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1.

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牛島俊和, 眞貝洋一, 塩見春彦編集
出版情報: 東京 : 羊土社, 2017.6  394p ; 26cm
シリーズ名: 実験医学 ; 別冊
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1 : エピジェネティクス解析ナビ
2 : DNAメチル化解析
3 : ヒストン化学修飾解析
4 : 非コードRNA解析
5 : 核内高次構造解析
6 : その他の新技術
1 : エピジェネティクス解析ナビ
2 : DNAメチル化解析
3 : ヒストン化学修飾解析
2.

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塩見春彦 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 羊土社, 2013.5  234, 後付4p ; 26cm
シリーズ名: 実験医学 ; 増刊 vol.31 no.7(2013)
3.

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丸山美帆子, 長濱祐美編
出版情報: 東京 : メディカル・サイエンス・インターナショナル, 2018.6  ix, 221p ; 19cm
目次情報: 続きを見る
1章 座談会 研究者として歩む女性たちへのエール
2章 体験談 研究と家庭の間に生まれた九つの物語 : 走りながら悩んで、また走り続ける—任期付研究職を続けて三児の母に / 丸山美帆子
人生設計にしばられず、今のチャンスを優先する—定年後にでも一緒に暮らせれば / 大友陽子
研究者のロールモデルがいないので—研究者や研究者の卵を支援する仕事につく / 橋爪圭
私の妊娠のタイミング—フィールドワークや学会の調整で悩んだ日々 / 佐藤由佳
半分准教授、半分パパ—働き盛りのエネルギーを活かして(今出完) : ほか
3章 資料 知っておくと役に立つ情報 : 研究者の就職活動ってどうすればいいの?
就職活動で役立つセルフプロモーション
旧姓の通称使用
就職活動:研究費と給与が支給される制度を活用
RPD制度:出産・育児イベントからの研究再開を支援する ほか
1章 座談会 研究者として歩む女性たちへのエール
2章 体験談 研究と家庭の間に生まれた九つの物語 : 走りながら悩んで、また走り続ける—任期付研究職を続けて三児の母に / 丸山美帆子
人生設計にしばられず、今のチャンスを優先する—定年後にでも一緒に暮らせれば / 大友陽子
概要: 自慢の成功例でなくても、涙のストーリーでなくてもいい。大変だったとき、何が役だったか?困ったとき、誰に頼ればよかったか?途方に暮れたとき、何を励みにしたか?ふつうの女性理系研究者がふつうにぶつかる課題や難問を、どう乗り越えて今に至ったのか。 その生の声を一冊にまとめました。さまざまなヒントの中から、あなたにあったものを選び、上手に組み合わせてください。組み合わせ方は自由です。 続きを見る
4.

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稲田利文, 塩見春彦編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2008.3  133p ; 30cm
シリーズ名: 無敵のバイオテクニカルシリーズ ; . RNA実験ノート / 稲田利文, 塩見春彦編||RNA ジッケン ノート ; 下
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序 塩見春彦
第1章 RNAiの原理
   1 【総論】RNAiとは 塩見春彦 10
   2 動物のmiRNA 岩崎信大郎,泊幸秀 12
   miRNA発見の歴史とインパクト
   miRNAの生合成と機能
   miRNA解析の課題
   3 植物のmiRNA 渡辺雄一郎 14
   植物のmiRNAの生合成経路
   植物miRNAの標的
   植物miRNAの作用
   植物のサイレンシングの特徴
   4 小分子RNAとクロマチン動態 石田真由美,中山潤一 16
   クロマチン動態を制御する小分子RNAの発見と研究界へのインパクト
   さまざまな生物におけるクロマチン動態とRNAi機構の研究課題
   5 動物の内在性小分子RNA : piRNAを焦点として 塩見美喜子 18
   はじめに
   PIWIサブファミリーの種類と特徴
   おわりに
   6 植物の内在性小分子RNA 野坂実鈴,佐藤豊 22
   植物の内在性siRNAと生合成経路
   まとめ
   7 糸状菌(真菌)の内在性小分子RNA 中屋敷均 24
   糸状菌のRNAサイレンシング経路
   RNAi実験への利用
   8 ウイルスがコードする小分子RNA 櫻木淳一 26
   発見の歴史と研究界へのインパクト
   機構の原理と解説
   9 病原細菌の小分子RNA 清水徹 28
   細菌における小分子RNA発見の歴史
   細菌における小分子RNAの作用機構
   コラム 2本鎖RNAの発見から50年 西村暹 30
第2章 小分子RNAの解析
   1 ノーザンブロットによる小分子RNAの検出 三好啓大 33
   【1】 泳動とブロッティング
   【2】 プローブの作製
   【3】 ハイブリダイゼーションと検出
   2 RT-PCRによる小分子の検出 山田陽史,吉田哲郎 40
   ① miRNA成熟体に対するRT-PCR 40
   【1】 TaqMan MicroRNA Assaysを用いたmiRNAの定量法
   【2】 miScript Systemを用いたmiRNAの定量法
   ② その他の小分子RNAに対するRT-PCR 45
   3 免疫沈降法による小分子RNA-タンパク質複合体の精製 西田知訓 46
   【1】 ショウジョウバエ卵巣抽出液の作製
   【2】 免疫沈降法
   4 小分子RNAの単離とcDNAライブラリーの作製 齋藤都暁 50
   ①サイズマーカーを利用した小分子RNAの単離とクローニング 51
   【1】 小分子RNAの単離とリンカーの結合
   【2】 ライブラリーの作製
   ② 免疫沈降物に存在する小分子RNAの可視化 56
   ③ 免疫沈降物からの小分子RNAのクローニング 58
   5 次世代シークエンシング技術の原理と小分子RNA同定への応用 佐野浩美,前田倫広 59
   【1】 Single-Stranded Template DNA(sstDNA) ライブラリー調製
   【2】 Capture beadの準備とエマルジョンPCR
   【3】 微小ビーズ回収
   【1】 シークエンス用ビーズ調製
   【5】 シークエンス
   6 小分子RNAのバイオインフォマティックス 渡部聡朗,十時泰 66
   【1】 ウェブサイトを使った方法(少量解析)
   【2】 プログラムを用いた方法(大量解析)
   7 マイクロアレイを用いたmiRNAの大規模発現解析 村上善基,安田剛 71
   【1】 マイクロアレイの作製
   【2】 RNA抽出
   【3】 ラベリング
   【4】 ハイブリダイゼーション
   8 whole mount in situハイブリダイゼーションによるmiRNAの発現解析 三嶋雄一郎,井上邦夫 77
   【1】 プローブの調製
   【2】 胚の固定
   【3】 プローブのハイブリダイゼーションおよび検出
   9 ArgonauteファミリーメンバーのSlicer活性の解析 塩見美喜子,岡田(永海)知子 84
   【1】 免疫沈降法によるArgonauteの調製
   【2】 標的RNAの調製
   【3】 標的RNA切断アッセイ法
   コラム 小分子RNAと幹細胞 宮川(倉持)さとみ 92
第3章 RNAiを用いた解析の応用
   1 shRNAライブラリーを用いた特定分子経路の網羅的解析法 西賢二,程久美子 93
   【1】 ライブラリーの構築
   【2】 ヒト細胞を用いた特定分子経路の網羅的解析
   2 有効なsiRNAのデザインと細胞への導入 加藤敬行,鈴木勉 99
   ① siRNAのデザイン法 99
   【1】 siRNAの構造
   【2】 siRNAの配列
   【3】 活性予測アルゴリズムを用いた配列設計法
   ② siRNAの導入法 101
   3 マウスにおけるRNAiの誘導とその評価法 蓮輪英毅,伊川正人,岡部勝 103
   ① RNAiトランスジェニックマウスの作製 103
   【1】 RNAiトランスジーンの作製
   【2】 RNAiトランスジーンの導入
   ② RNAiトランスジェニックマウスの評価(siRNAの検出) 105
   ③ グリーンマウス(EGFPトランスジェニックマウス)を用いた実験例 108
   4 ショウジョウバエにおけるRNAiの誘導 影山裕二,佐藤仁泰 109
   ① dsRNAの顕微注入によるRNAiの誘導 109
   【1】 顕微注入用ガラス針の作製
   【2】 dsRNAの調製
   【3】 顕微注入
   【4】 dsRNAを注入した胚の回収
   ② トランスジーンを利用したRNAiの誘導 114
   【1】 PCRによる標的領域の増幅とpENTR/D-TOPO vectorへのクローニング
   【2】 LR clonaseを用いたpRISEへのクローニング
   【3】 顕微注入法による形質転換
   5 RNAiの植物への応用 堀孝一,渡辺雄一郎 118
   ①さまざまなRNAi法の特長 118
   【1】 人工的に合成された2本鎖RNA(dsRNA)を導入する方法
   【2】 細胞内でdsRNAを生産するコンストラクト(ヘアピンRNAベクター)を導入する方法
   【3】 ウイルスベクターによる方法
   【4】 RNAi誘導ベクターの設計と構築
   【5】 標的領域の選択
   ② ウイルスベクターによるRNAiの実験法 120
   【1】 RNAi誘導ウイルスベクターの構築
   【2】 in vitro転写による感染性RNAの調製
   【3】 感染
   【4】 感染性の確認
   【5】 感染葉すりつぶし液の調製
   【6】 観察
   コラム siRNAの医薬品への応用 嶋本顕 126
索引 128
上巻索引 132
序 塩見春彦
第1章 RNAiの原理
   1 【総論】RNAiとは 塩見春彦 10
5.

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稲田利文, 塩見春彦編
出版情報: 東京 : 羊土社, 2008.3  187p ; 30cm
シリーズ名: 無敵のバイオテクニカルシリーズ ; . RNA実験ノート / 稲田利文, 塩見春彦編||RNA ジッケン ノート ; 上
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   序 稲田利文
序章 RNAの基礎知識
   1 RNAの構造,機能と種類 稲田利文 10
   【1】RNAの構造
   【2】細胞内RNAの種類と機能
   2 RNA研究の重要性 稲田利文 13
   【1】RNA研究の流れ
   【2】RNA研究の今
   【3】RNA研究の進展
   3 RNA実験の超基本 稲田利文 15
   【1】RNAを扱う際の注意点
   【2】RNAを扱うための実験環境
   【3】実験器具と試薬の準備の仕方
第1章 RNAの取り扱い方
   1 抽出 17
   ①大腸菌からのRNA抽出 宮内健常 鈴木 勉 17
   ②酵母からのRNAの抽出 稲田利文 21
   ③線虫C.elegansからのRNA抽出 高崎輝恒 笹野有美 坂本 博 24
   ④ゼブラフィッシュ胚からのRNA抽出 三嶋 雄一郎 井上邦夫 29
   ⑤ショウジョウバエからのRNAの抽出 石塚 明 稲垣 幸 塩見春彦 33
   ⑥培養栽培からのRNA抽出 星野真一 細田 直 39
   ⑦シロイヌナズナからのRNA抽出 尾之内 均 内藤 哲 42
   2 分光光度計による定量 稲田利文 44
   【1】RNAの紫外線吸収
   【2】吸光度A260の測定(濃度測定)
   【3】吸光度A280の測定による純度の確認
   【4】超微量測定
   3 電気泳動 吉久 徹 47
   【1】ホルムアルデヒト-アガロース電気泳動
   【2】尿素-ポリアクリルアミド電気泳動(低分子RNA用)
   4 RIとnon-RIでのin vitro転写とラベリング 青木一真 廣瀬哲郎 54
   ①in vitro転写によるラベリングの原理
   ②RIによるラベリング
   ③non-RIによる転写とラベリング
第2章 RNAの解析
   1 ノーザンブロット法 稲田利文 61
   【1】サンプル調製
   【2】RNAの変性ゲル電気泳動とメンブレンヘのトランスファー
   【3】ハイブリダイゼーションと検出
   2 RT-PCRを用いたRNAの検出と定量 星野真一 船越祐司 66
   【1】ゲノムDNA分析処理
   【2】逆転写反応
   【3】PCR反応
   3 whole mount in situ hybridization 70
   ①ショウジョウバエ胚のwhole mount in situ hybridization 園部(野嶋)浩子 中村 輝 70
   ②マウス胚のwhole mount in situ hybridization 高橋 雄 83
   ③出芽酵母におけるFISH法 吉久 徹 89
   4 RNA結合タンパク質の標的mRNAの分離 廣瀬哲郎 96
   【1】RNA-タンパク質複合体の免疫沈降についての実験デザイン
   【2】エピト-プタグ付きタンパク質発現ベクターの作製
   【3】トランスフエクション
   【4】RNA-タンパク質複合体の免疫沈降
   【5】回収したRNAの解析
   5 primer extension法によるRNAの5'末端の同定 湯川 泰 102
   【1】プライマーの設計
   【2】プライマーの標識(RI編)
   【3】プライマーの標識(non-RI編)
   【4】逆転写反応
   【5】電気泳動
   6 S1マッピングによるRNA末端の決定 田上英明 107
   【1】DNAプローブの標識
   【2】1本鎖標識DNAプローブの調製
   【3】S1反応
   7 RACEによる鋳型鎖の上流・下流配列の決定 佐々木保典 廣瀬哲郎 114
   【1】RACE(rapid amplification of cDNA ends)法
   【2】RACE法の実験デザイン
   【3】RACE法の概略
   【4】5'RACE(RLM-RACE)
   【5】3'RACE
   8 ポリソーム解析 稲田利文 121
   【1】細胞粗抽出液の調製
   【2】スクロース密度勾配遠心による分画
   【3】RNAの回収
第3章 RNAを用いた応用解析
   1 mRNAからのタンパク質翻訳反応 125
   ①鋳型mRNAの調製 今高寛晃 125
   ②大腸菌由来酵素,因子群を用いた翻訳 清水義宏 上田卓也 128
   ③酵母を用いた翻訳 西川周一 131
   ④コムギ胚芽抽出液を用いた翻訳 高井和幸 澤崎達也 遠藤弥重太 138
   ⑤哺乳動物細胞を用いた翻訳 今高寛晃 142
   2 in vitroスプライシング反応 井手上 賢 廣瀬哲郎 148
   【1】HeLa細胞核抽出液の調整
   【2】in vitroスプライシング反応
   3 アフリカツメガエル卵母細胞を用いたRNA核外輸送の解析 福家浩之 大野陸人 154
   【1】アフリカツメガエルからの卵母細胞の摘出
   【2】微量注入サンプルの作製
   【3】卵母細胞への微量注入
   【4】核と細胞質の分離
   【5】RNAの抽出・精製
   4 SELEX法によるRNAアプタマーの取得 大内将司 160
   【1】RNAプールの作製
   【2】アフィニティ選別
   【3】逆転写PCR
   【4】2ラウンド目以降
   5 RNA高次構造の解析とデータベースの利用 濡木 理 167
   ①T7 RNAポリメラーゼによるRNAのin vitro転写 167
   ②RNAの結晶化 171
   ③RNA結晶のX線結晶構造解析 175
   ④データベースの利用 176
   6 質量分析法を用いたRNA修飾ヌクレオシドの解析 鈴木健夫 鈴木 勉 177
索引 182
下巻索引 186
   序 稲田利文
序章 RNAの基礎知識
   1 RNAの構造,機能と種類 稲田利文 10
6.

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塩見春彦 [ほか] 編集
出版情報: 東京 : 羊土社, 2010.6  205, 1p ; 26cm
シリーズ名: 実験医学 ; 増刊 vol.28, no.10 (2010)
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序【塩見春彦】
第1章 noncoding RNAの分子機構と生命現象,疾患との関わり
 概論 noncoding RNAによる遺伝子発現制御機構と生命現象【塩見春彦】 18
   1 新たな『なぞ』への扉
   2 新ゲノム時代
   3 トランスクリプトーム
   4 ゲノム全体にいきわたる転写
   5 noncoding RNAの機能
   6 noncoding RNAと疾患
 1.進化的に「新しい」バイオマテリアル─核内mRNA型noncoding RNAに何ができるのか【中川真一】 24
   1 核内mRNA型noncoding RNA群とは何ぞや
   2 核内mRNA型noncoding RNAのロゼッタストーン : Xist
   3 核内構造体の骨格となるMENε/βとMalat1
   4 多彩な高次生命現象を制御するGomafu
 2.noncoding RNAの機能単位【長沼孝雄/廣瀬哲郎】 30
   1 核内低分子ncRNAを特徴付ける構造と相互作用因子
   2 核内低分子ncRNPの構築機序と核内構造
   3 RNA構造ユニットの組み合わせによる新たな機能獲得
   4 RNA-タンパク質相互作用ネットワークによる長鎖ncRNAの新規機能
 3.noncoding RNAと精神疾患【内匠 透】 37
   1 染色体改変マウスの作製
   2 インプリンティングに基づく遺伝子発現
   3 社会性行動の異常
   4 snoRNAとセロトニン
 4.転写を制御する長鎖noncoding RNA【黒川理樹】 43
   1 長鎖ncRNAとは?
   2 長鎖ncRNAは転写を制御する
   3 細胞シグナルセンサーとしてのncRNA
 5.テロメア・テロメレースとnoncoding RNAとの新たな関わり【毎田佳子/増富健吉】 49
   1 テロメア由来のRNA : TERRA
   2 hTERCの異常と疾患
   3 hTERTの新機能とRNAサイレンシング
   4 テロメア配列を持つsmall RNAの存在
 6.X染色体不活性化─long noncoding RNAを介した遺伝子サイレンシングのモデルシステムとして【小川裕也】 56
   1 X染色体不活性化とlncRNA
   2 X染色体不活性化におけるlncRNAの役割
   3 その他の領域由来のlncRNAとクロマチン修飾因子の相互作用
第2章 miRNA, siRNA, piRNAの分子機構と生命現象,疾患との関わり
 概論 小分子RNAはどのように生命を操るか?-これまでの研究から明らかになったこと【塩見美喜子】 62
   1 RNAサイレンシングの中核因子 : Argonaute
   2 small RNA
 1.動物のmiRNA-生合成とRISC形成およびその機能【依田真由子/泊 幸秀】 70
   1 miRNAの生合成
   2 miRNAのRISC形成
   3 miRNAの機能
 2.piRNA生合成と作用機序【齋藤都暁】 77
   1 PIWIサブファミリー遺伝子について
   2 piRNAについて
   3 ショウジョウバエpiRNAの生合成と作用機構
   4 ショウジョウバエ以外の生物種について
   5 piRNA経路関連遺伝子群
 3.内在性small interfering RNAの生合成経路と機能【三好啓太】 84
   1 線虫におけるesiRNAと二次型siRNA
   2 esiRNAの発見-ショウジョウバエおよび哺乳動物において
   3 esiRNA生合成機構
   4 esiRNAの機能
   5 esiRNA生合成機構を介したmiRNA生合成
 4.酵母に学ぶ小分子RNAとRNAサイレンシングの反応原理【石井浩二郎】 90
   1 RNAiの標的となるRNA転写とクロマチン構造のパラドキシカルな関わり
   2 分裂酵母RNAiのトランスな作用能力
   3 RNAの分解とsiRNAの生合成,そしてその機能
   4 RNAi機構が備わる利点と道理
 5.骨・関節の発生・病気におけるmiRNA【浅原弘嗣】 97
   1 骨・軟骨の発生におけるmiRNAの重要性
   2 骨・軟骨特異的な発現を示すmiRNA
   3 骨分化におけるmiRNAの機能
   4 関節炎におけるmiRNA
 6.植物のmiRNAとsiRNA経路【竹田篤史】 101
   1 miRNA経路
   2 siRNA経路
 7.RNAサイレンシング因子の構造生物学【西増弘志/濡木 理】 107
   1 Dicer
   2 マイクロプロセッサー複合体
   3 HEN1
   4 Exp-5
   5 Ago
第3章 mRNA, rRNA, tRNAの分子機構と生命現象,疾患との関わり
 概論 RNAプログラムの破綻に起因する疾患-分子機構解明の現状と展望【稲田利文】 114
   1 mRNA成熟化過程のエラーに起因する疾患
   2 RNA修飾に起因する疾患
 1.選択的スプライシングの分子機構と生命現象【大野源太/黒柳秀人】 119
   1 選択的スプライシングが生み出すDscamタンパク質の多様性
   2 細胞・組織特異的な選択的スプライシングの分子機構
   3 選択的スプライシング研究の最近のトピックス
 2.癌の発生と進行に関わるmRNA前駆体スプライシングの破綻【亀山俊樹/前田 明】 125
   1 スプライシングを制御するRNA配列とタンパク質因子
   2 癌に関わるスプライシングに重要な配列の変異
   3 癌に関わるスプライシング調節因子の発現変化
   4 癌細胞でみられる未知の異常スプライシング機構
 3.mRNA監視機構の生命現象,疾患への寄与とその分子機構【山下暁朗/臼杵扶佐子】 134
   1 NMDの生理的役割
   2 PTC認識のメカニズム
   3 PTC認識後-mRNA分解と翻訳抑制
 4.RNAの修飾異常に起因する疾患【鈴木 勉】 142
   1 ミトコンドリア脳筋症に見出されたタウリン修飾の欠損
   2 変異tRNAの修飾欠損に起因するコドン解読異常
   3 タウリン修飾がwobble対合を安定化する分子基盤
   4 RNA修飾の異常に起因する疾患
 5.真核生物リボソームの生合成と品質管理【北畠 真/藤井耕太郎/大野睦人】 150
   1 リボソームの生合成と遺伝病
   2 リボソームRNAの品質管理
 6.RNA編集の異常と関連する疾患【河原行郎】 156
   1 RNA編集のメカニズム
   2 5-HT2C受容体のRNA編集部位
   3 5-HT2C受容体RNA編集の生理的意義
   4 5-HT2C受容体RNA編集とPrader-Willi症候群
第4章 RNA研究に関する世界の動向
 概論 noncoding RNAから機能性RNAへ-医療応用への新たな展開【廣瀬哲郎】 164
   1 現在は「RNA医薬品開発」の黎明期か?
   2 miRNA機能による医療応用コンセプト
   3 さらに複雑さを増すトランスクリプトーム
   4 長鎖の機能性RNAと疾患との接点
   5 温故知新 : 古くて新しいリボソーム研究に光が
 1.miRNAと創薬【吉田哲郎】 171
   1 miRNAと疾患との関係
   2 miRNAの抑制による治療
   3 miRNAの補充による治療
   4 miRNAと診断
 2.幹細胞,癌幹細胞におけるmiRNAによる機能制御【徐 丹/田原栄俊】 178
   1 ES細胞におけるmiRNAsの重要性
   2 ES細胞におけるmiRNA発現プロファイリング
   3 ES細胞における細胞周期制御
   4 ES細胞の自己複製能・分化に関与するmiRNAs
   5 造血幹細胞の細胞分裂,分化におけるmiRNAs
   6 癌幹細胞(cancer stem cells)と miRNAs
 3.組織や血中miRNAの検出による診断分野への応用【水谷隆之】 185
   1 miRNAの発現解析
   2 miRNAの検出
   3 血清および血漿からのmiRNA検出
   4 miRNA診断における課題
 4.noncoding RNAは遺伝子か?【Piero Carninci(訳 : 野呂行彦)】 190
   1 完全長ncRNA
   2 転写開始点近傍から転写されるncRNA群
   3 コアプロモーター上流のncRNA
   4 エキソン由来のncRNA
   5 3'端から転写されるncRNA群
   6 ncRNAは遺伝子か?
 5.リボソームの機能構造研究のビッグバン─2009年ノーベル化学賞のインパクト【斎藤和紀/和田美紀/伊藤耕一】 196
   1 待望されたリボソームの原子レベル構造の解明
   2 リボソームの分子機構解明と新規抗生物質開発での革新
   3 明らかになりつつある翻訳因子とリボソームとの連携機構
   4 遺伝暗号解読のしくみ解明に残された難題 : 終止コドンの解読機構
索引 202
序【塩見春彦】
第1章 noncoding RNAの分子機構と生命現象,疾患との関わり
 概論 noncoding RNAによる遺伝子発現制御機構と生命現象【塩見春彦】 18
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