| 1章 タンパク質の結晶化 1 |
| 1.1 はじめに 1 |
| 1.2 タンパク質の結晶化の原理 1 |
| 1.3 結晶化の手法 4 |
| 1.4 リゾチームの結晶化 7 |
| 1.5 結晶について予備的なノート 10 |
| 1.6 X線回折実験の手順 11 |
| 1.7 ノート 15 |
| まとめ 18 |
| 2章 X線源と検出器 19 |
| 2.1 はじめに 19 |
| 2.2 X線源 19 |
| 2.3 モノクロメータ 29 |
| 2.4 カメラと検出器 30 |
| 2.5 検出器 32 |
| 2.6 プレセッションカメラ 38 |
| 2.7 回転(振動)装置 44 |
| 2.8 電子二次元検出器 50 |
| まとめ 52 |
| 3章 結晶 53 |
| 3.1 はじめに 53 |
| 3.2 対称 58 |
| 3.3 タンパク質結晶で可能な対称 64 |
| 3.4 座標値:一般位置と特殊位置 64 |
| 3.5 非対称単位 65 |
| 3.6 点群 66 |
| 3.7 結晶系 66 |
| 3.8 放射線損傷 69 |
| 3.9 結晶のキャラクタリゼーション 69 |
| まとめ 71 |
| 4章 結晶によるX線回折の理論 72 |
| 4.1 はじめに 72 |
| 4.2 波とその加え合わせ 73 |
| 4.3 二電子系 76 |
| 4.4 原子による散乱 79 |
| 4.5 単位胞による散乱 81 |
| 4.6 結晶による散乱 82 |
| 4.7 回折条件 84 |
| 4.8 逆格子とEwald作図 85 |
| 4.9 温度因子 90 |
| 4.10 電子密度ρ(xyz)の計算 93 |
| 4.11 F(hkl)とF(h-k-l-)の比較 97 |
| 4.12 回折パターンの対称 98 |
| 4.13 中心格子に対するhkl反射条件 101 |
| 4.14 ある軸方向の電子密度の投影 102 |
| 4.15 結晶によって回折される強度 103 |
| 4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 109 |
| まとめ 111 |
| 5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 112 |
| 5.1 はじめに 112 |
| 5.2 平均強度:Wilsonプロット 114 |
| 5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 116 |
| まとめ 118 |
| 6章 構造因子の特殊な形式 119 |
| 6.1 はじめに 119 |
| 6.2 ユニタリ構造因子 119 |
| 6.3 規格化構造因子 120 |
| まとめ 121 |
| 7章 同形置換法による位相問題の解 122 |
| 7.1 はじめに 122 |
| 7.2 パターソン関数 123 |
| 7.3 同形置換法 130 |
| 7.4 X線強度への重原子の効果 136 |
| 7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 139 |
| 7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 141 |
| 7.7 差フーリエ合成 144 |
| 7.8 異常分散 146 |
| 7.9 異常分散パターソン合成 150 |
| 7.10 Matthewsのパターソン合成 152 |
| 7.11 すべての誘導体についての共通の原点 155 |
| 7.12 Rossmannの方法 158 |
| 7.13 他の"共通原点"決定法 159 |
| 7.14 重原子パラメータの精密化 159 |
| 7.15 タンパク質結晶の位相角 164 |
| 7.16 最良フーリエ図に残る誤差 170 |
| 7.17 単一同形置換法(SIR) 173 |
| まとめ 174 |
| 8章 位相の改善 176 |
| 8.1 はじめに 176 |
| 8.2 Simの重みとオミットマップ 177 |
| 8.3 溶媒領域の平滑化 182 |
| 8.4 分子平均化(molecular averaging) 187 |
| 8.5 ヒストグラムマッチング(histogram matchingまたは histogram mapping) 188 |
| 8.6 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 191 |
| まとめ 192 |
| 9章 タンパク質の位相角および絶対構造の決定に対する異常分散の役割 193 |
| 9.1 はじめに 193 |
| 9.2 異常分散によるタンパク質結晶の位相角決定 193 |
| 9.3 異常分散利用によるタンパク質結晶の位相角の改良 194 |
| 9.4 絶対構造の決定 196 |
| 9.5 多波長異常分散法(MAD法) 198 |
| まとめ 203 |
| 10章 分子置換法 204 |
| 10.1 はじめに 204 |
| 10.2 回転関数 205 |
| 10.3 並進関数 214 |
| まとめ 224 |
| 11章 直接法 225 |
| まとめ 227 |
| 12章 ラウエ回折 228 |
| 12.1 はじめに 228 |
| 12.2 逆空間の利用可能領域 229 |
| 12.3 多重問題 229 |
| 12.4 多重強度の解読 231 |
| 12.5 位置の重なり問題 232 |
| 12.6 波長の規格化 232 |
| まとめ 234 |
| 13章 モデル構造の精密化 236 |
| 13.1 はじめに 236 |
| 13.2 最小二乗法 238 |
| 13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 243 |
| 13.4 特殊な精密化方法 244 |
| まとめ 256 |
| 14章 位相情報の組合わせ 257 |
| 14.1 はじめに 257 |
| 14.2 同形置換法による位相情報 258 |
| 14.3 異常分散効果による位相情報 260 |
| 14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 261 |
| まとめ 261 |
| 15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 262 |
| 15.1 はじめに 262 |
| 15.2 R因子 262 |
| 15.3 Ramachandranプロット 264 |
| 15.4 立体化学によるチェック 264 |
| 15.5 3D-1Dプロフィール法 266 |
| 15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 268 |
| まとめ 272 |
| 付録1 電子密度マップの計算に使われる数式のまとめ 274 |
| 電子密度マップ 274 |
| 差電子密度マップ 274 |
| 2Fobs-Fcalcマップ 274 |
| 残余(あるいは二重差)電子密度マップ 275 |
| オミットマップ 275 |
| Simの重みつきオミットマップ 275 |
| 部分構造の位相角αcalcを用いる重みつき電子密度マップ 276 |
| 付録2 信頼度因子のまとめ 277 |
| モデル構造の妥当性を表す一般的な結晶学的R因子 277 |
| フリーR因子 277 |
| 対称によって関係づけられる強度を比較するR因子 277 |
| 対称によって関係づけられる構造因子を比較するためのR因子 277 |
| N個のデータセットを併合したときのそれらのR因子 278 |
| 実空間R因子 278 |
| Rcullis 278 |
| Rkraut 278 |
| Ranomalous 279 |
| 誘導体R因子 279 |
| 構造因子の実測値と計算値間の標準線形相関係数 279 |
| 重原子の寄与の良質度 279 |
| Figure of Merit 280 |
| 付録3 X線強度の計数誤差 281 |
| 参考文献 283 |
| 索引 288 |
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