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1.

図書

図書
笹田義夫著
出版情報: 東京 : 朝倉書店, 1977.2  2, 4, 240p ; 22cm
シリーズ名: 理工学基礎講座 ; 12
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2.

図書

図書
C.W.Bunn著 ; 笹田義夫訳
出版情報: 東京 : 培風館, 1970.6  415p ; 22cm
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3.

図書

図書
角戸正夫, 笹田義夫著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1973.4  vii, 174p ; 22cm
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4.

図書

図書
角戸正夫,笹田義夫著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1965.2  v, 155p, 図版 [1] 枚 ; 22cm
シリーズ名: 現代化学シリーズ ; 27
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5.

図書

図書
笹田義夫 [ほか] 編
出版情報: 東京 : 講談社, 1989.4  xii, 222p ; 22cm
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6.

図書

図書
角戸正夫, 笹田義夫著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1993.10  ix, 178p ; 22cm
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7.

図書

図書
Herbert R.Wilson著 ; 笹田義夫, 芦田玉一共訳
出版情報: 東京 : 広川書店, 1969.1  136p ; 22cm
シリーズ名: 廣川化学シリーズ ; 24
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8.

図書

東工大
目次DB

図書
東工大
目次DB
角戸正夫, 笹田義夫著
出版情報: 東京 : 東京化学同人, 1973.4  vii, 174p ; 22cm
シリーズ名: 現代化学シリーズ ; 27
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1章 分子の構造を決定すること 1
   1.1 分子を直接見ることができるか 1
   1.2 ほかに構造をみる方法があるか 2
   1.3 分子の構造を直接きめるということ 2
   1.4 X線解析はいかにして分子を見るか 3
   1.5 X線解析の歴史 7
   その発見
   X線解析の始まり
   その後の発展
   最近の発展
2章 X線の性質について 11
   2.1 X線は電磁波である 11
   2.2 X線の発生 14
   2.3 X線と物質との作用 15
   X線の2次散乱作用
   X線の物質による吸収
   X線のけい光作用
   化学作用
   2.4 1個の電子によるX線の散乱 16
3章 X線の干渉と回折 18
   3.1 干渉とは 18
   3.2 干渉波の振幅の計算について 22
   3.3 1個の原子によるX線の散乱 25
   3.4 回折X線の振幅と構造との関係 27
4章 原子の集団によるX線回折 30
   4.1 1個の分子によるX線回折 30
   4.2 原子または分子の密な集団(液体や非晶質固体)によるX線回折 32
   単原子の液体の場合
   分子性液体や非晶質のX線散乱
   4.3 結晶によるX線の回折 34
   4.4 まとめ 38
5章 結晶について 40
   5.1 単位格子と晶系 40
   5.2 結晶網面と面指数 42
   5.3 面指数(hkl)と§4.3のh*,k*,l*との関係 46
   5.4 結晶によるX線回折の方向と結晶面との関係 48
   5.5 結晶中における原子配列の様式について 53
   点群について
   並進をともなう対称要素について
   Bravais 格子について
   空間群について
   空間群と実際の構造
   5.6 単位格子とその原点について 63
6章 X線回折による結晶物質の研究への入門 65
   6.1 結晶性物質の同定分析 66
   粉末結晶や多結晶集合体のX線回折による同定分析
   単結晶のX線回折による同定分析
   6.2 結晶中の原子配列の決定 70
7章 X線結晶解析の基礎について 72
   7.1 逆格子とは 72
   7.2 単位格子内の原子配列と構造因子 77
   対称心のある場合
   2回軸のある場合
   2回らせん軸のある場合
   体心格子の場合
   7.3 フーリエ解析とは 87
   7.4 回折強度とパターソン関数 96
   7.5 どのようにして構造因子の位相をきめるか 105
   重原子法
   重原子同形置換法
   不等式法
   等式法
   記号和の方法
   7.6 X線解析に対する電子計算機の応用および最小2乗法による解析精度の向上について 115
8章 X線結晶解析の実際 121
   8.1 解析の手順 122
   8.2 結晶作製 124
   8.3 密度,結晶の外形 125
   8.4 回折写真の撮影 127
   振動写真
   ワイセンベルグ写真
   プレセッション写真
   8.5 回折計 141
   8.6 回折データの整理 144
   8.7 X線結晶解析でどのようなことができるか 147
   構造未知の複雑な有機化合物
   比較的小さい分子のコンホーメーションの決定,結合距離,結合角の精密決定
   異常分散を利用した絶対構造の決定
   電子密度分布の直接決定
   熱振動の解析
9章 構造解析の結果について二,三の注意 159
   9.1 原子種の識別 159
   9.2 原子間距離と原子価角の精度 162
   9.3 構造解析の正しさについて 165
   9.4 解析結果のステレオ図による表示 166
X線解析に関する参考書 169
索引 171
1章 分子の構造を決定すること 1
   1.1 分子を直接見ることができるか 1
   1.2 ほかに構造をみる方法があるか 2
9.

図書

東工大
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図書
東工大
目次DB
笹田義夫著
出版情報: 東京 : 講談社, 1990.5  viii, 212p ; 26cm
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はじめに
1. 分子構造システムMOLSの概要 1
   1.1 システムを構成するプログラムの概略 3
   1.2 ファンクションキーの働き 7
   1.3 しばしば用いられるルーチンの操作法 11
   1.4 立体視の準備 15
   1.5 演算、作画のスピード 15
   補足1.1 TABLEの代わりにTABLを標準的に使う場合 16
   補足1.2 ハードディスク,RAMディスクの利用 17
   補足1.3 原子種を示す色の変更 17
   補足1.4 ステレオ対の視差 17
   補足1.5 ステレオ対の色の組み合わせ変更 17
   補足1.6 EPSON系プリンタを用いるときの注意 18
   補足1.7 サブディクトリにある構造データファイルのコピー 18
2. 分子構造 (結合距離,結合角,コンホメーションなど)の調節,置換基導入 19
   2.1 MOLEの使い方 20
   補足2.1 カラーコード指定のスキップ 31
   補足2.2 分子構造データの書式 31
   補足2.3 置換基の書式 33
   補足2.4 ファイルの分類について 34
   補足2.5 ARRANGEの使い方 34
   補足2.6 ORDERの使い方 35
   補足2.7 結合距離,結合角,ねじれ角の印刷,あるいは表示方法の変更 35
3. 分子構造の立体視-連続回転 36
   3.1 DYNAの使い方 37
   補足3.1 PC-9801シリーズの8色モードの場合 39
   補足3.2 原子球の色 40
   補足3.3 カラー表示の切り換え 40
   補足3.4 モノクローム(単色)のプリンターで分子のハードコピーを行なう方法 41
   補足3.5 指定した結合のまわりのねじれ角のみを表示する方法 43
4. ポロペプチド(蛋白質)の構造 44
   4.1 PROTの使い方 52
   4.2 SECOの使い方 56
   4.3 FRAGの使い方 58
   補足4.1 アミノ酸コード 59
   補足4.2 内部回転とらせんパラメータ 59
   コラム4.1 cro リプレッサーの特徴 59
5. 核酸の構造 60
   5.1 NUCLの使い方 62
   補足5.1 原子種を示す色の変更 63
   コラム5.1 塩基対の水素結合 64
   コラム5.2 薬物と核酸の相互作用 64
6. 一般の高分子の構造 65
   6.1 POLYの使い方 68
   補足6.1 モノマー単位の書式 72
   補足6.2 モノマーファイルの加工 73
   補足6.3 HELI用ファイルを作るときの注意 74
   補足6.4 環状分子 74
7. らせん分子の構造 75
   7.1 HELIの使い方 75
   補足7.1 円筒座標データファイルの書式 76
   補足7.2 円筒座標データファイルをSECOまたはPOLYで作る方法 77
8. 分子の集合(分子複合体)の構造,構造比較 78
   8.1 COMPの使い方 78
   コラム8.1 包接化合物,複合体の例 81
9. いかにして基本データを得るか 82
   9.1 CRYSの使い方 85
   9.2 結晶構造解析の報告例 88
   補足9.1 入力パラメータの確認 90
10. 応用問題の手引き 91
10.1 ナフタリンからペリレンを作る 91
   10.2 ペリレンからコロネンを作る 93
   10.3 N-アセチルグルコサミンからN-アセチルムラミン酸を作る 93
   10.4 リゾチームの基質であるNAM―NAG-NAM-NAG-NAM-NAGを作る第一段階としてNAM-NAGの分子を作る 96
   10.5 アクチノマイシンとDNAの相互作用モデルを作る 97
   10.6 ヘモグロビン分子のヘムとαヘリックスセグメントの結合 (側鎖とヒスチジンと鉄の配位結合による)を作る 98
   練習問題10.1 フェナントレンの分子を作る 99
   練習問題10.2 リゾチームの真の器質である NAG―NAM-NAG-NAM-NAG-NAM を作る 100
11. あとがきにかえて 101
付録 操作のフローチャート,ディスクの内容など 103
   1 操作のフローチャートについて 103
   2 ディスクの内容 106
   3 構造データファイル 107
プログラムリスト
   1. M.BAS 125
   2. MOLE.BAS 分子構造を変化させる 126
   3. DYNA.BAS 分子構造のステレオ.カラー表示など 142
   4. PROT.BAS 蛋白質の構造と側鎖付加 149
   5. SECO.BAS 蛋白質の高次構造など 157
   6. FRAG.BAS ポリペプチドの連結 163
   7. NUCL.BAS 核酸の構造 167
   8. POLY.BAS ポリマーの構造 171
   9. HELI.BAS らせんの構造 177
   10. COMP.BAS 複合体の構造と構造比較 180
   11. CRYS.BAS 結晶座標からの直交座標への変換 185
   12. TABLE.BAS データファイルのコメントを読む 191
   13. ORTH.BAS 直交座標入力による分子構造ファイルの作成 191
   14. ARRANGE.BAS ファイル内での原子の配列順変更 192
   15. ORDER. BAS 原子種の番号整理 194
   16. TABL.BAS データファイル名をリスト,コメントを読む 195
   17. BONDICM.BAS 結合距離,結合角,ねじれ角の画面表示 196
データファイルの内容
   1. 置換基のファイル 198
   2. アミノ酸側鎖のファイル 198
   3. 核酸データファイル 199
   4. モノマーデータファイル 200
   5. 円筒座標ファイル 202
   6. 結晶構造データファイル 203
   7. 分子構造データファイル 204
索引 211
はじめに
1. 分子構造システムMOLSの概要 1
   1.1 システムを構成するプログラムの概略 3
10.

図書

東工大
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図書
東工大
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J.ドレント著 ; 竹中章郎 [ほか] 訳
出版情報: 東京 : シュプリンガー・ジャパン, 2008.12  xiv, 313p ; 26cm
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   注 : F([h k l])[h k l]の上にバー
   
第1章 タンパク質の結晶化 1
   1.1 はじめに 1
   1.2 タンパク質結晶化の原理 1
   1.3 結晶化の手法 4
   1.4 リゾチームの結晶化 8
   1.5 結晶についての予備的ノート 9
   1.6 X線回折実験の準備 10
   1.7 凍結操作 13
   1.8 ノート 16
   まとめ 19
第2章 X線源と検出器 21
   2.1 はじめに 21
   2.2 X線源 21
   2.3 モノクロメーター 30
   2.4 カメラと検出器 32
   2.5 検出器 33
   2.6 振動カメラ 38
   まとめ 44
第3章 結晶 45
   3.1 はじめに 45
   3.2 対称 49
   3.3 タンパク質結晶で可能な対称 55
   3.4 座標値 : 一般位置と特殊位置 56
   3.5 非対称単位 56
   3.6 点群 57
   3.7 結晶系 58
   3.8 放射線損傷 60
   3.9 結晶のキャラクタリゼーション 60
   まとめ 62
第4章 結晶によるX線回折の理論 63
   4.1 はじめに 63
   4.2 波とその加え合わせ 64
   4.3 二電子系 66
   4.4 原子による散乱 69
   4.5 単位胞による散乱 71
   4.6 結晶による散乱 72
   4.7 回折条件 74
   4.8 逆格子とEwald作図 75
   4.9 温度因子 79
   4.10 電子密度ρ(x y z)の計算 82
   4.11 F([h k l])とF([h k l])の比較 87
   4.12 回折パターンの対称 88
   4.13 中心格子に対するh k l 反射条件 91
   4.14 結晶によって回折される強度 92
   4.15 原子の並ぶ面による反射 98
   4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 100
   まとめ 101
第5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 103
   5.1 はじめに 103
   5.2 平均強度Wilsonプロット 105
   5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 107
   5.4 双晶 109
   まとめ 111
第6章 構造因子の特殊な形式 113
   6.1 はじめに 113
   6.2 ユニタリ構造因子 113
   6.3 規格化構造因子 114
   まとめ 115
第7章 同形置換法による位相問題の解決法 117
   7.1 はじめに 117
   7.2 パターソン関数 118
   7.3 同形置換法 126
   7.4 X線強度に対する重原子の効果 132
   7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 134
   7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 136
   7.7 差フーリエ合成 138
   7.8 異常分散 140
   7.9 異常分散パターソン合成 144
   7.10 すべての誘導体に対する共通の原点 145
   7.11 タンパク質の初期位相角を用いての重原子パラメータの精密化 148
   7.12 タンパク質の位相角 151
   7.13 最良フーリエ図の残留誤差 154
   7.14 単一同形置換法 159
   まとめ 160
第8章 位相の改善 161
   8.1 はじめに 161
   8.2 Sim重みとオミットマップ 162
   8.3 溶媒平滑化 167
   8.4 非結晶学的対称と分子平均化 173
   8.5 ヒストグラムマッチング法 176
   8.6 wARPによる重複精密化ダミー原子モデルの重みつき平均化 178
   8.7 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 179
   まとめ 180
第9章 タンパク質位相角と絶対配置の決定における異常散乱181
   9.1 はじめに 181
   9.2 異常散乱によるタンパク質位相角決定 181
   9.3 異常散乱を用いたタンパク質位相角の改善 182
   9.4 絶対配置の決定 184
   9.5 多波長異常分散法(MAD法)と単波長異常分散法(SAD法) 185
   まとめ 194
第10章 分子置換法 197
   10.1 はじめに 197
   10.2 回転関数 198
   10.3 並進関数 204
   まとめ 215
第11章 直接法 217
   11.1 はじめに 217
   11.2 Shake-and-Bake 217
   11.3 SHELXD 222
   11.4 最大エントロピーの原理 224
   まとめ 226
第12章 ラウエ回折 227
   12.1 はじめに 227
   12.2 逆空間の利用可能領域 228
   12.3 エネルギー重複 228
   12.4 エネルギー重複した反射強度の分離 230
   12.5 回折斑点の空間重複問題 231
   12.6 波長規格化 231
   まとめ 232
第13章 モデル構造の精密化 235
   13.1 はじめに 235
   13.2 精密化の数学的基礎 237
   13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 247
   13.4 特殊な精密化方法 249
   まとめ 262
第14章 位相情報の組合わせ 263
   14.1 はじめに 263
   14.2 同形置換法による位相情報 264
   14.3 異常分散効果による位相情報 266
   14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 267
   14.5 SAD法による位相情報 267
   まとめ 267
第15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 269
   15.1 はじめに 269
   15.2 R因子 269
   15.3 Ramachandranプロット 271
   15.4 立体化学によるチェック 272
   15.5 3D-1Dプロフィール法 272
   15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 275
   まとめ 279
第16章 タンパク質結晶化の実際 281
   16.1 はじめに 281
   16.2 遺伝子クローニングと発現 282
   16.3 タンパク精製 283
   16.4 タンパク質結晶化 286
   まとめ 287
付録1 電子密度マップの計算に用いる数式のまとめ 289
付録2 信頼度因子のまとめ 293
付録3 X線強度の計数誤差 299
参考文献 301
索引 309
   注 : F([h k l])[h k l]の上にバー
   
第1章 タンパク質の結晶化 1
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