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1.

図書

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D.S. Sivia原著 ; 竹中章郎, 藤井保彦共訳
出版情報: 東京 : 森北出版, 2014.4  viii, 211p ; 22cm
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1 基礎的な知識 : 原子・分子レベルの物質研究
波、複素数、フーリエ変換
2 弾性散乱 : X線と中性子散乱の基礎
表面、界面と反射率
小角散乱と巨視像 ほか
3 非弾性散乱 : エネルギー交換とダイナミクス
非弾性散乱の例
1 基礎的な知識 : 原子・分子レベルの物質研究
波、複素数、フーリエ変換
2 弾性散乱 : X線と中性子散乱の基礎
概要: 物理学・数学の予備知識を前提とせず、フーリエ変換や複素数の意味も一から説明。結晶性物質だけでなく、液体やアモルファスからの散乱についても章を設けて解説。線源や対象ごとに異なる散乱機構を、できるだけ統一的に説明。散乱理論への門戸を大きく開く、 画期的入門書。 続きを見る
2.

図書

東工大
目次DB

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東工大
目次DB
J.ドレント著 ; 竹中章郎, 勝部幸輝, 笹田義夫訳
出版情報: 東京 : シュプリンガー・フェアラーク東京, 1998.1  xi, 296p ; 26cm
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1章 タンパク質の結晶化 1
   1.1 はじめに 1
   1.2 タンパク質の結晶化の原理 1
   1.3 結晶化の手法 4
   1.4 リゾチームの結晶化 7
   1.5 結晶について予備的なノート 10
   1.6 X線回折実験の手順 11
   1.7 ノート 15
   まとめ 18
2章 X線源と検出器 19
   2.1 はじめに 19
   2.2 X線源 19
   2.3 モノクロメータ 29
   2.4 カメラと検出器 30
   2.5 検出器 32
   2.6 プレセッションカメラ 38
   2.7 回転(振動)装置 44
   2.8 電子二次元検出器 50
   まとめ 52
3章 結晶 53
   3.1 はじめに 53
   3.2 対称 58
   3.3 タンパク質結晶で可能な対称 64
   3.4 座標値:一般位置と特殊位置 64
   3.5 非対称単位 65
   3.6 点群 66
   3.7 結晶系 66
   3.8 放射線損傷 69
   3.9 結晶のキャラクタリゼーション 69
   まとめ 71
4章 結晶によるX線回折の理論 72
   4.1 はじめに 72
   4.2 波とその加え合わせ 73
   4.3 二電子系 76
   4.4 原子による散乱 79
   4.5 単位胞による散乱 81
   4.6 結晶による散乱 82
   4.7 回折条件 84
   4.8 逆格子とEwald作図 85
   4.9 温度因子 90
   4.10 電子密度ρ(xyz)の計算 93
   4.11 F(hkl)とF(h-k-l-)の比較 97
   4.12 回折パターンの対称 98
   4.13 中心格子に対するhkl反射条件 101
   4.14 ある軸方向の電子密度の投影 102
   4.15 結晶によって回折される強度 103
   4.16 波長の選択,単位胞の大きさ,回折強度の補正 109
   まとめ 111
5章 反射強度の平均と構造因子データの分布 112
   5.1 はじめに 112
   5.2 平均強度:Wilsonプロット 114
   5.3 構造因子Fと構造因子振幅|F|の分布 116
   まとめ 118
6章 構造因子の特殊な形式 119
   6.1 はじめに 119
   6.2 ユニタリ構造因子 119
   6.3 規格化構造因子 120
   まとめ 121
7章 同形置換法による位相問題の解 122
   7.1 はじめに 122
   7.2 パターソン関数 123
   7.3 同形置換法 130
   7.4 X線強度への重原子の効果 136
   7.5 対称心をもつ投影から重原子パラメータの決定 139
   7.6 非セントリック反射から求めた重原子パラメータ 141
   7.7 差フーリエ合成 144
   7.8 異常分散 146
   7.9 異常分散パターソン合成 150
   7.10 Matthewsのパターソン合成 152
   7.11 すべての誘導体についての共通の原点 155
   7.12 Rossmannの方法 158
   7.13 他の"共通原点"決定法 159
   7.14 重原子パラメータの精密化 159
   7.15 タンパク質結晶の位相角 164
   7.16 最良フーリエ図に残る誤差 170
   7.17 単一同形置換法(SIR) 173
   まとめ 174
8章 位相の改善 176
   8.1 はじめに 176
   8.2 Simの重みとオミットマップ 177
   8.3 溶媒領域の平滑化 182
   8.4 分子平均化(molecular averaging) 187
   8.5 ヒストグラムマッチング(histogram matchingまたは histogram mapping) 188
   8.6 デンシティーモディフィケーションに関する再考察 191
   まとめ 192
9章 タンパク質の位相角および絶対構造の決定に対する異常分散の役割 193
   9.1 はじめに 193
   9.2 異常分散によるタンパク質結晶の位相角決定 193
   9.3 異常分散利用によるタンパク質結晶の位相角の改良 194
   9.4 絶対構造の決定 196
   9.5 多波長異常分散法(MAD法) 198
   まとめ 203
10章 分子置換法 204
   10.1 はじめに 204
   10.2 回転関数 205
   10.3 並進関数 214
   まとめ 224
11章 直接法 225
   まとめ 227
12章 ラウエ回折 228
   12.1 はじめに 228
   12.2 逆空間の利用可能領域 229
   12.3 多重問題 229
   12.4 多重強度の解読 231
   12.5 位置の重なり問題 232
   12.6 波長の規格化 232
   まとめ 234
13章 モデル構造の精密化 236
   13.1 はじめに 236
   13.2 最小二乗法 238
   13.3 高速フーリエ変換(FFT)法の原理 243
   13.4 特殊な精密化方法 244
   まとめ 256
14章 位相情報の組合わせ 257
   14.1 はじめに 257
   14.2 同形置換法による位相情報 258
   14.3 異常分散効果による位相情報 260
   14.4 部分構造,溶媒平滑化,分子平均化による位相情報 261
   まとめ 261
15章 構造の誤りのチェックと確度の計算 262
   15.1 はじめに 262
   15.2 R因子 262
   15.3 Ramachandranプロット 264
   15.4 立体化学によるチェック 264
   15.5 3D-1Dプロフィール法 266
   15.6 最終構造の座標誤差の定量的推定 268
   まとめ 272
付録1 電子密度マップの計算に使われる数式のまとめ 274
   電子密度マップ 274
   差電子密度マップ 274
   2Fobs-Fcalcマップ 274
   残余(あるいは二重差)電子密度マップ 275
   オミットマップ 275
   Simの重みつきオミットマップ 275
   部分構造の位相角αcalcを用いる重みつき電子密度マップ 276
付録2 信頼度因子のまとめ 277
   モデル構造の妥当性を表す一般的な結晶学的R因子 277
   フリーR因子 277
   対称によって関係づけられる強度を比較するR因子 277
   対称によって関係づけられる構造因子を比較するためのR因子 277
   N個のデータセットを併合したときのそれらのR因子 278
   実空間R因子 278
   Rcullis 278
   Rkraut 278
   Ranomalous 279
   誘導体R因子 279
   構造因子の実測値と計算値間の標準線形相関係数 279
   重原子の寄与の良質度 279
   Figure of Merit 280
付録3 X線強度の計数誤差 281
参考文献 283
索引 288
1章 タンパク質の結晶化 1
   1.1 はじめに 1
   1.2 タンパク質の結晶化の原理 1
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