼度因子のまとめ 277 |
モデル構造の妥当性を表す一般的な結晶学的R因子 277 |
フリーR因子 277 |
対称によって関係づけられる強度を比較するR因子 277 |
対称によって関係づけられる構造因子を比較するためのR因子 277 |
N個のデータセットを併合したときのそれらのR因子 278 |
実空間R因子 278 |
Rcullis 278 |
Rkraut 278 |
Ranomalous 279 |
誘導体R因子 279 |
構造因子の実測値と計算値間の標準線形相関係数 279 |
重原子の寄与の良質度 279 |
Figure of Merit 280 |
付録3 X線強度の計数誤差 281 |
参考文献 283 |
索引 288 |
1章 タンパク質の結晶化 1 |
1.1 はじめに 1 |
1.2 タンパク質の結晶化の原理 1 |
|
7.
|
図書
東工大 目次DB
|
関宏子 [ほか] 著 ; 日本分析化学会編
目次情報:
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刊行のことば i |
まえがき iii |
Chapter 1 はじめに 1 |
1.1 有機構造解析に入る前に 2 |
1.2 有機化合物の分子構造と分子全体の枠組み 5 |
1.3 試料の取り扱い 6 |
1.4 構造推定の手法から何がわかるか 7 |
1.5 再結晶と融点測定 9 |
1.6 クロマトグラフ分離法 12 |
Chapter 2 有機元素分析組成式から分子式へ 15 |
2.1 有機元素分析装置とはかり 16 |
2.2 はかりとり操作が重要な理由 19 |
2.3 どんな試料を測定できるか 21 |
2.4 試料の燃焼分解,酸化および還元反応とは 24 |
2.4.1 燃焼分解・酸化 24 |
2.4.2 金属酸化物による酸化 25 |
2.4.3 妨害元素の除去 26 |
2.4.4 窒素酸化物の還元と残存酸素の除去 28 |
2.5 分解・生成ガスの分離 29 |
2.5.1 ガスクロマトグラフ法 29 |
2.5.2 カラム吸着・脱離分離法 30 |
2.5.3 吸収管除去法 31 |
2.6 どのようにしてガス成分の量を測定するのか 32 |
2.7 組成式の計算-標準物質による検量線とその補正 35 |
2.7.1 検量線の作成手順と分析値の計算 36 |
2.7.2 K-ファクターの作成手順と分析値の計算 37 |
2.8 特殊な試料にはどんな対策をするか 38 |
章末Q&A コーナーよくある質問 41 |
Chapter 3 質量分析分子量を決める 47 |
3.1 質量分析から得られる情報の種類 48 |
3.2 測定法-分子イオンの生成法 50 |
3.3 質量分析計の基本構成と測定原理 51 |
3.3.1 イオン化法 52 |
3.3.2 質量の分離 55 |
3.3.3 イオン検出モード 56 |
3.4 分子イオン・フラグメントイオンから分子量へ 57 |
3.4.1 分子イオン,擬分子イオンからの分子量同定 57 |
3.4.2 窒素ルール(Nitrogen Rule) 57 |
3.4.3 同位体ピークパターン 58 |
3.4.4 フラグメントイオン 59 |
3.4.5 精密質量(ミリマス) 59 |
章末Q&A コーナーよくある質問 65 |
Chapter 4 核磁気共鳴スペクトルから分子構造へ 79 |
4.1 核磁気共鳴(NMR)の特徴 80 |
4.2 構造解析によく使われる測定手法 83 |
4.2.1 化学シフト(Chemical Shift) 83 |
4.2.2 面積強度 84 |
4.2.3 シグナルの分裂(スピン-スピン結合;カップリング) 87 |
4.2.4 NMR の手法88 |
4.3 スペクトル解析の具体例-化合物の場合 91 |
4.3.1 構造解析によく使われる測定手法(続き) 102 |
4.4 化学シフトは変化する? 104 |
4.4.1 溶媒中の水のピーク 104 |
4.4.2 温度依存性 106 |
4.4.3 濃度依存性 106 |
4.5 見直そう1次元NMR 110 |
4.5.1 2次元NMRと1次元NMRとを組み合わせて 110 |
4.5.2 ヘテロ核測定(15N)の D測定の具体例 112 |
章末Q&A コーナーよくある質問115 |
Chapter 5 X線構造解析X 線の回折像から分子の3 次元構造へ 129 |
5.1 身近になったX線構造解析装置 130 |
5.2 X線による単結晶構造解析の概略 131 |
5.3 単結晶試料の作成-良質の結晶を作ろう 133 |
5.3.1 単結晶の作成方法 133 |
5.3.2 結晶を装着するときの注意点 134 |
5.3.3 測定の手順 135 |
5.4 X線構造解析の具体例 136 |
5.4.1 結晶作成 136 |
5.4.2 装置への装着 136 |
5.4.3 予備測定(格子定数の決定) 138 |
5.4.4 本測定と積分 140 |
5.4.5 空間群の決定 141 |
5.4.6 構造解析141 |
5.5 原理-どうして3次元構造がわかるのか 148 |
5.5.1 装置 148 |
5.5.2 単結晶は分子が規則正しく配列した状態 150 |
5.5.3 結晶構造因子と位相問題-回折X線強度はどのようにして決まるか- 153 |
5.5.4 温度因子-分子・原子は熱振動をしている- 154 |
5.5.5 回折強度測定から結晶構造へ 154 |
章末Q&A コーナーよくある質問 160 |
Chapter 6 スペクトルによる構造解析 165 |
6.1 スペクトルデータの相補的な利用とは 166 |
6.2 他のスペクトロスコピーの特徴 168 |
6.3 部分構造と分子構造の推定 172 |
章末Q&A コーナーよくある質問 174 |
おわりに執筆を終えて 181 |
参考文献 183 |
参考書 183 |
索引 187 |
刊行のことば i |
まえがき iii |
Chapter 1 はじめに 1 |
|
8.
|
図書
|
Leonid V. Azároff [著] ; 平林真, 岩崎博共訳
出版情報: |
東京 : 丸善, 1973.8 2冊 ; 22cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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|
9.
|
図書
東工大 目次DB
|
J.ドレント著 ; 竹中章郎 [ほか] 訳
出版情報: |
東京 : シュプリンガー・ジャパン, 2008.12 xiv, 313p ; 26cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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注 : F([h k l])[h k l]の上にバー |
|
第1章 タンパク質の結晶化 1 |
1.1 はじめに 1 |
1.2 タンパク質結晶化の原理 1 |
1.3 結晶化の手法 4 |
1.4 リゾチームの結晶化 8 |
1.5 結晶についての予備的ノート 9 |
1.6 X線回折実験の準備 10 |
1.7 凍結操作 13 |
1.8 ノート 16 |
まとめ 19 |
第2章 X線源と検出器 21 |
2.1 はじめに 21 |
2.2 X線源 21 |
2.3 モノクロメーター 30 |
2.4 カメラと検出器 32 |
2.5 検出器 33 |
2.6 振動カメラ 38 |
まとめ 44 |
第3章 結晶 45 |
3.1 はじめに 45 |
3.2 対称 49 |
3.3 タンパク質結晶で可能な対称 55 |
3.4 座標値 : 一般位置と特殊位置 56 |
3.5 非対称単位 56 |
3.6 点群 57 |
3.7 結晶系 58 |
3.8 放射線損傷 60 |
3.9 結晶のキャラクタリゼーション 60 |
まとめ 62 |
第4章 結晶によるX線回折の理論 63 |
4.1 はじめに 63 |
4.2 波とその加え合わせ 64 |
4.3 二電子系 66 |
4.4 原子による散乱 69 |
4.5 単位胞による散乱 71 |
4.6 結晶による散乱 72 |
4.7 回折条件 74 |
4.8 逆格子とEwald作図 75 |
4.9 温度因子 79 |
4.10 電子密度ρ(x y z)の計算 82 |
4.11 F([h k l])とF([h k l])の比較 87 |
4.12 回折パターンの対称 88 |
4.13 中心格子に対するh k l 反射条件 91 |
4.14 結晶によって回折される強度 92 |
4.15 原子の並ぶ面による反射 98 |
4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 100 |
まとめ 101 |
第5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 103 |
5.1 はじめに 103 |
5.2 平均強度Wilsonプロット 105 |
5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 107 |
5.4 双晶 109 |
まとめ 111 |
第6章 構造因子の特殊な形式 113 |
6.1 はじめに 113 |
6.2 ユニタリ構造因子 113 |
6.3 規格化構造因子 114 |
まとめ 115 |
第7章 同形置換法による位相問題の解決法 117 |
7.1 はじめに 117 |
7.2 パターソン関数 118 |
7.3 同形置換法 126 |
7.4 X線強度に対する重原子の効果 132 |
7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 134 |
7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 136 |
7.7 差フーリエ合成 138 |
7.8 異常分散 140 |
7.9 異常分散パターソン合成 144 |
7.10 すべての誘導体に対する共通の原点 145 |
7.11 タンパク質の初期位相角を用いての重原子パラメータの精密化 148 |
7.12 タンパク質の位相角 151 |
7.13 最良フーリエ図の残留誤差 154 |
7.14 単一同形置換法 159 |
まとめ 160 |
第8章 位相の改善 161 |
8.1 はじめに 161 |
8.2 Sim重みとオミットマップ 162 |
8.3 溶媒平滑化 167 |
8.4 非結晶学的対称と分子平均化 173 |
8.5 ヒストグラムマッチング法 176 |
8.6 wARPによる重複精密化ダミー原子モデルの重みつき平均化 178 |
8.7 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 179 |
まとめ 180 |
第9章 タンパク質位相角と絶対配置の決定における異常散乱181 |
9.1 はじめに 181 |
9.2 異常散乱によるタンパク質位相角決定 181 |
9.3 異常散乱を用いたタンパク質位相角の改善 182 |
9.4 絶対配置の決定 184 |
9.5 多波長異常分散法(MAD法)と単波長異常分散法(SAD法) 185 |
まとめ 194 |
第10章 分子置換法 197 |
10.1 はじめに 197 |
10.2 回転関数 198 |
10.3 並進関数 204 |
まとめ 215 |
第11章 直接法 217 |
11.1 はじめに 217 |
11.2 Shake-and-Bake 217 |
11.3 SHELXD 222 |
11.4 最大エントロピーの原理 224 |
まとめ 226 |
第12章 ラウエ回折 227 |
12.1 はじめに 227 |
12.2 逆空間の利用可能領域 228 |
12.3 エネルギー重複 228 |
12.4 エネルギー重複した反射強度の分離 230 |
12.5 回折斑点の空間重複問題 231 |
12.6 波長規格化 231 |
まとめ 232 |
第13章 モデル構造の精密化 235 |
13.1 はじめに 235 |
13.2 精密化の数学的基礎 237 |
13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 247 |
13.4 特殊な精密化方法 249 |
まとめ 262 |
第14章 位相情報の組合わせ 263 |
14.1 はじめに 263 |
14.2 同形置換法による位相情報 264 |
14.3 異常分散効果による位相情報 266 |
14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 267 |
14.5 SAD法による位相情報 267 |
まとめ 267 |
第15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 269 |
15.1 はじめに 269 |
15.2 R因子 269 |
15.3 Ramachandranプロット 271 |
15.4 立体化学によるチェック 272 |
15.5 3D-1Dプロフィール法 272 |
15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 275 |
まとめ 279 |
第16章 タンパク質結晶化の実際 281 |
16.1 はじめに 281 |
16.2 遺伝子クローニングと発現 282 |
16.3 タンパク精製 283 |
16.4 タンパク質結晶化 286 |
まとめ 287 |
付録1 電子密度マップの計算に用いる数式のまとめ 289 |
付録2 信頼度因子のまとめ 293 |
付録3 X線強度の計数誤差 299 |
参考文献 301 |
索引 309 |
注 : F([h k l])[h k l]の上にバー |
|
第1章 タンパク質の結晶化 1 |
|
10.
|
図書
|
仁田勇監修
出版情報: |
東京 : 丸善, 1959.7-1961.1 2冊 ; 26cm |
子書誌情報: |
loading… |
所蔵情報: |
loading… |
|
11.
|
図書
|
Georgё H.Stout, Lyle H.Jensen著 ; 飯高洋一訳
出版情報: |
東京 : 東京化学同人, 1972.10 xi, 509p ; 22cm |
子書誌情報: |
loading… |
所蔵情報: |
loading… |
|
12.
|
EB
|
中井泉, 泉富士夫編集
出版情報: |
[東京] : KinoDen, [20--] 1オンラインリソース (x, 296p, 図版 [2] 枚) |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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粉末X線回折法の原理を理解しよう |
粉末X線回折データを測定する |
粉末X線回折データの読み方 |
回折強度・プロファイルの読み方とその活用 |
放射光粉末X線回折 |
構造解析用の試料調製と回折データ測定 |
X線結晶学入門 |
リートベルト法 |
リートベルト解析に取り組む人へのアドバイス |
RIETAN‐FPと周辺プログラムによるリートベルト解析の手続き |
MEM−MPF解析 |
粉末X線回折でこんなことがわかる |
粉末未知結晶構造解析 |
先端材料への応用 |
PDF法による局所構造解析 |
粉末X線回折法の原理を理解しよう |
粉末X線回折データを測定する |
粉末X線回折データの読み方 |
|
13.
|
EB
|
太田和親著
出版情報: |
[東京] : KinoDen , 東京 : 丸善出版, 2021.12 1オンラインリソース (ix, 162p) |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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第1章 結晶:X線による結晶構造の決定 : X線の発見 |
X線の発生 |
X線の回折 ほか |
第2章 多形現象 : 多形現象と多形 |
一次相転移と二次相転移 |
相図 ほか |
第3章 液晶多形とそのX線構造解析 : 中間相とは何か |
液晶の種類 |
中間相の次元性と階層性 ほか |
第1章 結晶:X線による結晶構造の決定 : X線の発見 |
X線の発生 |
X線の回折 ほか |
概要:
本書は、液晶をはじめとしたソフトマターの多形の相構造と、そのX線構造解析について、理論や手法を統一的に解説した世界初の書籍である。本書ではまず、基礎知識としテ、第1章で結晶相のX線構造解析の理論と手法を概説し、第2章で結晶多形の基礎理論と調
…
整方法を解説する。そして第3章にて、液晶多形を例にX線構造解析手法を詳細に説明する。多形の相構造は、線形代数学の概念を用いて統一的に把握する。これらの理論と手法を知っていれば、さまざまなソフトマターのX線構造解析が可能となる。ソフトマター研究に携わる学生・研究者必携の一冊。
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|
14.
|
EB
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竹中章郎編著 ; 熊坂崇 [ほか] 著
出版情報: |
[東京] : KinoDen , 東京 : 丸善出版, 2022.2 1オンラインリソース (x, 318p) |
子書誌情報: |
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目次情報:
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第1部 概論 : 生体高分子の世界を覗く |
構造解析の結果の公表 |
第2部 回折実験 : 生体高分子の調製 |
生体高分子の結晶化 |
結晶の対称性 |
X線の散乱と回折 ほか |
第3部 構造解析 : 構造因子の特性 |
位相問題の解決 |
構造モデルの構築と位相の改良 |
構造の精密化 ほか |
第1部 概論 : 生体高分子の世界を覗く |
構造解析の結果の公表 |
第2部 回折実験 : 生体高分子の調製 |
概要:
結晶学的素養を身につけ、適切に生体高分子の構造解析を進めるための実践的テキスト。第1部で解析法と結果公表手順の概要をまとめたのち、第2部、第3部にて、実際の解析手順に沿って、実践に即する技術とその理論的背景や必要性、注意点などを解説。
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15.
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図書
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奥寺浩樹著
出版情報: |
東京 : 丸善プラネット , 東京 : 丸善出版 (発売), 2022.3 v, 131p ; 30cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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16.
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図書
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角戸正夫, 笹田義夫著
出版情報: |
東京 : 東京化学同人, 1993.10 ix, 178p ; 22cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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17.
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図書
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高良和武, 菊田惺志著
出版情報: |
東京 : 東京大学出版会, 1979.1 152p ; 21cm |
シリーズ名: |
物理工学実験 ; 10 |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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18.
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図書
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加藤範夫著
出版情報: |
東京 : 朝倉書店, 1995.9 vi, 190p ; 22cm |
シリーズ名: |
現代人の物理 ; 6 |
子書誌情報: |
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19.
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図書
東工大 目次DB
|
桜井敏雄著
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1 概論 |
1.1 序説 1 |
1.1-1 原子を見る眼 1 |
1.1-2 原子の世界への道 2 |
1.2 結晶解洗斤の基礎 4 |
1.2-1 3つの基本的事実 5 |
1.2-2 結晶認斤の基礎方程式 5 |
1.2-3 実行のための知識 6 |
1.3 X線の散乱 6 |
1.3-1 波の合成 6 |
1.3-1 問題 11 |
1.3-2 X線の電子による散乱 11 |
1.3-3 電子の集合によるX線の散乱 12 |
1.3-4 反射球 14 |
1.3-5 逆空間 15 |
1.3-6 原子による散乱 15 |
1.3-7 分子による散乱 17 |
1.3-7 問題 22 |
1.3-8 分子の回転 22 |
1.4 結晶によるX線の回折 23 |
1.4-1 結晶による回折 23 |
1.4-2 逆格子 26 |
1.4-3 正格子と逆各子 28 |
1.4-3 問題 30 |
1.4-4 結晶構造因子 31 |
1.5 結晶の回折像 33 |
1.5-1 回折像の観測法 33 |
1.5-1 問題 36 |
1.5-2 限界球 37 |
1.5-3 波長の選択 37 |
1.5-4 積分強度 39 |
1.6 結果の表現 40 |
1.6-1 フーリエ合成 40 |
1.6-2 2次元投影 41 |
1.6-3 正しさの評価 42 |
2 結晶の対称性 |
2.1 基本的概念 43 |
2.1-1 結晶格子 43 |
2.1-2 対称要素と対称操作 45 |
2.1-3 併進を持った対称要素 46 |
2.2 対称操作の群 47 |
2.2-1 点群と結晶点群 48 |
2.2-2 結晶系 48 |
2.2-3 空間格子(Bravais(ブラベ)格子) 50 |
2.2-3 問題 51 |
2.2-4 空間群 51 |
2.2-5 平面群 53 |
2.2-5 International Tab1esの見方 53 |
2.2-7 軸の変換による記号の変換 55 |
2.2-7 問題 57 |
2.3 逆格子の対称性 57 |
2.3-1 逆格子の点群 57 |
2.3-2 反射の多重度 59 |
2.3-3 逆格子の空間格子 60 |
2.4 空間群の決定 63 |
2.4-1 消滅則による決定 63 |
2.4-2 晶族の決定 63 |
2.4-3 対称要素の判別 64 |
2.4-4 左右対掌 65 |
3 X線回折像の測定 |
3.1 測定装置 66 |
3.1-1 装置 66 |
3.1-2 ワイセンベルグカメラの使用法 67 |
3.1-3 等傾角法の得失 72 |
3.1 問題 76 |
3.2 結晶格子と空間群の決定 77 |
3.2-1 振動写真の利用 77 |
3.2-2 0層ワイセンベルグ写真の解釈 77 |
3.2-3 高次層線の利用 81 |
3.2-4 指数づけ 85 |
3.2-5 Laue群と空間群の決定 85 |
3.2-6 双晶 86 |
3.2 問題 89 |
3.3 格子定数の決定 89 |
3.3-1 粗い測定 90 |
3.3-2 最小2乗法の利用 91 |
3.3 問題 95 |
3.4 写真法による回折強度の測定 95 |
3.4-1 X線フィルムの性質 96 |
3.4-2 強度測定用写真の撮影 98 |
3.4-3 黒さの測定 103 |
3.5 構造因子|F|の決定 104 |
3.5-1 Lorentz因子,偏光因子および吸収補正 104 |
3.5-2 層線間の相対尺度の決定 106 |
3.5-3 絶対尺度の決定 107 |
3.6 自動回折計 109 |
3.6-1 自動回折計の必要性 109 |
3.6-2 ゴニオメーターの基本形式 110 |
3.6-3 カウンターと結晶との相対運動 113 |
3.6-4 カウンターの特性 115 |
3.6-5 自動制御の方式 117 |
4 構造解析の方法 |
4.1 最初の手がかり 119 |
4.1-1 密度 119 |
4.1-2 特殊位置 120 |
4.1-3 立入禁止地帯 121 |
4.1-4 実例 122 |
4.1-5 識寛を眺めて 125 |
4.1-5 問題 129 |
4.2 Patterson関数 130 |
4.2-1 Patterson級数 130 |
4.2-2 点集合とベクトル集合 131 |
4.2-2 問題 135 |
4.2-3 重なりのあるベクトル集合 135 |
4.2-4 周期的に並んだ点集合 138 |
4.2-4 問題 141 |
4.2-5 ベクトル集合の空間群 141 |
4.2-6 Harkerの切り口 142 |
4.2-7 等価位置間のベクトル集合 144 |
4.2-7 問題 146 |
4.2-8 電子密度のPatterson関数 146 |
4.2-9 鋭くしたPatterson関数 148 |
4.2-10 Patterson関数の山の高さ 148 |
4.2-11 最小関数法 149 |
4.2-12 Patterson関数の解の実例 152 |
4.3 分子の形の利用 155 |
4.3-1 分子内ベクトルの集合 155 |
4.3-2 分子構造因子の利用 156 |
4.3-3 分子の位置の決定 159 |
4.3-4 分子位置決定の実例 160 |
4.4 部分から全体へ 162 |
4.4-1 重原子法と同型置換法 163 |
4.4-2 フーリエ合成と差の合成 164 |
4.4-3 重原子法に残る困難 168 |
4.4-4 軽原子決定の実例 170 |
4.5 直接な位相決定 171 |
4.5-1 不等式法 172 |
4.5-2 不等式法の応用の実例 173 |
4.5-3 符号の関係式 180 |
4.5-4 記号の和の方法(Symbolic Addition法) 182 |
4.6 解きにくい構造 183 |
4.6-1 ホモメトリックな構造 183 |
4.6-2 右手と左手 185 |
4.6-3 不完全な構造 187 |
4.7 パラメターの決定 188 |
4.7-1 結晶構造を表現するパラメタ- 188 |
4.7-2 パラメターの正確な決定 189 |
4.7-3 パラメターの精度と有意性 190 |
5 結晶構造解析の数学 |
5.1 変換の数学 191 |
5.2 フーリエ変換の諸性質 194 |
5.2-1 フーリエ変換の定義 194 |
5.2-2 フーリエ逆変換 195 |
5.2-3 特別な関数のフーリエ変換 195 |
5.2-3 問題 201 |
5.2‐4 関数の和のフーリエ変換 201 |
5.2-5 周期関数のフーリエ変換 202 |
5.2-6 Convolution(たたみ込み) 203 |
5.2-7 Convolutionのフーリエ変換 205 |
5.2-7 問題 207 |
5.2-8 極座標によるフーリエ変換 207 |
5.2-9 原子構造因子 208 |
5.2-10 熱振動の影響 209 |
5.2-11 フーリエ級数とフーリエ成分 211 |
5.2-11 問題 212 |
5.2-12 フーリエ変換とフーリエ級数との関係 214 |
5.2-13 フーリエ級数の微分 216 |
5.2-14 フーリエ級数の積分 218 |
5.3 線型変換の代数学 220 |
5.3-1 マトリックス演算 220 |
5.3-1 問題 224 |
5.3-2 連立1次方程式 224 |
5.3-3 マトリックスの固有方程式 225 |
5.3-4 長円体の主軸 226 |
5.3-5 最確値と標準偏差 227 |
5.3-6 最小2乗法 229 |
5.3-7 誤差の伝播 232 |
5.4 結晶格子の変換 233 |
5.4-1 結晶軸の変換 233 |
5.4-2 基本テンソル 237 |
5.4-2 問題 238 |
5.4-3 熱振動テンソルの変換 238 |
5.4-4 回転のマトリックス 239 |
5.5 対称操作 239 |
5.5-1 対称操作のマトリックスによる表現 239 |
5.5-2 特殊位置 241 |
5.5-2 問題 242 |
5.5-3 結晶構造因子の変換 242 |
5.5-3 問題 244 |
5.6 強度の統計 244 |
5.6-1 強度の分布 244 |
5.6-2 対称中心の判別 245 |
5.6-3 対称操作の影響 248 |
6 結晶構造解析の計算 |
6.1 電子計算機の利用 250 |
6.1-1 計算機とプログラム 250 |
6.1-2 UNICSの基本的な考え方 252 |
6.1-3 三角関数の計算 255 |
6.1-4 標準偏差の計算 256 |
6.2 観測データーの処理 257 |
6.2-1 データー処理の過程 257 |
6.2-2 フィルム因子と平均強度 258 |
6.2-3 Lorentz,偏光因子等の補正 258 |
6.2-4 吸収補正 260 |
6.2-5 相対尺度の決定 262 |
6.2-6 絶対尺度の決定 264 |
6.3 結晶構造因子と最小2乗法 265 |
6.3-1 結晶構造因子の計算 265 |
6.3-2 最小2乗法 268 |
6.3-3 特殊位置の原子 273 |
6.3-4 最小2乗法の適用条件 275 |
6.4 フーリエ合成 278 |
6.4-1 フーリエ合成の一般式 278 |
6.4-2 対称操作の取扱い 282 |
6.4-3 高い対称性の場合 286 |
6.4-4 任意の切り口の計算 286 |
6.4-5 異常分散を含んだ場合 287 |
6.4-6 合成結果の表現 288 |
6.4-7 最小関数 292 |
6.5 パラメターの関数 292 |
6.5-1 ベクトルの長さと方向 292 |
6.5-2 原子間距離および角度の計算 293 |
6.5-3 テンソルの主軸 296 |
6.5-4 原子の非等方性熱振動 297 |
6.5-5 分子の慣性能率と最適平面 299 |
6.5-6 分子の剛体振動 302 |
6.5-7 熱振動による原子間距離の補正 304 |
参考文献 306 |
問題解答 308 |
付録Ⅰ 空間群決定の表 320 |
付録Ⅱ |
(a) 回転写真による回転軸周期決定の表 330 |
(b) ワイセンベルグカメラの目盛設定の表 335 |
付録Ⅲ 原子中心とPatterson関数の中心の値の表 337 |
付録Ⅳ 5020 UNICS使用法 344 |
1. プログラムカード 345 |
2. データーの構成 346 |
3. データーカード 346 |
4. 標準データー形式 348 |
5. 何もやらないサブルーティン(Dummy Subroutine) 356 |
6. プログラム使用法 356 |
RSLC-3 格子定数の決定 356 |
RSWS-3 対称中心判定 359 |
RDTR-3 反射データー処理 361 |
RSSFR-3 構造因子およびフーリエ合成 371 |
RSDLS-3 対角近似最小2乗法 379 |
RSSFA-3 結晶構造因子 379 |
RSFLS-4 完全マトリックス構造因子,最小2乗法 383 |
RSDA-4 原子間距離および角度 388 |
RSBP-3 分子平面の計算 391 |
RSMV-4 分子の剛体振動 392 |
付録Ⅴ |
(a) ワイセンベルグフィルム上の極座標 巻末図 |
(b) ワイセンベルグフィルム上の逆格子座標 巻末図 |
索引 395 |
1 概論 |
1.1 序説 1 |
1.1-1 原子を見る眼 1 |
|
20.
|
図書
|
宮前博著
出版情報: |
東京 : 三共出版, 2015.4 viii, 141p ; 26cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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結晶とは |
結晶の対称性 : 32の晶族 / 点群 |
7つの結晶系・14のブラベ格子 |
並進操作を含む対称要素、空間群 |
X線 |
人類初のX線結晶構造解析—NaClとKClの結晶構造の決定とミラー指数 |
波の表現—波動運動の複素数による表現とオイラーの公式 |
結晶とX線の相互作用—回折理論 |
構造因子—電子密度と回折強度および消滅則 |
X線回折実験—データ測定・空間群の決定・データの評価 |
X線結晶構造解析の実際—思わぬハプニング・低温実験でのトラブル |
X線以外の波動を利用した回折—電子線と中性子についてちょっとだけ |
結晶とは |
結晶の対称性 : 32の晶族 / 点群 |
7つの結晶系・14のブラベ格子 |
|
21.
|
図書
|
大場茂, 矢野重信編著
|
22.
|
図書
東工大 目次DB
|
大橋裕二著
出版情報: |
東京 : 裳華房, 2005.9 x, 152p ; 21cm |
シリーズ名: |
化学新シリーズ |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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化学新シリーズ X線結晶構造解析 |
第1章 構造を知る |
1.1 X線の発見と結晶構造解析への適用 2 |
1.2 X線の性質 9 |
1.3 回折法の特徴 12 |
演習問題 14 |
第2章 X線による散乱 |
2.1 1個の電子による散乱 17 |
2.2 X線の干渉 18 |
2.3 原子による散乱 23 |
2.4 単位胞からの散乱 26 |
2.5 結晶からの散乱 27 |
2.6 逆格子の考え方 30 |
2.7 逆格子と実格子の関係 31 |
2.8 ブラッグの条件 34 |
2.9 回折の条件 36 |
2.10 フーリエ変換と電子密度 37 |
2.11 原子の熱振動 39 |
演習問題 41 |
第3章 結晶の対称 |
3.1 結晶格子と格子点 44 |
3.2 対称の要素 45 |
3.3 結晶の点群 48 |
3.4 7つの結系 51 |
3.5 空間格子 53 |
3.6 点空間群 56 |
3.7 らせん軸と映進面 57 |
3.8 230の空間群 61 |
3.9 空間群の実例 63 |
3.10 空間群の判定 69 |
3.10.1 ラウエ対称の判定 69 |
3.10.2 空間格子の判定 71 |
3.10.3 らせん軸と映進面の判定 73 |
3.10.4 空間群の判定-単斜晶系の例 75 |
演習問題 77 |
第4章 構造解析-位相決定の方法 |
4.1 直接法 79 |
4.1.1 セイヤーの等式 79 |
4.1.2 ウィルソンの統計 81 |
4.1.3 規格化構造因子 83 |
4.1.4 対称心の有無の判定 84 |
4.1.5 原点の指定 84 |
4.1.6 位相関係式 86 |
4.1.7 正解判定の基準 88 |
4.2 パターソン法 91 |
4.2.1 重原子法 92 |
4.2.2 ベクトルサーチ法 95 |
4.3 同形置換法 97 |
演習問題 101 |
第5章 強度データの補正と構造モデルの修正 |
5.1 異方性熱振動 103 |
5.2 多重度と占有率 104 |
5.3 消衰効果 106 |
5.4 二重散乱(レニンガー効果) 108 |
5.5 熱散漫散乱 109 |
5.6 長周期構造 110 |
5.7 積分強度 111 |
5.8 異常散乱と絶対構造 112 |
6.1 最小二乗法 120 |
6.2 信頼度因子 124 |
6.3 構造因子の重み 124 |
6.4 絶対構造の決定 125 |
6.5 儀対称と乱れた構造 126 |
6.6 最小二乗計算を行う上での注意 127 |
6.6.1 収束の条件 127 |
6.6.2 D-フーリエ図 127 |
6.6.3 水素原子の取り扱い 128 |
6.6.4 対称性を考慮した熱振動 129 |
演習問題 130 |
第7章 結果の整理 |
7.1 結晶データ 131 |
7.2 結晶構造図と分子構造図 133 |
7.3 結合距離,結合角,ねじれ角 135 |
7.4 最適平面 137 |
7.5 剛体振動モデル 138 |
7.6 CIFとデータベース 139 |
さらに勉強したい人たちのために 141 |
演習問題の解答 144 |
索引 149 |
囲み記事 : X線を発見したレントゲン〔3〕 |
X線の本質を明らかにしたラウエ〔5〕 |
結晶構造を解析したブラッグ父子〔7〕 |
結晶解析に空間群を導入した西川正治〔62〕 |
直接法を発展させたカール夫妻〔89〕 |
パターソン関数の誕生〔96〕 |
同形置換法のペルツとウィルソン統計〔100〕 |
絶対構造を決めたバイフット〔118〕 |
化学新シリーズ X線結晶構造解析 |
第1章 構造を知る |
1.1 X線の発見と結晶構造解析への適用 2 |
|
23.
|
図書
|
大橋裕二編著 ; 植草秀裕 [ほか] 著
出版情報: |
東京 : 東京化学同人, 2015.12 x, 292p ; 22cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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結晶の周期性とX線 |
結晶とその対称性 |
X線の回折と電子密度 |
回折強度の対称性と消滅則:空間群の判定 |
回折強度と構造因子 |
構造因子の位相の決定 |
構造の精密化 |
実際の構造解析:解析ソフトウェアの取扱いとCIFファイル |
解析結果の整理 |
中性子構造解析 |
粉末構造解析 |
薄膜の構造解析 |
結晶の周期性とX線 |
結晶とその対称性 |
X線の回折と電子密度 |
|
24.
|
図書
|
大場茂, 植草秀裕著
出版情報: |
京都 : 化学同人, 2014.9 vi, 208p ; 26cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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1章 : X線回折法の原理 |
2章 : 結晶構造の対称性 |
3章 : 構造モデルの導出および精密化 |
4章 : 単結晶育成と測定の用意 |
5章 : X線回折強度の測定 |
6章 : 構造解析の実際の流れ |
7章 : 構造解析の落とし穴 |
8章 : CIF |
9章 : トラブルシューティング |
10章 : SHELXの使い方 |
1章 : X線回折法の原理 |
2章 : 結晶構造の対称性 |
3章 : 構造モデルの導出および精密化 |
|
25.
|
図書
|
中井泉, 泉富士夫編集
出版情報: |
東京 : 朝倉書店, 2021.8 x, 296p, 図版 [2] 枚 ; 26cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
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粉末X線回折法の原理を理解しよう |
粉末X線回折データを測定する |
粉末X線回折データの読み方 |
回折強度・プロファイルの読み方とその活用 |
放射光粉末X線回折 |
構造解析用の試料調製と回折データ測定 |
X線結晶学入門 |
リートベルト法 |
リートベルト解析に取り組む人へのアドバイス |
RIETAN‐FPと周辺プログラムによるリートベルト解析の手続き |
MEM−MPF解析 |
粉末X線回折でこんなことがわかる |
粉末未知結晶構造解析 |
先端材料への応用 |
PDF法による局所構造解析 |
粉末X線回折法の原理を理解しよう |
粉末X線回折データを測定する |
粉末X線回折データの読み方 |
|
26.
|
図書
東工大 目次DB
|
桜井敏雄著
出版情報: |
東京 : 裳華房, 1983.1 xi, 284p ; 22cm |
シリーズ名: |
応用物理学選書 ; 4 |
子書誌情報: |
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1. 概観 |
1.1 序 説 1 |
1.2 結晶解析の物理的背景 2 |
1.3 物体からのX線の回折 7 |
1.4 原子構造因子 10 |
1.5 単位胞の構造因子 12 |
1.6 結晶の構造因子 14 |
1.7 逆格子 16 |
1.8 フーリエ変換 19 |
1.9 逆結晶 21 |
1.10 回折像と逆結晶 22 |
1.11 複素数としての構造因子 23 |
1.12 結晶構造解析の立場 25 |
2. 対称 |
2.1 結晶の対称性 27 |
2.2 結晶格子の形 29 |
2.3 軸の変換 36 |
2.4 複合格子による消滅則 41 |
2.5 対称操作の数学的表わし方 42 |
2.6 逆結晶の対称性 46 |
2.7 空間群の表わし方 49 |
2.8 |逆結晶|の対称性 52 |
3. 回折データの測定 |
3.1 X線を取扱う注意 55 |
3.2 結品 57 |
3.2.1 結晶の準備 57 |
3.2.2 結晶の面と軸 60 |
3.3 測定の原理 62 |
3.3.1 4軸型単結晶回折計 63 |
3.3.2 単色X線 65 |
3.3.3 Kα尾の二重線 68 |
3.3.4 4軸型ゴニオメータの幾何学 69 |
3.4 測定の手順 73 |
3.4.1 ピーク探し 74 |
3.4.2 単純逆格子の組み立て 75 |
3.4.3 晶系と空間格子の決定 78 |
3.4.4 |逆結晶|の対称と空間群の決定 94 |
3.4.5 セッティングパラメータと格子定数の糖密決定 98 |
3.4.6 回折強度の測定 101 |
3.5 測定データの補正 106 |
3.5.1 吸収補正 107 |
3.5.2 損傷の補正 111 |
3.6 異常分散効果の利用 113 |
3.6.1 異常分散効果の測定 113 |
3.6.2 絶対構造の決定 118 |
3.6.3 点群の判定 120 |
4. 結晶解析の手はじめ |
4.1 はじめに何をしたらよいか 123 |
4.2 単位胞の中の分子数 125 |
4.3 非対称単位 129 |
4.4 重原子法 131 |
4.4.1 重原子法 131 |
4.4.2 原点の任意性 132 |
4.4.3 チェシャー群 135 |
4.5 パターソンの関数 137 |
4.6 R因子法 144 |
4.7 偽の対称 145 |
4.8 同型置換法と異常分散法 149 |
5. 直接法 |
5.1 直接法の原理 151 |
5.2 直接法の手順 156 |
5.3 規格化構造因子 157 |
5.4 位相の関係式 160 |
5.5 最初の位相 161 |
5.5.1 原点指定の組 161 |
5.5.2 初期位相の指定 164 |
5.6 位相の拡張 165 |
5.7 解けないときの対策 171 |
5.7.1 フーリエ合成の検討 171 |
5.7.2 位相角の分布の検討 172 |
5.7.3 原点と初期位相の選択 172 |
5.7.4 |E|の計算法 173 |
5.8 モンテカルロ法による位相の決定 174 |
5.9 位相と空間群との関係 178 |
5.10 解きにくい構造 180 |
6. 結晶解析の完成 |
6.1 構造の精密化の手順 183 |
6.2 最小二乗法の実行 189 |
6.3 特殊位置の取扱い 191 |
6.3.1 原子多重度の取扱い 191 |
6.3.2 特殊位置の座標 192 |
6.3.3 非等方性温度因子 192 |
6.4 最小二乗法が失敗する場合 201 |
6.5 束縛条件下の最小二乗法 202 |
6.6 分子モデルの作製 204 |
6.7 解析結果の関数 207 |
6.7.1 原子座標の関数 207 |
6.7.2 温度因子の関数 209 |
6.8 解析結果の精度 212 |
7. フーリエ合成と結晶構造因子 |
7.1 フーリエ合成とはどういうことか 214 |
7.2 部分的に正しいフーリエ合成 228 |
7.3 D合成による結合電子の表示 230 |
7.4 光学的フーリエ合成 232 |
7.5 結晶構造因子の計算 236 |
7.6 結晶構造因子の位相と対称操作 240 |
8. 計算プログラムとデータ検索 |
8.1 コンピュータプログラム 241 |
8.2 プログラムシステムの構成 242 |
8.3 結晶データはどうして探したらよいか 243 |
参考文献 246 |
問題解答 247 |
付録 |
1. 特殊な用語についての付記 252 |
2. 論文に記載する項目 254 |
3. 付表 |
付表Ⅰ 空間群決定の表 258 |
付表Ⅱ 単斜晶系の2回軸(2または2)の選び方による空間群記号の変化 268 |
付表Ⅲ 直方品系(斜方品系)で付表Ⅰで求められた空間群名と標準空間群名との関係 268 |
付表Ⅳ チェシャー群と原点の表 269 |
付表Ⅴ 結晶軸の変換にともなう各種のパラメータの変換 273 |
付表Ⅵ 異常分散項と吸収断面積 274 |
付表Ⅶ 非対称単位の表 276 |
索引 279 |
1. 概観 |
1.1 序 説 1 |
1.2 結晶解析の物理的背景 2 |
|
27.
|
図書
|
井本英夫著 ; 日本化学会編
出版情報: |
東京 : 共立出版, 2016.7 x, 201p ; 19cm |
シリーズ名: |
化学の要点シリーズ ; 15 |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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目次情報:
続きを見る
第1章 結晶とX線 : 結晶とX線回折 |
波としてのX線 ほか |
第2章 X線回折の幾何学 : ベクトル |
波を数式で表現する ほか |
第3章 構造因子 : フーリエ変換とフーリエ展開 |
3次元のフーリエ変換 ほか |
第4章 結晶構造の対称性 : 結晶構造における対称操作 |
点群対称操作 ほか |
付録 |
第1章 結晶とX線 : 結晶とX線回折 |
波としてのX線 ほか |
第2章 X線回折の幾何学 : ベクトル |
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28.
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図書
|
安岡則武著
出版情報: |
京都 : 化学同人, 2000.5 119p ; 26cm |
子書誌情報: |
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所蔵情報: |
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29.
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図書
|
William Clegg著 ; 大場茂訳
目次情報:
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1 X線結晶学の基礎 : 結晶構造解析と他の解析法との比較 |
目と顕微鏡の類似性 ほか |
2 X線結晶解析の手順 : 試料の調製と選択 |
回折パターンの測定 ほか |
3 X線結晶解析の実例 : 例1:水銀(2)チオラート錯体 |
例2:溶媒和したキラルなロジウム錯体 ほか |
4 関連する研究ならびに測定法 : 単結晶中性子回折 |
粉末による回折 ほか |
1 X線結晶学の基礎 : 結晶構造解析と他の解析法との比較 |
目と顕微鏡の類似性 ほか |
2 X線結晶解析の手順 : 試料の調製と選択 |
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