| 第1章 ネットワークデータの入力 1 |
| 1.1 ネットワークとグラフ 1 |
| 1.2 隣接行列 2 |
| 1.2.1 snaの場合 4 |
| 1.2.2 igraphの場合 4 |
| 1.3 辺リスト 5 |
| 1.3.1 snaの場合 6 |
| 1.3.2 igraphの場合 7 |
| 1.4 ファイルの読み込み 9 |
| 1.4.1 Rへのファイルの読み込み 9 |
| 1.4.2 igraphでのファイルの読み込み 10 |
| 1.5 多重グラフ 11 |
| 1.5.1 snaの場合 11 |
| 1.5.2 igraphの場合 12 |
| 1.6 重み付きグラフ 13 |
| 1.6.1 snaの場合 14 |
| 1.6.2 igraphの場合 14 |
| 1.7 二部グラフ 15 |
| 第2章 最短距離 19 |
| 2.1 最短経路と最短距離 19 |
| 2.2 幅優先探索 22 |
| 2.3 ダイクストラ法 22 |
| 2.4 ウォーシャル・フロイド法 25 |
| 2.5 snaの場合 26 |
| 2.6 igraphの場合 27 |
| 2.7 到達可能性行列 29 |
| 2.7.1 snaの場合 29 |
| 2.7.2 igraphの場合 30 |
| 第3章 ネットワーク構造の諸指標 31 |
| 3.1 密度 31 |
| 3.1.1 snaの場合 33 |
| 3.1.2 igraphの場合 33 |
| 3.2 推移性 33 |
| 3.2.1 snaの場合 35 |
| 3.2.2 igraphの場合 35 |
| 3.3 相互性 35 |
| 3.3.1 snaの場合 37 |
| 3.3.2 igraphの場合 37 |
| 3.4 分析例 38 |
| 第4章 中心性 41 |
| 4.1 点中心性 41 |
| 4.2 離心中心性・近接中心性 42 |
| 4.2.1 snaの場合 45 |
| 4.2.2 igraphの場合 45 |
| 4.3 次数中心性 46 |
| 4.3.1 snaの場合 47 |
| 4.3.2 igraphの場合 48 |
| 4.4 固有ベクトル中心性 48 |
| 4.4.1 snaの場合 50 |
| 4.4.2 igraphの場合 51 |
| 4.5 PageRank 51 |
| 4.5.1 igraphの場合 53 |
| 4.6 ボナチッチのパワー中心性 53 |
| 4.6.1 snaの場合 55 |
| 4.6.2 igraphの場合 56 |
| 4.7 媒介中心性 57 |
| 4.7.1 snaの場合 60 |
| 4.7.2 igraphの場合 60 |
| 4.8 情報中心性 60 |
| 4.8.1 snaの場合 64 |
| 4.9 集中度 64 |
| 4.9.1 snaの場合 66 |
| 4.10 二部グラフの中心性 68 |
| 4.11 分析例 69 |
| 4.11.1 中心性指標の比較 69 |
| 4.11.2 二部グラフの中心性 72 |
| 第5章 ネットワーク構造の分析 75 |
| 5.1 サブグループ 75 |
| 5.1.1 連結成分 75 |
| 5.1.2 クリーク 77 |
| 5.1.3 コミュニティ 81 |
| 5.2 構造同値性 86 |
| 5.2.1 ユークリッド距離 87 |
| 5.2.2 相関係数 88 |
| 5.2.3 ブロックモデリング 91 |
| 5.3 ストラクチュラル・ホール 94 |
| 5.3.1 igraphの場合 96 |
| 第6章 ネットワークの類似性 99 |
| 6.1 関係構造の類似性 99 |
| 6.1.1 ハミング距離 99 |
| 6.1.2 相関係数 101 |
| 6.2 中心化の類似性 106 |
| 第7章 ネットワーク指標の有意性検定 109 |
| 7.1 ネットワーク分析における統計的仮説検定 109 |
| 7.2 QAP検定 109 |
| 7.3 CUG検定 112 |
| 第8章 モチーフ 117 |
| 8.1 モチーフ 117 |
| 8.2 トライアド・センサス 118 |
| 8.2.1 snaの場合 119 |
| 8.2.2 igraphの場合 120 |
| 第9章 複雑ネットワーク 121 |
| 9.1 複雑ネットワーク 121 |
| 9.2 ランダムグラフ 123 |
| 9.3 スモールワールド・ネットワーク 125 |
| 9.4 スケールフリー・ネットワーク 129 |
| 第10章 ネットワーク分析とベイジアン・アプローチ 133 |
| 10.1 認知ネットワークからのネットワークの推定 133 |
| 10.1.1 認知ネットワーク 133 |
| 10.1.2 ネットワークのベイズ推定 134 |
| 10.1.3 snaによるネットワークのベイズ推定 136 |
| 10.2 ベイジアン・ネットワーク 139 |
| 10.2.1 ベイジアン・ネットワークとは 139 |
| 10.2.2 ベイジアン・ネットワークの例 140 |
| 第11章 グラフ描画 145 |
| 11.1 2 次元グラフ 145 |
| 11.1.1 snaの場合 145 |
| 11.1.2 igraphの場合 150 |
| 11.2 3 次元グラフ 155 |
| 11.2.1 snaの場合 156 |
| 11.2.2 igraphの場合 156 |
| 11.3 グラフィックスの保存 157 |
| 11.3.1 2次元グラフの場合 157 |
| 11.3.2 3次元グラフの場合 158 |
| 付録A Rの基礎知識 159 |
| A.1 Rのインストール 159 |
| A.2 パッケージのインストール 159 |
| A.3 パッケージのマニュアル 160 |
| A.4 ディレクトリの確認と変更 160 |
| A.5 Rの基本操作 161 |
| A.6 Rの終了 161 |
| 付録B 数学の基礎知識 163 |
| B.1 四則計算など 163 |
| B.2 ベクトル 164 |
| B.3 行列 164 |
| B.4 行列の固有値と固有ベクトル 167 |
| B.5 記述統計学 168 |
| 参考文献 171 |
| 索引 175 |
