| 訳者まえがき i |
| 翻訳・監訳者一覧 iii |
| 日本の読者へ iv |
| まえがき v |
| 1 序章 1 |
| 2 進化とは 8 |
| 2.1 繁殖 8 |
| 2.2 淘汰 12 |
| 2.3 突然変異 19 |
| 2.4 交配 21 |
| 3 適応度地形と配列空間 25 |
| 3.1 配列空間 26 |
| 3.2 適応度地形 27 |
| 3.3 擬種の方程式 28 |
| 3.4 点突然変異を表す突然変異行列 32 |
| 3.5 適応は配列空間内での局在化である 33 |
| 3.6 擬種の淘汰 35 |
| 4 進化ゲーム 39 |
| 4.1 2人ゲーム 41 |
| 4.2 Nash均衡 44 |
| 4.3 進化的に安定な戦略（ESS） 46 |
| 4.4 2つ以上の戦略 47 |
| 4.5 レプリケータダイナミクス 48 |
| 4.6 タカかハトか？ 53 |
| 4.7 Nash均衡は常に存在する 55 |
| 4.8 チキンと雪だまり 55 |
| 4.9 ゲーム理論と生態学 56 |
| 5 ジレンマの虜になった人たち 62 |
| 5.1 直接的互恵主義 65 |
| 5.2 Axelrodトーナメント 68 |
| 5.3 応答戦略 71 |
| 5.4 寛容なしっぺ返し 75 |
| 5.5 勝ち残り・負け逃げ 76 |
| 6 有限集団 82 |
| 6.1 中立的浮動 82 |
| 6.2 出生死亡過程 86 |
| 6.3 淘汰が一定のときの遺伝的浮動 88 |
| 6.4 進化速度 90 |
| 7 有限集団におけるゲーム 94 |
| 7.1 基本モデルと3分の1という数 95 |
| 7.2 有限集団における進化的安定性 100 |
| 7.3 リスク優位性 103 |
| 7.4 しっぺ返し戦略は「いつも裏切る戦略」に侵入できる 105 |
| 8 進化グラフ理論 109 |
| 8.1 基本的なアイディア 110 |
| 8.2 最初の観察 110 |
| 8.3 等温定理 116 |
| 8.4 淘汰の抑制 118 |
| 8.5 淘汰の増幅 120 |
| 8.6 循環 121 |
| 8.7 グラフ上のゲーム 124 |
| 9 空間ゲーム 128 |
| 9.1 空間配置 128 |
| 9.2 空間的な協力 129 |
| 9.3 侵入 134 |
| 9.4 動的なフラクタルと進化万華鏡 136 |
| 9.5 協力のビッグバン 138 |
| 9.6 他の幾何 140 |
| 9.7 他の更新ルール 142 |
| 9.8 VirtualLabs（仮想実験室） 145 |
| 10 HIV感染症 147 |
| 10.1 抗原の変異 151 |
| 10.2 多様性閾値 154 |
| 11 毒性の進化 166 |
| 11.1 感染生物学の基本モデル 168 |
| 11.2 淘汰は基本再生産数を最大化する 171 |
| 11.3 重複感染 173 |
| 11.4 重複感染の解析的なモデル 175 |
| 11.5 ダイナミクスの複雑さ 181 |
| 12 癌の進化ダイナミクス 184 |
| 12.1 癌遺伝子 192 |
| 12.2 リニア過程 196 |
| 12.3 数値例 197 |
| 12.4 癌抑制遺伝子 199 |
| 12.5 遺伝的不安定 206 |
| 13 言語の進化 221 |
| 13.1 形式言語理論 223 |
| 13.2 学習理論 233 |
| 13.3 言語の進化 241 |
| 13.4 新しい規則の進化 250 |
| 13.5 普遍文法の進化 252 |
| 13.6 再帰性の進化 253 |
| 14 まとめ 256 |
| 関連書籍と論文の紹介 263 |
| 2 進化とは 263 |
| 3 適応度地形と配列空間 264 |
| 4 進化ゲーム 265 |
| 5 ジレンマの虜になった人たち 266 |
| 6 有限集団 268 |
| 7 有限集団におけるゲーム 269 |
| 8 進化グラフ理論 270 |
| 9 空間ゲーム 270 |
| 10 HIV感染症 271 |
| 11 毒性の進化 272 |
| 12 癌の進化ダイナミクス 274 |
| 13 言語の進化 276 |
| 参考文献 280 |
| 付録：微分方程式の安定性理論とシミュレーション 312 |
| 1 平衡点の安定性 312 |
| 2 局所安定性 314 |
| 3 シミュレーション 316 |
| 4 さらに詳しく学ぶために 318 |
| 索引 321 |
