| 注 : F（[h k l]）[h k l]の上にバー |
| |
| 第1章 タンパク質の結晶化 1 |
| 1.1 はじめに 1 |
| 1.2 タンパク質結晶化の原理 1 |
| 1.3 結晶化の手法 4 |
| 1.4 リゾチームの結晶化 8 |
| 1.5 結晶についての予備的ノート 9 |
| 1.6 X線回折実験の準備 10 |
| 1.7 凍結操作 13 |
| 1.8 ノート 16 |
| まとめ 19 |
| 第2章 X線源と検出器 21 |
| 2.1 はじめに 21 |
| 2.2 X線源 21 |
| 2.3 モノクロメーター 30 |
| 2.4 カメラと検出器 32 |
| 2.5 検出器 33 |
| 2.6 振動カメラ 38 |
| まとめ 44 |
| 第3章 結晶 45 |
| 3.1 はじめに 45 |
| 3.2 対称 49 |
| 3.3 タンパク質結晶で可能な対称 55 |
| 3.4 座標値 : 一般位置と特殊位置 56 |
| 3.5 非対称単位 56 |
| 3.6 点群 57 |
| 3.7 結晶系 58 |
| 3.8 放射線損傷 60 |
| 3.9 結晶のキャラクタリゼーション 60 |
| まとめ 62 |
| 第4章 結晶によるX線回折の理論 63 |
| 4.1 はじめに 63 |
| 4.2 波とその加え合わせ 64 |
| 4.3 二電子系 66 |
| 4.4 原子による散乱 69 |
| 4.5 単位胞による散乱 71 |
| 4.6 結晶による散乱 72 |
| 4.7 回折条件 74 |
| 4.8 逆格子とEwald作図 75 |
| 4.9 温度因子 79 |
| 4.10 電子密度ρ（x y z）の計算 82 |
| 4.11 F（[h k l]）とF（[h k l]）の比較 87 |
| 4.12 回折パターンの対称 88 |
| 4.13 中心格子に対するh k l 反射条件 91 |
| 4.14 結晶によって回折される強度 92 |
| 4.15 原子の並ぶ面による反射 98 |
| 4.16 波長の選択，単位胞の大きさ，回折強度の補正 100 |
| まとめ 101 |
| 第5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 103 |
| 5.1 はじめに 103 |
| 5.2 平均強度Wilsonプロット 105 |
| 5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 107 |
| 5.4 双晶 109 |
| まとめ 111 |
| 第6章 構造因子の特殊な形式 113 |
| 6.1 はじめに 113 |
| 6.2 ユニタリ構造因子 113 |
| 6.3 規格化構造因子 114 |
| まとめ 115 |
| 第7章 同形置換法による位相問題の解決法 117 |
| 7.1 はじめに 117 |
| 7.2 パターソン関数 118 |
| 7.3 同形置換法 126 |
| 7.4 X線強度に対する重原子の効果 132 |
| 7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 134 |
| 7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 136 |
| 7.7 差フーリエ合成 138 |
| 7.8 異常分散 140 |
| 7.9 異常分散パターソン合成 144 |
| 7.10 すべての誘導体に対する共通の原点 145 |
| 7.11 タンパク質の初期位相角を用いての重原子パラメータの精密化 148 |
| 7.12 タンパク質の位相角 151 |
| 7.13 最良フーリエ図の残留誤差 154 |
| 7.14 単一同形置換法 159 |
| まとめ 160 |
| 第8章 位相の改善 161 |
| 8.1 はじめに 161 |
| 8.2 Sim重みとオミットマップ 162 |
| 8.3 溶媒平滑化 167 |
| 8.4 非結晶学的対称と分子平均化 173 |
| 8.5 ヒストグラムマッチング法 176 |
| 8.6 wARPによる重複精密化ダミー原子モデルの重みつき平均化 178 |
| 8.7 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 179 |
| まとめ 180 |
| 第9章 タンパク質位相角と絶対配置の決定における異常散乱181 |
| 9.1 はじめに 181 |
| 9.2 異常散乱によるタンパク質位相角決定 181 |
| 9.3 異常散乱を用いたタンパク質位相角の改善 182 |
| 9.4 絶対配置の決定 184 |
| 9.5 多波長異常分散法（MAD法）と単波長異常分散法（SAD法） 185 |
| まとめ 194 |
| 第10章 分子置換法 197 |
| 10.1 はじめに 197 |
| 10.2 回転関数 198 |
| 10.3 並進関数 204 |
| まとめ 215 |
| 第11章 直接法 217 |
| 11.1 はじめに 217 |
| 11.2 Shake-and-Bake 217 |
| 11.3 SHELXD 222 |
| 11.4 最大エントロピーの原理 224 |
| まとめ 226 |
| 第12章 ラウエ回折 227 |
| 12.1 はじめに 227 |
| 12.2 逆空間の利用可能領域 228 |
| 12.3 エネルギー重複 228 |
| 12.4 エネルギー重複した反射強度の分離 230 |
| 12.5 回折斑点の空間重複問題 231 |
| 12.6 波長規格化 231 |
| まとめ 232 |
| 第13章 モデル構造の精密化 235 |
| 13.1 はじめに 235 |
| 13.2 精密化の数学的基礎 237 |
| 13.3 高速フーリエ変換（FFT）法の原理 247 |
| 13.4 特殊な精密化方法 249 |
| まとめ 262 |
| 第14章 位相情報の組合わせ 263 |
| 14.1 はじめに 263 |
| 14.2 同形置換法による位相情報 264 |
| 14.3 異常分散効果による位相情報 266 |
| 14.4 部分構造，溶媒平滑化，分子平均化による位相情報 267 |
| 14.5 SAD法による位相情報 267 |
| まとめ 267 |
| 第15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 269 |
| 15.1 はじめに 269 |
| 15.2 R因子 269 |
| 15.3 Ramachandranプロット 271 |
| 15.4 立体化学によるチェック 272 |
| 15.5 3D-1Dプロフィール法 272 |
| 15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 275 |
| まとめ 279 |
| 第16章 タンパク質結晶化の実際 281 |
| 16.1 はじめに 281 |
| 16.2 遺伝子クローニングと発現 282 |
| 16.3 タンパク精製 283 |
| 16.4 タンパク質結晶化 286 |
| まとめ 287 |
| 付録1 電子密度マップの計算に用いる数式のまとめ 289 |
| 付録2 信頼度因子のまとめ 293 |
| 付録3 X線強度の計数誤差 299 |
| 参考文献 301 |
| 索引 309 |
| 注 : F（[h k l]）[h k l]の上にバー |
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| 第1章 タンパク質の結晶化 1 |
図書
